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어엿한 마도사를 꿈꾸고 마법학교에 입학한 소년 윌. 누구보다도 노력하는 그에게는 마도사로서 치명적인 약점이 있었다. 그것은 '마법을 전혀 사용할 수 없다'는 것. 동급생과 교사가 차가운 눈으로 바라보는 가운데 때로는 꺾일 것 같으면서도, 윌은 마음을 강하게 먹고 정진했다. 지팡이는 쓸 수 없지만 검을 사용해 마법 지상주의인 세계에서 싸워 나간다. 자신에게만 주어진 힘을 믿고. 그리고 소중한 사람과 한 약속을 지키기 위해. 열등생인 소년이 검으로 마법에 도전한다. 지팡이와 검이 교차하는 마검담이 지금 시작된다!
리가든 마법 학교 6학년인 윌 셰르홀트는 필기만 우등생인 러너였다. 초보적인 마법조차 사용하지 못해 학교에선 모두가 열등생이라고 얕잡아보았다. 소꿉친구인 엘파리아와의 약속을 지키기 위해 마도사 최강의 칭호인 '마기아 벤데'를 목표로 했으나, 그 길은 까마득할 정도로 멀었다. 어느 날 평소처럼 던전에서 몬스터를 쓰러뜨려 학점을 얻고 있던 윌은, 자신을 업신여기는 동급생인 시온 일행이 본래라면 현재 위치에 있을 리 없는 강적에게 습격당하는 현장과 조우했는데.
학교 안은 우등생인 시온 알스터가 강적을 쓰러뜨렸다는 이야기로 시끌시끌했다. 하지만 진짜 토벌자가 윌이라는 사실을 시온과 일부 교사들은 알고 있었다. 그 사실을 알고서도 교사인 에드워드는, 마법을 전혀 사용하지 못하는 윌의 존재를 인정하지 못했다. 과거에 마기아 벤데에 한없이 근접해 암사라고 불리며 사람들이 두려워했던 마도사 에드워드. 그런 그가 학교 교사로서 윌만을 위한 특별한 과제를 준비했는데.
심창의 빙희 엘파리아로부터 학교 전체에 오더가 내려왔다. 프로스트 워커의 빙핵을 채취하라는 의뢰에 도전하기 위해, 룸메이트이자 마공사인 로스티가 만든 매직 아이템을 가지고 윌은 토벌에 나섰다. 던전에서 만난 아이리스와 함께 던전 안을 나아가던 윌은, 서치 대신에 지식과 지혜, 경험을 통해 큰 놈의 기척을 찾아냈다. 상대의 약점을 숙지한 윌의 싸움 방식을 보고 아이리스는 경탄했는데.
윌의 친구인 콜레트 루아르와 시온은 실기 시험을 가볍게 합격했다. 그리고 학년 톱3인 리아나 오언자우스, 이그노르 린도르, 율리우스 레인버그는 이미 학점을 1만 점 넘게 획득한 상태였다. 한편 윌은 졸업에 필요한 학점마저 채우지 못했을 뿐더러, 탑에서 스카우트를 시도하는 때인 마도대제에선 활약을 기대하기 어려웠다. 그런 대제를 앞둔 어느 날, 윌이 아르바이트를 하고 있던 드워프족 지나의 술집에 율리우스가 찾아왔는데.
드워프들의 명예를 걸고 율리우스와 싸우기로 결심한 윌은 콜레트, 시온과 소대를 짜서 마도대제에 출전한다. 대제 당일, 엘프가 마법으로 만들어낸 다섯 개의 필드를 무대로 3명이 1조가 되어 제단의 왕관을 차지하는 경기인 '크라운 어택'으로 겨루게 되었다. 콜레트의 마법에 자신의 경이적인 힘을 더해 순조롭게 관문을 돌파하며 나아가는 윌의 모습에 스타디움이 소란스러워진다. 한편, 콜레트의 부탁으로 어쩔 수 없이 윌의 팀에 합류한 시온은 던전에서 윌의 도움을 받았던 굴욕을 잊지 않고 있었는데.
수많은 관중들 앞에서 시온은 갑자기 같은 팀인 윌을 공격했다. 윌에 대한 복잡한 마음이 경기 중에 폭발해 버리고 만 것이었다. 목표를 향해서 한결같이 나아가는 윌의 시야에 자신은 들어있지 않았다. 그 분한 감정을 마법에 담은 시온을 보고, 윌은 처음으로 시온의 마음을 알아차리게 되었다. 윌의 소대가 경기에 복귀했을 무렵, 율리우스네 팀은 왕관까지 얼마 남지 않은 상황이었는데.
율리우스의 특기인 빙결 마법의 포위망에 걸려든 윌. 4명의 분신을 만들어내는 율리우스의 기술은, 희대의 천재 마도사 엘파리아가 고안해 낸 12개의 얼음 마법 중 하나인 '아르스 바이스'였다. 공격도 폭발도 자유자재인 분신술에 현장은 매우 조용해졌다. 엘파리아의 후계자에 걸맞은 사람은 율리우스라고 모두가 생각한 순간, 냉정함을 되찾은 윌이 율리우스의 분신을 검으로 부쉈다. 그렇게 누구보다도 엘파리아의 마법에 대해 숙지하고 있는 윌의 반격이 시작되었는데.
