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C.E (Cosmic Era) 70년. 중립자원위성 헬리오폴리스에서 평화로운 나날을 보내던 키라. 하지만 그곳에서는 지구군 비밀 병기인 ‘G’ 가 만들어지고 있었다. 이것을 눈치챈 자프트군이 ‘G’를 노리고 공격해오고, 키라는 공장으로 피신한다. 그리고 그곳에서 우연히 Z.A.F.T(자프트)군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란을 만나면서 새로운 갈등이 전개된다. 가공의 시대인 코즈믹 이라(Cosmic Era, C.E) 70년대에 일어난 내츄럴(자연 인류)을 대표하는 지구연합군(O.M.N.I.Enforcer)과 코디네이터(유전자 조작을 통한 신인류)를 대표하는 자유조약 황도동맹(Zodiac Alliance of Freedom Treaty, Z.A.F.T)간의 전쟁을 배경으로 소년, 소녀들이 전쟁에 휘말려 들어가는 모습을 그리고 있다.
지구와 플랜트 사이의 전쟁이 시작된 지 11개월, 헬리오폴리스의 한 공업 칼리지에 재학 중인 키라 야마토는 우연히 자프트의 건담 탈취 작전에 휘말리게 된다. 피난 장소를 찾던 키라는 한 소녀를 쫓아 공장으로 들어가던 중 옛 친구인 아스란 자라를 만나게 되는데…
절체절명의 위기 속에서 진을 격파해 내는 키라. 하지만 군사 기밀에 접근한 것을 이유로 키라와 친구들은 마류에게 구속당하고 만다. 한편 크루제는 클로니 내부로 돌진하고… 크루제와 스트라이크의 격렬한 전투 속 마침내 아크엔젤이 그 위용을 드러낸다.
크루제와 스트라이크의 결투는 점점 더 거세지고 그로 인한 클로니의 피해가 커져가는 가운데, 더 이상의 피해를 두고 볼 수만은 없던 키라는 다시 한번 건담에 올라타기로 결심한다. 다시 시작된 전투, 당황한 두 소년과 함께 헬리오폴리스의 붕괴가 시작된다.
무너진 헬리오폴리스의 잔해 속에서 발견된 구명 포트에는 대서양 연방 사무차관의 딸, 프레이 알스터가 승선해 있었다. 계속되는 크루제의 공격, 아르테미스로 가는 길은 험난하기만 한데…
탈취한 모든 건담들을 투입해 스트라이크의 앞을 가로막는 자프트. 계속되는 전투 속에서 스트라이크는 모든 에너지를 소비한 채 아스란에게 잡혀 자프트로 연행될 위기에 처하게 되는데…
자프트의 추격을 따돌리고 아르테미스로 달아나는 데에 성공한 아크엔젤. 하지만 ‘우산’ 속에 숨겨진 그들의 검은 욕망은 키라 일행을 더욱더 혼란 속으로 빠뜨린다.
계속되는 전투로 물자 소모가 빠르게 진행되는 가운데, 아크엔젤은 물자 수급을 위해 잔해 지대로 향한다. 남겨진 잔해 속, 참혹한 전쟁의 흔적들을 마주하게 된 키라 일행. 그들의 손에 쥐어진 생명의 무게는 무겁기만 하다.
잔해 지대 속에서 발견된 구명 포트. 그 안에 타고 있던 건 현 플랜트 최고 평의회 의장의 딸, 라크스 클라인이었다. 같은 무렵, 아스란은 라크스를 구출해오라는 명령을 받게 되고 아크엔젤 내부에서는 라크스의 처우에 대한 의견 충돌이 벌어지게 되는데…
제8함대 선발대의 합류 소식으로 잠시나마 희망을 되찾게 된 아크엔젤. 하지만 안도감도 잠시, 갑작스러운 베사리우스의 공격으로 선발대는 그만 격침 당하고 마는데…
눈앞에서 아버지의 죽음을 목격한 프레이는 키라를 향해 강한 분노를 내뱉는다. 한편, 라크스가 아스란의 약혼자라는 사실을 알게 된 키라는 그녀를 몰래 아스란에게 돌려보내기로 결심하는데…
아버지의 목숨을 앗아간 이지스의 조종사가 키라의 옛 절친이었음을 알고 분노하는 프레이. 하지만 어찌 된 영문인지 친구들의 앞에 나타난 그녀는 키라에게 따뜻한 사과의 말을 건넨다.
