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"군집 속에 섞여 인간을 사냥하고 그 죽은 고기를 먹는 괴인. 우리들은 그들을... 구울이라 부른다." 갑작스런 사고로 죽을 고비를 맞은 주인공이 이식을 받아 특별한 존재가 되어 구울 사이에서 방황하는데...
사람들 속에 숨어들어서 사람을 잡아먹고 사는 '구울'들이 창궐하고 있는 도쿄에선 하루가 멀다 하고 이른바 구울에 의한 '인간 포식' 사건이 발생한다. 대학생 카네키는 늘 차를 마시며 독서를 즐기는 단골 카페 '안테이크'에서 자신의 이상형인 리제를 발견하고는 더욱 자주 안테이크를 찾는다. 그러던 어느 날 두 사람은 서로 나이도 같고 독서 취향도 비슷하다는 사실을 알게 되어 급속도로 가까워진다. 그런데 자기 집 근처에서 구울에 의한 포식 사건이 발생했다며 리제가 두려움에 떨자 리제를 집까지 바래다주던 카네키는 끔찍한 봉변을 당하는데...
사람 고기를 먹고 싶은 극심한 충동을 이 악물고 참아내고 있던 카네키의 입속에 토우카가 사람 고기를 강제로 우겨넣는다. 그 순간 카네키는 자신의 몸속에 이식된 구울의 세포들이 눈을 떠서 구울의 본능이 솟아나는 걸 느낀다. 하지만 카네키는 필사적으로 저항을 하며 고기를 뱉어 내고는 '나는 인간'이라며 '너희 같은 괴물과는 다르다'며 절규한다. 하지만 점점 더 구울처럼 변해 가는 자신을 바라보면서 카네키는 깊은 절망감에 빠지는데...
의사 생활을 하며 인간들 속에서 숨어 살던 구울인 후에구치의 병원으로 수수께끼의 남자가 들이닥쳐서는 후에구치를 습격한다. 후에구치가 만들어 줬던 뭔가를 잃어버렸다면서 다시 만들어 달라며 으름장을 놓고는 사라진다. 신변의 위협을 느꼈는지 후에구치는 아내인 료코와 딸 히나미를 안테이크로 피신시킨다. 한편 자신의 정체성 때문에 방황하던 카네키는 안테이크에 들어가서 커피 내리는 법을 배우며 마음의 안정을 점점 되찾아 간다. 그러던 어느 날 갑자기 점장이 구울들의 식량을 조달해 오라는 심부름을 시키자 카네키의 얼굴이 사색이 되는데...
인간을 막무가내로 포식하는 게 아니라 특정 부위만의 깊은 맛을 즐기는 미식가 구울인 츠키야마가 안테이크로 찾아온다. 20구의 골칫덩이로 알려진 츠키야마를 탐탁지 않게 여기는 토오카가 쌀쌀맞게 대하자 츠키야마는 특유의 넉살을 떨며 지분거린다. 그런데 카네키를 발견한 츠키야마는 카네키한테서 풍겨 나오는 인간의 냄새를 맡고는 식욕이 발동해서 카네키를 유인해 내려 하는데…
토오카가 몸이 아파서 일하러 나오지 못했다며 점장이 문병을 가라고 등을 떠밀자 마지못해 문병을 가는 카네키. 그런데 막상 가서 보니 토오카는 생각보다 멀쩡하고, 그냥 과식을 해서 그런 것뿐이라며 아무렇지도 않게 말한다. 순간 인간의 음식을 억지로 먹은 거라는 걸 직감하는 카네키는 묘한 기분이 든다. 한편 카네키를 혼자서 독식하기 위해 일단 카네키를 살려 줬던 츠키야마는 어떻게 하면 카네키를 더욱 맛있게 먹을 수 있을지 머리를 싸매며 고민에 고민을 거듭한다. 그러다가 번뜩 아주 변태스러운 방법을 떠올리는데...
