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카모메 학원에 전해오는 가장 유명한 7대 불가사의에 대한 소문. 구 교사 3층 여자 화장실 세 번째 칸에는 하나코 씨가 있는데 불러낸 사람의 소원을 무엇이든 이뤄준대. 부르는 방법은 간단해 노크를 3번. 그리고─── '하나코 씨, 하나코 씨, 계신가요?' '네-에-……' 자신의 소원을 이루기 위해 하나코 씨를 부른 오컬트 소녀 야시로 네네. 하지만, 그녀의 앞에 나타난 것은 남자아이의 유령 '하나코 군'이었다. 요괴이지만 가학적이고 조금은 엉큼한 하나코 군에게 휘둘리며 다양한 괴담에 휘말리는 네네. 과연 네네는 무사히 학원 생활을 보낼 수 있을 것인가 누구도 본 적 없는 하트풀 화장실 코미디가 지금 시작된다....
카모메 학원 고등부 1학년 야시로 네네는 학원에 전해오는 어떤 소문을 듣게 된다. 소중한 것과 바꾸는 대가로 소원을 이뤄주는 '화장실의 하나코 씨'. 어떻게 해서든 이루고 싶은 소원이 있었던 네네는 구 교사의 여자 화장실에서 하나코 씨를 불러낸다. 하지만 나타난 것은 남자아이의 유령이었는데!?
하나코 씨의 조수가 된 네네는 그날 이후로 매일같이 화장실 청소를 강요받게 된다. 한창때인 네네에게 있어서 방과 후를 화장실 청소로 보내는 것은 너무 잔혹한 일이다. 네네는 점점 하나코 씨에 대한 불신이 커지게 된다. 그러던 어느 날 학교 안에서 물건이 사라지는 사건이 연이어 발생한다. 그것은 학생들 사이에서 소문이 돌고 있는 '요정 씨'의 소행 같았는데…?
퇴마사 소년 미나모토 코우로부터 하나코 군이 생전에 저지른 죄에 대해서 듣게 된 네네. 기운이 없는 네네를 걱정한 친구 아카네 아오이가 갑자기 사라져 버린다. 반 친구들, 교사, 아오이의 엄마…… 누구에게 물어도 그녀를 아는 사람은 없고 네네는 아오이를 찾기 위해 하나코 군에게 부탁한다. 하나코 군은 한 가지 짐작 가는 일이 있다고 말한다. 그것은 이계로 통한다는 소문이 있는 7대 불가사의 중 하나인 '미사키 계단'이었는데.
'미사키 계단'의 괴이가 명령하는 대로 미사키의 신체를 찾고 있던 네네 일행. 하나하나 부위를 모아서 드디어 완성된 신체를 가지고 정상의 방까지 올라갔을 때 네네 일행을 기다리고 있던 것은…!?
하나코에게 상으로 키스를 받은 네네. 그날 이후로 네네는 하나코 군을 의식하게 된다. 그때 하나코 군으로부터 방과 후에 만나자는 호출을 받는다. 불려간 장소는 성공률 100%로 소문이 자자한 고백의 나무 아래. 네네 드디어 첫 남자친구(유령) 탄생인가!?
고백의 나무, 테루와 대립한 사건 이후로 네네와 코우는 하나코 군의 비밀을 알아내기 위해 5번째 7대 불가사의 '16시의 서고'에 들어간다. 서고 안에는 학교와 관련된 모든 사람의 과거와 미래가 기록된 책이 나열되어 있었다. 네네는 하나코 군의 책을 찾던 중에 자신에 대한 것이 적혀있는 책을 발견하는데.
'16시의 서고'에서 하나코 군의 과거를 엿본 네네는 하나코 군이 죽었다는 사실을 다시 한번 실감하면서 슬픔에 빠져있었다. 어딘지 모르게 어색한 하나코 군과 네네. 그런 두 사람의 힘이 되고 싶었던 코우는 하나코 군이 가장 좋아하는 도넛을 함께 만들자고 네네에게 권유하는데.
테루와는 다른 형태로 괴이들을 대하기로 결심을 굳힌 코우. 중등부 신발장에서 출몰하는 유령 미츠바의 미련을 풀어주기 위해 생전에 못다 이룬 사진 촬영에 협력한다. 하지만 하루하루 코우는 미츠바에게 놀림당하고 휘둘리기 일쑤였는데.
