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단순하지만 독특한 콘셉트의 스릴러이자 주인공의 정신적 성장을 다룬 드라마 ‘해나’는 숲에서 자란 특별한 여자아이가 주인공이다. 해나는 CIA 요원의 끊임없는 추격을 피하며 자신이 누구인지 진실을 파헤치기 시작한다.
에리크 헬러는 루미나아의 비밀 시설에서 아기인 해나를 구출한다. 그 뒤로 부녀는 15년간 폴란드의 깊은 산속에서 살아간다. 하지만 바깥세상이 궁금해진 해나가 숲 밖으로 발을 내딛으면서 해나가 태어난 뒤로 해나를 쫓고 있던 CIA 요원 마리사 비글러의 주의를 끌고 만다.
마리사의 부하에게 붙잡힌 해나는 모로코의 CIA 시설에서 탈출해 에리크와 만나기 위해 독일로 향한다. 그 과정에서 영국에서 가족과 여행 온 10대 소녀 소피를 만나고, 진짜 세상과 사춘기의 짜릿함을 알게 된다. 해나가 평범한 삶을 맛보는 사이, 마리사의 부하들이 해나의 뒤를 바짝 쫓는다.
마침내 베를린에서 해나와 재회한 에리크는 군대에서 만난 친구들과 함께 숨어 지내고, 해나는 아버지의 과거에 대해 알게 된다. 그러나 소피와 함께 평범한 삶을 엿본 해나는 자신을 구속하는 아버지에게 불만을 품는다. 마리사의 추격을 눈치챈 에리크와 친구들은 공격을 준비한다.
에리크는 마리사를 감금하고 베를린을 무사히 빠져나갈 수 있게 도울 것을 요구한다. 그동안 해나는 디터의 집에서 숨어지낸다. 아버지가 숨기는 게 대체 무엇인지 궁금해진 해나는 에리크가 자신에 관한 큰 비밀을 숨기고 있다는 것을 깨닫는다. 에리크의 탈출 계획이 점점 완성되어 가는 사이, 마리사 또한 탈출 계획을 세운다.
에리크가 숨기고 있던 진실에 여전히 충격받은 해나는 런던 교외 지역에서 소피와 함께 숨어지내고, 소피는 부모님에게 해나의 존재를 비밀로 한다. 소피의 설득으로 학교 파티에 간 해나는 처음으로 남자아이에게 설레는 감정을 느낀다. 그 사이 에리크의 친구들은 도망치는 과정에서 심각한 상처를 입은 에리크를 살리기 위해 애쓴다.
앤턴을 사이에 두고 소피와 해나의 관계가 점점 틀어지기 시작한다. 둘이 말싸움을 하고 다툰 사이 마리사가 해나의 어머니로 가장하여 소피의 집에 찾아온다. 소피 가족을 위험에 빠뜨리지 않으려면 자유를 포기하고 마리사를 따라가야만 하는 상황에서 해나는 괴로워한다. 그 사이 소여에게 붙잡힌 에리크는 잔혹한 신문을 당한다.
완전한 진실이 아니면 해나가 받아들이지 않을 거란 사실 깨달은 에리크는 해나의 과거를 알려주기 위해 루마니아로 향한다. 그 사이 마리사는 소여가 유트락스에 관한 진실을 숨기고 있다는 사실을 깨닫는다.
에리크는 해나에게 유트락스에 관한 진실을 알려주고, 해나는 결단을 내린다. 그 사이 마리사는 소여가 숨겨온 유트락스의 진상을 알아내기 위해 나선다.
해나는 루마니아 북부의 드넓은 숲에 클라라를 피신시키고, 나머지 훈련생들은 메도스라는 교육 시설로 이송되어 새로운 신분을 받는다. 마리사는 클라라의 엄마가 인터넷에 글을 올린 것처럼 꾸며 부쿠레슈티의 호텔로 클라라를 유인한다. 갑자기 들이닥친 유트락스에 의해 클라라가 잡혀가고, 그 뒤를 쫓던 해나는 마리사와 재회한다.
마리사와 해나가 파리에 돌아온다. 메도스에 들어간 클라라는 반항적인 기질 때문에 문제를 일으키고, 태리는 프로그램에 다시 합류하도록 설득한다. 클라라를 쫓는 해나는 유트락스의 배후에 제약회사가 있는 걸 깨닫고 약물 임상 시험에 참여하는데, 그 약이 메도스의 훈련생들을 위한 것임을 알게 된다.
해나는 패스웨이로 돌아와 뒤몽을 쫓는다. 약을 실은 차는 도시를 빠져나와 메도스로 향한다. 마리사는 소니아가 벨기에에 있는 걸 알고 소니아를 죽인 뒤 제시간에 해나를 찾는다. 해나는 메도스를 향하여 클라라를 구하려 하지만, 테리의 계획이 성공하여 클라라는 딴사람이 되어 잘 적응하는 것처럼 보인다.
