어느 날, 지각 위기에 급히 등교하던 아라라기는 계단에서 떨어진 센죠가하라를 구해주게 된다. 그런데 센죠가하라의 몸은 거의 무게가 느껴지지 않았는데... 문화제 준비 때문에 늦게 하교하는 아라라기 앞에 센죠가하라가 커터칼을 들이민다.
아라라기와 센죠가하라는 의식 준비를 위해서 일단 돌아간다. 그런데 센죠가하라의 집은 듣던 것과 딴판, 낡아빠진 집단주택이었는데... 나아가 센죠가하라는 아라라기를 유혹하는 듯한 행동들을 펼친다.
여동생과 싸움 이후 정처 없이 떠돌다 한 공원에 도착한 아라라기 코요미. 그리고 그곳에 사복차림의 센죠가하라 히타기와 우연한 만남을 갖게 된다. 센죠가하라의 독설에 한참 농락당하던 아라라기는 커다란 배낭을 멘 한 초등학생의 모습을 발견하게 되는데…
아무리 찾아 다녀도 다다르지 못하는 곳. 오시노의 대답은 달팽이, 마요이우시였다. 그래서 일단 센죠가하라가 오시노를 찾아가서 해결책을 물어보고 오기로 하는데... 공원에 둘이 남은 아라라기와 하치쿠지는 사이좋게 투닥거렸다.
아무리 찾아 다녀도 다다르지 못하는 곳. 오시노의 대답은 달팽이, 마요이우시였다. 그래서 일단 센죠가하라가 오시노를 찾아가서 해결책을 물어보고 오기로 하는데... 공원에 둘이 남은 아라라기와 하치쿠지는 사이좋게 투닥거렸다.
요즘 며칠 이상하게 아라라기를 쫓아다니는 후배 칸바루 스루가. 공부하던 중에 무심코 그 이름을 입에 담았다가 센죠가하라에게 죽을 뻔했다. 그런데 귀가길, 철도 건널목에서 우비를 쓴 이상한 작자와 조우하는데…
아라라기는 다음날, 자신을 습격한 칸바루를 찾아간다. 칸바루는 순순히 범행을 인정하고 사연을 이야기하는데... 왼팔에 감겨 있던 붕대를 푸니, 털이 덥수룩하게 난 짐승 손이 드러났다.
칸바루의 왼손을 차지한 악마와 싸우게 된 아라라기. 하지만 칸바루도 아직 센죠가하라 선배를 포기하지 않았고, 아라라기는 또다시 샌드백 신세. 그런데 한참 얻어터지던 그때, 철문이 열리고 센죠가하라가 나타난다.
오시노의 심부름차 산을 오르던 아라라기와 칸바루는 한 소녀와 마주친다. 아라라기는 어디에선가 본 듯한 소녀라는 인상을 받았지만 대수롭지 않게 여겼는데... 목적지였던 옛 신사 터에는 참혹한 광경이 펼쳐져 있었다.
신사로 가던 길에 마주쳤던 소녀는 여동생의 친구였던 센고쿠 나데코였다. 뱀이 온몸을 조이는 저주에 걸린 센고쿠. 어서 해제하지 않으면 목숨이 위험하다는데...
골든위크 때, 하네카와 츠바사, 그리고 사와리네코와 얽혔던 기억을 떠올리는 코요미. 그런 코요미를 교문 앞에서 기다리고 있던 것은 쟈기리나와의 저주를 받았던 소녀, 센고쿠 나데코였다. 나데코는 칸바루에게 전해주어야 할 어떠한 물건을 코요미에게 부탁하는데…
센죠가하라와의 데이트한다는 생각에 신이 나던 아라라기. 하지만 센고쿠, 하네카와와 잡담하다 해가 진 후에나 집에 도착하고 만다. 그리고 거기에서 기다리고 있던 건 센죠가하라와 그 부친과의 드라이브...
