배틀스타 갤럭티카

지구를 찾아 여정을 시작한 갤럭티카와 콜로니얼 함선. 하지만 33분마다 사일런 추격대가 나타나 인간들을 쫓아온다. 결국 5일째 33분마다 초광속 도약으로 도망가느라 갤럭티카 대원들은 잠도 자지 못하고 완전히 지쳐 버린다. 248번째 도약을 한 그때, 승객 약 1,300명을 태운 올림픽호가 사라지고 맹렬히 쫓아오던 사일런 추격대는 종적을 감춘다.

갤럭티카의 물 탱크에서 폭발이 발생해 기내에 보유한 물 가운데 60%가 유실되는 대형 사고가 터진다. 부머는 이 사고가 자신과 관련됐다고 생각하지만, 도무지 기억이 없다. 아다마 함장은 급수원이 될 천체를 찾기 위해 정찰대를 파견하고, 부머가 모는 랩터는 운이 좋게도 물이 있는 행성을 찾아내지만 부머는 웬일인지 입이 떨어지지 않는다. 한편 리 아다마 대위는 올림픽호를 폭격한 일로 계속 죄책감을 느끼고, 로슬린 대통령은 그를 위로하며 자신의 군사 참모로 임명한다.

죄수들을 수용하던 아스트랄 퀸에 방문한 리와 빌리, 듀알라는 죄수들의 인력을 동원해서 얼음 행성에서 물을 구하려고 한다. 하지만 죄수들의 리더격이자 양심수인 '톰 자렉'은 이를 거부한다. 자렉의 혁명 저서를 읽었던 리는 그에게 호의를 가지고 대화를 시도하지만, 자렉은 죄수들과 함께 폭동을 일으키고 리를 비롯한 갤럭티카 대원들과 교도관들은 인질로 잡히게 된다. 스타벅은 이들을 구조하기 위한 잠입 작전을 세운다. 한편, 카프리카에 고립된 힐로는, 부머로 위장한 사일런과 서로 더 의존하게 된다.

1000번째 착륙을 기념하던 파일럿 '플랫 탑'과 다른 동료 파일럿들은 갑판 위의 드론 오발 사고에 휘말려 목숨을 잃는다. 동료들의 장례식을 치르며 아다마 함장과 스타벅은 과거에 잭을 잃었던 슬픔이 되살아난다. 아다마 함장은 스타벅에게 새 조종사를 훈련시키는 임무를 맡기고, 스타벅은 잭이 기본 비행 훈련에 실패했지만 파일럿 시험에 통과시켰던 죄책감을 다시 느끼게 된다. 한편, 카프리카에 고립된 힐로와, 부머로 위장한 사일런은 한 식당에 있는 임시 대피소를 발견한다.

실종된 스타벅이 마지막까지 전투했다는 정보를 입수한 윌리엄 아다마 함장은 스타벅의 마지막 위치를 기점으로 수색을 시작한다. 스타벅이 산소 탱크로 버틸 수 있는 시간은 5시간, 열악한 환경과 사일런의 위협에도 수색을 멈추지 않는다. 한편, 카프리카에서 기적적으로 안식처를 찾은 힐로와 부머는 얼마 되지 않아 사일런과 맞닥뜨린다.

죽은 줄 알았던 도럴이 민간인 틈에 섞여 공보관 행세를 하여 갤럭티카 전함에 숨어들고 이를 발견한 아다마 함장과 타이 부함장은 사일런에게 복제본이 있다는 사실을 알게 된다. 보안 사고가 함 내에 연달아 일어나자 수사 위원회를 구성하여 선임 위병 부사관에게 사건 조사를 일임하고 사일런이 인간과 동일한 모습이라는 사실을 공개 발표한다. 이에 사람들은 서로를 의심하게 되고 부사관의 의심스러운 눈초리는 티롤 갑판장과 샤론 중위에게 향한다.

사일런 탐지기를 개발하던 발타 박사는 셸리 고드프리의 증언으로 한순간에 반역자로 낙인찍힌다. 아다마 함장은 셸리 고드프리가 건넨 디스크 속 사진에 찍힌 남자가 발타 박사가 맞는지 확인하는 동시에 고드프리에게도 미행을 붙이라고 지시한다. 다리 부상이 심한 스타벅은 레이더 작동법을 파악하려는 티롤을 도우려 나서고, 힐로는 함께 도망 다니던 샤론에게 자신의 마음을 고백한다.

화물선 제미논 트래블러에서 사일런 2호가 발견된다. 2호의 환영에 시달리던 로라 로슬린 대통령은 이상한 기운을 감지하고 사일런을 취조하도록 명령한다. 2호는 자신을 취조하러 나타난 스타벅을 아는 척하며 반기고 함대의 함선 중 한 대에 핵탄두를 숨겨 둔 사실을 자백한다. 하지만 진실은 알 수 없고, 스타벅을 뒤흔드는 2호와 진실을 알아내려는 스타벅 사이 팽팽한 대치가 이어진다. 한편 부머는 발타 박사를 찾아가 자진해서 사일런 검사를 받는다.

로라 로슬린 대통령은 아다마 함장을 사일런으로 의심하며 발타 박사에게 아다마 함장의 사일런 검사를 지시한다. 아다마 함장이 비밀리에 함선을 떠난 뒤, 사일런 레이더가 나타나자 로라의 의심은 점점 더 커진다. 한편 죽은 줄로만 알았던 사울 타이의 아내 엘런이 갤럭티카에 나타나고, 엘런을 환영하는 저녁 식사 자리에서 아다마 함장이 엘런의 사일런 검사를 몰래 지시한 사실이 밝혀진다.