카네키의 살점을 먹고 기운을 차린 토오카가 파상공세를 펼치자 전세는 삽시간에 뒤바뀌어 버린다. 기세를 완전히 뺏겨 버린 츠키야마는 기력을 회복하기 위해 키미의 살점을 먹으려고 한다. 쓰러져 있던 니시오가 마지막 힘을 짜내서 막아서자 츠키야마는 니시오를 무참하게 짓밟아 버린다. 그 틈을 타서 토오카가 마지막 일격을 가하자 마침내 츠키야마는 맥없이 쓰러지고 만다. 그런데 토오카는 자신들이 구울이라는 사실을 아는 키미를 죽이려고 하는데…
료코는 히나미만이라도 살리려고 호통을 쳐서 히나미를 쫓아 보내고 혼자서 구울 수사관들을 상대하기 위해 카구네를 펼친다. 하지만 싸움에 익숙하지 않은 료코에게 카구네는 있으나 마나 한 수준이라 베테랑 마도에게는 전혀 위협이 되지 않는다. 한편 히나미는 어떻게든 엄마를 구하기 위해 언니, 오빠들을 부르러 죽을힘을 다해 달리지만 수많은 인파에 밀려 넘어지고 만다. 그런데 그때 마침 시내로 나온 카네키가 길바닥에 넘어져 있는 히나미를 발견하는데…
혼자서 히나미의 복수를 하기 위한 모든 준비를 끝낸 토오카. 카네키는 그런 토오카를 돕고 싶어 하지만 토오카는 매몰차게 거절한다. 한편 토오카가 자신을 유인하려 한다는 사실을 간파한 마도는 히나미를 이용해서 되레 함정을 파 놓고 기다린다. 그런 사실을 까맣게 모른 채로 사라진 히나미를 찾으러 나간 두 사람은 사방을 뒤져 봐도 히나미의 행방을 찾을 수가 없다. 그런데 그 순간 어디선가 히나미의 비명 소리가 들려오는데…
리제에게 순간적으로 정신을 지배당했던 카네키는 리제에 대해서 좀 더 알아보기 위해 정보통인 이토리를 찾아간다. 하지만 이토리 역시 리제에 관해선 별로 아는 게 없다면서, 리제가 20구에 오기 전에 11구에 있었다는 건 확실하므로 11구를 찾아가 보라고 한다. 한편, CCG는 마침내 본격적인 구울 소탕 작전에 돌입하기 위해 11구와 20구의 구울 수사관 증원을 결정하고, 아몬이 맡고 있던 20구는 다른 두 명의 수사관에게 맡기고 아몬을 특별 대책반으로 배속시키는데...
벽오동 나무'라는 이름의 구울 집단이 11구를 습격해서 CCG 지부가 쑥대밭이 되고 구울 수사관이 모조리 살해당하는 사태가 발생한다. 습성상 혼자서 움직이기 좋아하는 구울들이 대규모의 세를 규합해서 조직적으로 활동하기 시작했다는 걸 파악하고 선수를 치려고 했던 CCG로서는 불의의 기습을 당한 것이었다. 한편, 리제를 쫓아서 안테이크로 온 반조는 리제가 없다는 사실을 알고는 혹시 리제를 만나거든 벽오동 나무가 리제를 찾고 있으니 멀리 도망가라고 전해 달라며 신신당부를 한다. 그런데 바로 그때 토오카의 남동생 아야카와 제이슨이 연달아 들이닥치는데...
토오카는 카네키를 잡아먹으려 했던 미식가 구울 츠키야마의 가담을 결사적으로 반대하지만 점장은 츠키야마가 있으면 카네키를 구출해 낼 확률이 더 높아진다며 토오카의 반대를 일축한다. 요모 또한 츠키야마가 딴마음을 먹지 않는지 철저히 감시하겠다며 토오카를 안심시킨다. 그리하여 안테이크 멤버들은 구울 소탕을 위한 CCG의 11구 총공격 작전을 틈타서 카네키를 구출하기로 하고 11구로 출발한다. 한편 주변 주민들을 모두 대피시킨 후 공격 명령만을 기다리고 있는 CCG 및 경찰 병력들과 11구의 구울들 사이엔 폭풍전야의 정적이 감도는데...