마침내 지구연합군 제8함대와 합류에 성공한 아크엔젤은 그들의 다음 항로인 지구 본부, 알래스카로 향하기 위한 준비를 시작한다. 한편 프레이는 아크엔젤에 남아 군에 지원하겠다는 의지를 밝히는데…
제8함대와의 합류 이후 자프트와의 치열한 전투가 계속되는 가운데, 지구 착륙을 위한 스트라이크와 스카이 그래스퍼의 강하 작전이 실행된다. 하지만 곧 이자크의 듀얼 건담이 키라의 앞을 가로막고 마는데…
[총집편]
키라와 스트라이크는 모든 에너지를 소진한 채 아크엔젤과 함께 아프리카로 착륙한다. 사람들을 지키지 못했다는 죄책감에 고통스러워하는 키라를 다정하게 위로해 주는 프레이, 과연 그녀의 진심은 무엇일까.
북아프리카 사막에 착륙하게 된 아크엔젤. 하지만 곧 앤드류 발트펠트가 이끄는 자프트의 정예 지상 부대가 그들을 향해 다가온다. 낯선 사막에서의 뜨거운 전투를 이어가는 키라. 위기의 순간, 누군가로부터의 통신이 들려온다.
저항군의 도움으로 발트펠트 부대의 맹공을 가까스로 물리치는데 성공한 키라. 그는 헬리오폴리스 습격 때 만난 소녀 카가리가 ‘새벽의 사막’의 구성원이었다는 사실에 놀란다. 한편, 아크엔젤 내부에서는 프레이와 사이 간의 말다툼이 벌어지고 키라는 그동안 억누르고 있던 감정들을 폭발하게 되는데…
발트펠트 부대의 공격으로 저항군의 마을이 불타고 있는 가운데, 마을로 달려간 저항군 대원들은 퇴각한 적들의 흔적을 보며 크게 분노한다. 복수심에 불타오르는 저항군, 복수의 끝에 남는 것은 과연 무엇인가.
물자 보충을 위해 버나디아 시장으로 잠입한 키라와 카가리는 그곳에서 우연히 ‘사막의 호랑이’, 앤드류 발트펠트와 마주치게 된다. 발트펠트는 블루 코스모스의 기습 공격으로부터 자신을 도와준 그들에게 감사의 표시를 하며 자신의 저택으로 초대하게 되는데…
모처럼의 휴일을 맞이하여 클라인 저택에 방문한 아스란. 그는 라크스와의 대화 도중 과거 키라와의 추억들을 떠올린다. 한편, 분노에 휩싸인 저항군 기지에서는 ‘사막의 호랑이’를 돌파할 계획을 세우느라 여념이 없는데…
지브롤터 기지에 있던 이자크와 디아카가 레셉스에 합류하고 아크엔젤과 저항군도 함께 움직인다. 본격적으로 시작된 전투, 키라는 발트펠트와 다시 한번 격전을 벌인다.
치열한 전투 끝에 발트펠트를 쓰러뜨린 스트라이크와 아크엔젤은 알래스카로 향한다. 기나긴 전투 끝에 찾아온 잠깐의 휴식. 하지만 여유도 잠시, 정적을 깨듯 자프트의 모라심 부대가 하늘과 바다에서 아크엔젤을 향해 공격한다.
아스란과 니콜의 지브롤터 기지 합류로 크루제 부대가 모두 모이게 된 가운데, 크루제는 아크엔젤 추격팀의 리더로 아스란을 임명한다. 한편, 아크엔젤은 수중 전투에서 가까스로 승리하였지만 집요하게 추격하는 모라심 부대에 고전을 면치 못하는데…
모라심 부대와의 전투 도중 격추당해 외딴섬에 불시착하게 된 카가리는 수송기에 타고 있던 아스란과 조우한다. 전파 상태가 좋지 않아 발이 묶인 채 구조를 기다려야만 하는 상황. 같은 무렵, 키라는 스트라이크를 타고 카가리에 대한 수색작업을 진행하는데…
마침내 오브 영해로 들어서게 된 아크엔젤, 하지만 곧바로 퇴거 경고가 내려진다. 이에 카가리는 자신이 오브 전 대표, 우즈미 나라 아스하의 딸이라는 사실을 밝히는데…
[총집편]
아크엔젤의 수리가 순조롭게 진행되고 있는 가운데 키라는 모르겐레테의 기술자, 에리카 시몬스에게 오브군 기체의 서포트 OS 개발을 의뢰받는다. 이윽고 그의 눈앞에 펼쳐진 놀라운 광경은…
마류의 주선으로 아크엔젤 일행은 드디어 꿈에 그리던 부모님과 감격의 재회를 하게 된다. 한편 부모님 과의 면회도 거절한 채 정신없이 건담 OS 수정에만 매진하는 키라. 그때 토리가 하늘 위로 날아오르고 토리를 쫓아 달려간 곳엔…
