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우리는 뉴타입이라는 환상으로 이어진 세대니까― 한 스페이스 콜로니의 독립 운동으로 시작된 전쟁은 지구와 스페이스 콜로니의 전면전으로 번졌다. 모든 인류의 고향인 지구는 콜로니 낙하로 괴멸적인 피해를 입었고, 100억에 달했던 인구는 그 대부분을 잃었다. 그로부터 15년, 지구 환경은 마침내 안정기에 접어들었다. 모빌슈트에 관해서는 일류의 지식과 기술을 가진 전쟁 고아 소년 가로드는, 뉴타입 능력을 가졌다는 이유로 누군가에게 쫓기는 소녀 티파와 만나고, 그녀의 신비한 힘에 이끌려 모빌슈트 “건담X”를 발견하게 된다.
콜로니 독립 운동에서 비롯된 전쟁으로 지구의 인구는 거의 사라졌다. 그로부터 15년……. 황폐해진 지구에서 꿋꿋하게 살아가는 소년 Garoad는 납치된 소녀 Tiffa를 되찾는 일을 의뢰받고, 육상 전함 프리덴에 잠입한다. 무사히 그녀를 구해낸 Garoad지만…….
Tiffa를 지키기 위해 건담X를 기동시킨 Garoad는 쫓아온 두 기의 건담으로부터 겨우 벗어났다. 하지만 전쟁의 유산인 건담X를 노리는 프리랜서 모빌슈트 파일럿들이 대거 Garoad 일행을 덮친다. 최악의 위기 앞에서 Tiffa는 금단의 시스템을 기동시킨다.
금단의 시스템, 새틀라이트 캐논으로 위기를 모면한 Garoad 일행. 하지만 그 일격에 죽은 자들과 정신 감응을 해 버린 Tiffa는 충격으로 혼수상태에 빠진다. 곤혹스러워하는 Garoad는 프리덴의 함장 Jamil에게 허를 찔려 Tiffa와 함께 붙잡히고 마는데……
상태가 악화된 Tiffa를 구하기 위해 Jamil은 Alternative사의 시설을 재습격할 생각을 한다. 하지만 프리덴의 크루들은 Jamil의 진의를 이해하지 못한다. Jamil은 자신의 과거와 Tiffa에게 숨겨진 능력에 대해 이야기하기 시작하고, 그 내용에 Garoad 일행은 충격을 받는다.
프로스트 형제의 맹공으로 궁지에 몰린 Garoad 앞에 Witz와 Roabea가 가세하러 돌아왔다. 하지만 모빌아머 그란디네의 장거리 포격이 프리덴을 노린다. Jamil은 Tiffa와 Garoad의 힘을 빌려 이판사판의 도박에 나선다.
정식 승무원으로서 프리덴에 타게 된 Garoad지만, 외롭게 살아온 그에게 함선에서의 단체 생활은 좀처럼 익숙해지지 않았다. 마음이 조급해져 실수를 저지른 그는 만회하기 위해 단신으로 건담X를 몬다. 그런 그를 프리랜서 모빌슈트 파일럿 Ennil이 덮쳤다.
동력로 폭발로 Jamil에게 큰 부상을 입힌 Garoad는 자책감을 견디지 못하고 건담X를 몰아 프리덴을 떠난다. 그는 모든 것을 청산하기 위해 건담X를 경매에 내놓지만……. 한편 Witz는 숨겨 두었던 재산을 다른 벌처에게 발각되어 빼앗기고 만다.
경매에서 건담X를 낙찰받은 것은 에닐이었다. 그녀는 가로드를 유혹하려 하지만, 오히려 경계심을 사 쫓겨나고 만다. 굴욕감에 불타는 에닐은 자코트 일행과 함께 프리덴을 습격한다. 한편 그 무렵, 가로드는 프로스트 형제와 대치하고 있었다.