야모리의 고문이 갈수록 악독해지자 견디다 못한 카네키는 제발 죽여 달라고 애원을 한다. 하지만 그 정도로도 성이 안 찬 야모리는 틈을 봐서 카네키를 구해 주려는 생각을 하고 있던 슈와 하루를 끌고 온다. 그리고는 서로 사랑하는 사이인 두 사람 중에 누구를 죽일지를 택하라고 말한다. 하지만 너무도 여리고 착한 심성을 타고난 카네키는 차라리 자기를 죽이라며 어느 쪽도 택하지 않고 버티는데…
벽오동 나무를 몰아내기 위해 11구로 몰려든 CCG. 하지만 외눈박이 올빼미가 출현하면서 CCG 요원들은 공격에 애를 먹고 벽오동 나무 소탕 작전은 조금의 진전도 보이지 못한다. 같은 시간 카네키를 구하기 위해 잠입했다 동생의 공격에 허무하게 쓰러져 버린 토오카. 그런 그녀에게 도움의 손을 뻗은 건 놀랍게도 벽오동 나무에 잡혀간 카네키였는데…
11구에서의 전투가 막을 내린 후, CCG 내부의 인사 이동과 함께 아몬에게 새로운 파트너가 들어온다. 안테이큰 역시 가게를 다시 점검하며 새로운 한 발을 내딛기 위한 준비에 들어간다. 한편 벽오동 나무의 일원이 된 카네키는 11구에 이어 9구와 10구를 점령해 나가고. 한 곳을 모인 벽오동의 일원들은 새로운 사건을 일으킬 준비를 한다.
카네키는 벽오동 나무와 함께 코쿠리아에 수송 중인 나키를 구출해내는 데 성공하고. 이 사건은 뉴스를 통해 토오카와 히나미의 귀에 들어간다. 카미이 대학 수험을 준비하던 토오카는 우연한 기회에 카미이 대학을 구경가게 되고, 그곳에 붙어있는 카네키의 실종 포스터를 보며 안타까운 마음을 감추지 못 한다. 한편 히데는 아르바이트를 통해 CCG에 출입하며 카네키에 대한 정보를 캐내지만. 아키라의 눈에 걸리며 그녀의 의심을 사게 된다.
올빼미에 관한 정보를 알아내기 위해 코쿠리아로 향한 아몬 코타로. 아몬이 코쿠리아에서 만난 구울은 과거 자신의 양아버지였던 도나토 포루포라였다. 그에게서 아무 것도 얻지 못한 채 돌아 나오는 아몬과 아키라. 하지만 두 사람이 코쿠리아를 뜨기 전에 벽오동의 습격이 시작되고. 두 사람은 코쿠리아에 고립된 체 구울과의 싸움을 시작한다.
과거 주조와 함께 공부했던 쿠로나와 나시로. 적으로 다시 만난 세 사람은 서로를 해치우기 위한 싸움을 시작하지만 그 결과는 주조의 완승으로 끝나버린다. 한편 아야토를 쓰러뜨린 시노하라의 앞에 나타난 카네키. 이성을 잃은 카네키는 무서운 속도로 시노하라를 해치우지만 이후 아몬에게 처절하게 당하고. 쓰러진 카네키를 바라보는 아몬의 앞에 외눈박이 올빼미가 모습을 드러낸다.
벽오동의 코쿠리아 습격 이후 평화를 찾은 23구. 카네키에게 공격 당했던 시노하라는 무사히 목숨을 구하게 되고, 치료 끝에 병원을 퇴원한다. 한편 술자리를 통해 숨겨진 아키라의 본심을 듣게 된 아몬은 선배인 마도가 소중히 여겼던 그 딸을 어떻게든 지켜 주기로 결심한다. 그리고 마침내 결전의 시간이 다가오고. 올빼미를 사냥하기 위한 CCG의 움직임이 시작된다.