율리우스를 쓰러뜨리면서 윌은 단번에 주목을 받게 되었고, 곧 다가올 종합 실습 팀 짜기에 대한 제의가 쇄도했다. 이에 조바심을 느낀 콜레트는 윌에게 데이트를 신청했지만, 약속 장소에는 윌의 룸메이트인 로스티 또한 찾아왔다. 윌을 둘러싸고 콜레트와 로스티의 경쟁이 한창 발발하는 가운데, 거리에서 리아나가 윌에게 말을 걸었다. 그녀의 말에 따라 도착한 곳에는 시온과 율리우스, 이그노르라는 쟁쟁한 인원들이 모여있었는데.
리아나, 이그노르, 율리우스, 시온과 윌. 그리고 콜레트도 뒤따르는 종합 실습이 시작되었다. 평소에는 갈 수 없는 7층 너머에서 학점이 높은 몬스터들을 쓰러뜨리는, 위험한 서바이벌 실습. 리아나를 비롯한 멤버들의 능력이 너무 뛰어난 탓에 짐짝이 되어버린 윌은, 그럼에도 꺾이지 않고 자신이 할 수 있는 일을 찾았다. 목표로 하는 적인 '혁작의 나베루스'를 찾아 윌 일행은 10층에 도달했으나, 그곳에는 대량의 몬스터가 시체로 변해 있었다. 거기에 더해 나베루스 또한 시체인 상태였는데.
정체불명의 거대 몬스터에 의해 10층에서 11층으로 떨어진 윌 일행. 이 앞은 학원이 관리하는 지역이 아닌, 탑의 영역이자 위험 지대. 11층에서 윌과 단둘이 남게 된 이그노르는, 자신이 엘프 사이에서 열등생이라고 말을 꺼냈다. 마기아 벤데 중 하나인 엘노르 리요스 알브는 이그노르와 유형제였고, 그녀의 곁에 서기 위해 마기아 벤데를 목표로 하는 이그노르를 윌은 자신과 겹쳐 보았다. 그 무렵, 콜레트와 리아나 앞에 어둠의 마력을 두른 2인조 마도사가 나타났는데.
정체불명의 마도사가 소환한, 10층의 바닥을 파괴한 괴물 이블 그랜드 듀크. 거기에 더해 무수히 많은 몬스터들에게 포위당한 절체절명의 상황. 그럼에도 윌은 싸우자고 말했다. 그런 그를 믿고 모두가 마법 공격을 날렸지만, 이블 그랜드 듀크한테는 미치지 못했다. 공포와 싸우면서도 다시 일어난 윌은, 용기를 내 적에게 달려 나갔다. 그리고 콜레트가 마력으로 만들어 낸 거대한 검을 내려쳐 이블 그랜드 듀크의 날개를 잘라냈는데.
'지팡이'와 '검'의 인도에 따라 윌은 시온의 화염 마법을 검에 두르고, 이를 '이그니스 위스'라 칭하며 그랜드 듀크를 일도양단했다. 그리고 급히 달려온 마기아 벤데 광황의 지팡이, 아론 마스테리아스 올드킹의 원정대의 도움을 받아 윌 일행은 던전에서 탈출했다. 학교에 돌아와도 윌은 마검을 손에 쥐었을 때의 감각과 아론의 옆에 있었던 소년 핀을 잊을 수 없었고, 격전을 벌인 사람들이 잠깐의 휴식을 취하는 가운데 졸업 시험이 시작되려 하고 있었는데.
던전 심층의 몬스터 이블 그랜드 듀크를 물리친 종합 실습이 끝난 지 2개월. 윌을 비롯한 리가든 마법 학교의 6학년들은 '탑' 진학이 걸린 필기시험을 보게 됐다. 하지만 그 최종 시험에서 에드워드가 제시한 것은 충격적인 내용이었는데...... 한편, 울브 리가든에서는 연말 축제인 테르미날리아가 시작되고 있었다. 많은 사람들이 지켜보는 가운데, 마기아 벤데가 새로운 대결계를 펼친다. 하지만 그때... 밤하늘에 불길한 마법진이 나타나는데.
갑자기 나타난 심층의 몬스터 디노보로스 무리. 도시가 순식간에 축제에서 지옥으로 바뀌었지만 그들의 목표가 자신들이라는 사실을 눈치챈 마기아 벤데는 '탑'에서 움직이지 않고 있었다. 마법을 무효화하는 메이지 킬러를 가진 하이 디노보로스의 앞에 속수 무책으로 스러져 가는 경비 부대. 콜레트와 드워프 그리고 일어난 윌이 결사의 항전을 벌였다. 하지만, 그 격투를 비웃듯이 쿠비나시는 마법진을 기동시켰고, 40층의 노토리어스 몬스터인 디벤데를 윌 일행의 앞에 출현시켰는데!