함대의 필수 연료 틸륨이 5% 남은 가운데, 수색대가 틸륨이 매장된 유일한 행성을 찾았지만 그곳은 이미 사일런이 점령하고 있다. 고민 끝에 윌리엄 함장은 그곳을 탈취하기로 결심하고 스타벅을 불러 기발한 작전을 계획한다. 한편, 로슬린 대통령은 카말라의 부작용으로 환각을 경험하고 이것이 성서의 예언과 관련되어 있다는 사실을 알게 된다.

초호화 여객선 클라우드 9호에서 12콜로니 대표들이 모인 회담이 개최되고, 사지태론의 대표가 톰 자렉이라는 사실에 로슬린 대통령과 아다마 함장은 걱정이 앞선다. 톰 자렉은 회의장에서 부통령 선출 안건을 제안하고, 그에 따라 톰 자렉과 대통령 참모 월리스 그레이가 후보로 추천된다. 한편, 회의장 경비를 맡은 아폴로와 스타벅은 대통령을 노리는 수상한 움직임을 포착하고, 로슬린 대통령은 톰 자렉을 저지하기 위해 새로운 부통령 후보를 떠올린다.

자신과 카프리카에서 같이 있던 샤론이 실은 사일런이라는 걸 알게 된 힐로는 샤론에게 총을 겨눈다. 샤론은 힐로에게 자세히 설명해 주려고 하지만 힐로는 샤론에게 총을 발사한다. 한편 갤럭티카에 있던 부머는 크래시와 함께 자원 탐사를 나서던 중, 바다와 대륙과 대기가 있는 행성을 발견한다. 로라는 이곳이 코볼임을 알게 되고 성서의 계시가 사실로 나타나고 있다고 믿는다. 아다마 함장과 스타벅은 가상의 존재인 지구를 진짜로 믿는 로라에게 미친 소리라고 만류한다.

아다마 함장은 로슬린 대통령이 스타벅을 카프리카로 보내 허황된 전설 속 유물을 찾게 만들어 함대 모두를 위험에 빠뜨렸다며 대통령직을 박탈하겠다고 선포한다. 함장은 군인을 보내 '콜로니얼 원' 함선에 진입하여 로라를 체포하려 하고, 로라 역시 무장 경호원들을 앞에 내세우며 맞선다. 모든 파일럿이 출동한 가운데, 사일런의 기지선을 파괴하기 위해 아다마는 치료 중이던 부머를 보낸다. 자살을 시도했다 실패하고, 그 상처를 회복 중이던 부머는 훌륭히 임무를 완수한다.

반란을 일으킨 로슬린 대통령과 리 대위 그리고 아마다 함장에게 총을 쏜 샤론은 영창에 보내진다. 갑작스레 함대를 책임지게 된 타이 대령은 사일론의 침공에 대비해 서둘러 점프를 하던 중 함대와 교신이 끊어지고 마는데. 사경을 헤메고 있는 아다마 함장의 목숨을 구해 줄 유일한 희망 코틀 박사는 마침 다른 함대에 탑승하고 있는 것이 확인되고, 갤럭티카호는 대혼란에 빠지고 마는데...

사일런의 바이러스가 갤럭티카호의 시스템을 공격하면서 갤럭티카호는 큰 피해를 입게 된다. 카프리카에 도착한 카라는 힐로와 함께 정찰을 나서고, 자신의 집을 다시 찾은 카라는 추억에 잠긴다. 코볼로 추락한 가이우스와 그의 일행들은 부상당한 소시너스를 치료하기 위해 애쓰던 중, 가이우스는 환상 속에서 자신과 넘버 식스 사이에서 태어난 아기를 죽이는 아다마 함장의 모습에 큰 충격에 빠지는데...

리는 코볼에 있는 사람들을 구하기 위해 수색 구조팀을 편성하여 구조에 나선다. 한편, 코볼에 있는 크래시다운 일행은, 구조팀이 올 것이라 예상하고 사일런을 향한 선제 공격을 계획한다. 하지만 크래시다운 일행 사이에서는 내분이 일어나고 사일런과의 접전 중 칼라와 크래시 다운 그리고 가이우스 사이에서 서로 총을 겨눈 채 대치하는 상황이 벌어지는데…

갤럭티카호로 귀환한 티롤은 샤론과의 관계 때문에 사일런이라는 의심을 받는다. 가이우스는 티롤을 생명을 담보로 샤론에게 갤럭티카호에 잠입한 사일런의 숫자를 알아내려 한다. 한 편 카프리카의 카라와 힐로는 카프리카의 생존자들로 구성된 저항세력과 이들의 우두머리인 앤더스와 맞닥뜨리게 되는데..

앤더스 일행과 함께 지내게 된 카라와 힐로는 사일런들로부터 기습공격을 당한다. 부상으로 정신을 잃은 카라는 한 병원에서 의식을 회복하게 되는데. 의문투성이인 의사와 정체 불명의 약물로 기억을 잃는 카라는 결국 탈출을 계획하게 된다. 한 편 리의 도움으로 갤럭티카호를 탈출한 로슬린 대통령은 애스트랄 퀸 호에서 전 함대를 향해 중대한 메시지를 전하는데…

리와 톰의 도움으로 무사히 퀸 아스트랄 호에 도착한 로슬린. 그녀의 성명서로 무려 24척의 민간선이 코볼로 향하게 되지만 모두는 혼란스러운 상태이다. 아다마는 아들인 리의 배신을 믿기 어려워하지만, 퀸 아스트랄 호에서는 이와 반대로 리를 믿지 못한다. 한 편, 카프리카에서 무사히 아폴로의 화살을 가지고 귀환한 카라와 힐로. 하지만 이들과 동행한 샤론의 복제인간은 갤럭티카호에서 추방될 위기에 처하는데...