겨우 정신이 든 곳은 버려진 폐허의 강의실. 여왕님 센조가하라가 너를 지켜주겠다면서 아라라기를 감금한 것인데...아라라기는 그 전에 있었던 동생과의 말싸움, 간만에 만난 하치쿠지와의 대화를 회상한다.
센고쿠네 집에 놀러간 아라라기는 신사적인 놀이를 함께한다. 하지만 그 신사적인 놀이들은 갑작스런 모친의 귀가로 끝나게 되고...이에 일정을 하루 당겨 칸바루네 집에 찾아가는데... 뛰는 신사 위에 나는 여자가 있었다
칸바루의 집을 나서던 아라라기는 왠지 이상한 분위기의 남자와 마주친다. 그 남자의 이름은 카이키. 아라라기는 혹시나 싶어 그 남자를 미행하기로 하는데... 하지만 패달이 향한 건 반대 방향. 그 길에 우연찮게 센죠가하라를 만나게 된다.
집에 급히 돌아온 아라라기는 카렌을 다그치지만, 카렌은 딴청만 피울 뿐이었다. 카렌 대신 하네카와가 자초지종을 설명하는데, 역시 카이키라는 자가 엮여 있었다. 그리고 불쑥 나타난 시노부는 카렌이 걸린 괴이에 대해 이야기해주고...
아라라기는 하네카와와 츠키히의 이야기를 듣고 사건 전후를 파악하게 된다. 그리고 징징대는 카렌과 아웅다웅대면서도 나름 정성껏 카렌을 돌보는데...그 때, 한 가지 해결책이 뇌리를 스쳐 지나간다.
아라라기는 다시 센죠가하라를 찾아가고, 센죠가하라는 카이키에 대한 복수를 결심한다. 말리다 지친 아라라기는 결국 센죠가하라와 동행하기로 하고 잠시 집에 들르는데...증상이 호전된 카렌이 사라져 버렸다!
코요미는 또다시 가출한 카렌을 찾아 산넘고 물건너진 않고 버스정류장에서 마주치게 된다. 결국엔 말 안듣는 카렌과의 치열한 사투 끝에 모든 것을 일임받는데...센죠가하라와 함께 찾아간 카이키는 이상하리만치 순순히 요구를 수용했다.
평범한 월요일 아침, 방에 쳐들어온 카렌은 어울리지 않게 오빠에게 응석을 부린다. 그리고 아웅다웅대는 와중에 우연찮게 나온 이름, 칸바루 스루가. 칸바루를 소개해달라는 카렌과 이를 단호히 거절하려는 코요미의 진검승부가 펼쳐진다.
사이좋게 아웅다웅대면서 칸바루의 집으로 가는 코요미와 카렌. 그런데 그 둘을 불러세우는 묘한 느낌의 여자, 카게누이 요즈루. 그 여자는 전에 오시노와 시노부와 기거했던 예고학원의 위치를 묻는다.
코요미는 시노부에게 오전에 만난 두 사람, 카게누이와 오노노키에 대해서 묻는다. 시노부는 오노노키가 카게누이의 식신이라는 사실을 알려주고...그 자리에 우연히 있었던 카이키로부터 카게누이가 불사 괴이 전문 음양사라는 사실도 듣게 된다.
집에 와서 깜짝 놀란 카렌을 뒤로 하고 츠키히를 살피러 올라간 코요미 오빠. 신사 오빠는 역시 오늘도 신사짓을 하다 츠키히한테 얻어맞고 만다. 그리고는 카게누이가 있는 옛 학원 건물로 향하는데...
하네카와가 등굣길에 만난 하얀 호랑이, 아무리 봐도 틀림없는 괴이였다. 그 이야기를 들은 센죠가하라는 아라라기와 의논하는 게 좋다는 의견을 제시한다. 그런데 교실에 올라와 보니, 저 멀리 한 주택에서 불길이...
두 여고생은 백합향 나는 샤워와 동침에 이어 식사를 하면서 이야기꽃을 피운다. 하지만 밤에 잠이 들자 또다시 스트레스의 상징인 블랙 하네카와가 출현하는데... 블랙 하네카와는 하네카와에게 위해를 끼치는 하얀 호랑이를 찾아 나선다.