카네키와 토오카에 대해 남몰래 걱정해 오던 히나미는 츠키야마와 들른 찻집에서 소설가인 타카츠키와 마주친다. 타카츠키에게 자신의 고민을 털어놓는 히나미. 그러나 그녀에게서 돌아온 대답은 자신이 카네키에게 아무런 도움이 되지 않는다는 것이었다. 한편 점장과 만나기 위해 안테이크에 돌아온 카네키. 소식을 들은 토오카는 어렵사리 카네키와 만나는 데 성공하지만, 그녀의 입에선 카네키에 대한 그리움의 말이 아닌 원망의 말만이 튀어나온다.
점장을 찾아와 외눈박이 올빼미에 대한 진실을 묻는 카네키. 요시무라 점장은 자신의 과거 이야기를 밝히며 외눈박이 올빼미가 자신의 자식임을 알린다. 한편 시노하라가 안테이크를 방문한 이후 CCG 수사원들이 안테이크의 점원들 뒤를 밟기 시작하고. 안테이크에 다가올 어두운 미래를 감지한 요시무라 점장은 서서히 안테이크의 마지막을 준비한다.
드디어 시작된 CCG의 공격. 하지만 안테이크의 입구에는 마귀 원숭이와 흑견이 그들을 기다리고 있었다. 한편 CCG의 공격 소식을 알게 된 토오카는 모두를 잃을 두려움에 안테이크로 달려가고. 카네키는 니시키와 츠키야마의 만류에도 안테이크의 싸움에 힘이 되겠다며 싸움에 참전하기로 결정한다.
점장님과 함께 CCG와 맞서기로 한 코마와 이리미지만 불리한 상황에서의 싸움은 두 사람을 죽음의 문턱까지 몰고 간다. 하지만 그 순간 나타난 카네키는 둘을 무사히 구해내고, 상대 CCG들을 무력화시켜 버린다. 한편 요시무라 점장과의 싸움을 이어나가던 시노하라와 이와는 주조 및 다른 요원들과 함께 협공을 이어나가고, 점장은 수적인 열세에 밀려 힘없이 쓰러진다.
카네키의 앞을 막아선 아몬. 끈질긴 인연으로 연결된 두 사람은 한 발짝도 물러설 수 없는 최후의 싸움에 돌입하고. 막상막하의 힘을 가진 두 사람은 결국 너나 할 것 없이 커다란 부상을 입고 쓰러져 버린다. 한편 새롭게 나타난 또 다른 올빼미에게 손 하나 써 보지 못하고 당해버리는 CCG 요원들. 결국 CCG에서는 비장의 카드인 아리마를 내보내고. 아리마의 등장과 함께 상황은 한번에 급 반전되는데.
안테이크에서 다시 마주한 카네키와 히데. 진작에 카네키의 정체를 눈치챘던 히데는 다시 돌아가자며 카네키를 회유하지만 전투에서 입은 부상을 견디지 못하고 결국 카네키의 앞에서 쓰러지고 만다. 한편 안테이크를 향하던 토우카의 눈 앞에는 화마에 휩싸인 안테이크만이 그녀를 반기고, 절망한 토우카의 앞에 나타난 요모는 점장이 자신에게 했던 마지막 부탁에 대해 털어놓는다.
인간의 모습이지만 구울의 능력을 가진 멤버들이 모인 쿠인쿠스반. CCG(구울대책국)에서는 각 반별로 '토르소'라는 코드네임으로 불리는 A레이트 구울 체포에 혈안이 돼 있는 와중에, 쿠인쿠스반 멤버들도 각자 자신의 목표를 위해 토르소 체포에 적극 뛰어든다.