수수께끼의 미남 휴가 나츠히코의 권유를 받은 네네는, 맹렬하게 들떠있었다. 나츠히코에게 넘어가 몸을 배배 꼬는 네네. 하지만, 나츠히코는 네네가 물에 젖으면 물고기가 된다는 사실을 알고 있었다! 물고기가 되어 정신을 잃은 네네가 눈을 떠보니 그곳은 본적 없는 서양식 저택. 그리고 눈앞에는 전에 만났던 미소녀 나나미네 사쿠라와 하나코 군을 쏙 빼닮은 소년 츠카사가 있었는데.
원예부의 활동 기록을 보던 네네. 그곳에 있는 사진 중 네네의 사진에만 괴이들이 같이 찍혀있었는데! 하나코 군과 네네, 코우는 괴이를 쫓아내기 위해 그들의 요구를 온 힘을 다해 들어주게 된다. 점점 사라져가는 괴이들이지만, 마지막 1마리의 요구는 네네를 경계로 데려가는 것이었는데.
세 번째 7대 불가사의 거울 지옥에서 미츠바를 구하는 츠카사. 하지만 그 목적은 이제 막 부활한 미츠바에게 거울 지옥의 심장을 먹이는 것이었는데……!? 한편, 그때 하나코 군과 코우는 네네를 구하기 위해 거울의 경계로 들어갈 방법을 찾아서 츠치고모리를 찾아가는데.
새로운 7대 불가사의가 된 미츠바와 재회한 코우. 하지만 미츠바는 코우를 모른다고 말한다. 복잡한 감정에 혼란스러운 코우. 네네는 코우를 걱정하지만 그런 네네에게 하나코 군은 질투를 느끼고 네네를 놀린다. 의외의 표정을 짓는 하나코 군과 그런 하나코의 속마음을 알 수 없는 네네. '차라리 나도 괴이였다면 좋았을 텐데……' 그렇게 말하는 네네 앞에 나타난 것은 인어 가신들이었는데.
하나코의 조수로서 괴이의 소문을 안전한 것으로 되돌리던 네네와 코우. 친구인 아오이로부터 '7대 불가사의 중 1번째인 '세 명의 시계지기'의 소문을 들은 그날, 카모메 학원에서 학생들이 갑자기 나이를 먹어 늙는 괴사건이 발생한다. 하나코는 그 사건에 '세 명의 시계지기'가 관련되어 있다고 생각했고, 네네 일행과 함께 시계지기를 찾아 나서는데.
7대 불가사의 중 1번째 '세 명의 시계지기', 그중 한 명은 네네도 잘 아는 반 친구인 아오이 아카네였다. 하나코는 사태를 해결하기 위해 아카네에게 협력을 제안했다. 하지만 아카네는 과거의 일로 괴이를 증오하고 있었고 하나코도 의심하며 믿지 않았는데.
네네는 머지않아 죽는다. 생각지 못한 미래의 사실에, 코우는 고민한다. 아무것도 모르는 네네는 평소와 같이 학교에 왔지만 하나코의 모습이 보이지 않았다. 네네는 하나코가 갈 만한 장소를 하나하나 찾아다녔는데.
미츠바에 대한 것, 네네에 대한 것, 아무리 생각해도 좋은 해결책이 떠오르지 않는다. 혼자서 고민하던 코우. 그런 코우에게 못케 운송의 택배가 도착했다. 그것은 네네가 고민하는 코우를 위로하기 위해 보낸 여름 축제 초대였다. 두 사람이 축제에 가는 것을 질투한 하나코는 네네와 코우를 괴이들의 여름 축제로 안내하는데.
아무도 없는 교사, 아무도 없는 실험실. 붙잡혀있던 괴이가──도망쳤다. 그 괴이에게 물리면 안 된다. 발견되면 안 된다. 녀석들은 그저 갈구한다...... 사탕을.
