홀연히 사라졌던 엘리엇 스테이블러 형사가 뉴욕에 돌아오고, 그의 부인이 차량 폭파 사건에 휘말린다. 엘리엇은 벨 경사가 이끄는 조직범죄 전담반에 합류해 배후를 쫓는다.
시나트라 살해 사건과 코로나19 백신 강탈 사건이 터지고, 전담반은 유력한 용의자인 리처드 휘틀리를 파헤친다.
버지니아에서 발생한 총기 사망 사건과 시나트라 사건에 사용된 총이 같은 것으로 밝혀지면서, 전담반은 리처드 휘틀리의 오른팔인 아이작 베커의 뒤를 쫓는다.
전담반은 아이작 베커를 이용해 리처드 휘틀리의 뒤를 캐려 하고, 휘틀리는 지나를 의심하며 뒤를 캔다. 한편, 엘리엇은 차량 폭발 사고 현장에서 찍힌 뜻밖의 사진을 보고 충격을 받는다.
아내를 잃은 슬픔과 앤절라에게 끌리는 마음 사이에서 갈등하는 엘리엇. 아내의 조카가 경찰의 과잉 진압에 당하며 새로운 고민에 빠진 벨. 그러던 와중 가짜 퍼플 매직을 유통하던 조직이 누군가에게 전멸당한다.
휘틀리는 코로나 사태를 틈타 거금을 벌어들이려 하고, 전담반은 거래 현장을 덮쳐 휘틀리를 체포할 계획을 세운다. 한편, 라피크 사망의 진상을 깨달은 앤절라는 무언가를 결심한다.
리처드에게서 불법 코로나 약물을 매매하는 덫을 짠 전담반은 거래 예정 장소에서 리처드를 기다린다. 하지만 아무리 기다려도 정보원이나 내부자에게선 소식이 없고, 급기야 지원팀마저 빠진다.
휘틀리 가족은 법정에 서게 되고, 리처드는 재판을 피할 협상 카드를 제시하며 연방 검찰과 접촉한다. 그러는 와중에도 주요 증인인 앤절라는 타깃이 되어 목숨이 위태로워지는데, 뜻밖의 인물이 전담반 앞에 나타난다.
엘리엇 스테이블러는 코스타 조직의 잠입 요원이 되어 수뇌부의 신뢰를 얻기 위해 애쓴다. 정체 모를 세력이 조직의 마약을 훔쳐 가면서 뉴욕 암흑가에는 전운이 감돈다.
스테이블러는 잠입 과정에서 무고한 민간인의 목숨을 구하지 못해 괴로워한다. 한편, 벨과 브루스터는 합동 전담반을 결성한다.
스테이블러는 알비의 부탁을 받고 의문의 변사체 처리를 돕게 된다. 제트는 코스타 조직에서 사용하는 휴대폰을 입수하고, 암호화된 문자 앱의 개발자를 찾기 위해 해킹 대회에 참여한다.
스테이블러는 코스타 조직의 한 청년과 싸움을 벌이고, 상대의 정체를 나중에야 알게 된다. 전담반은 말라카이의 조력을 얻어 보안에 허점이 있는 휴대폰을 범죄 조직에 보급할 계획을 세운다.
스테이블러는 코스타 조직의 아지트를 발견하고, 플루투라와의 친분을 통해 내부로 잠입한다. 조직범죄 전담반과 성범죄 전담반은 인신매매가 이루어지는 파티 현장에 함께 출동한다.
스테이블러와 전담반은 에디의 아들이라고 주장하는 소년의 등장에 당황한다. 한편, 뉴욕 주지사 후보 가르시아는 유세 연설에서 코스타 조직을 공개 비난하고, 격분한 코스타는 가르시아를 죽일 것을 명령한다.
벨과 브루스터는 체포된 레지를 회유하려 하고, 스테이블러는 잠복 요원으로서 목격한 바를 증언하기 위해 대배심에 출석한다.
스테이블러와 전담반은 도망친 알비와 코스타를 쫓아 복싱 체육관을 수색하지만, 샅샅이 뒤져도 두 사람의 행적은 묘연하다.