이제 출항 준비는 모두 끝났다. 다시 한번 알래스카를 향해 힘차게 발진하는 아크엔젤. 하지만 오브의 영해 밖에서는 자프트군이 아크엔젤의 출항만을 기다리고 있었는데…
니콜을 잃은 슬픔을 감추지 못하고 분노하던 아스란은 키라와 진심을 다해 싸우지 못했던 자신을 자책한다. 이윽고 다시 시작된 전투, 스카이 그래스퍼의 격파로 절규하는 키라를 향해 공격을 퍼붓던 아스란은 이지스를 자폭 모드로 전환시키기에 이르는데…
키라와 톨의 통신 두절로 아크엔젤 내부가 큰 혼란에 빠진 가운데, 마류는 인명 구조를 위해 오브군에 도움을 요청한다. 하지만 도착한 현장에 남겨진 것은 스트라이크의 잔해와 무참히 파괴된 이지스의 파편들 뿐이었는데…
마침내 알래스카 지구연합 본부에 도착하게 된 아크엔젤. 하지만 이내 함내 대기 명령을 받게 된다. 같은 무렵, 아스란은 신형 MS의 조종사로 발탁, 플랜트로의 복귀 명령을 받게 되고 죽은 줄만 알았던 키라는 한 저택에서 눈을 뜨게 되는데…
키라와 톨의 행방불명 소식에 아크엔젤의 승무원 모두가 큰 슬픔에 빠졌다. 한편, 알래스카 기지의 서덜랜드 대령으로부터 호출 명령을 받은 마류, 무우, 나탈 세 사람은 코디네이터 소년에게 스트라이크를 조종하게 한 사실에 대해 추궁 받게 되는데…
아크엔젤이 알래스카 본부 수비대 소속으로 옮겨진 가운데, 무우, 나탈, 프레이 세 사람은 전속 명령을 받는다. 한편, 진정한 싸움의 의미를 깨닫게 된 키라는 라크스의 안내로 자프트의 극비 개발 신형 MS 공장에 들어서게 되는데…
알래스카에서 아크엔젤과 자프트군의 치열한 전투가 계속되는 가운데, 무우는 기지 지하에 설치된 사이클롭스를 발견하고 알래스카 기지가 고위 군 장교들에 의해 의도적으로 포기될 것이라는 사실을 알게 된다. 위기의 순간, 격파 직전의 아크엔젤 앞으로 키라가 조종하는 프리덤 건담이 등장한다!
자프트가 극비리에 개발 중이었던 신형 MS 건담을 조종하게 된 키라. 그리고 그 탈취 작전의 중심에 라크스가 있다는 사실을 알게 된 패트릭 자라는 그녀에게 긴급 체포 명령을 내린다. 같은 무렵, 키라는 아크엔젤 일행들과 감격의 재회를 하는데…
알래스카 기지에서 힘겹게 탈출에 성공한 아크엔젤은 선체 수리를 위해 오브령 오노고로 섬으로 향한다. 한편, 매스 드라이버의 파괴를 위해 파나마에 도착한 자프트군은 알래스카 자폭전에 대한 복수로 궁니르를 투입하기에 이르는데…
파나마 기지 함락으로 인해 매스 드라이버를 잃은 지구 연합군. 같은 무렵, 대서양 연방은 블루 코스모스의 맹주, 무르타 아즈라엘을 앞세워 오브를 압박하기 시작한다.
지구연합군의 최신예 건담들과 교전 중인 키라의 앞에 아스란이 조종하는 저스티스 건담이 나타난다. 적인지 아군인지 알 수 없는 그의 등장에 전장에는 긴장감이 흐르는데…
계속되는 오브의 협상 시도에도 끝내 응하지 않던 아즈라엘은 오브를 무력 제압할 것을 명령한다. 중립국의 입장을 지키기 위해선 그 어느 쪽의 편도 들 수 없는 상황. 우즈미 나라 아스하는 오브를 위한 마지막 결단을 내린다.
우주로 날아오른 아크엔젤과 쿠사나기는 함 정비를 위해 L4 콜로니군으로 향한다. 같은 무렵, 플랜트에서는 지하 방송을 통한 라크스의 저항 연설로 인해 수색에 난항을 겪게 되는데… 한편, 지구에서는 프리덤과 저스티스에 대한 의문을 품게 된 아즈라엘이 두 기체에 대한 정보를 얻기 위해 음모를 꾸미기 시작한다.
패트릭 자라의 저의를 깨닫고 경악하는 아스란. 그는 배신자로 낙인찍혀 자프트군으로부터 처벌 당할 위기에 처하는데… 위기의 순간, 어디선가 나타난 다코스타 일행. 그들의 도움으로 도착한 곳에는 라크스와 발트펠트가 최첨단 전함, 이터널을 이끌고 출항 준비를 끝마치고 있었다.
