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때는 신세기(神世紀) 300년 유우키 유우나는 산슈 중학교에 통학중인 중학교 2학년. 용사부에서 부활동을 하며 절친인 토고 미모리, 용사부 부장 이누보자키 후우, 후우의 여동생인 이누보자키 이츠키와 함께 사람들에게 도움이 되기 위해 여러 교외활동을 펼치는 나날을 보내고 있었다. 하지만 이러한 평온한 나날은 스마트폰으로부터 갑작스레 발생한 알람과 함께 돌연히 종언을 고했다.
산슈중학교 2학년인 유우키 유우나는, '용자부'에 소속된 13살의 여자아이이다.
보통의 나날을 보내는 유우키 유우나는, 어느 사정으로 용자로 변신하게 된다.
용자로 선택되어 한 달이 지나고, 유우나들은 바쁜 나날을 보내고 있었다.
용자부 중 한 명, 이누보자키 이츠키의 반에서는 음악 수업에서의 합창 테스트가 가까워져오고 있었다.
더욱더 격해져가는 바텍스의 침공. 좀 더 결속을 강화하는 유우나들은 그것에 맞서싸운다.
유우나들은 내일도 힘내자고 생각했다.
대사의 준비로 유우나와 용자부 일동은 바다로 향한다.
용자부의 분주한 나날이 계속되고 있다.
어느 날, 용자부의 어느 멤버에게 연락이 온다.
용자부에서 깜짝 놀라는 일이 생긴다.
용자부 부원들 각각의 마음이 교차해간다.
유우키 유나는 용자다.
신세기 298년, '유우키 유우나는 용자다'편의 2년 전. 와시오 스미는 초등 6학년이다. 와시오는 신수가 선택한 용자로 같은 반인 노기 소노코와 미노와 긴과 함께 세계를 보호한다. 노기 소노코는 바보 같고, 미노와 긴은 너무 활기차서 문제아처럼 보인다. 스미는 자기가 둘을 이끌 거라며 들떠 있는데....
용자 팀인 와시오 스미, 노기 소노코, 미노와 긴은 협공에 실패한다. 전투에 대비해 충분히 훈련하지 못했기 때문이다. 그래서 리더를 정하고 훈련 캠프에서 결속력을 다지기로 한다. 스미는 자기가 리더의 자질이 있다고 생각하지만, 선생님은 소노코를 리더로 지명하고....
세 명의 소녀, 와시오 스미, 노기 소노코, 미노와 긴은 더 강한 결속력으로 뭉쳤고, 용자의 임무를 완수하려고 열심히 노력한다. 쉬는 것도 임무에 속한다. 세 명의 소녀는 잠시의 휴식을 마음껏 즐기기 시작한다.
와시오 스미, 노기 소노코, 미노와 긴은 학교 소풍을 간다. 세 명의 소녀는 버텍스의 힘이 세지자 위험에 처한다. 마치 그들의 즐거운 일상생활이 산산이 조각날 것 같다.
늘어나는 적과 전투를 대비하여 용자 시스템은 개선되었다. 하지만 그것은 초등 6학년 소녀들이 겪기엔 너무 잔인한 것이다. 그래도 소녀들은 임무를 완수하기 위해 최선을 다한다.
드디어 결정적인 전투가 시작된다. 용자는 새롭게 충전된 힘으로 임무를 완수한다. 꽃은 아름답게 피었다. 이들에게 펼쳐질 미래의 운명은....
유우나와 산슈 중학교 용자부 회원들은 동아리 활동을 열심히 하면서 평범한 일상생활을 즐긴다.
유우나와 용자부 회원은 열심히 활동한다.
용자부에 또 놀라운 일이 생긴다.
한 일기장에 무엇인가 씌여 있다.
유우키 유우나는 중대한 결정을 한다.
용자의 외침이 하늘로 메아리친다.
소녀들의 소중한 일상이 그곳에 있다.
소녀들의 불가사의한 목적은.
필사적으로 앞으로 나아가는 소녀들의 유대는 깊어진다.
각자가 맞이한 운명, 그리고.
유우나와 용사부 부원들은 필사의 각오로 싸운다.
소녀에게 쌓여가는 마음.
어느 소녀의 고백.
바통은 이어졌다.
두 소녀가 해후한다.
소녀들은 화려하게 피어난다.
하늘과 땅을 뒤흔드는 싸움.
다다른 이야기의 결말.