전 세계 주요 도시의 하늘에 갑자기 거대한 비행선들이 나타난다. 혼란에 빠진 사람들의 눈앞에 아름다운 인간의 모습을 한 외계인들의 최고 사령관 애나가 나타나 자신들을 `방문자들'이라고 소개한다. 이들은 지구인들에게 우호적인 태도를 보이며 자신들의 생존에 필요한 미네랄과 물을 제공해 준다면 자신들의 발전한 기술을 나눠 주겠노라고 제안한다. 처음에 두려워하던 사람들은 점점 이 외계인들을 세상을 구하러 온 구원자로 여기게 된다. FBI 요원인 에리카 에반스는 동료 데일과 함께 테러 조직을 수사하던 중 우연히 방문자들과 자신의 주변 사람들에 대한 무서운 진실을 접하게 된다. TV 저널리스트인 채드 데커는 애나와 인터뷰를 하게 되면서 성공 가도를 달리게 되고 신도가 거의 없는 작은 성당의 신부인 잭은 방문자들에 대해 의심을 품고 있던 중 피를 흘리며 자신을 찾아온 한 남자에 의해 진실에 가까이 다가가게 되는데...
V의 지도자인 애나는 세계 주요 국가들과 외교 조약을 체결하려고 시도한다. 그녀는 유명 TV 저널리스트인 채드 데커를 이용해 자신들에 대한 여론을 좋은 방향으로 몰고 가려 하지만 애나의 이러한 시도를 오히려 이용하기로 마음먹은 채드는 자신이 원하는 대로 방송을 이끌고 간다. 에리카는 데일의 실종과 관련한 사실들을 FBI에 숨긴 채 V에 저항할 방법을 고민하지만 이제 어느 누구도 믿을 수 없다는 사실에 불안해한다. 에리카의 아들 타일러는 V의 평화 대사로 임명된 후 아름다운 외계인 리사 때문에 설레는 시간들을 보낸다. 잭 신부는 무서운 진실을 접한 후, 옳은 일을 해야 한다는 의무감과 두려움 사이에서 갈등한다. 라이언은 다친 상처를 치료하기 위해 옛 동료 안젤로를 만나러 가지만 이미 아무도 믿지 않게 된 안젤로는 라이언에게 애인을 사랑한다면 그녀에게서 떨어지라고 경고하는데...
미국과 V와 외교 관계를 맺게 되면서 방문자들에 대한 비자 발급이 허용된다. 애나를 시작으로 많은 방문자들이 미국에 자유롭게 왕래할 수 있게 되자 미국 내에는 새로운 변화에 대한 흥분과 함께 격렬한 반발 여론이 함께 일어난다. V들을 죽이겠다는 협박 전화가 FBI에 걸려 오자 에리카는 V를 보호하는 임무를 맡게 되고 그 과정에서 V들의 신뢰를 얻는 한편 출입이 제한된 구역에 몰래 발을 들이게 된다. 잭은 애나가 입수한 목록을 검토하던 중 창고에서 모임을 주도하던 조지의 이름을 발견하고 그를 찾아가지만 그의 집에는 아무도 없고 이웃으로부터 그의 가족들이 전부 살해됐다는 얘기를 전해 듣는다. 라이언은 저항군을 조직하기 위해 옛 동료인 사이러스를 찾아가지만 그에게서 이상한 낌새를 느끼고 타일러는 자신이 평화 대사로 복직됐다는 소식을 전하기 위해 직접 찾아온 리사에게 더욱 깊은 감정을 느낀다.
애나는 자신들이 개발한 강력한 비타민 보충 주사를 사람들에게 보급하겠다고 발표한다. 라이언과 조지, 잭, 에리카는 애나가 그 주사약에 뭔가를 넣었으리라 추측하고 V 과학자 명단을 조사해 한 화학과 교수로 일하고 있는 V를 덮치기로 한다. 라이언의 애인인 발레리는 계속해서 피로를 느끼자 V 치료 센터를 찾아가고 그곳에서 검사를 받은 후 뜻밖의 결과를 전해 듣게 된다. 한편 데일이 비행선 내부 의료실에서 살해당한 것을 안 애나는 의료진들을 전부 불러 범인이 자백하지 않으면 죄가 없는 자를 잡아서 죽이겠다고 말한다. 애나는 리사에게 타일러를 비행선으로 데려오라고 말하고 TV에서만 보던 애나를 직접 만난 타일러는 그녀의 친절함과 비행선 내의 첨단 시설들에 마음을 빼앗기는데...