갤럭티카호에서 추방될 위기를 모면한 샤론은 지구에 대한 유일한 희망인 코볼의 아테네 무덤으로 로슬린 일행을 인도한다. 분열된 인류를 단합시키이 위해 아다마 함장은 수색대를 결성해 코볼로 향하게 되고, 마침내 로슬린 일행 가운데 자신을 살해하려한 샤론을 만나게 된다. 아테네 무덤의 열쇠인 아폴로의 화살로 지구를 찾기 위한 단서를 얻게된 아다마와 로슬린 일행은 새로운 희망과 평화를 맞이하게 되는데...

기드온에서 일어난 민간인 사살 사건으로 갤럭티카호에 대한 전 함대의 시선이 따가운 가운데, 아다마와 로슬린은 디아나 기자의 갤럭티카호 무제한 취재를 허용한다. 모두 갤럭티카 승무원들을 살인자로 보고 있으니, 갤럭티카를 자유롭게 취재하여 승무원들의 인간적인 면모를 보도해달라는 것이다. 한 편, 살해 위협을 받고 있는 타이 대령이 클라우드 나인으로 가려던 도중 항공기에 사고까지 발생한다.

갤럭티카호에 갑작스럽게 시스템 이상 현상이 발생한다. 가이우스 박사는 사일런의 폭탄이 장착되어 갤럭티카호의 모든 시스템을 몇 시간 안에 장악할 것이라는 사실을 발견하게 된다. 아다마 함장은 위급한 문제를 해결하기 위해 샤론에게 도움을 청하고, 티롤은 모두에게 새로운 희망을 안겨주기 위해 새로운 전투기를 혼자서 만들기 시작하는데...

갤럭티카호 주변에 갑작스럽게 나타난 페가수스호. 페가수스 호는 사일런의 기습 공격 당시 행방불명된 함대로서 아다마 함장의 상관인 케인 제독의 지휘 하에 있다. 아다마 함장과 케인 제독의 서열 문제 때문에 서서히 문제점이 붉어지던 중, 페가수스 쏘른 중위가 샤론을 성폭행하려는 사건이 발생한다. 이 사실을 알게된 힐로와 티롤이 쏘른 일행과 몸싸움을 벌이던 과정에서 그만 쏘른 중위가 사망하게 되는데...

페가수스호로 긴급 이송된 힐로와 티롤은 쏘른 중위 살해범으로 사형될 위기에 처한다. 아다마 함장은 페가수스호로 바이퍼를 발진시켜 힐로와 티롤을 귀환시키려 하지만, 케인 제독의 대항으로 양측 아군 함대는 교전의 위기를 맞게 된다. 한 편, 힐로가 완성시킨 새로운 스텔스 ‘블랙버드에 탑승한 카라는 적진에 침투해서 사일런 ‘부활선’의 정찰에 성공하는데...

사일런을 복제하는 ‘부활선’을 폭파시키기 위해 갤럭티카호와 페가수스호는 만반의 준비를 마친다. 리는 스텔스기로 적진에 침투해서 부활선의 FTL 드라이브를 파괴하고, 카라와 함께 사일런 랩터를 물리친다. 아다마 함장과 케인 제독은 아군의 공격이 성공할 경우, 서로를 암살할 지령을 내리게 된다. 페가수스 호에 도착한 카라는 결국 케인 제독을 암살하기 위해 아다마 함장의 명령을 기다려야 하는 숨막히는 상황에 이르게 되는데...

갤럭티카호 안에서 누군가 군용 무기를 조작하는 사건이 발생한다. 이는 민간인 함대를 중심으로 평화를 주장하는 단체의 소행으로 밝혀지고, 이들 단체는 사일런과의 평화를 요구하면서 전쟁을 일삼는 아다마 제독과 갤럭티카호를 맹비난하는데. 한 편, 병세가 악화되고 있는 로슬린 대통령은 아다마 제독과 가이우스 부통령에게 인류에 위협이 될 수 있는 샤론의 아이를 없앨 것을 명령하는데...

케인 제독의 후임인 피스크 대령이 암시장의 배후세력들로부터 암살되는 사건이 발생한다. 아다마 제독은 리 대위에게 사건 수사를 일임하고, 페가수스호로 급파된 리는 가이우스를 의심하기 시작한다. 한 편, 클라우드 나인에 머물고 있는 리의 내연녀, 쉬본이 이들 배후세력들로부터 납치당하고, 리 마저 부상을 입게 된다. 결국 이들 배후 세력은 암시장 소탕 계획을 철회할 것을 요구하는데...

갤럭티카호 바이퍼들이 가장 두려워하는 대상은 최고의 사일런 레이더, 스카. 신출귀몰한 스카는 지금까지 수많은 갤럭티카호의 승무원들과 바이퍼를 격추시켰지만, 스카를 격추시키려는 카라와 캣의 의지는 확고하기만 하다. 하지만 카라는 카프리카에 남겨 둔 앤더스를 그리워하면서 점점 술에 의지하게 되고, 카라의 자리를 넘보는 캣과 잦은 충돌을 일으키게 되는데...

두알라를 흠모하던 빌리는 결국 두알라에게 청혼한다. 하지만 리를 사랑하는 두알라는 빌리의 청혼을 거절하고, 빌리는 큰 상심에 빠지게 된다. 한 편, 민간인 함대 안의 테러리스트 일당이 클라우드 나인 사교 클럽에 잠입해 인질들을 방패삼아 아다마 제독과 협상을 시작한다. 테러리스트들은 샤론을 건네줄 것을 요구하고, 사교 클럽 인질들 중 하나였던 리는 이들과 싸우기 위해 재빨리 몸을 숨기는데...

아다마 제독은 엔진실 정비사 출신인 가너를 페가수스호의 새로운 함장으로 임명한다. 군인 출신이 아니라는 이유 때문에 통솔력이 부족하다는 반발이 크지만, 아다마 제독은 자신의 선택이 최선이라 생각한다. 한 편, 랩터 비행 훈련 감독을 위해 페가수스호로 이동한 카라는 가너 함장과 충돌하게 되고, 결국 리 소위가 이들의 분쟁을 조율하기 위해 페가수스호로 떠나게 되는데...