지구연합본부 달 기지에서는 아크엔젤급의 두 번째 함선, 도미니온의 전투 준비가 한창인 가운데, 나탈 바지룰이 선장으로 임명된다. 한편, 버려진 식민지에 도착한 세 함선 아크엔젤, 쿠사나기, 이터널은 앞으로의 계획에 대해 의논하는데… 마침내 멘델 항구에서 마주친 도미니온과 아크엔젤. 옛 동료들과의 슬픈 운명의 싸움이 시작된다.
본격적으로 시작된 아크엔젤과 도미니온의 전투. 쿠사나기의 참전 소식을 알게 된 나탈의 긴급 후퇴 명령으로 아크엔젤은 가까스로 위기를 모면한다. 한편, 이자크는 아크엔젤의 편에서 자신에게 공격을 퍼붓는 블리츠 건담의 등장에 혼란스러움을 감추지 못하는데...
사라졌던 디아카와 마주하게 된 이자크는 혼란스러움을 감추지 못하고 총을 겨누며 그의 진의를 다시 한번 캐묻는다. 한편, 크루제를 쫓아 한 연구소 안으로 들어서게 된 키라와 무우. 긴장감이 흐르는 총격전 끝에 마침내 감춰졌던 충격적인 진실이 밝혀진다.
아크엔젤과 도미니온의 전투가 재개된 가운데, 크루제는 베사리우스를 출격시키며 구속 중인 포로를 반환하겠다고 통보한다. 울려 퍼지는 프레이의 다급한 목소리에 키라는 혼란스러운 감정을 감추지 못하고… 한편, 아즈라엘은 프레이에게서 건네받은 데이터를 살펴보던 중, 두 기체에 대한 충격적인 비밀을 알게 된다.
프레이가 가져온 데이터를 토대로 핵을 손에 넣게 된 지구군. 마침내 핵미사일이 우주로 발사되고 보아즈 요새는 순식간에 초토화된다. 한편, 키라와 아스란은 피스메이커 부대의 공격을 막기 위해 나서고 패트릭 자라는 급기야 제네시스를 사용할 것을 명령하는데…
제네시스에서 발사된 섬광은 연합군의 전선 함대를 순식간에 소멸시키고, 아즈라엘은 괴멸 상태에 빠진 연합군을 향해 맹렬히 비난한다. 한편, 크루제는 프로비던스 건담과 함께 출격에 나서는데… 두 세력 간의 치열한 싸움이 계속되는 가운데, 키라와 친구들은 전쟁을 멈추기 위해 최후의 전장으로 향한다.
제네시스의 두 번째 발사로 프톨레마이오스 달 기지가 파괴되었다. 이에 연합군은 황폐해진 함대를 재편성하고 피스메이커를 다시 작전에 투입시키기로 하는데… 같은 무렵, 도미니온 내부에서는 통제 불능 상태가 된 아즈라엘이 아크엔젤을 향해 로엔그린을 발사한다.
싸움은 아직 끝나지 않았다. 도미니온에서 탈출한 프레이는 키라를 향해 외친다. 그리고 키라의 눈앞에서 폭발하는 탈출정. 그녀의 영혼은 비로소 키라에게 닿게 된 걸까. 한편, 제네시스의 마지막 표적이 된 지구. 아스란과 카가리는 아버지를 막기 위해 야킨 두에로 돌입하는데… 길고 길었던 전쟁의 끝, 목숨을 건 그들의 마지막 전투가 시작된다.
막대한 희생을 낳은 지구연합-자프트 간의 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 정전 조약이 체결되었지만, 두 세력 사이에는 여전히 불안한 분위기가 감돌고 있다. 오브의 수장 카가리 유라 아스하는 플랜트 최고평의회 의장, 길버트 듀랜달과의 극비 회담을 위해 자프트의 신 공장인 ‘아모리 원’을 방문하는데… 그때 갑자기 울리는 경보! 신형 MS 건담을 강탈당한다.
갑작스러운 건담 강탈 사건에 휘말리게 된 카가리와 아스란은 긴급 대피를 위해 자쿠 워리어에 올라탄다. 빼앗긴 세 대의 신형 기체 카오스, 어비스, 가이아와의 전투로 궁지에 몰린 순간! 신이 탑승한 임펄스 건담이 등장한다.
강탈당한 세 대의 기체를 따라 신과 레이는 ‘아모리 원’ 밖으로 나간다. 하지만 그곳에서 기다리고 있던 건 연합특수부대 사령관 네오였다. 한편, 미네르바 함 내에 들어선 카가리와 아스란은 듀랜달 의장의 안내로 전투를 참관하게 되는데… “다시는 이런 비극을 되풀이하지 않겠다고 맹세했건만…!”, 미네르바와 임펄스의 상상 이상의 전력을 보며 카가리는 분노한다.
