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알렉스 라이더가 그의 삼촌 이안이 실제로 영국 스파이로서의 임무 수행 중에 살해되었다는 것을 알게 되면서 모든것이 바뀐다. 평범한 십대 청소년은 부서장이 그의 삼촌의 죽음을 조사하는 것을 돕도록 압력을 받는다. 마지못해 새로운 신분을 가정하고 포인트 블랑이라는 외딴 기숙학교에서 잠복근무하게 되는데...
알렉스 라이더는 삼촌의 의문스러운 죽음을 파헤치다 그가 자신이 알던 사람이 아니었음을 알게 되고, 자신도 그 뒤를 이어야 한다는 것을 깨닫는다.
알렉스는 삼촌이 스파이라는 충격 속에 정체를 알 수 없는 준군사 요원 그룹에 납치되어 심문받는다. 그는 탈출을 위해 숨겨둔 모든 기술을 동원한다.
알렉스는 위장 신분 유지를 완벽하게 하려 애쓰는 동안, 초부유층이라는 낯선 세계에 던져진다. 임무를 비밀 유지하기 위해 친구인 톰과의 관계가 멀어질 위험을 감수한다.
알렉스는 포인트 블랑 비밀 수사 중 자신이 취약한 상태에 놓였음을 느끼고, 국은 내부 스파이를 추적하지만, 킬러 야센이 먼저 그에게 접근한다.
알렉스는 포인트 블랑 학생들이 그라이프 박사에 의해 세뇌되고 있음을 알고 카이라, 제임스와 함께 탈출을 계획한다. 블런트는 파커 로스코 조사를 주도한다.
톰이 이안 라이더 살해 뒤에 숨겨진 음모의 표적이 되는 동안, 알렉스와 카이라는 그라이프 박사의 비밀 계획에 대한 증거를 찾아낸다.
알렉스는 친구들을 구출하고 그라이프의 계획을 막기 위한 잠입 임무에서 특수 부대 팀을 이끌고 포인트 블랑 내부로 돌아간다.
국은 이안 죽음의 미스터리를 해결하고, 오래된 적의 재등장을 깨닫는다. 알렉스는 사랑하는 이들을 구하기 위한 전투에서 자신의 복제품과 맞선다.
위험했던 스파이 시절을 잊기 위해 애쓰던 알렉스는 코니쉬 해안으로 휴가를 떠난다. 하지만 그의 오랜 적이 다시 나타나자, 알렉스는 다시 스파이의 세계에 휘말리는데.
알란을 추적하여 그에게 경고하려던 알렉스는 우연히 위험한 사이버 테러리스트를 잡으려는 국방부와 충돌한다. 과연 두 사건 사이에 어떤 연관이 있을까.
알렉스는 사비나와 톰의 도움 덕분에 새로운 단서를 발견하게 된다.
알렉스는 비디오 게임 Feathered Serpent 후속작 사전 이벤트에 참석하여 억만장자 데미안 크레이의 음모를 파헤쳐야 한다.
Feathered Serpent 2의 비밀을 파헤치기 위해 알렉스는 친구 알란 블런트에게 도움을 청하지만, 알란은 알렉스의 추격과 수사를 막으며 그를 저지하려 한다.
알렉스, 톰, 그리고 키라는 데미안의 작전을 방해하기 위해 암스테르담으로 떠난다. 반면 국방부는 데미안과 미국 대통령의 만남을 조사하기 시작하는데.
암스테르담을 벗어나 중요한 증거를 국방부에 전달하기 위해, 알렉스는 잭의 도움을 받게 된다. 하지만 대통령이 영국에 간다. 알렉스는 데미안을 막을 수 있을까.
Feathered Serpent 2가 드디어 발매되고, 데미안의 계획이 수면 위로 드러난다. 그리고 알렉스는 벌어질 재앙을 막기 위해 노력하는데.
아버지의 과거에 대한 해답을 찾기 위해 몰타로 간 알렉스와 친구들은 스콜피아라는 범죄 조직의 음모와 이 조직의 새로운 지도자의 정체를 밝히려 한다.
영국 정부가 스콜피아의 협박받자, 블런트와 정보국이 추적에 나선다. 한편, 알렉스는 배를 개조한 몰타의 비밀 연구실에서 스콜피아를 위해 일하는 과학자를 쫓는다.
알렉스가 붙잡히자, 톰과 카이라가 그를 찾아 나선다. 스콜피아는 새 무기의 힘을 보여준다. 알렉스는 줄리아에게서 아버지에 대한 불편한 진실을 듣는다.
친구들과 헤어진 채 스콜피아에 들어가게 된 알렉스는 적대적인 훈련생들 때문에 호된 신고식을 치른다.
알렉스는 스콜피아에 충성심을 입증하기 위해 임무를 수행하러 나가고, 톰과 카이라가 알렉스를 구하려 그 뒤를 따른다. 한편, 정보국은 보이지 않는 검의 비밀을 파헤친다.
알렉스가 존스에게 복수하기 위해 런던으로 돌아온다. 잭과 톰, 카이라는 알렉스를 구하기 위해 정보국에 도움을 요청한다.
정보국에 붙잡혀 신문을 받은 알렉스는 드디어 친구들과 재회한다. 그리고 마침내 앨런 블런트가 알렉스에게 그동안 숨긴 진실을 털어놓는다.
스콜피아가 한 도시 전체의 목숨을 위협하는 계획의 최종 단계를 실행에 옮기려 하고, 알렉스는 늦기 전에 이를 막으려 줄리아 로스먼에게 돌아간다.