누군가의 습격으로 치명상을 입은 잭은 트래비스 신부에 의해 V 치료 센터로 옮겨지는데.. 그곳에서 V들이 자신에게 R6 주사를 놓으려 하는 것을 보고 경악한다. 라이언은 임신한 발레리가 이상할 정도로 강한 식욕을 보이자 불안을 느끼지만 차마 사실을 말하지는 못한다. 타일러가 V 비행선에 초대를 받아 간 사실을 알게 된 에리카는 불안감에 더욱 절박해지고... 창고 폭파 사건의 범인으로 V들이 카일 홉스라는 테러리스트를 지목하자 라이언과 에리카는 그를 저항군에 끌어들이기로 결심한다. 한편 저항군 세력에 위협을 느낀 애나는 군대를 키우기로 마음 먹고 각 비행선에서 가장 우수한 남성들을 선발해 불러들이는데...
애나는 인간들이 비행선 위에서 V들과 함께 생활할 수 있게 하는 프로그램의 시행을 발표한다. 에리카는 타일러가 이 프로그램에 참여하지 못하도록 하기 위해 이혼한 남편을 찾아가 타일러를 맡아 줄 것을 부탁한다. 라이언은 발레리가 임신 때문에 생명이 위험해질지도 모른다는 사실을 알게 된 후 자청해서 V 비행선에 침투해 곳곳에 흩어진 제5군단들을 소집하고 동시에 발레리의 치료약도 훔쳐 오기로 결심한다. 한편 애나는 비행선에 타고 있는 모두에게 감정 반응 테스트를 실시하여 인간의 감정을 느끼는 제5군단을 모두 가려낼 것을 지시하고 성공적으로 비행선에 침투한 라이언이 이 검사를 받게 되는데...
라이언 대신 V들에게 생포된 조지는 견뎌 내기 힘든 모진 고문을 당한다. 에리카, 라이언, 잭, 카일은 비행선에 탑승하고 있는 조슈아와 연락을 취해 조지를 구해내기 위해 존 메이가 사용했던 통신 장비를 찾아나선다. 라이언의 안내에 따라 존 메이가 살던 집을 찾아간 이들은 그곳에서 존 메이의 양아들인 제임스와 그의 여자친구를 만난다. 그리고 라이언은 제임스 앞에서 존 메이에 대해 오랫동안 숨겨 온 비밀을 털어놓는데... 타일러의 아버지 집을 찾아온 리사는 타일러에게 그들의 가족이 오랫동안 숨겨 왔던 비밀을 암시한다. 애나는 비행선 거주 프로그램을 본격적으로 궤도에 올리고 선발된 참가자들을 인터뷰하던 채드는 이들에게서 수상쩍은 공통점을 발견한다.
애나는 세계 각국의 정상들이 모이는 포럼에 채드와 함께 참석해.. 자신들이 보유한 에너지 기술을 발표하려고 하고 채드는 그녀의 의도를 의심한다. 라이언의 가짜 여권들을 발견한 발레리는 화를 내며 집을 나가고 라이언은 불안함에 사방으로 그녀를 찾아다닌다. 한편 또 다시 제5군단 멤버 3명이 시체로 발견된다. 에리카와 홉스는 그 현장에서 간신히 살아남은 한 명의 제5군단을 미끼로 삼아 V를 생포할 계획을 세운다. 타일러는 부모에 대한 배신감에 리사를 찾아가 비행선 거주 프로그램에 참여하고 싶다고 말하고 두 사람은 점점 더 가까워진다.
에리카는 제5군단 멤버를 죽인 인간을 잡아 제5군단의 이름과 주소가 든 하드드라이브의.. 행방을 묻지만 그는 오히려 제5군단에 대한 강한 반감을 드러내며 V들을 옹호한다. 카일은 그를 고문해서라도 원하는 정보를 얻어내려 하고 잭은 그런 그를 만류한다. V 치료 센터에서 발레리를 데리고 도망친 라이언은 아기를 지키기 위해 은신처를 찾아나선다. 애나는 인간과 V의 혼혈 아기가 임신됐다는 소식을 듣고 V 전사를 내려보내 반드시 라이언과 발레리를 생포해 오라고 명령하고 비행선 거주 프로그램의 실행에 더욱더 박차를 가한다. 한편 채드는 V 의료진들에게 수술을 받은 뒤 애나에게 갑자기 협조적인 태도를 보이는데...
에리카, 라이언, 잭, 홉스는 애나가 자신들을 찾기 위해 V 수색자들을 태운 셔틀을 보낸다는.. 소식을 조슈아를 통해 입수한 뒤 셔틀이 지상에 도착하기 전에 공중에서 가까스로 격추시킨다. 그러나 잔해 속에서 V가 아닌 인간의 시체들이 발견되자 모두 경악을 금치 못하고 곧 이 사건으로 인해 제5군단에 대한 전 세계적인 비난 여론이 일어나자 이 모든 것이 애나의 의도였다는 것을 알게 된다. 타일러는 셔틀 추락 소식을 듣고 리사를 지켜야 한다는 생각에 애나에게 달려가 비행선 거주 프로그램에 참가하겠다고 말하지만 점점 타일러에 대해 인간적인 감정을 느끼기 시작한 리사는 그가 위험에 빠지는 것을 막기로 결심한다.