적 모함을 따라 데브리대에 돌입한 신과 루나 마리아 일행. 하지만 어찌 된 영문인지 적들에게선 아무런 움직임도 보이지 않는데… 이것이 미끼라는 사실을 알아챈 바로 그 순간, 매복해 있던 카오스, 가이아, 어비스가 신 일행을 공격하기 시작한다.
유니우스 세븐이 안정 궤도를 벗어나 지구를 향해 낙하하기 시작하고 이 사태를 심각하게 바라본 플랜트는 이자크 쥴을 대장으로 하는 파쇄 부대를 급파시킨다. 한편, 지구에서는 로드 지브릴을 신 맹주로 한 블루 코스모스가 다시금 움직임을 시작하려 하고 있었는데…
유니우스 세븐의 파괴를 위해 지구로 급파하는 이자크 부대. 하지만 이내 알 수 없는 무리로부터 습격을 당하고, 신과 레이, 루나마리아, 그리고 아스란이 이자크 부대와 합류하여 본격적인 전투에 돌입한다. 메테오 브레이커의 기동을 시도하려는 그 순간, 패트릭 자라의 사상을 근거로 전쟁을 벌이려는 테러리스트들이 등장하는데…
유니우스 세븐을 파괴하는 데에는 성공했지만, 그 파편들로 인해 지구 각지는 막대한 피해를 입고 말았다. 한편, 블루 코스모스의 신 맹주 지브릴은 이를 명분으로 대서양 연방에 개입하려는 계략을 세우는데… 같은 무렵 오브의 한 해변가, 키라 야마토는 운명의 폭풍이 다가오고 있음을 직감한다.
마침내 오브에 입항한 미네르바. 대표 수장으로서 정무에 복귀한 카가리는 수뇌진들로부터 지구와 플랜트 사이의 갈등에 변명의 여지가 없음을 통보받은 채, 오브의 입지를 결단할 것을 강요받는다. 한편, 오브에서 잠시 동안의 휴식을 취하게 된 미네르바의 승무원들. 가족을 잃었던 장소를 찾아간 신은 추모비 앞에 서 있는 한 남자를 발견한다.
유니우스 세븐 낙하 사건의 주범으로 자프트를 지목한 지구연합은 플랜트를 적성 국가로 간주하는 공동 성명을 발표, 이에 지구군 월면 기지에서는 개전을 위한 준비가 시작된다. 대화를 통한 해결을 주장하는 듀랜달의 호소에도 아랑곳하지 않는 지구연합. 눈앞에 닥친 지구군의 공격에, 국방위원회는 플랜트를 지키기 위한 대비책을 돌입한다.
지구연합의 핵 공격 사실이 알려지면서 플랜트 내 분위기가 어수선해진 가운데, 더 이상 자신의 신분을 속일 수 없었던 아스란은 자신의 아버지, 패트릭 자라의 말을 부정하며 듀랜달에게 평화를 호소한다. 이윽고 듀랜달의 안내로 들어가게 된 한 격납고 안, 아스란의 눈앞에 신형 세이버 건담이 그 모습을 드러낸다.
플랜트 최고평의회는 지브롤터와 카펜타리아를 포위 중인 지구군에 대한 공격을 결정, 이는 보복이 아닌 적극적 자위권 행사임을 통보한다. 같은 무렵, 오브 의회에서는 대서양 연방과의 동맹 체결이 진행되려 하고 있었는데…
퇴로가 끊겨 정면돌파가 불가피한 상황에 놓이게 된 미네르바 함. 절체절명의 순간, 신의 SEED가 발동되고 그의 압도적인 힘에 미네르바의 모든 승무원들은 놀라움을 감추지 못한다. 같은 무렵, 플랜트에서는 페이스 휘장을 수여받은 아스란이 평화를 위해 다시 한번 싸움에 나설 준비를 시작하는데…
신의 활약으로 절체절명의 위기를 벗어난 미네르바는 다음 목적지인 카펜타리아로 향한다. 같은 무렵, 오브에서는 불안한 정세를 진정시키기 위해 카가리와 유우나의 결혼이 진행되려 하고 있었는데… 그날 밤, 키라의 집을 급습한 코디네이터 특수부대! 그들의 목적은 단 하나, 바로 라크스 클라인을 암살하는 것이었다.
