공각기동대

공안부의 아라마키 다이스케는 부패와 범죄가 의심되는 외국 대표의 회합을 수사하던 중 정체불명의 사이보그를 만나게 된다. 자신을 쿠사나기 모토코라고 밝힌 사이보그가 내무대신에게 새로운 특수부대 설립을 건의하자, 아라마키는 부대 설립 추진에 앞서 모토코에게 한 가지 수사를 의뢰한다.

아라마키에게 스카우트되어 공각기동대로 활동을 시작한 쿠사나기 팀. 그러던 어느 날 외무대신의 통역관 전뇌에 바이러스가 침입한다. 아라마키는 망명 중이던 말레스 대령이 비밀 회담을 방해하려 한다는 걸 감지하고 쿠사나기 팀에게 역탐지를 통해 범인을 추적하라고 지시한다.

후치코마의 끈질긴 추격 끝에 쿠사나기와 토구사는 용의자의 신병을 확보한다. 한편 아라마키와 바토가 잠복 중인 가운데, 말레스 대령 앞에 바이러스를 심은 장본인으로 추정되는 정체불명의 해커, '인형사'가 모습을 드러낸다.

로봇 샘플이 갑자기 인간을 공격하는 사건이 잇달아 발생한다. 동일한 모델의 로봇 회수에 나선 쿠사나기 팀은 그 로봇들에게서 한 가지 공통점을 발견한다. 바토와 토구사는 사건의 진상을 밝히기 위해 로봇 제조사인 한카 정밀로 향한다.

전투 사이보그, 코일 크라스노프를 감시하기 위해 북단으로 향한 쿠사나기 일행. 코일의 목적과 사가와 전자의 지하 공장 확장에 숨겨진 비리를 파헤치기 위해 쿠사나기는 사가와 전자 본사로 잠입하고, 바토 일행은 지하 공장으로 향한다.

연인과 함께 있던 쿠사나기는 갑작스러운 습격을 받고 병원으로 이송된다. 범인으로 의심되는 인물은 쿠사나기와 과거에 악연이 있던 테러리스트 소마 토오루. 병원을 나선 쿠사나기와 토구사는 도주 끝에 폐공장에 다다르고, 그곳에서 무장 집단과 격렬한 전투를 벌인다.

메가테크 보디사에서 도망친 로봇을 확보한 공안 9과. 하지만 그 안엔 인형사가 들어 있었다. 인형사는 아라마키 일행에게 자신을 '정보의 바다에서 발생한 생명체'라고 밝히며 정치적 망명을 요구한다. 그러나 그 직후 정체를 알 수 없는 누군가에게 탈취당하고 만다.

인형사에게 다이브한 후 깨어난 쿠사나기. 사건의 진상은 밝혀지지만 쿠사나기는 이따금 인형사의 존재를 느낀다. 그 후, 선상의 테러리스트들을 제압하는 작전에 투입된 공각기동대. 쿠사나기는 리더를 사살하는 실수를 저지르고 만다.

누군가의 모략으로 사살 장면이 언론에 보도된 쿠사나기는 테러리스트를 살해한 혐의를 받게 된다. 고란틀 첩보부가 사건을 조작했다고 판단한 쿠사나기는 독자적으로 수사를 이어가지만 결국 재판에 넘겨진다.

저격당해 의체를 잃은 쿠사나기는 뇌만 남은 채 바토와 도주한다. 새로운 의체를 마련하기 위해 바토의 베드를 찾은 두 사람. 그곳에서 폐쇄 모드에 들어간 쿠사나기에게 소멸한 줄 알았던 인형사가 접속을 시도한다.