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일본 사법 제도의 문제점인 엔자이를 다룬 드라마로, 형사재판에 기소된 피고인으로부터 진실을 찾아내어 무죄를 증명하기 위해 고군분투하는 변호사들의 이야기를 다룬 법률 드라마이다, 드라마 제목의 99.9는 일본 형사 재판의 유죄 판결률인 99.9%를 의미한다.
미야마는 돈이 안 되는 형사 사건만 맡는 가난한 변호사이다. 어느 날, 일본의 거대 로펌인 마다라메 법률 사무소의 소장이 그를 스카우트하려고 찾아온다. 대기업의 고문 변호를 맡아온 베테랑 변호사 사다와 민사 사건을 맡아왔던 유능한 여성 변호사 타치바나가 미야마와 한팀이 되는데...
미야마는 몸싸움을 벌이던 남자를 칼로 찔러 살해한 야마시타의 변호를 맡게 된다. 야마시타는 우연히 들른 술집에서 난동을 피우던 키우치란 남자에게 주의를 주다가 밖으로 끌려나갔고, 그가 칼을 휘두르는 바람에 어쩌다 찌르게 됐다며 정당방위를 주장하는데...
카와구치 건설은 금고에 있던 비상용 자금 천만 엔을 도난당하고, 경리를 담당하던 요시다 카호가 용의자로 체포된다. 15년 동안 딸과 떨어져 살아왔던 카호의 엄마는 마다라메 법률 사무소에 딸의 변호를 부탁한다. 타치바나가 이 사건의 주임을 맡게 되는데...
태양광발전 분야의 세계적인 발명자 키쿠치가 전 동료에게 강제추행죄로 고소당하고, 마다라메 법률 사무소가 이 사건을 맡게 된다. 키쿠치가 근무 중인 회사의 사장은 피해자에게 합의금을 지불하고 사건을 마무리하자고 제안하는데...
미야마는 사에구사를 폭행한 혐의로 체포된 타니시게의 변호를 맡게 된다. 타니시게는 접견 중에 ‘그 자식이 죽였다’란 말을 남기고 쓰러져서 의식 불명 상태가 된다. 피해자인 사에구사는 타니시게와는 초면이었으며 갑자기 폭행당한 것이라 주장하는데...
미야마는 사에구사가 18년 전에 일어난 타니시게 사장 자살 사건의 진범이라 확신하고 추궁한다. 하지만 사에구사는 절대 자신을 체포할 수 없을 것이라며 큰소리친다. 그에겐 18년 전 같은 시각에 스기나미 살인 사건을 목격했다는 확실한 알리바이가 있었는데...
대형 완구 회사의 사장이 살해된다. 그의 아들이 범인이라 의심되지만 전무이사인 니시오카가 체포되고 만다. 니시오카는 범행을 전면 부인하고 딸은 범행 시각에 아빠와 같이 있었다고 주장하지만, 흉기에서 나온 니시오카의 지문이 그를 유죄로 몰고 가는데...
형사들이 갑자기 들이닥쳐서 미야마를 살인 혐의로 체포한다. 미야마는 레스토랑에서 스즈키란 남자를 만났고, 그는 본인의 음식이 싱겁다며 미야마가 갖고 다니는 조미료를 뿌려달라고 부탁했었다. 하지만 스즈키는 그 음식을 먹자마자 쓰러져서 얼마 후에 죽고 말았는데...
미야마는 사다의 지시로 아야노와 함께 야마시로 철도 회장의 저택으로 향한다. 두 사람은 그곳에서 살해된 회장의 시신과 그를 둘러싼 가족들을 발견한다. 셋째 며느리는 시아버지를 오래 간병하다가 지쳐서 자신이 죽였다고 자백하는데...
미야마와 동료들은 연쇄 살인 사건의 용의자로 체포된 이시카와의 변호를 맡게 된다. 살해 현장에 그의 모발과 혈흔이 남아 있었다는 이유로 체포됐지만, 그는 취조 과정에서 범행을 강력히 부인한다. 얼마 후, 미야마는 수사를 진행하던 중에 자취를 감추는데...
민사 사건팀으로 복귀했던 사다 변호사는 마다라메 소장의 지시로 할 수 없이 형사 사건팀으로 돌아오게 된다. 그 와중에 살인 사건 가해자의 딸인 카요가 자신의 아버지는 결백하다며 변호를 의뢰한다. 같이 온 그녀의 친구 마이코는 전직 판사였는데...
미야마는 26년 전에 살인자라는 억울한 누명을 쓰고 사망한 아버지의 사건 현장에 자신이 모르는 유류품이 떨어져 있었다는 사실을 알게 되고, 그것이 현장에 제3자가 있었음을 증명하는 새로운 증거라고 추측한다. 마이코는 마다라메 소장의 지시로 미야마를 도우러 가는데...
인기 록 가수인 치가사키가 언론인 야스다 살인 및 목격자에 대한 살인 미수 혐의로 체포된다. 그의 고문변호사인 사다는 마이코에게 이 사건의 주임을 맡긴다. 사건을 조사하는 과정에서 치가사키가 불법 도박 건으로 야스다에게 협박당했던 사실이 밝혀지는데...
숨진 피의자 이와무라의 부인이 남편의 결백을 호소하며 마다라메 법률사무소에 사건을 의뢰한다. 형사사건 기록에 따르면 이와무라는 공장 사장이었는데 거래처의 코지로를 살해하고 투신자살했다고 돼 있다. 사다는 이 건을 맡지 않으려 하지만, 미야마는 현장으로 향하는데...
시가 변호사가 다리를 다쳐 사건을 못 맡게 됐다며 마다라메 법률 사무소에 대신 변호를 부탁한다. 17세 소년인 야마자키가 그의 친구와 같이 여고생을 강제 추행한 혐의로 기소된 사건이다. 미야마와 마이코는 야마자키가 경찰에게 협박당해서 억지로 자백한 걸 알게 되는데...
마이코의 남동생이 일하는 초밥집의 주인인 아라이가 마다라메 법률 사무소로 찾아온다. 그는 자신이 살인사건 현장을 최초로 발견했다가 살인자로 의심받게 됐다며 도와달라고 한다. 미야마와 마이코는 사건 당일 현장에 아라이 이외에 또 한 사람이 있었다는 걸 알게 되는데...
사다는 자신이 고문 변호사로 있는 오가타 테크놀로지의 사장이 실종됐다는 소식을 듣고 검찰청으로 간다. 사장은 회사 돈 3천만 엔을 횡령해서 달아났으며, 그중 300만 엔이 사다의 계좌로 이체됐다는 사실이 밝혀진다. 결국 사다는 업무상 횡령 방조 혐의로 체포되는데...
전 문부과학 대신인 토도 의원의 사무실에서 독극물에 의한 살인 사건이 발생한다. 그의 선거 사무실로 배달된 양갱에 독극물이 섞여 있었는데, 그것을 먹은 제1비서가 숨지고 의원의 아내는 중태에 빠진다. 양갱을 보낸 사람은 니시카와 도금의 사장으로, 그는 토도 의원의 열성 지지자였는데...
사형수인 쿠제의 아들이 마다라메 법률 사무소에 재심청구를 의뢰한다. 쿠제는 8년 전에 아내를 죽이고 방화한 혐의로 사형 판결을 받았는데, 아들은 자신의 아버지가 절대 그럴 사람이 아니라며 결백을 호소한다. 미야마와 마이코는 억울했던 자신들의 경험을 떠올리며 쿠제의 무죄를 입증하기 위해 조사에 착수하는데...