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무대는 수수께끼에 싸인 신형 드러그[DOPE]가 만연하고 있는 가까운 미래의 일본. 신인 마약 단속관 사이키 유토는 어느 날 갑자기 존재가 세상에 밝혀지지 않은 은닉성이 높은 부서 마약 단속부 특수수사과, 통칭 특수과로 이동하게 된다. 거기서 만난 것은 첫인상 최악의 사이키의 교육계·진나이 텟페이. 생각이 정반대로 궁합 최악의 두 사람이 버디를 잡게 되어, 개성이 풍부한 특수과의 멤버와 함께, DOPE에 의해서 일어나는 불가해한 사건의 해결에 도전해 간다. 그런 그들에게는 남들에게 말할 수 없는 "어떤 비밀"이 있다.
신종 마약인 도프가 창궐한 일본. 신입 마약수사관 사이키는 갑작스럽게 특수수사과로 발령을 받는다. 발령 첫날부터 도프를 복용한 도퍼가 인질극을 벌이고 사이키도 그 현장에 투입된다.
경찰의 총을 빼앗은 도퍼가 건물 안에서 인질극을 벌인다. 현장으로 출동한 사이키가 범인을 설득하지만 협상은 실패하고, 도퍼는 마치 순간 이동을 하는 듯한 움직임으로 특수과 사람들을 궁지로 몰아넣는다.
진나이 부인이 살해당한 사건을 조사하던 사이키는 경시청에서 우연히 츠바키와 마주친다. 츠바키는 진나이가 도프를 사용한다는 소문이 돈다며 비밀리에 그를 감시해 달라고 사이키에게 부탁한다.
진나이의 복수를 막고 싶은 사이키는 츠바키의 지시대로 진나이를 미행한다. 한편 대학생 세 명이 각성제 복용으로 사망하는 사건이 터지고, 특수과 사람들은 카츠라기의 딸이 연관됐다는 사실을 알게 된다.
츠바키의 갑작스러운 자살 소식이 알려지고, 사이키와 진나이는 그의 죽음이 5억 엔 도난 사건과 연관됐다고 의심한다. 한편 특수과는 도프 밀매 현장을 적발하기 위해 신분을 감추고 클럽에 잠입한다.
진나이와 사이키는 니콜라스 납치와 카오리 살인 사건의 배후에 경찰 내부 인물이 있다는 사실을 알아낸다. 겨우 용의자를 추적해 검거하려던 순간, 사이키만 남겨 둔 채 진나이가 용의자를 데리고 사라진다.
드디어 카오리를 살해한 범인이 밝혀진다. 진나이가 범인을 죽이는 모습을 예지한 사이키는 어떻게든 그의 복수를 막고자 분투하고, 그런 사이키 앞에 이 모든 사건의 진짜 배후가 모습을 드러낸다.
진나이가 감옥에서 탈출하고 그 여파로 특수과는 또다시 폐지될 위기에 처한다. 한편 와타누키는 말도 없이 사라진 할머니를 찾아 나섰다가 자신들을 죽이려는 이능력자 헌터들과 마주치게 된다.
시부야역 앞 폭발을 시작으로 잇달아 무차별 테러가 일어난다. 사이키는 도프 탄생의 비밀을 알고 혼란스러워하면서도, 가족과 동료들을 지키고자 지우가 준비한 사상 최악의 게임에 뛰어든다.
사이키와 특수과 요원들은 지우와의 마지막 결전을 치르기 위해 정수장으로 향하고, 사이키는 자신이 총에 맞아 죽는 미래를 예지한다. 사이키는 정해진 운명을 바꾸고 동료와 가족을 끝까지 지키고자 한다.