시드니에서 열린 오커스 기념식에서 미국 잠수함 선원이 사망하자, NCIS 선상 요원과 호주 연방 경찰이 함께 수사에 착수한다.
팀은 복잡한 밀수 조직을 발견하는 한편, 새로운 일터에서 싹트는 갈등에 대처한다.
상어 공격 사망 사고 수사로 전직 해군 잠수부들의 의리가 시험대에 오르고, 수상한 공작이 발견된다.
미 해군 하사의 시신이 시드니의 역사적 명소 록스 지구에서 발견된다. 수십 년 된 해군 십자장이 살인 사건의 단서가 되고, 팀은 범인을 잡으려고 유령처럼 사라진 인물을 추적한다.
인질극이 발생하며 팀은 식구를 구하려고 고군분투하는 동시에 은행 강도 사건을 수사한다.