레고 닌자고

제왕 가마돈이 닌자고 세상을 떠난 뒤 한가로운 시간을 맞게 된 닌자들. 연습은 하지 않고 놀 생각만 하고 있다. 때마침, 제왕 가마돈 아들, 로이드 가마돈이 학교에서 도망치고 말썽을 피우는데... 결국 로이드 가마돈은 지하 세계에 봉인돼 있던 스네이크 군단을 탈출 시키고 닌자들은 녀석들을 막으러 출동 한다. 과연 그들은 스네이크 군단을 막을 수 있을까?

다른 닌자들과는 달리 늘 특이한 행동을 하는 쟌. 우연히 독수리와 마주치게 되고 로이드 가마돈이 만들고 있는 요새를 발견하게 된다. 쟌과 닌자들은 요새를 없애기 위해 출동하는데, 결국 콜이 다시 최면에 걸리면서 상황이 꼬이기 시작한다. 한편, 스케일스는 슬리타 장군과 군단의 대장 자리를 놓고 한판 붙게 되는데…

부모님이 고물상을 운영하시는 걸 창피해 하는 제이. 그래서 늘 집에 가겠다고 약속을 해놓고 가질 않는다. 하지만 이번에는 친구들 때문에 가게 되는데... 한편 로이드 가마돈은 하이노포브라이 군단에게 복수하기 위해 팡파에 부족을 찾아가게 되고, 이들은 함께 제이 부모님의 고물상으로 향한다. 그곳에서 마주치게 된 닌자들과 악당들!

독수리가 그리닌자에게 인도해 주는 꿈을 꾼 쟌. 친구들과 함께 누가 그린닌자인지 설전을 벌인다. 이 모습을 본 마스터 우는 적을 이기는 방법에 관한 수수께끼를 내는데. 한편, 스케일스와 팡파에 족에게 배신을 당한 로이드는 또 다른 부족인 아나콘드라이 족을 찾아 나서는데…

이른 아침, 각자 열심히 자신의 일을 하고 있는 닌자들에게 로이드는 거짓말을 하고 이들은 서로 싸우게 된다. 한편 지도를 뺏어 탈출한 파이토는 남은 부족을 모두 탈출 시키고 자신의 계획을 위해 스네이크 군단을 모으는데…

우여곡절 끝에 ‘오로보로스’의 잃어버린 도시를 찾은 파이토. 스케일스를 자신의 부하로 삼아 스네이크 군단을 다시 한 번 집결시킨다. 이 과정을 우연히 보게 된 로이드는 스네이크 시티로 가게 되는데... 한편 사라진 로이드를 찾으러 나선 닌자들은 로이드가 이상한 행동을 하는 모습이 찍힌 비디오를 보게 되고, 결국 로이드를 찾아 떠나는데...

로이드가 사라진 후, 마스터 우는 근심이 늘어간다. 이를 눈치 챈 닌자들은 마스터 우와 얘기를 나누다 그가 갖고 있는 마음의 짐이 무엇이었는지 알게 되는데. 한편, 독수리가 다시 닌자들 앞에 나타나고, 독수리를 따라간 쟌은 여태까지 몰랐던 자신에 대한 엄청난 비밀을 알게 되는데... .

니야와의 첫 번째 데이트를 준비하는 제이. 너무 들뜬 나머지 실수로 팡팡에 족의 뼈에 손을 베는데… 같은 시각, 마스터 우는 자신의 형인 제왕 가마돈과 마주하게 되고, 로이드가 위험에 처했다는 걸 가마돈에게 알린다. 그러자 제왕 가마돈은 마스터 우의 다정했던 형으로 돌아오고 함께 집으로 향하는데.

두 번째 ‘순은 송곳니 단검’을 찾던 닌자들은 그 단검이 ‘순은 트로피’로 사용되고 있는 것을 뱔견하게 된다. 그래서 콜의 집으로 가, ‘닌자 팝 스타'쇼에 참가하게 되는데. 또한 파이토와 일당들도 ‘순은 트로피’를 갖기 위해 같은 쇼에 심사위원과 참가자로 합류하게 된다. 한편, 자신의 형인 가마돈을 만나러간 마스터 우는 그곳에서 가마돈의 새로운 모습을 보고 감동 받는다. 하지만 결국 가마돈은 본색을 드러내는데...