할머니의 약을 훔쳐 도망친 일라이는 누구의 연락도 받지 않아 온 가족의 걱정을 산다. 산책로에 앉아 있던 일라이는 미아라는 여자를 만나 집으로 따라가게 된다.
교도소 네트워크 해킹으로 악명 높은 사이버 범죄자가 탈옥하자 조직범죄 전담반이 나선다. 스테이블러는 뜻밖의 인물과 한 팀이 되어 해커의 정체를 밝히려 고군분투한다.
콘스턴틴의 추종자들이 벌이는 연이은 사이버 공격으로 도시가 마비되고, 가르시아 주지사는 전면전을 선포한다. 스테이블러는 휘틀리가 연관됐다고 확신하지만 증거를 찾을 수가 없다.
조직범죄 전담반은 종적을 감춘 휘틀리와 매클레인에 대한 단서를 찾기 위해 앤절라를 감시한다. 경찰 윗선에서는 휘틀리에 대한 스테이블러의 과도한 집착을 우려한다.
휘틀리는 또 다른 음모를 꾸미기 위해 매클레인을 납치하고 그에게 추종자들을 결집시키라고 요구한다. 스테이블러는 매클레인 추종자 모임에 위장 잠입 한다.
휘틀리는 뉴욕 전체의 전력망을 장악하여 도시를 정전시키고 경찰에게 자신의 요구 사항 세 가지를 알린다. 스테이블러는 다시 한번 휘틀리와 대치하고, 매클레인은 조직범죄 전담반과 협력한다.
조직범죄 전담반은 리언 킬브라이드와 마시 킬러스 간의 유착 관계를 조사한다. 스테이블러는 의도적으로 프랭크 도널리와 가까워지고 그의 동료들과도 어울린다.
부패 경찰 일당에 잠입한 스테이블러는 정의와 의리를 두고 갈등한다. 한편 인권 변호사와 매춘부가 살해되는 사건이 발생하고 마시 킬러스의 간부가 용의자로 지목된다.
경찰은 도널리를 함정에 빠뜨리기 위해 부패 경찰 샌토스와 다이아몬드 탈취 작전을 세운다. 한편 스테이블러는 아버지가 정말 정직한 경찰이었는지 계속 의심한다.
누군가 웨브의 총을 빼돌리고 스테이블러와 도널리가 수색에 나선다. 도널리는 브라더후드 안팎의 문제와 개인사로 동분서주하며 스테이블러를 신용하게 된다.
웨브는 자신의 조직원이 관리하던 거액을 도난당하자 스테이블러와 도널리에게 현금 회수를 부탁한다. 한편 스테이블러는 아버지의 과거에 얽힌 진실을 밝히려 한다.
치명적인 병을 앓고 있는 제시 샌토스의 딸 세라가 유괴당한다. 한시가 급한 상황에서 스테이블러는 성범죄 전담반의 옛 파트너 올리비아와 손잡고 아이를 찾기 위해 수사에 뛰어든다.
스테이블러는 자신을 죽이기 위해 웨브가 암살자를 고용했다는 소식을 듣고 자신과 가족을 지키기 위해 고군분투한다. 한편 도널리는 가족과 함께 도주할 계획을 세운다.
스테이블러가 아버지의 진실에 직면하면서 자신도 모르게 브라더후드에 영향을 준다. 조직범죄 전담반은 사라진 웨브를 찾고, 도널리는 추적을 따돌리기 위해 모든 수단을 동원한다.
코스그로브 형사는 길거리에서 충격적인 사건을 목격한 후 쇼 형사와 함께 수사를 맡는다. 용의자를 자극하는 코스그로브의 수사 방식에 불만을 품은 스테이블러는 격렬하게 항의한다.
뉴욕시 최대의 카지노 공사 현장에서 퇴거를 거부하던 철거민이 자기 집에서 사망한다. 스테이블러는 수상한 낌새를 느끼고 새로 부임한 윌런 형사와 함께 건설 현장으로 향한다.