갑자기 들이닥친 암살자들로 인해 불안한 분위기가 감돌고 있는 가운데, 카가리의 결혼 소식까지 전해 듣게 된 키라는 그녀에게서 받은 반지를 바라보며 굳은 결의를 다진다. 드디어 다가온 카가리의 결혼식 날. 아스란에 대한 생각을 떨쳐내지 못하고 망설이는 카가리의 앞에 프리덤 건담이 나타나는데…!
결혼식장에서 프리덤에게 납치당한 카가리는 키라를 향해 분노하며 그 이유에 대해 묻는다. 하지만 이내 아스란에게 선물받은 반지를 보자 카가리는 눈물을 터뜨리고 마는데... 한편, 미네르바에 합류한 아스란은 듀랜달 의장으로부터 건네받은 페이스 휘장과 명령서를 탈리아 함장에게 전달한다.
카펜타리아에서 출발해 지브롤터로 향하는 미네르바. 하지만 그곳에서 그들을 기다리고 있던 건 지구군으로부터 병력을 소집한 네오였다. 낯선 수중전에 이은 네오의 능숙한 양동 작전에 미네르바는 고전을 면치 못하는데…
라크스 암살 미수 사건으로 인해 큰 혼란에 빠진 아크엔젤 일행. 혼란스러운 정세 속에서 카가리는 플랜트로 향한 아스란을 걱정한다. 같은 무렵, 미네르바는 수에즈 공략의 전선인 마하무르 기지에 도착해 지구군의 주요 거점인 로엔그린을 파괴하기 위한 계획을 세우고 있었는데
본격적인 로엔그린 게이트 파괴 작전에 돌입한 미네르바. 작전 지휘를 맡은 아스란은 작전의 핵심 역할로 신을 지목하는데… 일련의 사건들로 인해 여전히 아스란에게 반발심을 가지고 있던 신이지만, 코닐의 간절한 눈빛에 신은 마음을 다잡는다.
지구군의 가르나한 기지를 함락시킨 미네르바는 흑해 연안 도시, 디오키아에 위치한 자프트 기지에 도착한다. 같은 무렵, 자프트 기지에서는 라크스로 위장한 미아가 위문 공연을 앞두고 있었는데… 한편, 듀랜달로부터의 초대를 받은 미네르바의 파일럿들. 듀랜달은 전쟁의 원흉으로 블루 코스모스를 모체로 한 로고스를 지목, 그들을 규탄할 것을 주장한다.
중립국 오브에서 가족들과 함께 평온한 일상을 보내고 있던 신 아스카. 하지만 행복은 그리 오래가지 못했고 평화로웠던 오브에도 전화의 바람이 불어오기 시작했다. 지구연합군의 공격으로 한순간에 가족을 모두 잃게 된 신. 그는 여동생이 남긴 유일한 유품인 핸드폰을 손에 쥐고 오열한다. 그 후, 오랜 시간이 흘러 플랜트로 이주하게 된 신은 이윽고 자프트군에 입대한다. 소중한 것을 다시는 빼앗기지 않기 위해
오랜만의 휴가를 얻게 된 미네르바 일행. 휴식을 취하는 그들 앞에 듀랜달 의장으로부터 배속 명령을 받은 새로운 페이스, 하이네 베스텐플루스가 나타난다. 한편, 해안선을 거닐고 있던 신은 한 소녀가 절벽 아래로 덜어지는 것을 목격하고 그녀를 구하기 위해 황급히 바다로 뛰어드는데
스텔라와의 추억을 소중히 간직하는 신. 하지만 스텔라는 이미 신과의 기억을 제거당한 후였다. 한편, 수에즈에서는 유우나를 필두로 대서양 연방에 굴복한 오브군이 네오와의 합류를 앞두고 있었는데
갑자기 나타난 프리덤의 등장에 혼란스러워진 전장. 카가리는 자신이 오브의 대표임을 자처하면서 오브군의 즉각적인 전투 중지를 명령한다. 하지만 네오의 압력에 넋을 잃은 유우나는 카가리의 존재를 부정한 채 전투 재개를 명령하는데
오브군과의 전투에서 막대한 손상을 입은 미네르바는 함 수리를 위해 마르마라해 항구에 정박한다. 하이네의 죽음의 원인이 프리덤과 아크엔젤에게 있다고 여기며 분노하는 신. 아스란은 키라에게 그 진의를 묻고자 아크엔젤의 행방에 대한 단서를 찾기 시작한다.
키라에게 라크스 암살 사건에 대해 전해 듣게 된 아스란은 듀랜달 의장의 행보에 점차 의심을 갖기 시작한다. 같은 무렵, 미네르바는 신의 긴급한 연락을 받고 한 연구 시설에 도착하게 되는데
가이아를 조종한 사람이 스텔라였다는 사실에 놀란 신은 부상당한 그녀를 미네르바 함 내 의무실로 옮긴다. 탈리아는 신의 행동이 명백한 군기 위반임을 알리며 질책하는데… 곧이어 나온 검사 결과, 스텔라는 지구연합군의 강화 인간이었던 것이다.
