종말의 하렘

세포 경화증'이라는 병에 걸려 콜드슬립을 하게 된 의대생 레이토는 에리사에게 다시 만날 것을 약속하고 긴 잠에 빠진다. 하지만 5년 후에 깨어난 레이토는 MK 바이러스로 인해 전 세계의 남성 99.9%가 사멸했다는 소식을 듣고 충격을 받는다. 충격이 채 가시기도 전에 레이토의 담당관인 스오 미라는 그에게 인류의 존속을 위해 남은 여성들과 아이를 만들어달라고 하는데...

스오는 레이토에게 간호사와 보디가드를 붙여주면서 앞으로 매일 같은 침대에서 자라고 한다. 결국 한숨도 자지 못한 채 어느 연구소로 간 레이토는 에리사가 사용했다는 연구실로 가게 된다. 엉망이 된 연구소에서 에리사의 추억을 떠올리다가 레이토는 스오에게 MK 바이러스 특효약을 개발하겠다고 선언하는데...

학교에서 괴롭힘을 당하던 도이는 세포 경화증이란 병에 걸렸다는 진단을 받고 콜드슬립에 들어간다. 잠에서 깨어난 도이는 이 세상에 대부분의 남자가 사멸했다는 말을 듣고 놀라지만 자신을 괴롭히던 녀석들을 만나지 않아도 된다는 사실에 안심한다. 그러던 어느 날 도이의 담당관인 카렌이 학교에서 유일하게 도이를 위로해주던 음악 선생님을 만나게 해준다. 그러자 음악 선생님은 할 얘기가 있다면서 밤에 자신의 방으로 와달라고 하는데…

유즈 선생님과 관계를 맺은 쇼타는 선생님이 점점 좋아진다. 그러던 어느 날 여학생 기숙사의 에어컨이 고장 났다는 이유로 쇼타의 방에 이치조가 찾아오고 그녀와 일주일 동안 지내게 된다. 결국 쇼타는 이치조와 관계를 맺게 되고 유즈 선생님에게 사과하지만 그녀는 쇼타는 모두의 것이라는 묘한 말을 하는데…

레이토는 갑자기 자신의 담당관인 스오가 교체된다는 소식을 듣고 따지러 간다. 그곳엔 레이토의 새로운 담당관인 쿠로다와 카타기리가 있었고 UW 간부는 스오는 메이팅 후보자로 남겨두겠다고 한다. 그러던 어느 날 레이토는 담당관들과 함께 일본에서 최초로 MK 바이러스 감염된 남성의 부인이 있다는 병원으로 찾아가지만 부인은 그들의 협조 요청을 거부하는데...

레이토는 타니구치의 남편이 입원했던 케이몬시의 병원을 찾아가고 그곳에서 묘한 느낌을 받는다. 그리고 타니구치가 준 액자에서 MK 바이러스와 관련된 논문을 발견하고 에리사가 했던 말을 떠올린다. 레이토는 쿠로다에게 바이러스 연구가 왜 이렇게 진척이 없냐고 묻자 기술장관이 연구에 적극적이지 않고 유능한 연구자들은 모두 미국으로 보내졌다는 말을 듣게 되는데...

도이는 힘들 때마다 찾아갔던 장소에서 슌카와 마주친다. 슌카도 도이처럼 괴롭힘을 당해 몸에 상처가 있었고 두 사람은 서로의 아픔을 공유하며 관계를 갖는다. 그러던 어느 날 카미야는 합방의 회전율을 높이기 위해 도이에게 당번을 붙이겠다고 하는데...

전학생으로 온 사람은 예전에 쇼타와 같은 반이자 탤런트를 꿈꾸던 시온이었다. 그녀는 쇼타가 괴롭힘을 당하던 현장을 목격했지만 모른 척했고 쇼타는 그것이 상처로 남았다. 그런데 시온이 탤런트 데뷔를 위해 쇼타에게 접근하자 그는 시온에게 수치스러운 제안을 한다. 그러면서 쇼타는 카렌에게 예전에 자신을 괴롭히던 일행의 여자친구였던 애를 데려와달라고 하는데...

넘버즈를 둘러싸고 세계는 크게 움직이기 시작한다. UW 세계 본부는 일본에 미즈하라 이외에도 저항력을 가진 남성이 있다는 사실을 알고 일본 지부와 주도권을 두고 싸우기 시작한다. 한편 제3병원에 잠입한 미즈하라 일행은 그곳에서 생각지도 못했던 사람과 마주치게 되는데...

테러리스트의 습격을 받고도 목숨을 건진 쇼타는 카미야에게 이 세상에 자신 말고도 남자가 존재한다는 사실과 그녀의 야망에 대해 듣는다. 그리고 카미야는 쇼타에게 자신의 야망에 협조해달라고 한다. 한편 UW 세계본부의 보호를 받게 된 레이토는 클로에에게 에리사가 테러리스트 일당 중 한 명이라는 말을 듣지만 레이토는 그녀를 믿기로 한다. 하지만 에리사 일당이 수상한 움직임을 보이기 시작하는데...

성장촉진기에 들어가 변신한 쇼타는 클로에와 레이토에 대해 알아보기 위해 카렌과 함께 레이토와 접촉한다. 한편 레이토는 스오를 불러서 UW 일본지부에서 탈출하자고 제안하면서 진실을 규명하자고 한다. 그러자 스오는 레이토에게 자신과 메이팅을 해주면 들어주겠다고 하지만 레이토는 그녀의 의도를 간파한다. 그 순간 세계본부의 포프가 들이닥치는데...