초여름, 찌는 듯한 더위와 시끄러운 매미의 울음소리와 함께 등교하는 네네. 평소보다 조금 늦잠을 잤다 하지만 평소와 다름없는 아침. 아침 조회에 늦지 않게 도착해 한숨 돌리던 그때, 뒤에서 누군가가 말을 걸어왔다. 뒤를 돌아보니 그곳에 있는 것은 카모메 학원 교복을 입은 하나코였는데.
그곳에 있을 리 없는 '유기 아마네'와 '미츠바 소스케'. 당황하는 네네와 코우를 신경 쓰지 않고 모든 것을 받아들인 아카네와 아오이네. 친구들이 갑자기 조각조각 부서진다...... 그런 명백한 이상 사태조차 웃으며 지켜보는 반 친구들. 다정한 츠치고모리. 츠치고모리와 친밀한 야코. 요리를 잘하는 테루. 모든 것이 이상한 세계에서 코우는 진상을 밝히기 위해 미츠바의 뒤를 쫓는데.
시지마는 말했다. '원래 세계로 돌아가고 싶으면 '유기 아마네'와 '미츠바 소스케'를 죽이면 된다'라고. 츠카사는 말했다. '아마네를 잘 죽일 수 있으면 좋겠네'라고. 고민하는 네네와는 달리 아마네는 천진난만하게 별을 보기 위해 네네를 옥상으로 데리고 가는데.
네네는 아마네의 손을 잡고 학교에서 나왔다. 이 세계에서 도망치기 위해서 내키지 않았던 아마네도 네네를 내버려두지 못하고 네네를 따라나섰다. 밤에 학교에서 빠져나와 자전거를 타고 마을을 향해 달리는 두 사람.그것을 가로막듯이 시지마는 그들이 가는 곳마다 나타난다. 시지마로부터 도망치던 중 네네와 아마네는 신비한 붓과 만났는데.
정체를 드러낸 하나코는 말했다. 허구의 세계라면 네네의 생명이 다하는 일은 없고, 영원히 살아 있을 수 있다고. 그 말을 듣고 하나코를 막으려던 코우에게 망설임이 생긴다. 네네도 자신의 수명에 대해 알게 되어 동요를 감추지 못한다. 동요와 동시에 또 하나 부글부글 가슴속에서 끓어오르는 감정. 그것은 네네를 위해서라며 뭐든지 숨기려 하는 하나코를 향한 분노였다.
생전의 시지마 메이와 만난 네네는 그녀도 자신의 수명과 마주했던 소녀였다는 사실을 알게 된다. 하지만 메이는 좌절하지 않았다. 자신의 죽음을 부정하고 적극적으로 붓을 들었다. 그런 메이의 앞에 괴이 시지마가 다시 나타났는데.
하나코 군의 소원. 미츠바의 소원. 시지마의 소원. 어딘가 일그러진 괴이들의 소원을 알게 된 네네는 생각한다. 하나코 군의 진짜 소원을 무엇일까 하고...... 네네와 코우는 괴이들의 마음을 이해하면서도 탑의 옥상으로 향했다. 그곳에서 하나코 군과 다시 한번 대화하기 위해.
자신의 수명이 1년밖에 남지 않았다는 사실을 알게 된 네네. 하지만 네네는 현실 세계에서 사는 것을 선택했다. 그런 네네의 눈앞에 닥친 것은──기말고사. 마찬가지로 낙제점을 받을 위기에 처한 코우와 함께 네네는 시험에 대비해 공부에 힘쓴다. 한편, 테루는 아카네에게 시험으로 대결하자고 제안하는데.
6번째 7대 불가사의 '사신님'에게 납치당한 아오이. 아오이를 구하려는 네네의 앞에 나타난 소녀 유령. 유령에게 이끌려 두 사람은 수수께끼의 엘리베이터에 탔다가 갇히고 말았다. 하나코에게 도움을 요청하는 네네. 하지만 하나코는 다른 7대 불가사의 들과의 회의로 발이 묶여 있었는데.
아오이를 찾는 네네. 그리고 네네의 수명, 미츠바와의 약속. 해야 할 일이 있는데 자신이 할 수 있는 일이 거의 없어 그 무력감에 고민하는 코우. 그런 코우의 앞에 나츠히코가 나타난다. 나츠히코는 말했다. '네네가 오래 살 수 있는 비결'을 가르쳐 줄까?라고.