애나는 리사에게 일부러 상처를 입힌 뒤 제5군단에게 테러를 당했다고 발표해.. 대중의 분노를 이끌어 내려 한다. 리사는 자신을 폭행한 용의자로 두 명의 남성을 지목하는데 카일은 그중에 또 다시 자신이 포함되어 있음을 알고 먼저 행동에 나서지 않으면 위험하다는 것을 직감한다. 에리카는 조슈아로부터 리사를 잔인하게 폭행한 것이 그녀의 어머니인 애나라는 사실을 전해 듣고 경악한다. 라이언과 잭, 에리카는 카일 외의 또 다른 용의자인 로렌스 파커를 찾아내고 과학자인 그가 V와 관련된 중대한 연구를 진행하고 있었음을 알게 된다. 애나가 이 테러 사건으로 인해 지구를 떠나겠다고 발표하자 전 세계적인 성토가 이어지고 그 결과 FBI는 V와 협조하여 제5군단을 소탕할 것을 애나에게 약속하는데...
타일러와 함께 애나로부터 저녁 식사 초대를 받은 에리카는 그 기회에 비행선 안에.. 있는 애나의 알들을 모두 없애 버릴 계획을 세우고 조슈아에게 연락을 취한다. 발레리는 출산 직전에 V들에게 발각되어 납치되고 이성을 잃은 라이언은 무작정 비행선으로 올라가 애나를 찾는다. 자신들의 계획을 도와달라는 조슈아의 요청에 리사는 어머니를 배신할 수 없다며 거절하지만 타일러를 위한 일이라는 말에 마음이 자꾸 흔들린다. 잭은 조슈아에게 보내는 메시지를 채드를 통해 전하려 하지만 채드는 그 메시지를 그대로 애나에게 전달하는데...
애나로부터 아무 설명도 없이 붉은 하늘이 지구를 뒤덮고 붉은 비가 내리자. 사람들은 방문자들에 대한 분노와 불안에 휩싸인다. 에리카는 타일러의 부상을 핑계로 모선으로 올라가 애나에게 설명을 요구하고 애나는 붉은 하늘 또한 지구인들에 대한 호의적인 선물이라고 발표해 사람들을 안심시킨다. 애나는 끝까지 자신에게 굴복하지 않는 라이언을 지상으로 돌려보내지만 나중에 라이언을 이용하기 위해 그의 딸은 계속 모선에 잡아 두라고 명령한다. 한편 애나에게 이용당했다는 사실을 알게 된 채드는 제5군단에 합류하기로 결심하는데...
애나는 인간의 감정에 관한 비밀을 알아내기 위해15년 동안 지하에 가둬 뒀던 자신의 어머니 다이애나를 찾아간다. 에리카는 타일러를 임신했을 당시 자신이 V의 실험 대상이 되었을지도 모른다는 생각에 새롭게 제5군단에 합류한 과학자 시드에게 자신과 타일러의 혈액을 분석해 달라고 부탁한다. V의 시설에 국제적으로 테러가 발생해 무고한 사람들이 희생을 당하자 에리카는 어떻게든 그들을 막아야 한다고 생각하지만 홉스와 라이언은 오히려 그들을 제5군단에 끌어들여 그들이 가진 무기와 네트워크를 이용하자고 주장한다.
에리카는 채드가 알려 준 정보를 통해 자신의 파트너였던 말릭이 방문자라는 사실을 알게 된다. 제5군단은 말릭을 고문해서라도 그녀가 맡은 임무를 알아내려고 한다. 말릭이 납치된 것을 알게 된 애나는 라이언의 딸을 인질로 잡고 라이언에게 말릭의 납치범을 알아내라고 지시한다. 한편 리사는 자신의 몸이 서서히 변화하고 있다는 것을 알게 되자 두려움을 느끼고 애나는 그런 리사가 인간의 감정에 사로잡힌 것이 아닌지 시험하려 한다. 애나는 채드를 이용해 잭 랜드리 신부를 몰락시키려고 계획하지만 이미 제5군단에 합류한 채드는 애나에 관한 정보를 계속 신부에게 알린다.
V 평화 대사 세 명이 거꾸로 매달린 시체로 발견된다. 타일러는 함께 일하던 친구들의 죽음 앞에 큰 충격과 분노를 느낀다. 말릭이 실종된 후 에리카에게는 뉴욕에서 온 새 파트너가 배정되는데 파트너는 다름 아닌 에리카의 아카데미 시절 친구인 크리스 볼링. 에리카는 크리스가 수사에 열의를 보이며 잭을 수상한 인물로 지목하자 불안해한다. 잭을 비롯해 V에 대한 반대 의사를 표명하는 종교 지도자들이 늘어나자 애나는 직접 바티칸으로 가 추기경단을 설득하려 하고 제5군단은 무고한 이들을 마구 죽이고 있는 일라이 콘의 활동을 막기 위해 잭을 미끼로 써서 그를 찾아낼 계획을 세운다.