센죠가하라의 심리전에 낚인 파이어 시스터즈는 하네카와를 집으로 데려간다. 그렇게 본의 아니게 아라라기(코요미) 방에서 당분간 지내게 된 하네카와. 그런데 한밤중에 다시 슬그머니 각성한 블랙 하네카와 앞에 꼬마 흡혈귀가 나타난다.
아라라기 코요미의 방에서 일어난 하네카와는 자신이 밤새 사와리네코가 됐었음을 눈치챈다. 현관을 나서기 전 코요미 어머니와의 짧은 대화, 그리고 등굣길에 나선 하네카와는 의외의 인물과 마주치게 되는데...
하네카와는 자기 마음이 또 떼어낸 괴이, 가호를 다시 받아들이기로 결심한다. 그리고 블랙 하네카와한테 가호와 함께 자기 마음에 돌아와달라고 부탁하는데... 하지만 방화에 맛들인 가호는 센죠가하라의 아파트에 불을 지르려고 고집한다.
여름방학 마지막 날, 아라라기는 자기가 숙제를 하나도 못했다는 사실을 깨닫는다. 그것도 본인이 아니라 시노부의 지적에 의해서... 아라라기는 다짜고짜 시노부에게 타임머신을 내놓으라고 떼를 쓰는데, 시노부는 진지하게 시간 여행을 제안한다.
11년 전 5월 13일로 오게 된 아라라기는 드디어 그 이유를 깨닫는다. 그 다음날, 어머니의 날 교통사고를 당해 세상을 떠난 하치쿠지 마요이. 그 후 괴이가 되어 자신과 마주친 그 소녀의 운명을 바꾸고자 하는 의지가 작용했다는 사실을...
멸망한 세계. 단둘이 남은 아라라기와 시노부. 둘은 세계멸망 시간으로 돌아가서 원인을 밝히기로 하고 다시 신사를 찾는다. 하지만 거기에는 영적 에너지가 남아있지 않았고, 어디에서 몰려왔는지 엄청난 수의 좀비 떼가...
아라라기와 시노부가 쏘아올린 폭죽을 보고 몰려든 수백을 헤아리는 좀비들. 어쩔 줄 몰라하던 그때 그 무리를 쫓아낸 것은 한 여성이 흩뿌린 생쌀이었는데... 훤칠한 키에 쾌활함이 묻어나는 그 여성의 이름은 하치쿠지 마요이. 그 하치쿠지였다.
하얀 뱀이 나타나는 환각을 보게 된 나데코는 코요미 오빠에게 전화를 건다. 코요미 오빠는 당장 해가 없으면 저녁에 시노부의 힘을 빌려 해결하자고 하는데... 나데코는 코요미 오빠를 기다리지 않고 뱀이 시키는대로 키타시라헤비 신사로 향한다.
나데코는 쿠치나와의 부탁대로 쿠치나와의 시체를 찾기로 한다. 밤늦게 부모님이 잠든 사이 집을 나가 여기저기 돌아다니는 나데코. 그런데 놀이터 모래밭을 파던 중에 코요미 오빠와 마주치고 만다
학교에 간 나데코는 담임선생의 채근에 결국 분노를 폭발시키고 만다. 초 분노모드로 담임과 급우들에게 폭언을 쏟아붓는 나데코는 완전 딴사람이었는데... 그 뒷감당을 못하고 조퇴한 나데코에게 쿠치나와는 자기 신물이 있는 곳을 찾았다고 속삭인다.
나데코는 쿠치나와의 신물, 부적을 삼켜 신이 된다. 그리고 키타시라헤비 신사까지 쫓아온 아라라기와 시노부를 압도적인 힘으로 빈사상태에 몰아넣는데... 마무리를 짓기 위해 아라라기의 숨통을 끊으려던 찰나, 아라라기의 휴대폰이 울린다.
