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먼 미래에 항성을 여행할 수 있을 정도로 기술이 발달했지만 범지구적으로 퍼져 세계를 지배하는 미트라교라는 종교와 이에 저항하는 무신론자들과의 전쟁이 계속되고 있다. 지구의 인류 문명이 파괴되어 가는 중 무신론자 집단에 속해 있던 남자가 재프로그래밍해서 만든 두 안드로이드가 새 인류 재건을 위해 외계 행성 케플러 22b에 정착해 인간의 아이를 키우게 된다.
지구가 거주할 수 없게 된 후 안드로이드 마더와 파더는 케플러-22b 행성에서 인간 배아와 함께 새로운 정착지와 가족을 시작한다. 12년 후, 오직 한 명의 아이 캄피온만 남는다. 미트라교 생존자들의 방주가 도착하자 마더는 피할수 없는 위협에 직면한다.
마커스와 격돌 후 마더는 5명의 미트라교 아이들(헌터, 템페스트, 폴, 홀리, 비타)을 발견하고 아이들을 그녀의 정착지로 데려간다. 마더, 파더, 캠피온이 지구에서 태어난 새로운 아이들과 함께 생활하는 데 적응하는 동안 마커스는 케플러-22b에서 혼자 살아남기 위해 사투를 벌인다.
미트라교 아이들이 아프게 된 후 캠피온은 어머니가 그들을 독살하고 있다고 믿고 탈출을 계획한다. 마더와 파더는 자신들이 아니라는 것을 증명하려고 하고, 마커스와 수는 아들 폴을 되찾기 위해 살아남은 다른 미트라교인들에게 아이들을 구출하도록 설득하기 위해 노력한다.
파더는 아이들에게 케플러-22b의 신비한 생물을 먹이로 사냥하는 방법을 가르친다. 한편, 미트라교는 미트라교의 예언을 실현할 수 있는 놀라운 발견을 하고, 진행 방법에 대한 논쟁으로 마커스와 미트라교 지도자 암브로스 사이에 갈등이 촉발한다.
마커스는 미트라교 아이들을 구출하기 위한 계획을 진행하지만 먼저 아이들을 찾아야 한다. 정착지로 돌아온 캠피온과 폴은 아버지와 함께 사냥을 하는 동안 유대 관계가 깊어지고, 어머니는 자신의 기원에 대해 자세히 알아보려 한다.
그녀의 창조주와의 관계를 다시 시작한 후, 마더는 마커드, 수, 미트라교 신자들이 정착지에 가까워지고 있다는 사실을 알지 못한 채, 자신이 가질 수 있는지도 몰랐던 강렬한 감정에 정신을 빼앗긴 자신을 발견한다.
마커스는 미트라교 지도자로서의 영향력을 유지하기 위해 가족과의 유대관계를 강조한다. 마커스의 진정한 모습을 본 마더는 마커스의 권력을 위협하고 자신을 회복할 수 없는 위태로운 상황에 빠뜨린다. 한편, 캠피온은 끔찍한 결과를 초래할 수 있는 선택에 직면한다.
마커스가 미트라교 신앙을 계속해서 받아들이면서 수는 더 이상 자신과 폴의 최우선이 아니게 될까 걱정한다. 한편, 마더는 오작동이라고 생각하는 일을 경험하고 헌터는 파더와 함께 비밀 프로젝트를 진행한다.
수는 아이들을 안전하게 지키기로 결심하고, 엄마를 믿을 수 있을지에 대해 고민한다. 한편, 새로운 위협이 발생하고 점점 더 변덕스러지는 마커스는 미트라교도로 하여금 그들의 지도자를 의심하게 만든다.
폴은 마커스처럼 문제 행동을 보이기 시작했고, 충격적인 발견으로 이어진다. 파더는 인간적인 감정과 씨름한다. 마더와 파더는 케플러-22b에 새로운 위협이 도착하자마자 그들이 있는 행성에 대한 놀라운 비밀을 발견한다.
마더, 파더, 아이들은 새로운 무신론자 공동체의 환대를 받으면서 다시 재회한다. 우여곡절 끝에 살아남은 마커스는 고대 교회의 유적을 발견하고 그곳을 예배자들로 가득 채우겠다는 결심을 한다
캠피언은 뱀과 마주쳐 다친다. 트러스트는 공동체에 일곱째를 사냥하라는 임무를 부여한다. 마더는 엇갈리는 감정을 다스려야 한다. 마커스는 뱀이 자신을 지식의 나무로 인도할 거라 확신하고 무신론자들보다 먼저 뱀을 찾기 위해 나선다.
마더는 뱀이 온순하다는 걸 알게 되면서 적극적으로 뱀을 지키기 위해 나선다. 반면, 파더는 새로운 안드로이드를 재생시키느라 바쁘다. 새롭게 신비한 힘을 얻은 마커스는 신자들을 늘려나간다.
트러스트가 폴을 이용해 마커스를 공격하자, 이를 알게 된 마더는 트러스트와 맞선다. 한편, 마더에게 쫓기는 처지가 된 마커스는 갑자기 능력이 사라져 버린 가운데, 신자들이 믿음을 잃지 않게 이끌어야 하는 과제를 안는다.
마더는 무너지는 공동체를 지키려 애쓰면서, 파더에게 홀리를 되찾아 오게 한다. 수는 폴의 병세가 점점 악화되자 절망에 빠져 기도에 의지한다. 마커스와 그의 추종자들은 또 하나의 고대 신전을 찾아내면서 희망에 부푼다.
씨앗 상자를 여는 데 실패한 수와 폴은 마커스의 도움이 필요하다는 것을 깨닫는다. 두 사람은 예정보다 이르게 결정된 템페스트의 출산일에 마더의 경계심이 흐트러진 틈을 타 마커스를 탈출시킬 계획을 짠다.
마커스와 폴은 상황이 예상과 다르게 돌아가자 충격을 받는다. 뱀은 호전적인 모습으로 변신하여 모든 사람을 위협하고, 마더는 이를 통제하려 하지만 실패한다. 마커스와 폴의 도움으로 캠프로 돌아간 마더는 뱀에 맞서 싸울 준비를 한다.
그랜드마더의 계획이 모습을 드러낸다. 마커스는 신에게 복수를 다짐하고, 마더는 그랜드마더의 도움으로 뱀을 처리하러 나선다. 하지만 이 모든 것은 좋지 못한 결과를 낳는다.