애나는 '콘코르디아'라는 이름의 새로운 도시 계획을 발표하여..인간들에게 또 다시 장밋빛 미래를 열어 주겠다고 약속한다. 그리고 이 계획을 공식적으로 발표하는 큰 행사를 열기로 결정한다. 애나는 전남편인 조를 만나 V들의 음모와 그들이 타일러에게 한 짓을 설명하고 타일러를 설득하기 위해 다시 돌아와 달라고 부탁한다. 일라이 콘은 애나가 여는 행사의 경호를 에리카가 담당하게 되자 애나를 죽일 수 있는 절호의 기회라고 설득한다. 결국 에리카와 나머지 팀원들은 일라이 콘과 손을 잡고 한 번뿐인 기회를 놓치지 않기 위해 철저한 계획을 세우는데...
제5군단에 대한 복수심에 가득찬 애나는 라이언을 불러 딸의 모습을..보여 주며 일라이 콘을 죽이라고 협박한다. 하지만 라이언은 오히려 일라이 콘에게 붙잡히는 신세가 되고 제5군단은 배신의 대가로 그를 죽이기로 결정한다. 한편 V의 제보로 일라이 콘의 위치를 알게 된 FBI가 현장에 출동하자 일라이와 함께 있던 에리카는 인질로 잡힌 척한다. TV를 통해 에리카가 잡혀 있는 모습이 생중계되고 잭과 에리카의 전남편 조도 현장으로 달려오자 애나는 모두를 한꺼번에 죽이기 위해 음모를 꾸미는데...
타일러는 마음에 큰 상처를 입고 에리카와 연락을 끊은 채 V의 비행선으로.. 올라가 파일럿이 되기로 결심한다. 애나는 타일러의 몸 상태가 자신의 계획에 잘 들어맞지 않을 경우를 대비해 리사에게 다른 남자를 만나 관계를 맺으라고 강요하고 이미 타일러를 사랑하게 된 리사는 심한 마음의 갈등을 겪는다. 에리카는 일라이의 뒤를 이어 제5군단의 지도자가 되고 전 세계에 흩어져 있던 다른 제5군단들과 접촉을 시도한다. 그리고 애나가 지구에 온 목적을 알기 위해 오래전 타일러를 임신했을 때 자신을 담당했던 의사를 찾아 홍콩으로 갔다가 그곳에서 놀라운 사실을 알게 된다.
애나의 의도를 알게 된 에리카는 공격을 준비한다. 근처 연구소에서.. 독감 바이러스를 빼낸 뒤 DAN의 생식 기능을 파괴하는 역할을 하도록 조작하여 비행선에 올라가게 될 인간들에게 주입함으로써 애나가 수집하고 있던 모든 DNA를 망치는 것이 그녀의 계획. 한편 일라이 콘의 죽음으로 제5군단에 대한 경계를 늦추고 있던 애나는 자신들이 번식에 이용하려고 계획하고 있던 남자아이들이 얼굴에서 피를 쏟으며 이유 없이 죽어 가자 다른 대책을 강구하기 시작한다.
애나는 최초의 블루 에너지 반응기를 가동하기로 결정한다. 블루 에너지를 연구하던 시드는 그 반응기가 창출하는 어마어마한 전력량을 계산한 뒤 이것이 침략을 위한 도구라는 사실을 알아챈다. 에리카와 제5군단은 이 반응기를 공격해 건설 자체를 막으려는 계획을 세우지만 리사로부터 이 소식을 전해 들은 다이애나는 이 계획을 반드시 막아야 한다고 말한다. 한편 애나는 인간의 감정을 통제하려는 계획이 쉽지 않자 V에게만 내리던 축복을 인간에게도 시도한다. 그러나 처음으로 인간에게 축복을 주던 애나는 갑자기 눈에서 피를 흘리며 힘겨워하는데...
애나 이전의 여왕인 다이애나가 지구인과 손을 잡고 애나의 딸인 리사와 함께 애나를 암살할 계획을 실행으로 옮기면서 지구인의 승리가 눈 앞에 보였으나, 애나는 지구인을 철저하게 패배시킨다. 그리고 반란을 꾀하던 자신의 어머니인 다이애나 여왕을 모든 외계인 앞에서 죽이고 딸인 리사를 감옥에 넣어 진압하게 된다. 이 모든 것은 철저하게 계획을 한 애나의 완벽한 승리였다.