용의자 케니는 도망치던 도중 경찰을 쏜다. 쥐 판매업자의 증언을 들은 전담반은 케니의 정신 상태가 불안정하다는 걸 알게 된다. 한편 테디의 불륜과 살인 교사를 의심한 펄은 사설탐정을 고용한다.
헨리 콜 사망 사건의 배후를 추적하는 수사가 계속된다. 레예스는 정보를 캐내고자 신분을 숨긴 채 교도소에 잠입해 케니에게 접근한다. 한편 카지노 공사 현장에서 벌어진 사고로 인해 테디와 펄 사이 갈등이 심화된다.
경찰로 위장한 범죄 조직이 가정집을 터는 사건이 연이어 발생한다. 스테이블러는 브라더후드 부패 혐의 재판에서 증언하고, 릴리언은 벨에게 다음 단계로 나아갈 것을 충고한다.
조직범죄 전담반은 본 데이비스의 집에 출동했다가 폭탄 테러를 당한다. 다른 팀원들이 데이비스의 주변 인물을 통해 조직의 행방을 쫓는 동안, 레예스 형사는 어두운 과거와 마주한다. 한편 스테이블러는 뜻밖의 연락을 받게 된다.
전담반은 국제 범죄 조직의 우두머리를 검거하기 위한 작전을 펼친다. 보석상 근처에서 추격전을 벌이던 스테이블러는 이탈리아에서 함께 일했던 레오네티 요원과 재회한다. 펄은 제이미와 만나 은밀한 정보가 담긴 물건을 건네준다.
펄은 클럽을 나서다 의문스러운 이유로 혼수상태에 빠지고, 전담반은 암살을 시도한 배후를 추적한다. 한편 벨은 윗선으로부터 승진 제안을 받고 고민에 빠진다.
체포 과정에서 도주한 로버트 사일러스의 변호사가 해체 직전의 전담반을 찾아온다. 전담반 형사들은 변호사와 자수 조건을 논의한 후, 로버트 사일러스를 만나기 위해 협상 장소로 이동한다.
스테이블러의 지인이 아내가 납치됐다며 도움을 요청한다. 전담반은 범죄 조직의 뒤를 밟고, 제이미는 처음으로 잠복근무 현장에 투입된다. 한편 스테이블러는 상담을 받으며 자신의 내면과 마주한다.
제이미는 신분을 속이고 마이애미에서 온 마약 거래상 두란을 만나지만, 신용을 얻지 못하고 쫓겨난다. 스테이블러는 제이미를 작전에서 빼내고 직접 두란에게 접근한다. 벨은 서먼 경정을 상대하며 께름칙한 인상을 지울 수 없다.
벨은 전 파트너 살인 사건의 진범이 따로 있다고 보고 수사를 재개한다. 전담반은 새로운 용의자 머피를 잡고자 신분을 위장하고, 제트는 머피의 오른팔인 셰이머스 오마라에게 은밀히 접근한다.
셰이머스 오마라와 급격히 가까워진 제트는 분별력을 잃게 되고, 벨은 그런 제트를 걱정한다. 전담반은 머피 검거 작전이 수포로 돌아가자, 다시 한번 테디에게 도움을 청한다.
제트가 셰이머스 오마라에게 납치되자 전담반은 총력을 기울여 수색 작전을 펼친다. 한편 테디는 혼란을 틈타 탈출을 시도하고, 벨은 머피를 살인죄로 잡을 핵심 증거를 발견한다.
한 커플이 귀가하던 중, 괴한이 나타나 남자를 살해하고 여자를 납치한다. 스테이블러는 납치된 여성이 해병대 전우의 딸이란 걸 깨닫고 당황한다. 전담반은 납치와 총기 거래 문제를 둘러싼 두 오토바이 클럽의 분쟁을 해결하고자 애쓴다.
시의회 후보의 행사장에서 암살 시도가 발생한다. 전담반은 이번 사건에 차이나타운의 갱단이 연루됐다는 것을 알아내지만, 진술을 두려워하는 사람들과 수사 주도권 문제로 총격범 검거에 애를 먹는다.