혼자서만 잠재력을 찾지 못한 카이. 친구들과 달리 의기소침해 있다. 마침 마스터 우가 가마돈을 데리고 본부로 돌아오고, 이에 놀란 카이는 자신이 가마돈을 누르면 잠재력을 찾을 수 있다고 생각하는데…

번째 단검을 찾기 위해 노력하는 닌자들. 하지만 뱀들의 흔적조차 찾지 못한다. 그러던 어느 날, 녀석들이 땅 밑으로 다닌다는 걸 알게 되고 출동한다. 한편, 제왕 가마돈은 닌자들이 없는 틈을 타, 그들의 비밀을 캐려하고 이를 목격한 로이드는 화가 나 가마돈에게 돌아가라고 소리치는데...

가마돈이 떠나고 송곳니 단검을 모두 찾아온 닌자들은 행복한 시간을 보낸다.하디만 그것도 잠시, 본부에 몰래 침입한 파이토에게 그들은 단검을 모두 빼앗기고 위대한 파괴자가봉인에서 풀어날 위기에 처하는데…

봉인이 풀린 위대한 파괴자는 있는 대로 다 먹어치우기 시작한다. 결국 마스터 우와 파이토도 잡아 먹히는데. 한편 닌자들은 마스터 우의 유언대로 파괴자와 맞서 닌자고 시티를 구하려고 노력하지만 상대가 너무 커서 계속 밀리기만 한다. 과연 닌자들은 위대한 파괴자를 물리칠 수 있을까?

위대한 파괴자와 파이토가 사라진 후 닌자고 시티는 다시 평화를 되찾는다. 하지만 닌자들은 갈 곳을 잃고 새로운 보금자리를 찾는데... 한편 황금무기를 차지한 제왕 가마돈은 해골 군단을 버리고 스네이크 군단을 자신의 부하로 두려고 한다.

"200년 전, 바다를 누비던 한 무리의 해적들이 바다 밑으로 가라 앉는 사건이 일어난다. 한편 현재, 닌자들과 로이드는 훈련을 하면서 좁은 집 때문에 고생하고 결국 무술 도장을 찾게 되는데... 황금 무기를 메가 황금무기로 바꾼 가마돈은 무기를 어떻게 사용할지 몰라서 곤란한 상황에 처한다. 그러다 사용법을 알게 되고 놀라운 일이 생기는데... "

"호시탐탐 닌자들을 없앨 기회만 노리는 가마돈. 메가 황금무기를 사용해 가짜닌자들을 만들어서 진짜 닌자들을 없애려고 한다. 한편, ‘악동학교’가 ‘천사학교’로 바뀌고 학교가 바뀌는데 도움을 준 로이드에게 감사장을 주겠다는 편지가 오는데"

"대럿의 도장이 가마돈의 계략에 의해 천 오백만원이란 돈을 갚지 못하면 헐리게 되는 운명에 처한다. 그래서 닌자들은 도장을 살리기 위해 닌자고에서 가장 위험한 자동차 시합인 닌자볼 경주에 출전하게 되는데..."

"계속 훈련을 받는 것이 불만인 로이드는 만화책도 못 보게 하는 형들한테 화가 난다.거기다 박물관에 제왕 가마돈과 부하들이 침입했단 소식을 듣고도 니야와 본부에 남게 돼 시무룩해지는데. 한편, 박물관에 도착한 닌자들은 시간을 되돌리려는제왕 가마돈의 계획을 막아내는데. 그런데 이게 웬 일?! 제왕 가마돈의 계획은 성공했고 닌자들이 어린이로 변해버리고 만다."

"닌자들을 없애는 것에 늘 실패하는 제왕 가마돈은 열심히 부하들을 연습시키며 전쟁을 준비한다. 하지만 이를 본 닌자들! 제왕 가마돈의 은신처를 공격하고 어른이 된 로이드를 보고 당황한 제왕 가마돈은 닌자들의 존재를 아예 없애기 위해 과거로 돌아가는데..."

"메가 황금무기가 사라진 가마돈. 스네이크 군단 장군들에게 무시를 당하지만 어둠의 섬을 찾 아보자는 제안을 하고 함께 바다를 순찰하는데. 한편 역사 박물관의 바위로 된 군사들 , 즉 스톤 아미들이 위대한 파괴자의 독 때문에 다시 살아나서 박물관을 엉망으로 만드는데... "

위대한 파괴자의 독 때문에 살아난 스톤 아미들이 닌자고 시티를 공격한다. 닌자들은 시민들을 구하기 위해 스톤 아미들과 맞서 싸우며 시민들을 방송국 옥상으로 피신시킨다. 한편, 가마돈은 오버로드가 준 어둠의 헬멧을 받아 쓰고, 스톤 아미를 이끄는 힘을 얻게 된다.