넘버 식스의 과거가 새로운 몸으로 다운로드 되면서 또 하나의 넘버 식스가 탄생한다. 바로 가이우스를 유혹해서 인류를 멸망시킨 장본인이었던 넘버 식스. 사일런들로부터‘카프리카 식스’라는 전쟁 영웅 대우를 받게 되지만 아직까지 마음 속 깊은 곳에서 가이우스를 사랑하고 있다. 어느 날, 사일런 다나는 넘버 식스처럼 다운로드 이후 새로운 삶에 적응하지 못하는 넘버 에이트를 만나볼 것을 권유하는데...

아다마 제독은 카프리카의 생존자를 구출하기 위해 구조팀을 급파한다. 카프리카로 향한 점프 과정 중에 이탈된 레이스 트랙 일행은 인간이 거주할 수 있는 새로운 행성을 발견한다. 한 편, 대통령 선거에 출마한 가이우스는 로슬린을 제치고 대통령이 되기 위해, 인류가 새로운 행성에 영구 정착할 공약을 내세우게 되는데...

무사히 앤더스 일행을 만나게 된 카프리카 생존자 구조팀! 이들은 갑자기 사일런들의 무차별 공격과 함께 사방으로 포위되면서 사면초가에 빠지게 된다. 하지만 모든 사일런들이 갑작스럽게 카프리카를 떠나게 되고, 갤럭티카호와 민간인 함대는 평화를 맞게 된다. 새로운 행성인 뉴 카프리카에서 영구 정착할 계획을 공약으로 내세운 가이우스 후보는 선거에서 로슬린 대통령보다 많은 득표를 얻게 되고, 결국 로슬린 대통령 참모진은 가이우스를 이기기 위해 히든카드를 꺼내게 되는데...

사일런에게 붙잡혀 모진 고문을 당하던 타이 대령은 아내 덕에 풀려나 다시 저항군 세력을 지휘한다. 한편 카라는 자신을 사랑한다는 사일런 레오반에게 갇혀 지옥 같은 시간을 보내게 된다. 정체 모를 발타 당국 내의 정보원으로부터 뉴카프리카 경찰학교 졸업식 보안 문서를 입수한 저항군은 발타 대통령이 참석한다는 소식을 알게 된다. 이에 경찰에 잠입한 덕을 통해 발타를 없애려 작전을 세우지만 티롤은 무의미한 희생을 삼가자며 작전 취소를 건의한다. 이에 타이 대령은 발타를 제거할 기회를 놓칠 수 없다며 계획을 강행하려 하는데…

저항군의 자살 폭탄 공격이 계속되자 사일런은 관련 지도부 인사를 모두 체포한다. 발타 대통령은 로슬린을 만나 자살 공격을 공개적으로 비난하자고 설득하지만 그녀는 냉정히 거절한다. 한편 카라는 레오반이 자신의 난자로 출생시킨 딸인 케이시를 만나게 된다. 카라는 처음에는 딸을 애써 외면하려 하지만 자신의 잘못으로 케이시가 다치자 모성애를 느끼게 된다. 갤럭티카호에서 아다마 함장은 사일런이 숨긴 지상 함선의 이륙 장치를 회수하기 위해 사일런인 샤론을 중위로 복귀시켜 투입한다. 하지만 샤론과 저항군은 접선 장소에서 공격을 받게 되고 사일런이 사형 집행을 결정한 사람들은 트럭에 실려 사형지로 향하게 되는데...

아내 칼리가 사형수 명단에 올라 처형된다는 소식을 들은 티롤은 사형장 위치를 파악해 가까스로 사형수들을 구출해낸다. 한편 함대 연락 장교로 저항군과 접선한 샤론은 미리 매복 중이던 사일런의 공격을 받지만 해병대의 지원으로 무사히 탈출한다. 사일런 시체에서 자신이 기록한 지도를 발견한 앤더스는 타이 대령의 아내 엘렌이 배신자라는 사실을 알게 된다. 저항군들이 본격적으로 탈출 계획을 세우는 동안 샤론은 수용 시설로 잠입해 지상 함선의 이륙 장치를 회수하지만 죽은 줄 알았던 그녀의 딸이 살아있다는 계시를 받았다는 사일런 3호의 말에 순간적으로 갈등하게 되는데...

아내인 엘렌이 사일런 측에 협조해 배신한 사실이 밝혀지자 타이 대령은 직접 아내에게 독약을 먹인다. 한편 갤럭티카는 마침내 뉴카프리카 궤도로 점프해 유인 작전을 펼치며 본격적인 구출 임무에 나선다. 사일런의 기함이 늘어나면서 갤럭티카 호 승무원들은 실패를 예감하지만, 때마침 등장한 페가수스의 지원으로 무사히 탈출하게 된다. 탈출한 갤럭티카는 민간 함대를 이끌고 집결지로 향하고, 페가수스 호는 적진에서 장렬히 자폭하며 마지막 임무를 완수하는데...

사일런과 결탁한 반역자들을 처단하는 비밀 위원회가 구성되면서 유죄를 선고받은 이들은 위원회에 의해 사형을 당한다. 발타 곁에서 반역 행위를 했다고 알려진 가에타 역시 변절자로 처단받을 위기에 놓인다. 위원회에 환멸을 느끼고 탈퇴한 앤더스 대신 카라가 동참하고, 위원회는 가에타에게 유죄를 선고한다. 한편 자렉 대통령이 비밀리에 이와 같이 사람들을 처단해온 위원회를 인가한 사실을 밝혀낸 로슬린과 아다마 함장은 대통령의 횡포라며 적극 반대하지만 자렉은 불가피한 조처라며 설득한다. 하지만 로슬린은 대통령 취임식에서 화해의 길을 열고 미래를 개척하자는 의미에서 모든 시민에게 사면을 선포하는데...