가방을 돌려주기 위해 집으로 향하는 아라라기와 하치쿠지. 평소처럼 사이좋게 싸우던 둘은 뭔가 불길한 존재가 다가오는 것을 눈치챈다. 보이지 않는 존재로부터 도망치기 위해 아라라기는 있는 힘껏 페달을 밟지만...
시노부가 담담히 늘어놓는 키스샷이 400년 전 일본을 찾았을 때 이야기. 신으로 추앙받다가 괴이한 사건을 목격하고 외로움에 몸서리쳤던 일들. 그리고 그 외로움을 못 이겨 첫 권속을 삼았 다가 심한 상처를 받은 일까지...
400년 전 시노부와 초대 괴이 참살자의 이야기를 통해서도 아라라기와 하치쿠지를 쫓아왔던 어둠의 정체는 알 수 없었다. 그때 밖에서 모든 이야기를 듣고 있었던 오노노키가 다시 아라라기 앞에 나타났는데...
가엔 이즈코가 들려준 어둠의 진상은 가히 충격적인 것이었다. 괴이가 아닌 법칙. 그것은 괴이로서의 역할을 못하는 괴이를 지워버리는 법칙. 그 목표는 400년 전에는 신 행세를 한 시노부였으며, 이번에는 본분을 잃은...
새해 벽두부터 센죠가하라의 전화를 받은 카이키는 의아스러움을 품는다. 결국 어떻게든 만나지 않으려고 얼버무리지만 자승자박에 빠져 오키나와로 날아가게 되는데... 센죠가하라가 사기를 칠 상대로 지목한 건 센고쿠 나데코였다.
카이키는 아라라기와 센죠가하라를 살리기 위해 센고쿠를 속이기로 한다. 일단 물밑조사차 센고쿠의 집을 방문하여 이런저런 대화를 하고 방까지 살펴보는데... 그 길로 대담하게 키타시라헤비 신사에 찾아가 완전히 딴 사람이 아닌 신이 된 센고쿠까지 만난다.
자신에게 고맙다면서 울먹이는 센죠가하라를 바라보는 카이키는 심경이 복잡했다. 그런데 다음날, 눈앞에 요츠기가 나타나서 손을 떼라는 가엔의 말을 전하는데... 하지만 옛 선배와의 관계 파탄마저 불사하면서 카이키는 일을 계속하기로 결심한다.
호텔에 돌아온 카이키는 방안에서 손을 떼라는 협박편지를 발견한다. 하지만 누구 소행인지 아무리 생각해 보아도 마땅히 떠오르는 인물이 없었는데... 다음날도 신사를 찾아가 나데코를 만난 후 내려오던 카이키 앞에 한 여고생이 나타난다.
카이키는 1월 한 달, 매일 키타시라헤비 신사를 찾아 나데코와 줄곧 친분을 쌓는다. 그리고 2월 1일. 최종적으로 센고쿠 나데코를 속이기로 결정한 날이 찾아오는데... 주변의 이런저런 우려를 뿌리치고 카이키는 키타시라헤비 신사로 향한다.
단박에 카이키의 거짓말을 간파한 센고쿠는 압도적인 힘으로 카이키를 집어삼키려 한다. 이에 카이키는 예상치 못한 상황을 타개하기 위해 비장의 카드를 꺼내놓는데... 그건 센고쿠의 방 안, 굳게 잠겨 있던 옷장 속의 내용물 이야기였다.
오우기 포뮬러 첫 번째 어느 가을 날, 스루가가 코요미를 찾아왔다. 스루가는 한 후배를 소개시켜주고 싶다고 하였는데... 그 후배의 이름은 오시노 오우기, 자칭 오시노 메메의 조카였다. 오우기 포뮬러 두 번째 코요미의 기억 속에 묻혀 있던 그날의 일을, 그날 학급 회의에서 있었던 일을 추궁하는 오우기. 그날의 결말은 코요미가 정의와 인간을 신용하지 못 하게 만든 끔찍한 것이었다.