닌자들과 로이드, 마스터 우, 마사코는 어둠의 섬을 향해 먼 길을 떠난다. 어둠의 섬에 있는 빛의 신전에서 닌자들의 힘을 되찾기 위해서다. 그러나 바다를 향해 중, 이빨 불가사리들의 공격을 받고, 배가 난파하고 만다. 그리고 그곳에서 쟌의 아버지를 만나게 된다.

어둠의 섬에 도착한 닌자들은 빛의 신전이 있는 곳을 밝혀내기 위해 섬 곳곳을 살펴 본다. 그러던 중, 죽은 줄 알았던 쟌의 독수리가 스톤아미한테 잡혀 있는 것을 알게 된다. 쟌은 위험을 무릅쓰고 스톤아미의 본부로 들어가 독수리를 구하지만, 그 바람에 닌자들이 섬에 온 사실을 가마돈도 알게 된다. 닌자들은 새로운 무기, 드릴 머신과 파이어 로봇을 이용해 스톤아미를 피해 마침내 빛의 신전에 도착한다. 그리고 그곳에서 새로운 힘을 얻게 된다.

닌자들과 마스터 우 일행은 어둠의 섬에 숨어, 최후의 결투를 막기 위한 방법을 찾는다. 그리고 가마돈이 쓰고 있는 어둠의 헬멧을 벗겨 제 자리에 갖다 두면, 천상의 시계가 멈춘다는 사실을 알아낸 마사코는 가마돈을 속여 어둠의 헬멧을 벗기는 데 성공한다. 그러나 스톤아미의 추격을 받던 중, 니야가 스톤아미한테 붙잡히고, 닌자들의 계획이 실패로 돌아가면서 최후의 대결을 피할 수 없게 되는데...

닌자들 일행은 가마돈과 싸우러 가던 도중, 가마돈에게 붙잡혀 사악한 모습으로 변해 버린 니야의 공격을 받는다. 다른 닌자들이 니야와 맞서 싸우는 동안, 로이드와 마스터 우, 마사코는 가마돈의 계획을 막으려 한다. 그러나 닌자고 세상을 유지하던 힘의 균형이 깨지고 오버로드가 가마돈의 몸을 빌어 닌자고 세상으로 나오게 된다.

가마돈의 몸을 빌어 닌자고 시티를 점령한 오버로드를 막기 위해 닌자들이 나섰다! 최초의 마스터가 쓰던 갑옷을 입고 새로운 스핀짓주 마스터가 된 로이드가 드디어 오버로드와 최후의 대결을 펼치게 된다. 결국 오버로드가 사라지면서 가마돈도 원래의 모습을 되찾게 되고, 닌자고 세상에 평화의 시간이 찾아온다.

로이드가 오버로드를 무찌르고 난 후, 닌자고 시티는 사이러스 보그라는 천재 과학자 덕분에 첨단 기술의 도시로 새롭게 태어난다. 싸워야 할 적이 사라진 시대가 오자, 닌자들은 아이들을 가르치며 지루한 하루를 보낸다. 그러던 중, 아이들과 현장 학습으로 보그 기업을 방문하게 되고, 그곳에서 만난 사이러스 보그한테서 테크노 블레이드라는 새로운 무기를 받게 된다. 그리고 오버로드가 바이러스 형태로 아직 살아 있다는 사실을 알게 되는데...

마스터 우는 오버로드에게 붙잡히고, 닌자들은 테크노 블레이드와 로이드를 지키기 위해 가마돈과 마사코가 있는 곳으로 간다. 아이들에게 무술을 가르치며 살고 있던 가마돈은 로이드를 지키기 위해 함께 길을 나서고, 나머지 닌자들은 닌자고 시티의 전기 공급을 끊기 위해, 폭풍의 농장으로 떠난다.

닌자들은 닌자고 시티의 전력을 끊고 닌자고 시티에 들어갈 방법을 찾던 중, 사악하게 변한 마스터 우와 의문의 인물과 맞서 싸우게 된다. 의문의 인물은 오버로드가 들어 있는 하드 드라이브를 훔쳐, 전기 코브라를 이용해 오버로드를 되살려낸다. 닌자들은 로이드에게 독수리를 보내 이 사실을 알리지만, 중간에 독수리를 빼돌린 의문의 인물 때문에 로이드의 위치까지 드러나게 되는데...