카라와 타이 대령은 뉴카프리카에서 지낸 후, 방황하며 함대원들과 크게 마찰을 빚는다. 이를 참지 못한 아다마 함장은 둘 다 정신 차리라며 호통을 친다. 한편 사일런과 갤럭티카는 동시에 지구를 찾기 위한 탐사 작업에 본격적으로 착수하고 각각 지구를 찾는 이정표인 사자 성좌의 붉고 푸른 눈빛을 찾아 정찰팀을 보낸다. 하지만 발타의 좌표를 따라 정찰에 나선 기함이 알 수 없는 질병에 전염되고, 이에 발타는 스스로 자원해 기함에 승선한다. 기함에서 질병의 원인으로 짐작되는 고대의 인간이 만든 기계를 발견한 발타는 이 사실을 사일런에게 숨기는데...

알 수 없는 질병에 전염된 사일런 기함을 조사하던 갤럭티카 수색 팀은 전염병의 원인인 듯한 부표를 발견하고 살아남은 사일런 5명을 포로로 이송한다. 이후 포로를 취조해 정보를 캐낸 후 감염된 사일런이 다운로드를 통해 부활선까지 오염시킬 수 있다는 사실을 밝혀낸 함대원들은 이를 기반으로 사일런 종족 전체를 말살시킬 작전을 마련하지만 힐로 대위는 반인륜적 학살이라며 반대한다. 결국 로슬린의 인가로 사일런 말살 작전을 개시한 갤럭티카 호는 사일런 구역으로 점프하고, 부활선이 나타나자 포로를 처형한 후 부활선을 전염시키려한다. 하지만 미리 힐로가 포로들을 몰살시킨 탓에 실패로 돌아가고 함대로 복귀한 제독은 로슬린에게 3천 년 전 13번째 부족이 코볼을 떠날 시기에도 똑같은 전염병이 발생했다는 사실을 알려주는데...

사일런 침공 직전 비밀 작전 중 전사한 줄로만 알았던 스텔스기 조종사 불독 중위가 사일런 레이더를 훔쳐 타고 갤럭티카로 탈출한다. 아마다 함장은 로슬린 대통령에게 진정한 비밀 임무 내용을 숨긴 채 자신이 알아서 처리하겠다며 나선다. 하지만 과거 사일런을 정탐하기 위해 휴전선을 일부러 침범한 불독의 정찰선이 사일런에게 공격당하자 적에게 발각되는 것을 막기 위해 어쩔 수 없이 아다마 함장이 그를 격추시킨 사실을 불독이 밝혀내고 함장은 아들인 리에게 자신이 전쟁을 발발시켰다며 눈물겨운 고백을 한다. 사일런 감옥에서 자신을 탈출시켜주리라 믿었던 아다마 함장이 오히려 자신을 격추시켰다는 사실을 알아낸 불독은 분노에 휩싸여 함장을 유인한 후 지난날의 복수로 그를 죽이려 하는데...

일명 댄스파티라 불리는 함대 복싱 대회가 열리자 모두 서로에게 쌓였던 앙금을 풀며 불만을 해소하는 기회를 갖는다. 하지만 느슨해진 부하들의 정신 상태가 못마땅한 제독은 직접 갑판장 티롤과 링에 오른다. 그리고 처절히 패배한 후 전쟁 기간 동안 군인으로서 태도를 철저히 유지할 것을 모두에게 지적한다. 한편 리에 대한 미련으로 방황하던 카라는 싸우기 싫다는 리를 자극해 함께 링에 오르고 지난날 뉴카프리카에서 서로의 마음을 확인한 후 가슴 아프게 헤어졌던 과거를 회상하며 처절하게 서로를 매질하는 동시에 상대를 향한 진심을 확인하게 되는데...

가공 공정 중의 오염 사태로 함대 전체에 식량이 바닥났다. 랩터 편대원들은 방사능 성단 내로 민선을 유도해 식량을 조달하는 위험한 작전을 전개한다. 한편 발타는 비어스가 계속 자살하면서 부활 과정을 통해 환상을 좇는 사실을 알아채고 함께 하이브리드를 찾아가 사일런 최후의 다섯 모델에 관한 중대한 실마리를 얻는다. 캣은 지난날 마약 운반책으로 활동했던 어두운 과거를 아는 앤조가 등장해 먹을 것을 달라고 협박하자 냉정하게 거절한다. 하지만 결국 카라가 이를 알아내 추궁하자 솔직히 고백하며 스스로 아다마 함장에게 털어놓겠다고 약속한다. 곧 마지막 5차 민선 수송 중 성단에서 배가 실종되자 캣은 마지막으로 목숨을 걸며 민선을 찾기 위해 나서는데...

행성에서 식량 조달을 위해 파견된 티롤 갑판장은 자기도 모르게 무언가에 이끌려 걷다 13번째 부족의 고대 유적인 다섯의 신전을 발견하고, 갤럭티카에서는 갑판장에게 신전에서 주피터의 눈에 대한 실마리를 찾아보라고 지시한다. 하지만 곧 사일런 함대가 등장해 주피터의 눈을 넘기지 않으면 전부 몰살시키겠다고 협박하자 아다마 함장은 함대나 지상 병력을 공격할시엔 행성에 핵탄두를 퍼붓겠다고 대응한다. 발타와 비어스가 실제 주피터의 눈을 찾으러 병력을 끌고 행성으로 출격하자 아마다 함장은 모두의 반대에도 불구하고 결국 핵탄두 발사 명령을 내리는데...