프리덴의 위기를 알게 된 Garoad와 건담X는 마침내 귀환한다. 하지만 프로스트 형제와 Ennil 일행의 총공격으로 프리덴은 불바다가 되고 만다. Jamil마저 부재중인 상황에서 최대의 위기에 직면한 크루들은 혼란 속에서 함정에 빠져드는데……
Tiffa가 감지한 뉴타입을 찾아내 보호하기 위해 프리덴 일행은 북상하여 Fort Severn으로 향했다. 하지만 뉴타입 소년 Karis는 역으로 Tiffa를 손에 넣으려 프리덴을 공격해 온다. 그 압도적인 힘 앞에서 Garoad에게 승산은 있을 것인가?
Garoad를 구하기 위해 Tiffa는 스스로 Karis에게 붙잡히고 말았다. 자신의 무력함에 풀이 죽은 Garoad에게 Jamil은 거친 말을 내뱉는다. 그 무렵 Kid는 건담X에 새로운 힘을 불어넣기 위해 불철주야 작업하고 있었다. 그때, 복수심에 불타는 프로스트 형제가 강습해 온다.
파워업한 건담X를 몰아 Garoad는 프로스트 형제를 물리친다. 그 무렵 Ennil은 Fort Severn의 Nomoa 시장과 손을 잡고 Garoad에 대한 복수를 꾸미고 있었다. 그러던 중, 마을에 잠입한 Garoad는 전쟁이 낳은 원념의 존재와 Karis의 몸에 숨겨진 비밀을 알게 된다.
노모아 일당에게 궁지에 몰린 가로드와 티파를 구한 것은 콕핏 공포증을 극복한 쟈밀이 탑승한 GX 디바이더였다. 한편, 노모아에게 불신감을 품은 카리스는 그의 마음을 읽고 자신이 수많은 희생 끝에 뉴타입 능력을 얻었음을 알게 된다. 그 죄를 갚기 위해 다시 가로드와 싸우다 패배한 그는, 가로드가 끝을 내주기를 바라는 것이었다.
프리덴에서 수술을 받고 목숨을 건진 Karis였지만, Ennil 일행의 손에 의해 Nomoa 시장에게로 끌려가고 말았다. 지구 인류에 대한 복수심에 불타는 시장은 Karis의 힘을 이용해 Fort Severn에 잠들어 있는 거대 모빌아머 파투리아를 부활시키려 하고 있었다.
휴가를 받은 로아비와 윗츠는 프리덴을 떠나 각자의 고향으로 향했다. 로아비는 과거의 연인들을 찾아다니고, 윗츠는 집을 뛰쳐나온 후 한 번도 돌아가지 않은 본가로 향하는데……. 그러나 그곳에서 그들을 기다리고 있던 것은 예상치도 못한 슬픈 현실이었다.
Tiffa가 새로운 미래를 예견했다. 그녀의 말에 따라 프리덴 일행은 새로운 뉴타입을 찾아내기 위해 바다로 향한다. 그곳에서 그들을 기다리고 있던 것은 한때의 휴식과 치열한 전투, 그리고 평온한 바다의 주민들이었다. Tiffa를 부르는 의문의 목소리의 정체는 과연……?
Garoad는 바다 건너편으로 떨어지는 새틀라이트 시스템의 조준(가이드)광을 목격했다. 건담X를 소유한 새로운 뉴타입이 수평선 너머에 존재하는 것인가……? Jamil은 진상을 쫓아 프리덴을 출항시키지만, 그 앞길을 바다의 악마 Doza 일당이 가로막고 있었다.
잠수함을 조종하는 오르크의 마커스 일당과 함께 「로렐라이의 바다」라 불리는 해역으로 향한 오르바는 지난 대전에서 사용된 금단의 병기와 캡슐에 봉인된 의문의 미녀를 인양한다. 그 무렵 티파는 쟈밀에게 「로렐라이의 바다」로 향하라고 요청하고 있었다.