마리사는 메도스에서 해나와 만나 그날 밤에 탈출 계획을 세우며 해나와 한 팀이라는 것을 설득한다. 해나는 클라라에게 같이 떠나자고 설득하지만, 가족 같은 메도스의 분위기에 위로받은 클라라는 해나를 배신하고, 카마이클의 손에 다시 권력을 쥐여준다. 한편, CIA 요원인 매니언은 메도스를 찾지만, 해나와 마리사의 흔적은 발견하지 못하는데…
마리사가 메도스에 갇혀 있는 동안 해나는 미아 볼프라는 새 신분을 받아들여야 한다. 하지만 그러려면 에리크의 죽음을 슬퍼해야 하고, 그 덕에 테리는 계획에 박차를 가한다. 마리사는 해나에게 떠나자고 하지만, 클라라가 방해한다. 클라라는 마리사를 쏘고 카마이클에게 납치하려는 마리사를 해나가 쐈다고 말한다. 해나는 다시 메도스로 돌아간다.
해나와 줄스는 유트락스의 비밀을 폭로하려는 군 변호사와 만나려는 런던의 기자를 살해하라는 첫 임무를 수행하러 떠난다. 샌디와 클라라는 증거를 회수하기 위해 바르셀로나로 떠난다. 해나는 계획을 저버리고 매니언과 함께 니컬라를 구하려 하지만, 한발 앞선 줄스와 리오로 인해 끔찍한 결과를 맞이한다.
해나는 겔더를 살리고, 클라라에게 유트락스를 떠나라고 설득하기 위해 바르셀로나로 간다. 해나에게 엄마의 이름과 행방을 들은 클라라는 갈등을 겪는다. 샌디는 겔더의 딸인 캣의 신임을 얻고, 클라라가 두 사람을 죽이는 걸 망설이자 화를 낸다. 샌디는 겔더를 죽이고, 해나와 클라라는 캣과 도망친다. 마리사는 매니언의 동료인 그랜트와 함께 해나를 찾는다.
겔더가 죽은 뒤, 카마이클은 바르셀로나에 도착한다. 해나, 클라라, 캣은 언덕 위 별장에 숨는다. 호텔로 돌아간 해나는 마리사의 도움으로 겔더의 목표물 명단을 손에 넣는다. 마리사는 카마이클을 따라 별장으로 가서 유트락스 지도자들에게 법의 심판을 받게 하자며 카마이클을 협박한다. 해나는 클라라가 엄마와 재회하도록 보내주고, 마리사를 도와 유트락스를 파괴하러 돌아온다.
마리사는 훈련생 프로그램을 이끈 존 카마이클에게 협조를 강요하고, 이에 해나는 충실한 유트락스 훈련생으로 위장하여 메도스에 돌아온다. 훈련생들은 첫 임무를 준비하고, 마리사는 암살 명단에 오른 빈의 CIA 분석가를 만나 정보를 캐낸다. 파리에 도착한 해나는 카리스마 넘치는 청년 운동가이자 자신의 목표물인 아바스를 만난다.
아바스를 잊지 못한 해나는 규칙을 깨고 아바스의 안전 가옥을 찾아간다. 해나의 사진으로 의장의 정체를 알게 된 마리사는 무너진다. 해나와 마리사가 다음 암살 작전을 방해할 계획을 세우는 동안 작은 실수가 의심을 불러일으킨다. 해나는 진상을 알아보러 파견된 유트락스 요원을 처리하지만, 카마이클의 폭로로 해나와 마리사가 위험에 처한다.
정체가 발각된 해나와 마리사는 빠르게 움직인다. 개척자 그룹의 본부로 추정되는 곳이자 암살 프로그램이 만들어진 빈으로 향하려 하지만, 해나는 아바스를 찾으러 떠나고 마리사만 빈으로 간다. 두 사람은 함정에 빠지게 될 것을 눈치채지 못한다.
개척자 그룹 본부에 침입한 해나와 마리사는 암살 명단이 만들어진 방식과 그 뒤에 숨은 무서운 진실을 알게 된다. 의장 에번스와 마주하게 된 마리사는 유트락스 프로그램을 무너뜨릴 수 있는 증거를 위해 해나를 두고 떠난다.
해나와 마리사는 겨우 위기를 넘기지만, 해나는 에번스에게 잡힌다. 마리사는 유트락스 프로그램을 무너뜨릴 수 있는 증거가 암호화되어 이용할 수 없음을 깨닫는다. 본부에서 탈출하려던 해나는 개척자 그룹을 무너뜨릴 수 있는 중요한 사실을 알아내지만, 에번스의 잔인한 심문으로 그걸 이용하기도 전에 무너질지도 모른다.
해나와 마리사는 포로가 되어 개척자 그룹 본부로 돌아오지만, 이는 유트락스 프로그램을 무너뜨리기 위한 증거를 풀기 위함이었다. 아바스와 딸이 위험에 처한 걸 알게 되자 두 사람은 이들을 구하러 떠난다. 빈 외곽의 숲에서 해나는 아바스를 구하고, 마리사는 에번스와 마지막으로 맞선다.