이터널과 무사히 합류하는 데에 성공한 라크스 일행, 셔틀을 빼앗아 달아난 그녀를 향해 듀랜달 의장은 그녀가 가짜임을 주장하며 이터널을 추적할 것을 명한다. 한편, 지브릴로부터 미네르바 공격을 명령받은 네오는 오브군과 연합하여 미네르바를 격추시키기 위한 그물을 치기 시작하는데
크레타 섬 앞바다에서 다시 한번 맞닥뜨리게 된 미네르바와 지구연합군. 지리적으로 불리한 상황에 놓이게 된 미네르바는 힘겨운 싸움을 이어가는데… 궁지에 몰린 그때, 미네르바의 앞에 나타난 프리덤과 아크엔젤! 카가리는 다시 한번 오브군을 향해 정전할 것을 명령한다.
어두운 집무실, 라우 르 크루제의 환상을 향해 듀랜달은 묻는다. “정해진 숙명이 있다면 우리가 발버둥 치면서 살아가는 것이 어떠한 의미가 있지?” 그는 젊은 날, 자신을 떠난 탈리아의 뒷모습을 떠올리며 외친다. “그럼 내가 바꾸겠다. 모든 것을!”
치열했던 격전으로 인해 많은 손상을 입은 미네르바는 지브롤터를 눈앞에 두고 수리와 보급으로 인해 발이 묶이게 되는데… 같은 시각, 신은 우연히 탈리아와 군의관의 대화를 엿듣게 되고 스텔라를 몰래 탈출시키기 위한 계획을 세우기 시작한다.
스텔라를 몰래 탈출시킴으로써 심각한 군기 위반을 저지른 신과 레이. 그들은 곧바로 미네르바 함 내 감옥에 구속된다. 한편, 몸을 회복한 스텔라에게 거대한 가변 MS, 디스트로이 건담을 선사하는 네오. 디스트로이를 선봉으로 지구군의 유라시아 침공이 시작되자, 그 소식을 들은 미네르바와 아크엔젤도 곧바로 행동을 개시한다.
도시를 차례차례 궤멸시켜나가는 디스트로이, 그의 앞을 프리덤과 아크엔젤이 가로막는다. 신이 디스트로이를 향해 공격을 하려던 그 순간, 네오에게서 디스트로이를 조종하고 있는 사람이 스텔라라는 것을 듣게 되는데
차갑게 식어버린 스텔라를 품에 안고 약속을 지키지 못한 자신을 자책하며 울부짖는 신. 이윽고 고개를 든 그의 눈에는 어둡고 굳은 결의의 눈빛이 깃들어 있었다. 한편, 플랜트에서는 로고스를 향한 길버트 듀랜달의 선전 포고가 시작되는데…
듀랜달의 갑작스러운 연설로 전 세계가 격양된 가운데, 미네르바에는 플랜트 본국으로부터 프리덤과 아크엔젤에 대한 격침 명령이 떨어진다. 스텔라를 죽음에 이르게 한 프리덤을 쓰러뜨릴 수 있음에 매우 기뻐하는 신. 그와 반대로 아스란은 갑작스러운 격침 명령에 혼란을 감추지 못한다.
신의 맹공으로 프리덤이 격파되자 아스란은 큰 충격을 받고 혼란에 빠진다. 한편, 듀랜달 의장의 연설에 감명받은 사람들이 전 세계 각지에서 게릴라 행위를 개시하는 가운데, 듀랜달의 호출을 받게 된 신과 아스란. 그들의 눈앞에 최신예 MS, 데스티니와 레전드가 나타난다.
데스티니를 받고 기뻐하는 신과 달리 듀랜달 의장을 향한 아스란의 의구심은 더욱더 커져만 간다. 미아에게서 의장이 자신을 의심하고 있다는 사실을 듣게 된 아스란은 곧바로 탈주를 결심하게 되는데…
가까스로 지브롤터 기지를 탈출하는 데에 성공한 아스란과 메이린. 하지만 이내 듀랜달 의장으로부터 격추 허가가 내려지는데… 갑작스러운 명령에 당황하는 신. 아스란은 그런 신을 설득하려 하지만 그의 목소리는 레이에 의해 왜곡되고 만다.