갤럭티카에서 행성을 목표로 핵탄두 발사 채비를 완료하자 사일런 기함에선 행성으로 출격시킨 랩터를 철수하고자 한다. 하지만 3호는 모두의 반대를 무릅쓰고 발타와 비어스를 행성에 착륙시킨다. 한편 신전 사수 작전에 돌입한 리는 아내인 두알라에게 격추된 스타벅을 구하라고 명령한 후 앤더스와 함께 매복해 센추리온을 공격한다. 결국 티롤 갑판장이 끝까지 주피터의 눈을 찾지 못하자 리는 신전을 폭파하려 하지만 비어스와 발타의 방해로 무산되고 비어스는 신전에서 최후의 사일런 다섯 모델과 마주한 뒤 아름답다는 말만 남기며 죽는다. 함께 신전에 있던 발타는 갑판장에게 발각돼 갤럭티카로 체포되고 비어스는 사일런 전체의 결정에 따라 모델 폐기라는 사망 선고를 받게 되는데...

갤럭티카로 체포된 발타가 단식 투쟁을 하며 심문에 응하지 않자 아다마 함장은 약물을 통한 심문 방법을 시도하기로 결정한다. 한편 카라에 대한 마음 때문에 술로 세월을 지새우던 리는 아내로부터 결별 통보를 받는다. 카라 역시 앤더스에게 리를 사랑한다면 붙잡으라는 말을 듣게 된다. 약물 요법을 통해 발타를 취조하던 아다마 함장은 사일런 최후 다섯 모델에 관한 진실을 접하게 된다. 하지만 심문 중 그의 생명이 위험하게 되자 중단하고 다른 방법으로 발타를 설득하는데...

테라시타 호 고장으로 갤럭티카로 피난민을 승선시키던 중, 사지테런 주민들 사이에서 전염병이 돌기 시작한다. 민간인 의사인 로버트 박사는 이들을 치료하려 하지만 오래전부터 의술을 거부하는 전통 때문에 모두 박사의 진료를 외면한다. 결국 갤럭티카에선 부족한 약품 재고량을 고려해 병의 징후를 나타내는 주민에게만 백신을 접종할 것을 결정하고, 힐로는 로버트 박사가 사지테런만 골라 살해한다는 소문을 듣고 박사를 의심하기 시작한다.힐로는 함장과 코틀 박사를 찾아가 로버트 박사가 환자에게 위험한 인물이라며 보고하지만, 근거 없는 비난이라는 질책만 듣게 되는데...

티롤과 칼리 부부가 기밀실 수리 도중 선체 파손으로 그곳에 갇혀 생명이 위독해지자 갤럭티카에선 이들을 구출하기 위해 묘안을 짜내다 결국 위험을 무릅쓰고 문을 폭파한 후 우주에서 구출하는 작전을 계획한다. 한편 결혼기념일을 맞은 아다마 함장은 아내에 대한 그리움으로 환영에 시달린다. 그리고 아들인 리에게서 아내가 자신과 이혼한 후 자포자기한 채 술로 세월을 지냈다는 충격적인 얘기를 듣는다. 아내와 함께했던 세월을 돌이켜 보다 로슬린 대통령을 만난 함장은 서로 지난날 뉴카프리카에서 함께 보낸 밤을 생각하며 진심을 교환하지만 서로의 막중한 책임감이 우선이라는 말로 다음을 기약하는데...

임무 수행 중이던 랩터가 연료 문제로 대통령 전용선에 충돌하자 사건 경위를 조사하던 로슬린 대통령은 발타가 감옥에서 쓴 책을 인용하며 위협하는 연료선 주임을 체포하고 아다마 함장은 연료선 작업 재개를 위해 반장 티롤을 파견한다. 한편 연료선의 열악한 작업 환경을 목격한 티롤은 대통령과 함장에게 처우 개선이 시급하다고 보고하지만 일언지하에 거절당하고 결국 연료선 기계 고장으로 소년 한 명이 큰 부상을 당하자 파업을 선언한다. 하지만 아다마 함장은 티롤을 체포한 후 항명 행위는 용서치 않겠다며 아내는 칼리를 항명죄로 즉각 총살하라는 명령을 내리는데...

카라는 힐로에게 자신이 어릴 때부터 그려온 그림이 고대 13번째 종족의 신전에 등장한 문양과 똑같다는 소리를 듣는다. 이후 함대 재급유 임무를 수행하던 중 레이더상으로 확인되지 않는 정체불명의 적기를 쫓는 사건이 있어난다. 이 일로 인해 주변에서 망상에 시달린다는 소리를 듣고, 카라는 어머니가 등장하는 망상으로 인해 혼란스러워한다. 결국 스스로를 믿지 못하고 비행을 포기하려던 카라는 리의 위로로 함께 다시 한 번 정찰 임무에 나서고, 또 다시 다른 사람에게는 보이지 않는 적기를 본다. 이를 따라 꿈속에 등장한 문양과 똑같은 폭풍 속에 휩싸이게 되는데...

카라의 죽음으로 슬픔에 젖어 방황하던 리는 발타의 변호사가 폭탄 테러로 사망하자 아다마 함장의 지시로 발타의 새 변호사인 램킨의 경호를 맡게 된다. 발타와 넘버 식스를 면담하는 램킨의 모습을 지켜본 리는 그들의 대화를 들으며, 인간의 악한 본성에 대해 생각하게 된다. 이 후 자신의 방으로 향하던 램킨이 폭탄 테러로 크게 부상당하는 일이 발생하고, 리는 물건을 슬쩍하는 게 버릇이라는 램킨의 고백을 통해 범인을 밝혀낸다. 아버지인 아다마 함장이 편대장으로 복귀하라는 명령을 거부한 리는 자신이 직접 램킨의 변호 일을 돕겠다며 나서게 되는데...

