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과거를 잊고 전란을 피해 시골 뱃사공으로 살아가던 흑인 무사 야스케. 신비로운 힘을 지닌 소녀와 만나면서 다시 전장에 발을 들인다. 역사에서 잊혀가던 야스케의 전설이 지금 부활한다. 기계와 마법이 난무하고 전쟁으로 피폐해진 일본 전국시대. 잘 알려지지 않았으나 그 누구보다 뛰어났던 사무라이 야스케는 폭력으로 점철된 과거를 뒤로하고 평화로운 삶을 이어가려 애쓴다. 하지만 다이묘들의 싸움으로 한 마을이 대혼란에 휩싸이자, 야스케는 검은 세력과 잔인한 군벌의 표적이 된 의문의 소녀를 안전한 곳으로 옮기기 위해 다시 검을 잡는다. 전설적인 무장 오다 노부나가의 실제 측근이었던 최초의 흑인 사무라이 야스케의 이야기는 곧 전 세계에 공개될 예정이다.
수수께끼의 병에 걸린 소녀. 소녀의 엄마는 뱃사공 야스케에게 특별한 의사가 있는 상류에 데려가 달라고 부탁하지만, 그는 단호히 거절한다. 그곳은 아직 전쟁 중이기에.
1581년, 흑인 야스케는 여성 무인 나쓰마루와 더불어 주군 오다의 신임을 얻는 무장이 된다. 그리고 20여 년이 흐른 지금, 정체불명의 이방인 용병들이 야스케를 습격한다.
하루토와 니키타는 사제의 말에 따라 초자연적 힘을 지닌 소녀 사키를 추적한다. 한편 고문으로 정신이 혼미해져 가는 야스케의 머릿속엔 어떤 배신자의 기억이 떠오르는데.
마을로 돌아온 사키는 야스케에게 다시 한번 의사 모리스케에게 데려가 달라고 부탁, 아니 명령을 한다. 그리고 같은 시각, 새로운 적들은 이미 사키를 추격하기 시작했다.
모리스케가 다이묘의 흑마법 공격으로부터 사키를 지키는 사이, 야스케는 대군을 이끌고 온 어둠의 장군과 맞선다. 그리고 가면을 벗은 장군. 그는 야스케도 아는 얼굴이었다.
모리스케와 제자들은 영력으로 신전을 지키고, 야스케는 사키를 품에 안고 단신으로 아즈치성으로 돌진한다. 그리고 적진 한복판에서, 늘 그리워했던 그분과 마주하는데.