티파와 의식을 공명시킨 루틸은 15년 전 쟈밀의 교관을 맡았던 뉴타입 사관이었다. 그러나 정신이 파괴된 후, 싸움을 증오하는 마음까지 이용당해 전자기기를 사용 불능으로 만드는 「L 시스템」에 편입되고 만 것이었다. 영원을 사는 뉴타입 루틸을 해방하기 위해 쟈밀은 건담X로 출격한다.
보급을 위해 프리덴은 Saints Island에 기항했다. Tonia는 물건을 사러 섬에 내렸다가 우연히 알게 된 여성과 마음이 맞았지만…… 그 상대는 바로 Garoad를 노리던 Ennil이었다. 과거의 원한을 잊지도 못하고 결혼도 결심하지 못하는 Ennil에게 Tonia는…….
구 Earth Alliance의 지도자들이 조직한 신연방 정부 재건 위원회가 지구를 통일하기 위해 움직이기 시작했다. 프리덴 공략을 위해 위원회에서 파견한 특수 공작 부대 대장 Katokk은 부하들과 함께 어부로 위장하여 잠입했다. 하지만 그 계획을 Tiffa에게 간파당해 궁지에 몰린 Katokk은…….
우연히 개발 중인 건담을 목격하고 만 에닐은 프로스트 형제의 공격을 받지만 프리덴에게 구조된다. 쟈밀 일행은 그녀의 비행 데이터에서 건담이 기다리는 그 섬, 존더 에프타의 위치를 알아내고 프리덴의 키를 그곳으로 돌리는 것이었다.
존더 에프타에서 기다리고 있던 신연방 정부 재건 위원회의 아임자트에 의해 프리덴은 붙잡히고 만다. 그리고 쟈밀과 티파는 다른 크루들과 떨어져 뉴타입 연구소로 이송되는 것이었다.
납치된 티파와 쟈밀을 구출하기 위해 수송선에 잠입한 가로드와 카토크. 그들은 격납고에서 신형 MS, 건담 DX를 발견한다. 티파에게 받은 G컨트롤러로 가로드는 DX를 기동시키지만, 그 위력은 상상을 초월하는 것이었다.
신연방 정부 수립이 블러드맨 경에 의해 선언되었다. 무력에 의한 지구권 통일을 추진하는 신연방에 맞서 많은 독립 국가가 반발하며 세계 각지에서 분쟁이 일어난다. 남아시아 지역에 상륙한 프리덴은 독립 국가 에스타르도와 그 연합국에 협력을 요청받아 신연방 정부와 싸우게 된다.
에스타르도 공화국의 동맹군은 프리덴의 도움을 받아 신연방군을 격파했다. 승리에 들뜬 에스타르도였지만, 국내에서는 무투파와 화평파가 격렬하게 대립하고 있었다. 한편, 패배한 신연방군은 「사크리파이스」라 이름 붙인 작전을 전개하려 하고 있었다.
동맹을 맺고 있던 노던벨이 신연방에 항복. 마찬가지로 동맹국이었던 가스타르가 신연방과 화평 조약을 체결하면서, 남겨진 에스타르도는 무조건 항복 혹은 철저한 항전의 선택을 강요받는다. 에스타르도가 선택한 항복을 받아들일 수 없는 리 장군은 독단으로 사지로 향했다. 가로드와 윗츠는 그를 뒤쫓지만…….
에스타르도가 신연방군에 전면 항복하기 전에 프리덴은 국외로 탈출하게 되었다. 쟈밀은 몰래 윌리스 국가 주석을 국외로 도피시키려 하지만, 그 계획을 감지한 가스타르군은 진격을 개시. 그 군세를 앞에 두고 가로드는 새틀라이트 캐논의 방아쇠에 손가락을 올린다.
역사의 거대한 흐름에 눈을 돌리며 성장해 가는 가로드. 그런 그를 티파는 쓸쓸한 마음으로 지켜볼 수밖에 없다. 그때, 뉴타입 연구소가 인정한 파일럿 아벨이 내습한다. 전투 중에 각성한 아벨은 플래시 시스템을 발동시키고, 가로드 일행은 위기에 빠진다.