콴의 인신매매 현장을 덮치려던 조직범죄 전담반 앞에 아들을 구출하러 온 아버지가 나타난다. 전담반은 납치 피해자들을 추적하는 한편, 콴과 인신매매범들의 관계를 증명할 방법을 찾는다.
뉴욕 각지의 클럽에서 게이를 대상으로 마약을 먹이고 강도질하는 조직이 나타난다. 동성애자인 벨은 사건을 조사하며 크게 충격을 받지만, 동시에 막중한 책임감을 느낀다. 전담반은 범인들을 일망타진하기 위해 잠입 수사를 계획한다.
유엔 총회 연설을 위해 찾아온 인도의 장관이 폭탄 테러를 당하고, 조직범죄 전담반은 범인을 찾아 뉴욕의 하수도까지 들어간다. 한편 스테이블러는 점점 건망증이 심해지는 어머니가 걱정이다.
두 은행 강도가 끔찍한 사체로 발견되고 공범이 범인으로 지목된다. 조사가 진행되며 또 다른 용의자가 드러나지만, 뚜렷한 알리바이 탓에 수사는 미궁에 빠진다.
스테이블러와 벤슨은 힘을 합쳐 암살과 성폭행 사건의 가해자를 찾다가 보복 범죄 대행 사이트 '섀도워크'를 알게 된다. 제트는 익명성을 무기로 정체를 숨긴 사이트 운영자를 쫓아 사이버 추격전을 벌인다.
보복 범죄 대행 사이트가 세계적으로 유명해지고 스테이블러와 벤슨의 목에도 현상금이 걸린다. 특별 대책반은 운영자를 쫓아 숲속으로 들어가고, 위험한 총격전이 시작된다.
위험한 잠입 수사를 마치고 돌아온 스테이블러는 직장과 가정에서의 급격한 변화를 마주한다. 벨은 경찰 수사에 대변혁을 일으킬 인공 지능 전문가를 채용한다. 제트와 레예스는 제이미의 부재에 어려움을 겪는다.
폭탄 테러로 영적 지도자가 사망하는 사건이 터지고 이를 더 큰 음모의 일부라고 확신하는 경관이 엘리엇을 찾아온다. 제트가 바르가스의 프로그램 사용을 설득하는 과정에서 팀 내 긴장이 고조된다. 한편 엘리엇의 친형이 뉴욕을 찾아온다.
스테이블러와 바시르 경관은 실종된 부자를 추적해 수사에 필요한 단서를 찾고자 한다. 한편 잠입 수사가 실패로 돌아간 뒤 벨은 레예스를 내근직으로 전환한다. 스테이블러는 남동생과 오랜만에 재회한다.
벨과 조직범죄 전담반은 증인과 그 가족을 로스산토스 카르텔의 위협으로부터 지켜야 한다. 크리시는 스테이블러에게 잠입 수사 작전의 완벽성을 위해 사건에서 물러나라고 한다. 한편 스테이블러가 주선한 가족 만찬은 혼란스러워진다.
과거 스테이블러가 구출한 피해자가 실종되는 사건이 발생한다. 벨이 병원에서 회복하는 동안 레예스와 바시르는 내사과 조사를 받는다. 한편 조지프 주니어는 새로 시작한 일을 가족에게 자랑스레 소개한다.
해안 마을에서 시신들이 발견된다. 스테이블러는 잠재적 연쇄 살인마를 찾고자 긴밀히 연결된 지역 구성원의 정치와 비밀을 파헤친다. 제트는 집에서 증인을 보호한다. 스테이블러가 내사과 조사를 거르며 긴장이 고조된다.
조직범죄 전담반은 관할권 밖에서 살인 사건을 수사하는 스테이블러를 돕는다. 이때 뜻밖의 협력자가 핵심 증거를 제공한다. 한편, 벨은 스테이블러가 업무에 복귀할 수 있도록 해결책을 고민한다.
벨과 조직범죄 전담반은 웨스트브룩 사건을 관할권으로 가져올 계획을 내세운다. 보너 서장은 자신의 과거와 사랑하는 마을에 관한 풀리지 않는 의문 때문에 고심한다. 한편, 스테이블러는 내사과 조사 결과를 전달받는다.