오로치의 강력한 힘에 고전을 면치 못하는 하이세. 간신히 오로치의 카구네를 날려 버리지만, 금방 다시 재생되어 꼼짝없이 반격당한다. 하이세의 패배가 점쳐지던 그때, 내면의 소리에 이끌려 일어선 하이세는 지금까지와는 전혀 다른 눈빛의 딴 사람으로 변해 있는데...
CCG에서 열린 수사 회의에서 넛 크래커가 빅마담이라 불리는 SS레이트 구울과 관련이 있다는 사실이 대두되면서, 하이세반과 구울 대책 2과와의 협력 수사가 논의된다. 그 후, 도나토 포르포라를 만나러 간 하이세는 도나토로부터 자신의 기억에 관한 질문을 받는데...
낯선 곳에서 눈을 뜬 무츠키는, 자신이 잠입 수사를 위해 넛 크래커의 차에 탔다가 정신을 잃은 사실을 기억해 낸다. 그리고, 드디어 시작된 옥션. 빅마담을 비롯한 다수의 구울이 지켜보는 가운데 무츠키가 옥션 상품으로 무대에 끌려 나온다.
큰 부상을 입은 무츠키는 몸속 구울의 힘으로 간신히 걸을 수 있을 정도로 회복한다. 그때 카나에가 나타나 카구네로 다시 공격하지만 하이세의 도움으로 간신히 위기에서 벗어난다. 하이세의 냄새를 맡고 뭔가를 알아차린 카나에는 소리를 지르는데...
넛 크래커를 상대로 고전하던 시라즈는 사이코의 힘을 빌리려 하지만, 자신의 힘을 불신하는 사이코는 선뜻 나서지 못한다. 한편, 오울이라 불리는 반 구울인 타키자와는 카노 교수의 최고 걸작이라 불렸던 하이세를 죽이고 자신이 1등이라는 걸 증명해 보이려 하는데...
쿠인쿠스반은 넛 크래커를 구축하고, 빅마담을 구축한 스즈야반을 서포트하는 등 옥션 습격 작전에서 혁혁한 공을 세워 모두가 특진한다. 하이세는 아리마와 마도를 집으로 초대해 승진 기념 파티를 여는데...
츠키야마 슈는 카구네 제어가 불가능한 상태에 빠져 버리고, 미루모와 카나에는 슈에 대한 걱정으로 불안해한다. 한편, 하이세반은 최근 빈번히 출몰하고 있는 구울 집단에 의한 대량 유괴 사건을 논의한다.
사사키 하이세라는 이름의 구울 수사관이 치명상을 입고 기억을 잃은 카네키 켄이라는 사실을 안 츠키야마 슈는, 당장에라도 카네키를 만나러 가려고 한다. 한편, 시라즈 등 반원들을 이끌고 우타의 가게에 온 하이세는 구울로 위장하자고 제안하는데...
결정적인 순간에 쿠인케를 쓰지 못한 시라즈는 멤버들에게 미안한 마음에 위축되지만, 하야시무라 상등 수사관의 조언으로 마음을 다잡는다. 한편, 하이세를 비롯한 쿠인케반과 키지마 준특등, S1반 우이 특등 등은 로제와 아오기리의 단서를 포착하기 위한 회의를 연다.
하이세는 우이 코오리의 지시로 홀로 옥상으로 향한다. 그곳에서 츠키야마 슈를 발견하고 투항을 권하지만, 이를 거절한 슈와 결투를 벌인다. 한편, 슈를 지키기 위해 이헤이 하이루와 힘겨운 싸움을 벌이던 마츠마에는 혼신의 힘으로 일격을 가하는데...
시라즈는 지친 우리에와 사이코를 구하기 위해 몸속의 카쿠호를 폭주시켜 노로를 빈사 상태로 만들지만, 이 과정에서 치명상을 입고 만다. 한편, 카나에와 대결에서 일방적으로 얻어맞던 하이세는 드디어 각성하여 기억을 되찾는데...