2년 만에 소다치가 등교했단 소식을 듣게 된 코요미. 게다가 사실은 같은 반이었다는 사실까지 알게 된다. 소다치와의 관계를 조금이라도 완화하기 위해 그녀에게 다가가는 코요미. 그러나 소다치에게 뿜어져 나오는 건 적의뿐이었다.
중학교 1학년 시절 폐가에서 한 소녀에게 수학을 배웠던 기억을 떠올린 코요미. 그리고 그 소녀의 정체가 사실은 그녀임을 알았을 때 모든 일의 앞뒤가 맞아떨어지기 시작한다.
또다시 학교에 안 나오기 시작한 소다치의 집을 방문하기 위해 반장인 츠바사와 부반장인 코요미가 함께 나선다. 그러나 두 사람이 함께 가기 위한 과정은 결코 순탄하지 못했는데...
츠바사와 함께 소다치의 집에 발을 들인 코요미. 그런 코요미에게 소다치는 여지없이 강렬한 적의를 보인다. 코요미와 처음 만난 초등학생 시절, 그리고 불행했던 중학생 시절까지 소다치의 과거가 밝혀진다.
소다치의 어머니의 행방을 파악하기 위해 추리를 시작한 코요미와 츠바사. 그 앞에 돌연 진상을 파악하지 못하는 두 사람을 비웃으며 오우기가 나타난다.
소중한 친구를 잃고, 영원한 파트너와도 떨어져 버렸던 신학기 직후의 어느 날. 코요미는 가엔 이즈코의 의뢰에 따라 스루가와 만나기 위해, 과거 오시노 메메가 있던 옛 학원 폐허에서 기다리고 있었다.
코요미와 스루가를 위기에서 구한 것은 오노노키 요츠기였다. 자신 때문에 스루가가 위험한 일에 말려들었음을 깨달은 코요미는 가엔 이즈코와의 약속을 되돌리려 했는데...
무사히 시노부와 합류하게 된 코요미와 스루가. 그런 세 사람 앞에 반신은 게, 반신은 원숭이로 된 괴이가 적의를 가지고 모습을 드러낸다.
가엔 이즈코로부터 키스샷의 첫 번째 권속, 초대 괴이 살해자가 15년 전 부터 이 마을에서 부활하고 있었음을 듣게 된 아라라기 일행. 그러나 시노부는 그것을 강하게 부정하였는데...
불연듯 코요미의 뒤에 나타난 건 육체를 되찾은 초대 괴이 살해자였다. 초대 괴이 살해자는 코요미에게 시노부를 포기할 것을 요구하였는데...
스스로 초대 괴이 살해자에게 맞서기로 결심한 코요미. 가엔 이즈코가 정한 룰에 따른 대결에 앞서 스루가와 함께 워밍업에 들어갔던 코요미는 어떤 사진 메일을 받게 되는데...
중학교 3학년이 된 아라라기 츠키히는 오늘도 변함없는 일상을 보내고 있었다. 계속해서 츠키히를 감시하던 오노노키 요츠기는 잠깐의 방심으로 처음으로 중대한 실수를 저지르고 말았다. 사태를 해결하기 위해 요츠기가 향한 곳은, 센고쿠 나데코의 집이었는데──.
만화가가 되기 위해 학교에 가지 않고 그림을 그리며 매일을 보내던 센고쿠 나데코는 결국 부모님으로부터 '중학교를 졸업하면 일하러 나가렴!'이라는 말을 듣는다. 졸업까지의 기한이 다가오는 가운데, 오노노키 요츠기가 만화가가 되기 위한 어떤 방법을 제안하는데.
교복을 입은 나데코를 봤다'라고 말한 오시노 오우기와 함께 센고쿠 나데코는 목격 장소인 공립 나나햐쿠이치 중학교에 도착했다. 불안해하면서도 학교 안으로 발을 들인 나데코. 나데코는 그곳에서 예상 밖의 광경을 보게 되는데.