아스란과 메이린의 탈주로 미네르바의 승무원 모두가 크게 동요하는 가운데, 듀랜달로부터 최후통첩을 받은 지구연합군은 디스트로이 5기를 앞세워 갑작스러운 전투를 시작한다. 같은 무렵, 아크엔젤에서는 아스란이 의식을 되찾고 있었는데…
헤븐즈 베이스를 완전히 제압하는 데에 성공한 자프트지만, 지브릴의 행방은 여전히 묘연한 상태. 같은 무렵, 아크엔젤에서는 ‘프리덤’이라는 강력한 힘을 잃게 된 키라가 초조함을 감추지 못한다. 한편, 과거 유전자 연구소 조사에 나선 라크스 일행은 그 안에서 ‘데스티니 플랜’이라고 적힌 한 노트를 발견하게 되는데…
지브릴이 오브의 세이란 가문에 몸담고 있었다는 사실이 밝혀지고 자프트는 이내 오브에 대한 무력 제압을 개시한다. 위기에 빠진 오브를 구하기 위해 출격을 준비하는 카가리. 그때 키사카와 에리카 시몬스가 나타나 그녀를 한 공장으로 데려가는데… 이윽고 카가리의 앞에 나타난 MS, 아카츠키. 그것은 우즈미 나라 아스하가 남긴 오브의 이념이자 힘이었다.
아크엔젤의 긴급 발진을 앞두고 네오를 석방하는 마류. 같은 무렵, 오노고로 앞바다에서는 데스티니를 막기 위한 카가리와 오브군의 치열한 전투가 계속되고 있었는데… 얽히고설킨 관계 속에서 스트라이크 프리덤과 데스티니의 대격돌이 다시 시작된다!
데스티니와 레전드의 연계 공격으로 고전을 면치 못하는 키라. 그 순간, 아스란이 인피니트 저스티스를 몰고 나타난다. 혼란스러워하는 신을 향해 아스란은 데스티니를 압도하는 힘을 보여주는데…
전 세계 미디어를 통해 듀랜달 의장에 대한 반대 성명을 발표하는 라크스 일행. 미아는 진짜 라크스가 모습을 드러낸 것에 대해 격하게 동요한다. 두 명의 라크스의 등장으로 미네르바 함 내에서도 혼란스러운 분위기가 지속되는 가운데, 다이달로스 달 기지에서는 콜로니를 이용한 거대한 빔 병기, 레퀴엠의 기동 준비가 시작되고 있었다.
레퀴엠 제1 중계점을 향해 총공격을 시작하는 자프트의 주력군. 그 가운데 다이달로스와 가장 가깝게 위치해 있던 미네르바는 단신으로 다이달로스 기지의 포 본체를 공격하라는 명령을 받는다. 두 번째 발사 준비가 완료되기까지 얼마큼의 시간이 남았는지조차 모르는 일촉즉발의 상황. 미네르바는 긴급하게 신과 레이, 루나 마리아를 출격시킨다.
지브릴의 죽음과 함께 레퀴엠의 모든 중계점을 제압한 자프트군. 한편, 월면 도시 코페르니쿠스에서 몸을 숨기고 있던 미아는 아크엔젤이 항구에 정박해 있다는 사실을 듣자 불안감을 멈추지 못하는데…
눈앞에서 미아의 죽음을 목격하게 된 키라와 라크스 일행은 큰 슬픔에 빠지고 남겨진 그녀의 가방에서 그녀의 일기가 적힌 디스크 하나를 발견한다. 한편, 전 세계를 향해 플랜트 피해자들에 대한 추도 성명을 발표한 듀랜달은 「인류 존망을 건 마지막 방위책」으로 ‘데스티니 플랜’을 도입할 것을 선언하는데…
갑작스러운 듀랜달의 ‘데스티니 플랜’ 발표에 오브와 스칸디나비아 왕국을 제외한 세계 각 국은 큰 혼란에 빠진다. 미네르바 함 내에서도 저마다 곤혹감을 감추지 못하는 가운데, 레이의 모습에 불안감을 느낀 신은 듀랜달 의장과 함께 세계를 위해 싸우겠다 결심하는데…
이터널과의 합류에 성공한 아크엔젤은 레퀴엠의 핵심, 스테이션 원을 파괴하게 위해 출격한다. 키라 일행의 행동이 평화로 가는 길을 막는 행위라며 비난하는 듀랜달. 신은 이러한 의견에 동조하는 레이에게서 약간의 위화감을 느끼면서도 증오의 사슬을 끊기 위해 그들과 다시 한번 싸울 것을 결심한다.
아크엔젤과 이터널은 레퀴엠의 파괴를 위해 메사이어를 공격하지만 거대한 빔 실드로 둘러싸인 메사이어에게는 무용지물이었다. 이대로라면 오브가 공격당할지도 모른다고 판단한 키라와 라스크. 그들에게 뒤를 맡긴 채, 아스란과 아크엔젤은 레퀴엠으로 향한다.