츠키야마 가 섬멸전 이후 아오기리 나무 정벌에 전력을 쏟는 CCG는, ‘척안의 왕’ 토벌을 최우선 과제로 삼고 아오기리 나무의 근거지인 루시마 상륙에 나선다. 한편, 유명 소설가인 타카츠키 센은 신작 발표에서 자신이 구울임을 공표한다.
코쿠리아에 수감된 구울 소녀 후에구치 히나미를 구하기 위해, 카네키는 모든 것을 잃을 각오로 구출에 나선다. 같은 시각, 아오기리 나무 구성원인 아야토와 반죠도 코쿠리아를 급습하지만, 그들 앞에 CCG 최강 수사원인 아리마 키쇼가 그들을 막아선다.
루시마 각지에서 CCG와 구울의 사투가 계속된다. 구울 수사관 아바라 한베는 자신의 상사인 쥬조에게 원한을 가진 구울 야스히사 쿠로나와 조우하고, 압도적인 힘에 밀려 위험에 처한다.
순직한 줄 알았던 동료 타키자와와, 상사였던 아몬 코타로와 예기치 않은 재회를 하게 된 아키라. 하지만, 두 사람은 실험체가 되어 몸에 카쿠호를 이식받은 반구울이었다. 혼란에 빠진 아키라를 구하기 위해 우키에 쿠키가 이끄는 쿠인쿠스반이 도착한다.
카네키는 인간과 구울이 서로 이해할 수 있는 세계를 만들 거라며, 척안의 왕을 필두로 하는 대 인간 조직 ‘검은 산양’의 발족을 선언한다. 한편, 타키자와를 대신해 카구네를 맞고 큰 부상을 입었던 아키라는, 치료 후 간신히 의식을 회복한다.
와슈 츠네요시의 추천으로 차기 국장이 된 후루타는 스즈야 쥬조에게 새로운 아리마 키쇼가 되어 CCG 본국을 지키라고 명한다. 한편, 2구에서 피에로 마스크의 대규모 습격에 맞서던 우리에는 도나토 포르포라와의 전투에서 각성하고 만다.
카페로 찾아온 무츠키는 카네키에게 돌아와 달라고 부탁하지만, 카네키는 이를 거절한다. 실망한 무츠키는 쿠인케를 휘둘러 카네키의 뺨을 베고 토우카와 전투를 벌이다 카네키와 토우카가 도망치자 죽여버리겠다고 포효한다.
후루타 국장의 지시로 구울 뿐만 아니라 그들과 접점이 있는 민간인들까지 탄압을 받게 된다. 우리에와 베테랑 수사관 쿠로이와 이와오는 후루타의 폭주를 막기 위해 사문을 하기로 하고 국장실로 진입하는데…
도쿄에 인간도 구울도 본 적이 없는 거대한 괴물 ‘용’이 탄생한다. 용의 출현으로 도시는 파괴되고 많은 사람이 희생되는 와중에, 카네키의 절친한 친구 나가치카 히데요시가 카네키를 구하기 위해 행동에 나선다.
용의 내면 세계에 갇힌 카네키 앞에 카미시로 리제가 나타나, 용에 의해 희생된 수많은 사람들의 기억을 보여 준다. 카네키는 큰 충격에 빠지지만, 자신의 죄를 짊어질 수 있는지 시험해 보겠다며 피바다를 건넌다.
용과 그 사생아의 위협에 대항하기 위해 독에 내성이 있는 카네키가 용의 중심부로 향한다. 그런 와중에 와슈 가문의 측근인 무장 집단 'V'가 검은 산양의 본부를 습격한다. 츠키야마 슈와 니시오 니시키 등은 CCG와 협력하여 응전에 나선다.
카네키는 수모자인 후루타와 일전을 벌인다. 진짜 칼싸움을 해 보고 싶었다는 후루타는 막강한 카구네로 카네키를 몰아붙인다. 카네키는 매번 후루타에게 져 왔지만 이번만큼은 이기겠다며 새로운 카쿠자를 전개한다.