닌자들은 비늘의 주인을 찾기 위해, 뱀 부족의 지하 무덤으로 들어간다. 그리고 그곳에서 평화롭게 살고 있는 뱀 부족을 만나고, 뱀들의 전설을 듣게 된다. 뱀 부족 사이에는 골드 닌자가 골드 마스터가 되어 모든 세상을 지배하려 하고, 결국엔 닌자고 세상에 종말을 가져온다는 전설이 있다. 한편, 로이드와 가마돈은 오버로드에게 발목을 잡히고, 로이드는 그만 모든 힘을 뺏기고 만다.

닌자들은 오버로드가 지배하고 있는 컴퓨터 시스템을 재부팅하기 위해, 스스로 비디오 게임 속으로 들어간다. 한편, 로이드의 힘을 빼앗은 오버로드는 더욱 더 막강한 존재가 되어, 닌자들을 기다리고 있다. 그러나 쟌의 숨겨진 능력 덕분에 닌자들은 시스템 재부팅에 성공하고, 로이드를 찾아 낯선 마을로 향한다. 한편, 오버로드 역시 시스템에서 풀려나게 되는데...

로이드가 골드 파워를 나머지 닌자들한테 나눠주자, 힘을 되찾으려는 오버로드는 아르크투루스라는 암호명을 가진 비밀 작전을 실시한다. 한편, 파이토 일당을 미행하던 카이는 그만 닌드로이드 군대에게 잡히게 되고, 나머지 닌자들은 카이를 구하고 오버로드의 작전을 막기 위해 로켓을 타고 우주로 향하게 된다.

황금 무기를 찾으려는 닌드로이드들의 우주선에 몰래 탄 닌자들은 황금 무기가 있는 혜성에 도착한다. 그러나 황금 무기를 손에 넣는 작전은 실패하고, 우주선마저 외계 벌레들이 다 갉아먹는 바람에, 닌자들은 닌자고로 돌아가지 못 하고 우주에 남게 된다.

골드 파워를 손에 넣은 오버로드는 스핀짓주로 재탄생하고, 이를 막기 위해 닌자들은 스톤 아미들이 최초의 스핀짓주 마스터와 싸울 때 썼던 갑옷을 입고 오버로드와 맞선다. 그러나 골드 파워는 이들이 감당하기에 너무 강했고, 모두가 위기에 처하게 된다. 그 순간, 쟌이 나타나, 오버로드를 붙잡은 채, 스스로 폭발하고 만다.

쟌이 죽은 후, 닌자들은 뿔뿔이 흩어져 괴로워한다. 한편, 로이드는 새로운 팀을 꾸리기 위해 새로운 닌자를 뽑기로 하고, 콜, 카이, 제이를 한 자리에 모은다. 그런데 갑자기, 악당들이 남기고 간 쪽지를 받게 되고, 그 쪽지엔 쟌이 살아 있으니, 만나고 싶으면 마스터 첸을 찾아오라는 내용이 적혀 있다.

닌자들과 마스터들은 마스터 첸의 대회에 참가하게 되고, 결국 칼로프가 탈락하고 만다. 그날 밤, 닌자들은 쟌을 찾기 위해 섬을 둘러보기로 하는데, 콜이 우연히 발견한 비밀 통로에서 마스터 첸의 비밀을 알게 된다.

마스터 첸의 계략에 따라, 콜과 제이가 대결에서 맞붙게 된다. 니야의 문제로 서로에게 불만이 쌓여 있던 콜과 제이는 서로 이겨보겠다고 싸우지만, 결국 둘은 화해하고 승리를 서로에게 양보하려 한다. 그러자 마스터 첸은 둘 다 탈락시키려고 하는데…

마스터 첸은 로이드와 카밀을 서로 맞붙게 한다. 다른 선수들은 모두 카밀의 편이 되어 로이드를 탈락시키려고 하지만, 결국 첸의 비밀을 알게 되고 로이드를 도와주게 된다.

니야는 대럿과 첸의 섬으로 몰래 숨어들어오고, 콜은 쟌을 감옥에서 빼내는 데 성공한다. 그러나 다른 닌자들은 선수들 중 누군가 마스터 첸을 도와주고 있다는 걸 알게 되고, 그 스파이가 누군지 정체를 밝히려 한다.