오이쿠라와의 대화에서 힌트를 얻은 나데코는 얌전 나데코를 확보하기 위해 아라라기의 집으로 향했다. 하지만 현관문에는 인간의 손으로 뚫은 듯한 큰 구멍이 나 있었는데──. 한편, 다른 방향으로 신 나데코를 찾으러 간 요츠기는 키타시라헤비 신사로 향했는데.
다음 작전을 세우기 위해 일단 집으로 복귀한 나데코와 요츠기. 남은 식신 나데코를 확보하기 위해서 방법을 생각해 보지만 한 발 내디디지 못하는 나데코에게 요츠기는 당초의 목적을 상기시킨다. 사태를 수습하기 위해서, 목적을 달성하기 위해서, 두 사람은 전장으로 향했는데.
오노노키 요츠기의 힘을 빌려 드디어 신 나데코와 대치한 센고쿠 나데코. 기분 나쁜 미소를 띤 신 나데코의 앞에 있던 것은 '두 사람의 지금 나데코'였다. 그 후 이야기를 끝내기 위해 나데코가 향한 곳은 한때 아라라기 코요미가 있었던 그 장소였는데──.
아사한 뒤 깨어난 수어사이드마스터는 자신의 권속인 트로피카레스크로부터 자신이 죽은 원인이 '아름공주'였다는 사실을 알게 된다. 그녀에 대한 동화를 듣고 흥미가 생긴 수어사이드마스터는 트로피카레스크의 충고를 듣지 않고 '아름공주'를 기상의 첫 끼로 먹겠다고 말하며 그녀를 찾아 성 밖으로 나갔는데.
여전히 반복해서 사망하는 수어사이드마스터는 먹는 쪽이 아닌 먹히는 쪽도 의식 개혁이 필요하다고 생각했다. 아세로라 공주가 열심히 변하려고 하는 모습을 조용히 미소 지으며 바라보던 수어사이드마스터. 하지만 트로피카레스크는 그런 자신의 주인을 보고 생각하는 바가 있었는데......
가엔 이즈코의 손에 이끌려 병원에 온 아라라기 코요미. 그가 보게 된 것은 침대 위에 누워 있는 미라였다. 게다가 미라는 둘이었고 둘 다 살아 있는 상태라고 했다. 사건을 해결하려는 두 사람에게 새로운 미라가 발견됐다는 보고가 들어왔는데.
다섯 명이 행방불명된 나오에츠 고등학교 여자 농구부. 칸바루 스루가와 히가사 세이우의 말에 따르면, 문제는 그뿐만이 아니었다. 그녀들의 문제를 해결해 주는 것을 받아들인 코요미는 이즈코와 함께 나머지 행방불명자의 수색을 시작했는데.
미라로 변한 수어사이드마스를 회복시키기 위해 코요미가 도착한 곳은 지옥이 아닌 천국이었다. 천국에서 특효약을 손에 넣고 돌아온 코요미는, 걱정하는 오시노 시노부와 하치쿠지 마요이, 이즈코를 무시하고 수어사이드마스터의 복원을 시작했는데.
네 명째 미라가 남긴 암호의 해답을 가지고 다시 병원으로 돌아간 코요미. 성과를 보고한 다음은 이즈코의 차례였지만 그녀는 왠지 어두운 표정을 하고 있었는데──.
육백 년 만에 재회한 시노부와 수어사이드마스터. 둘은 서로 재회를 기뻐했다. 한편, 이즈코는 코요미에게 새로운 소식을 전했다. 현재 상황에 초조함을 감추지 못하던 코요미는 시노부에게 불려 갔고 드디어 수어사이드마스터와 대면했다. 그리고 밝혀진 충격적인 사실은......?
여자 농구부의 은퇴 멤버 모임에 참가한 코요미는 그녀들에게 행방불명된 다섯 명의 공통점에 대해 묻는다. 이야기를 들으며 어떤 확신을 얻은 코요미는 서둘러 그 자리를 떠난다. 한편, 혼자 칸바루의 집에서 대하고 있던 수어사이드마스터에게 누군가 찾아왔는데──.