마침내 뉴타입 연구소에 도착한 프리덴 일행. 그러나 샤기아와 오르바의 책략에 의해 쟈밀은 카론에게 붙잡히고 만다. 때마침 프로스트 형제로 인해 연구소는 불바다가 되고, 그 혼란을 틈타 티파는 우주 혁명군의 스파이에게 납치되고 말았다.
티파를 지키지 못해 의기소침해진 가로드. 그때 나타난 에닐은 쟈밀에게 우주 혁명군이 신연방의 신조 순양함 바르토크를 빼앗아 우주로 탈출하려 한다는 사실을 알린다. 쟈밀은 건담 DX와 함께 가로드를 바르토크에 동승시키도록 주선한다. 셔틀 발사까지 남은 시간은 얼마 없다……. 탈출을 저지하기 위해 추격해 오는 신연방군을 프리덴이 맞서 싸운다.
우주 혁명군 총통 사이델을 알현하고 강한 불안을 느끼는 티파. 한편, 바르토크를 탈출해 처음 겪는 우주전에 당황하는 가로드. 과거 혁명군으로서 쟈밀과도 싸웠던 전 뉴타입 란슬로가 이끄는 혁명군에게 속수무책으로 패배하는 듯 보였으나…….
Garoad를 구한 Parla는 우주 혁명군에 저항을 계속하는 Satelicon의 멤버였다. Garoad는 건담 DX 수리를 조건으로 Satelicon에 협력하기로 한다. 한편, Tiffa가 있는 Cloud 9에서는 폭탄 테러가 발생하고, Satelicon의 이름으로 범행 성명이 발표되었다.
가로드 일행의 저항도 허무하게 사티리콘은 궤멸. 클라우드 9의 우주 혁명군 총통 사이델은 금단의 병기 콜로니 레이저로 지구를 직접 공격하는 「달리아 작전」을 마침내 발동시킨다. 그 무렵 가로드는 티파를 구출하고 지구로의 공격을 저지하기 위해 한 가지 계책을 짜고 있었다.
티파와의 재회도 잠시. 가로드의 앞을 또다시 프로스트 형제가 가로막았다. 가로드와 티파 일행을 붙잡은 프로스트 형제는 그들을 블러드맨에게 연행한다. 한편 지구에서는 신연방군에 구속된 쟈밀 일행이 총살형에 처해지려 하고 있었다. 그 위기의 순간에 나타난 것은…….
Tiffa의 인도로 Bradman에게서 탈출한 Garoad 일행을 프로스트 형제와 신연방이 추격한다. Jamil 일행과 합류하여 겨우 그들을 물리쳤지만, 떠나면서 프로스트 형제가 남긴 말은 불길한 미래를 암시하고 있었다.
달을 향하는 우주 혁명군에 호응하여 신연방군도 침공 준비를 착착 진행하고 있었다. 한편, 태어나서 처음으로 강한 힘을 원하게 된 Tiffa는 혼수상태 속에서 D.O.M.E.와 정신 감응을 이루고, 모든 해답이 달 기지에 있다는 것을 깨닫는다.
달의 궤도상에서는 신연방군과 우주 혁명군이 전면 대결을 맞이하고 있었다. 그 와중에 월면 강하를 감행하는 프리덴. 동료의 엄호 덕에 가로드와 티파는 월면에 도달했다. 그리고 티파가 기동시킨 비트 MS에 이끌려 사이델, 블러드맨, 쟈밀 등이 한자리에 모인다.
D.O.M.E의 정체는 유전자 수준까지 해체되어 기지 시스템에 통합된 인류 최초의 뉴타입이었다. 그의 의식체가 사람들 앞에 나타나 과거에 얽매인 사람들에게 진실을 이야기하기 시작한다……. 그 무렵 달 궤도상에서는 프로스트 형제가 마침내 진정한 목적을 위해 움직이기 시작하고 있었다.