발타의 재판이 시작되면서 함대 전체가 술렁이게 된다. 한편 경계 임무에 나선 랩터가 사일런에게 추적당한 사실을 보고하고, 갤럭티카에선 넘버 식스를 통해 사일런이 연료선의 특이한 방사선 신호를 이용해 추적한다는 사실을 밝혀낸다. 아다마 함장은 타이 대령이 법정에서 창피를 당한 일을 놓고 리가 변호사에게 밀고한 것이라고 의심한다. 아버지에게 아무 잘못한 것도 없이 추궁당한 리는 억울한 마음에 군복을 벗겠다고 선언한다. 이 후 법정에선 리는 로슬린 대통령의 카말라 복용 사실을 캐묻기 시작하는데...

운명의 재판 발타의 재판이 시작되면서 함대 전체가 술렁이게 된다. 한편 경계 임무에 나선 랩터가 사일런에게 추적당한 사실을 보고하고, 갤럭티카에선 넘버 식스를 통해 사일런이 연료선의 특이한 방사선 신호를 이용해 추적한다는 사실을 밝혀낸다. 아다마 함장은 타이 대령이 법정에서 창피를 당한 일을 놓고 리가 변호사에게 밀고한 것이라고 의심한다. 아버지에게 아무 잘못한 것도 없이 추궁당한 리는 억울한 마음에 군복을 벗겠다고 선언한다. 이 후 법정에선 리는 로슬린 대통령의 카말라 복용 사실을 캐묻기 시작하는데...

죽은 줄만 알았던 카라가 갤럭티카로 돌아오자 어디선가 나타난 사일런들이 함대를 공격하기 시작한다. 함대의 목줄을 조이던 사일런은 샘의 얼굴을 보더니 갑자기 후퇴하기 시작하고, 그런 사일런의 모습을 보며 아다마 제독과 로즐린 대통령은 카라의 귀환이 사일런의 함정일지도 모른다며 카라를 의심하지만 카라는 지구에 갔다 왔다며 길을 인도하겠다고 나서는데...

1호가 레이더의 지각능력을 뺏으려고 하자 넘버 식스는 넘버 원을 상대로 한 반란을 꾸미고 센추리온에게 지각능력을 준다. 카라는 지구를 봤다며 점프를 하지 못하도록 대통령을 인질로 잡지만 대통령은 쉽게 마음을 바꾸지 않고, 리 아다마는 군인 생활을 끝내고 정계에 입문하기로 결심한다. 한편, 카라를 딸 같이 여기던 아다마 제독은 카라가 사일런일지도 모른다는 생각에 괴로워 하는데...

카라 트레이스는 드미트리우스를 타고 지구로 가는 길을 찾기 위해 탐색에 나서지만, 느낌에만 의존하는 탐색 작업 때문에 대원들은 점점 그녀를 불신한다. 리 아다마는 의원으로 임명된 후 로슬린 대통령이 준비 중이던 사법권에 관련된 특별법에 제동을 걸고, 로슬린은 그런 아다마를 탐탁치 않게 생각한다. 한편 캘리는 남편이 바람피운다고 굳게 믿고 신경질을 부리다 결국 남편의 비밀을 알게 되는데...

인간과 사일런은 서로 다른 믿음과 신 때문에 다툼을 계속한다. 가이우스 볼타의 집회는 다른 종교를 믿는 사람들의 분노를 사고 결국 공격을 받게 된다. 아내를 떠나보낸 타이롤은 아내에 대한 죄책감과 자신이 사일런이라는 사실 때문에 괴로워하고, 결국 아다마 제독에게 대들어 강등당하게 된다. 한편 로슬린 대통령은 가이우스의 집회를 제한하는 조치를 취하고, 리 아다마는 이에 반대하는데...

타이롤은 캘리가 자살한 충격 때문에 점점 볼타의 말에 빠져들고, 볼타는 자신의 집회에 나타나는 타이롤을 회유해 자기 편으로 끌어들이려고 한다. 지구로 가는 길을 찾기 위해 떠난 드미트리우스 앞에 레오벤이 탄 헤비 레이더가 나타나고, 카라는 레오벤을 생포한 후 사일런과 연합하자는 얘기를 듣는데...

드미트리우스에서의 반란이 게이타의 심각한 부상으로 끝이 나자 카라는 소수의 인원을 랩터에 태워 베이스스타로 향하고, 힐로는 함대로 복귀할 시간까지 그들을 기다리기로 한다. 로슬린 대통령은 병원에서 만난 여자가 사후세계를 보았다며 볼타의 말이 사실이라고 하자 묘한 감정을 느끼게 된다. 한편 앤더스는 최후의 다섯으로서의 자신의 목적을 찾기 위해 카라와 떨어져 베이스스타를 헤매는데...

드미트리우스와 베이스스타가 함께 콜로니 함대로 점프를 시도하지만 드미트리우스의 고장으로 베이스스타 홀로 콜로니 함대 한가운데 떨어지자 아다마 제독은 공격을 명령하고, 뭔가 이상하다는 걸 느낀 타이 대령은 공격 중지를 외친다. 대통령이 콜로니 함대와 베이스스타의 연합 작전을 준비하자 의회는 왜 자신들의 의사를 묻지 않았냐며 대통령의 불신임안을 논의하는데...

로슬린 대통령이 탑승한 베이스스타가 점프해버리자 함대는 혼란에 빠지고, 자렉은 로슬린 대통령이 없는 틈을 타 대통령 역할을 수행한다. 리는 자렉이 대통령이 되자 정당성을 가진 대통령을 선출해야 한다며 로모 램킨과 함께 임시 대통령을 찾기 시작한다. 한편 아다마 제독은 대통령이 사라지자 그녀를 찾기 위해 함대를 위기에 빠뜨리고 결국 충격적인 결단을 내리게 되는데...

