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도쿄 서부에 위치한 거대한 '학원도시'. 총인구 230만 명에 달하며 그중 약 80%를 학생이 차지하는 이 도시에서는 초능력 개발을 위한 특수 커리큘럼이 실시되어, 학생들의 능력은 '무능력(레벨 0)'부터 '초능력(레벨 5)'까지 6단계로 평가받고 있었다. 세상의 상식을 아득히 뛰어넘는 과학기술을 자랑하며, 누구나 과학적인 능력을 부여받아 안전하게 살아갈 수 있는 꿈같은 교육 기관―― 그 평화의 이면에는 결코 겉으로 드러나지 않는 궂은일을 도맡는 '암부' 조직이 존재한다. '아이템'―― 네 명의 소녀로 구성된 정예 부대. 질소를 자유자재로 다루며 철벽 방어를 담당하는 키누하타 사이아이. 폭발물과 트랩을 구사해 전장을 농락하는 프렌다 세이베른. 능력자가 발하는 미약한 힘을 감지해 추적하는 타키츠보 리코. 그리고 학원도시에 단 7명밖에 없는 '초능력자(레벨 5)'의 일원, 무기노 시즈리. 그런 그녀들 앞에 나타난 '다섯 번째' 소녀. 그녀와의 만남이 '아이템'을 새로운 어둠으로 이끌게 되는데――. 이것은 폭력과 비도(非道), 배덕으로 얼룩진, 꽤나 별난 능력자 소녀들의 일상과 유대, 그리고 깊고 깊은 '어둠'을 그리는 이야기.
아이템── 무기노 시즈리, 타키츠보 리코, 프렌다 세이베른, 키누하타 사이아이. 네 명의 소녀들은 학원도시의 어둠, 암부의 정예 부대다. 네 사람은 평소와 다름없이 '전화 음성'의 의뢰를 해결했나 싶었더니 새로운 '짭짤한 사건'을 떠맡게 되었다. 타깃은 난치병 치료로 가장해 비인도적인 능력 개발을 자행하는 NPO. '무적의 방패'를 가진 능력자의 보호를 받는 그 조직을 제거하기 위해 네 사람은 그들의 본거지를 습격했는데──.
아이템이 아직 무기노, 타키츠보, 프렌다 세 명이었던 시기. 제17학구의 어떤 연구 시설에서 행해진 실험── 제1위의 능력 재현을 목표로 한 '어둠의 5월 계획'의 증거 인멸을 위해 시설을 파괴하는 무기노 일행. 의뢰를 수행하면서 겸사겸사 피험자들 가운데 아이템에 부족한 방어 담당 능력자──키누하타 사이아이를 골랐고, 다른 피험자들을 시설 파괴의 범인으로 보이게 꾸미고 도주했다. 아이템의 '신입'이 된 키누하타는 아이템의 전통인 선배의 호된 신고식을 치르게 되는데──.
원인을 알 수 없는 계좌 동결로 자금난에 빠진 아이템. '전화 음성'에게 불평해 봤지만 상대도 해주지 않아서 무기노의 분노는 한계를 넘어서려 하고 있었다. 그때, 위치가 기밀로 감춰져 있고 겹겹의 보안으로 지키고 있는 아이템의 은신처에 한 명의 방문자가 나타난다. 하나노 쵸비── 겁먹은 강아지 같은 그 소녀는 무기노와 다른 멤버들의 요청을 받아들여 '전화 음성'이 준비한 변장과 잠입의 전문가였다. 키누하타와 하나노는 아이템 최후의 멤버 자리를 두고 경쟁하게(강제적으로) 되었는데.