윌을 지키기 위해 눈앞에서 희생된 로스티. 윌은 간발의 차이로 워크너에게 구조됐지만 그 광경을 보고 패닉에 빠지고 말았다. 에드워드와 다른 메이지들도 목숨을 걸고 전선에 섰지만 디벤데의 출현으로 중앙 도시의 방위는 붕괴되었고, 마수는 '탑'에 다가가고 있었다. 마법을 쓸 수 없는 자신의 무력함을 한탄하던 윌의 앞에 검을 든 핀이 나타났다. 윌이 가지고 있는, 단 하나의 '마법' ──그 마법의 이름을 물으며, 핀은 윌의 눈앞에 검을 내밀었는데...
핀의 도움으로 자신에게 깃들어 있는 힘을 각성시킨 윌은 백은의 빛을 두르고 몬스터들을 차례로 베어 나갔다. 목표는 특이종 디벤데. 메이지 킬러를 휘두르는 괴물을 상대로 검을 손에 들고 혼자서 맞섰다. 이전까지 '무능력자'라고 멸시받던 윌의 싸움을 보고 마음이 움직인 마법 학교의 학생들. 그들의 성원을 받으며 분투했지만 디벤데의 맹공에 윌의 검이 두 동강 나고 말았는데.
'지팡이'와 '검'의 힘을 합친 '마검'의 일격으로 디벤데를 쓰러뜨린 윌. 많은 사상자가 발생했고 적의 주모자가 누구인지도 모르는 가운데 그럼에도 중앙 도시는 부흥을 위해 움직이기 시작했다. 그리고 맞이한 마법학교 졸업의 날... 로스티를 잃고 '탑'으로 갈 길도 끊겨버린 윌의 앞에서 '탑' 진학자들의 이름이 호명되기 시작했는데──.
마침내 엘파리아가 기다리고 있는 '탑'에 발을 내디딘 윌. 제1 계절에 펼쳐진 거리 컬러리스 가든을 보며 들뜨는 것도 잠시, '탑' 안의 각 파벌로부터 '색'의 축복을 받는 의식인 '개제'가 시작된다. 재학 중에 스카우트를 받았던 시온, 콜레트, 리아나, 이그노르는 축복으로 '컬러리스 글로리아'가 각자의 파벌의 색으로 물들었지만, 스카우트를 받지 못한 윌과 율리우스는 여전히 무색이었다. 파벌에 소속되지 못한 마도사는 '탑'을 유지하는 톱니바퀴로 평생을 살아야 한다는 현실을 알게 된 윌 일행은──
'탑'의 각 파벌에 자신의 가치를 증명하는 제1 개제가 시작됐다. 윌과 율리우스가 노리는 것은 얼음의 파벌로부터의 스카우트 획득. 율리우스의 마법을 검에 흡수해 식장에 소환된 몬스터를 위스로 압도한 윌은 얼음을 시작으로 한 다섯 파벌 모두로부터 스카우트를 받았지만 윌의 파벌 가입을 상원의 수장인 크로이츠가 제지한다. 윌에게 조금이라도 메이지의 소질이 있는지를 검증하기 위해 크로이츠는 마력으로만 쓰러뜨릴 수 있는 마법 생물인 워스 우즈와 싸우라고 명령했는데.
워스 우즈를 마법으로 힘으로 쓰러트려야 한다── 1주일 후의 '세컨드 블룸'에 대비해 윌은 율리우스의 힘을 빌려 검에 마력을 정착시키는 특훈에 힘을 쏟고 있었다. 한편, 크로이츠는 윌과 윌이 지닌 위스의 힘을 손에 넣기 위해 자객을 보냈다. 상원의 하이 메이지들이 윌과 율리우스를 공격했지만 그때 수수께끼의 마녀가 두 사람을 돕기 위해 나타났는데──.
수수께끼의 마녀 케리드웬의 비밀 기지에 초대받은 윌과 율리우스. 선생님이 되어 주겠다고 말한 케리드웬은 윌에게 '위스'에 대한 과제를 알려주며 '위스'의 원점을 찾기 위해 윌의 안에 잠들어있는 '기억'을 찾아 나아가도록 이끌었다. 어린 엘파리아와 지냈던 어느 하루의 기억── 그 기억 속에서 두 사람은 숲에 '괴물 퇴치'를 하러 나왔다… 그때 벌어진 사건, 그리고 윌의 소중한 '마음'이란?!
세컨드 블룸에 임하는 윌과 율리우스. '탑'의 하이 메이지 그리고 마기아 벤데의 시선을 한몸에 받으며 윌은 다시 한번 워스 우즈와 대치했다. 어린 날의 엘파리아와 함께 만들어낸 마법. '검'의 원점을 기억해 낸 윌은 스스로의 힘으로 '위스'를 상전한다.
세컨드 블룸을 통과하여 엘파리아가 수령으로 있는 얼음의 파벌과 제오가 수령으로 있는 번개의 파벌의 선택을 받게 된 윌. 결국 엘파리아와 제오는 윌을 두고 대결하게 된다. 알비스 비나 VS 토르제우스 퍼지 두 마기아 벤데가 격돌한다!