사신의 부하가 된 아오이. 아오이에게 속아 하나코와 네네는 나락으로 떨어진다. 눈을 뜬 네네의 눈앞에 펼쳐진 어딘지 모를 옛날 마을. 하나코와 네네는 마을 사람들로부터 두려움을 샀고 살해당할 위기에 처한다. 그런 두 사람을 구해준 것은 칸나기인 소녀, 스미레였다. 내일은 스미레의 결혼식. 그리고 결혼 상대는 아오이를 납치했던 사신이었는데.
스미레를 대신하여 산 제물이 될 위기에 처한 네네. 하나코 군의 저항도 통하지 않고, 두 사람은 이윽고 절벽까지 오게 된다. 그 모습을 그저 지켜보는 스미레. 평소와 다른 산 제물의 의식이 거행되지만, 사신은 스미레를 만나러 오지 않는다. 낙심한 스미레는, 절벽 아래로 몸을 던진다.
각자의 진심을 마구 쏟아내는 아카네와 아오이. 처음으로 마음이 통한 두 사람이지만 이제 아카네의 앞에 아오이는 없다. 하나코가 있는 현실 세계에서 살고 싶다고 기도하는 네네. 그 마음과는 정반대로 왠지 불안한 모습을 하고 있는 하나코. 어디까지나 두 사람의 괴이는 섞이지 않는다. 섞이지 못한다. 그것을 증명이라도 하는 듯, '단절'이 시작된다.
괴이가 사라진 단절의 세계. 네네와 아카네는 하나코와 아오이를 만나기 위해 다시 움직이기 시작한다. 단서는 각각의 7대 불가사의. 그들과 인연이 깊은 물건을 찾아다니는데… 둘로 갈라져서 찾기로 결정한 후, 네네와 코우는 3번째인 '거울 지옥'이 된 미츠바의 흔적을 찾아 나선다.
빨간 집 안을 헤매는 네네와 코우. 두 사람은 그곳에서 하나코와 똑 닮은 아이를 만난다. 틀림없이 하나코와 관계가 있을 것이라고 판단하고 아이를 보호하려고 하는 네네 일행. 하지만, 그것을 결코 허락하지 않는 듯 집 안에서는 이변이 일어나기 시작한다.
네네 일행이 빨간 집을 헤매고 있던 때, 테루와 아카네는 경계로 넘어가기 위한 단서를 찾기 위해 미나모토 가문과 인연이 있는 신사에 방문한다. 불손한 태도로 테루 일행을 맞이한 사람은, 최고위 신관인 나기사 쿠니시게였다. 일촉즉발의 분위기에서, 한 통의 전화가 걸려 오는데… 그 목소리를 듣고 파랗게 질린 나기사는, '그 아이'의 이야기를 시작한다. 그것은, 과거 귀신에게 홀려 사라졌던 유기가의 아이에 관한 이야기였다.
카타쿠리의 도움으로, 빨간 집으로 돌아온 네네. 눈앞에 있는 아이가 어린 시절의 츠카사라는 것을 안 네네는 츠카사에게 생전의 아마네에 대해 듣는다. 츠카사가 이야기하는 아마네의 과거. 빨간 집에 숨은 수상한 존재. 네네와 코우는 알게 된다. 어린 츠카사가 계속해서 빨간 집에 머물러 있는 그 의미를.
빨간 집에서 무사히 탈출한 네네와 코우. 그 사이 테루는 경계로 건너갈 단서를 손에 넣었다. 경계로 향하기 전날, 그들은 마치 궐기 대회처럼 피자 파티를 연다. 하나코 군과 아오이를 다시 만나는 순간을 기대하는 네네. 하지만 테루가 아오이를 구하고, 하나코 군을 죽인다는 계획을 코우와 아카네에게 이야기하는 것을 듣고 마는데...
네네는 달린다. 하나코 군을 데리고. 코우는 버틴다. 두 사람을 지키기 위해, 형의 앞에서. 하나코 군(괴이)과 네네(인간), 코우(동생)와 테루(형)...... 엇갈리던 마음들이, 피안과 차안을 잇는 경계에서 맞부딪친다.