하이브리드가 계속 점프를 해가며 부활 모선에게 다가가자 바이퍼 조종사와 사일런 조종사들은 모선을 공격하기 위해 작전을 짜고, 로슬린 대통령은 힐로에게 넘버 쓰리인 디애나를 찾으면 사일런을 제치고 자신에게 먼저 데려오라고 명령한다. 모선과의 전투 중에 볼타가 부상을 입자 로슬린은 볼타를 치료하지만, 볼타가 자신의 과거를 털어놓자 기껏 치료했던 붕대를 풀어가며 피 흘려 죽도록 내버려두는데...

넘버 쓰리가 이끄는 사일런 저항군은 로슬린 대통령과 갤럭티카의 파일럿들을 인질로 붙잡고 최후의 다섯을 내놓으라고 협박한다. 이에 리 아다마 대통령은 인질 구출 작전을 명령하지만 타이 대령은 아다마 제독을 찾아가 무모한 작전을 멈추고 최후의 다섯 중 하나인 자신을 미끼로 이용하라고 한다. 한편 타이롤과 앤더스는 카라가 타고 온 바이퍼가 뭔가 달라졌음을 눈치채고 카라를 불러내는데...

핵 공격의 여파로 잿더미가 된 지구를 찾은 함대는 고생 끝에 찾은 지구의 참혹한 모습에 절망에 휩싸인다. 로슬린 대통령은 피티아의 예언서를 불태우고 리는 자살한 두알라를 앞에 두고 망연자실하며, 아다마 제독은 타이 대령을 찾아가 총구를 겨누며 죽으려 한다. 한편 카라는 지구에서 자신이 타던 바이퍼와 시체를 보고 충격에 휩싸이고, 디애나는 캐빌에게 쫓기느니 지구에서 죽을 것을 택하는데...

아다마 제독이 콜로니 함선을 사일런 저항군의 FTL 기술로 업그레이드시키려고 하자 자렉 부통령은 의회를 선동해 사일런들의 승선을 원천 차단한다. 티롤은 아이가 아프자 병원을 찾아가고 신부전증이란 얘기를 듣고 수혈을 걱정하지만, 코틀에게 자신이 친아빠가 아니란 얘기를 듣고 충격에 빠진다. 한편 틸리움 함선에서 반란이 일어나고 랩터를 피해 점프해버리자 아다마 제독은 자렉 부통령의 체포를 명령하는데...

게이타는 남들 몰래 자렉을 석방시키고 콜로니 1호로 보내고 갤럭티카에서 반란이 일어나는 동안 전투 정보실의 아다마 제독과 타이 대령이 반란을 알 수 없도록 거짓 정보를 만들어낸다. 한편 카라와 리는 폭동을 피해 로슬린 대통령을 구하고 아다마 제독을 찾아다니고, 티롤은 랩터를 가져와서 모두를 살리려고 하는데...

자렉과 게이타는 쿠데타를 일으켜 아다마와 타이를 체포하지만 로라는 베이스스타로 탈출해 토리와 사일런들에게 아다마를 지켜달라고 부탁한다. 갤럭티카의 병사들과 민간인들은 함선 내에서 서로 전투를 벌이고 자렉은 의회를 소집해 의원들에게 자신을 밀어달라고 말하지만 의원들은 자렉을 쉽게 받아들이지 않는다. 한편 게이타는 빨리 아다마를 죽이라는 자렉의 말을 무시하고 아다마의 재판을 시작하는데...

뉴 카프리카에서 남편인 타이 대령이 먹인 독 때문에 죽었던 엘렌은 부활한 후 캐빌에게 포로로 잡힌 신세가 된다. 총에 맞아 사경을 헤매던 앤더스는 그 덕에 과거의 기억을 되찾고 사람들에게 그 이야기를 하려 하지만 급한 수술 때문에 전부 다 얘기할 기회를 얻지 못한다. 한편 티롤은 아다마 제독에게 갤럭티카의 전체적인 보강이 필요하다며 사일런의 기술을 써야 한다고 말하는데...

엘렌과 부머가 갤럭티카에 도착하자 최후의 다섯과 사일런들은 베이스스타로 돌아가 사일런만의 문명을 만들자는 얘기로 투표를 하지만, 타이와 혼수상태인 앤더스의 반대로 투표의 운명은 엘렌에게 모아진다. 타이와 카프리카 식스가 서로 사귀고 아이까지 가졌다는 얘기에 엘렌은 배신감을 느끼고 둘의 관계를 망치려고 계략을 꾸민다. 한편 볼타는 굶주린 민간인을 보고 음식을 나눠주면서 베푸는 것이 즐겁다는 걸 깨닫는데...

카라는 자신의 아버지를 떠올리게 하는 피아니스트를 만나게 된다. 그녀는 어린시절 기억하던 멜로디를 연주하려고 노력하고, 헤라에 의해서 쓰여진 것은 그녀에게 도움이 된다. 한편, 부머는 반역죄로 재판을 받게 되고, 티롤은 그녀의 측에 서서 그녀의 탈출을 도와준다.

아다마는 식민지를 찾기 위해 조사팀을 보내게 된다. 한편, 아다마는 마지 못해 갤럭티카에 도달할 것을 결정한다. 그는 모든 복구 활동과 함대의 복구 가능한 모든 것을 공유하기로 결정한다.

아다마는 선원들에게 사일런 기지에 공격을 가하기 위해 마지막 도약을 할 수 있는지 물어본다. 사일런 침공 전에 선원들은 자신의 생에 중요한 순간에 놓이게 된다. 아다마는 함대에서 은퇴하기로 결정을 하고 투쟁을 하게 되는데...

갤럭티카는 헤라 구출의 희망을 갖고 사일런을 공격한다. 그들의 미션은 성공적으로 마무리 되고, 갤럭티카는 수명이 다하게 되는데...