스테이블러는 군 시절 인연을 활용해 미국으로 들어오는 중동 헤로인 유통 경로를 추적한다. 조지프 주니어는 형제들이 중독 문제를 거론하며 참견하자 극단적인 행동에 나선다. 레예스는 마침내 팀에 복귀한다.
조직범죄 전담반은 꿀 사업으로 위장한 대규모 마약 밀매 조직을 소탕하려 한다. 스테이블러가 연락이 안 되는 상황에서 랜들은 혼자 조지프 주니어를 찾다가 곤경에 빠진다.
스테이블러는 가장 큰 지원군이 의심받는 상황에서 농장의 핵심 멤버로 남기 위해 고군분투한다. 조직범죄 전담반은 표적의 정체를 밝혀내지만, 새로운 화물이 도착하는 걸 막기엔 이미 늦어 버렸다.
스테이블러 형제는 마약에 중독된 조지프를 위해 특단의 조치를 내린다. 바르가스와 제트는 에머리의 밀수 경로를 알아내려다 기술적인 문제에 직면하고, 전담반은 이를 해결하기 위해 분투한다. 한편, 진실을 알게 된 트리샤는 스테이블러에게 배신감을 느낀다.
레드코트의 수상한 움직임을 감지한 전담반은 급습을 감행하지만 결국 실패로 끝난다. 조지프는 갑자기 변경된 계획에 당황하고, 자신의 소재를 전담반에 알리려 한다. 바쁜 와중에 짬을 내 집에 돌아온 스테이블러는 충격적인 사실을 알게 되고, 이내 집 안에는 긴장감이 흐른다.
스테이블러는 트럭 운송업체와 결탁한 밀수 조직을 조사하기 위해 잠입 수사에 나선다. 트럭 기사로 위장한 스테이블러는 성 노동자들과 친해지고, 일련의 실종 사건이 물 위로 드러난다.
벤슨 경감은 병원에 입원한 스테이블러를 찾아가고, 조직범죄 전담반과 함께 실종된 성 노동자 '슬픈 눈'을 찾아 나선다.
로스산토스의 재판에서 암살 사건이 벌어지고, 뉴욕에 새로운 갱단이 나타났다는 정황이 포착된다. 스테이블러는 이탈리아 시절 만난 정보원을 찾아 속내를 떠본다.
스테이블러는 조직 간의 전면전이 벌어지기 전에 이사벨라의 도움을 받아 카모라의 배후에 있는 인물을 밝히려 한다. 한편, 레예스는 신입을 물색 중인 로스산토스에 잠입한다.
난생처음 사람을 쏜 일라이는 경찰 제복을 벗을 위기에 처하고, 가족과의 관계도 점점 어긋나기만 한다. 조직을 구하기 위해 카모라의 수장이 모습을 드러내고 조직범죄 전담반은 위기에 처한다.
검사와 형사들이 살해되는 사건이 뉴욕을 발칵 뒤집어 놓는다. 스테이블러는 현장에서 충격적인 사실을 알게 되고, 그곳에서 우연히 만난 옛 친구와 사건을 조사한다.
한 예술가 조직의 시위가 뉴욕을 뒤흔들고, 바르가스도 곤란한 처지에 빠진다. 스테이블러는 새로운 팀에서 동료의 오명을 씻고 테러를 막기 위해 동분서주한다.
버나뎃의 건강이 점점 악화되는 가운데 '컬렉티브'라고 불리는 활동가 집단이 살인을 거듭한다. 스테이블러는 가족과 사건 사이에서 갈등하고, 태너는 다음 희생양이 될 위기에 놓인다.
에머리와 조가 뉴욕에 돌아오고 스테이블러는 가짜 정보에 속아 놀아난다. 경찰과 조직 양쪽을 속이던 조는 결국 실수를 저지르고 크나큰 위기에 빠진다.
스테이블러는 동생의 복수를 위해 매케나와 손을 잡고 에머리를 찾아 나선다. 레예스와 바르가스는 벨 몰래 스테이블러를 돕지만, 스테이블러의 다소 무리한 방식에 우려를 표한다.