마스터 첸은 선수들을 데리고 새로운 경기를 시작한다. 바로 달아난 니야를 찾는 추격전! 닌자들은 다른 선수들보다 니야를 빨리 찾기 위해 각자 흩어지지만, 결국 로이드를 제외하고는 전부 마스터 첸에게 붙잡히고 마는데…

마스터 첸은 로이드를 제외한 모든 선수들을 붙잡는다. 로이드는 밤이 되길 기다렸다가 마스터 첸을 공격하지만 결국 실패로 끝난다. 그리고 놀랍게도 마스터 첸의 옆에는 카이가 서 있는데...

닌자들과 선수들이 안심하는 사이, 첸은 마법을 완성시킬 방법을 찾아낸다. 결국, 아나콘드라이로 변한 첸과 부하들은 섬을 빠져 나가고, 닌자들과 선수들은 허탈해 한다. 그때 드래곤을 소환한 쟌과 카이가 나타나는데...

변신 주문의 효과가 계속되려면, 진짜 아나콘드라이의 독이 필요하다는 사실을 알게 된 마스터 첸은 파이토를 찾아 나선다. 한편, 파이토와 마스터 첸을 뒤쫓던 닌자 무리는 함정에 빠지게 되는데…

첸의 군대가 닌자고 전체를 점령할 위기에 처하자, 닌자들은 최후의 결전 장소에서 적들을 기다리고 있다. 한편, 파이토는 전쟁을 끝낼 방법을 찾게 되고, 이 사실을 가마돈에게 전하는데…

평화가 찾아온 닌자고! 마스터 우와 닌자들은 작은 찻집을 열어 새로운 생활을 하고 있다. 그러던 중, 저주의 땅에서 빠져 나온 ‘모로’라는 자가 마스터 우를 찾아 오고, 닌자들은 그와 맞서 보지만 초능력이 사라진 상태라 물리치지 못 하는데…

결국 모로는 마스터 우의 지팡이를 손에 넣고, 최초의 스핀짓주 마스터의 무덤을 찾아 나선다. 한편, 마스터 우는 미리 복사해둔 지팡이 속의 그림을 마사코한테 보여주고, 마사코는 세 가지 그림 중 두 가지를 풀어낸다. 닌자들은 마스터 우의 말을 따라, 양 사부의 에어짓주 비법서를 찾으러 가는데…

닌자들은 로닌에게서 에어짓주 비법서를 사려고 하지만, 쉽게 돈을 구하지 못 한다. 결국 로닌의 가게를 털기로 하는데, 마침 로닌을 찾아온 모로와 유령 궁수(소울)를 만나게 된다. 결국 양쪽 모두 비법서를 갖기 위해 싸우게 되는데…

닌자들은 로닌한테 들은 대로, 에어짓주 기술을 배우기 위해 양 사부의 유령을 만나러 간다. 유령의 사원에 갇힌 닌자들은 여러 가지 테스트를 받게 되고, 결국 양 사부에게서 에어짓주 비법서를 얻게 되지만, 동이 트기 전까지 빠져나오지 못한 콜은 결국 유령이 되고 마는데…

스핀짓주 마스터의 무덤을 찾기 위한 두 번째 여정이 시작된다. 닌자들은 마사코가 알려준 안식의 검을 찾기 위해 구름의 왕국으로 가야 한다. 문제는 구름의 왕국으로 가려면, 눈 먼 자의 눈이라는 바람 속으로 뛰어들어야 한다는 것! 게다가 모로보다 구름의 왕국에 가야 하는데…

닌자들은 모로보다 먼저 구름의 왕국에 도착하지만, 그곳의 지도자인 펜윅은 자신들의 안전을 구하려고 모로와 손을 잡는다. 그러나 다행히 젊은 수도승의 도움으로 닌자들은 성스러운 검을 먼저 손에 넣는다. 이제 두 가지 암호를 풀어 무덤의 위치만 알아내면 되는데...

닌자들은 첫 번째 스핀 짓주 마스터의 무덤에 도착하는 데 필요한 모든 아이템을 가지고 있지만, 무덤의 위치로 이어지는 마지막 수수께끼를 알아 내기 전에 로린은 칼을 훔쳐 모로에게 주어 영혼과 교환한다. 그리나 닌자들과 니야는 그를 막을 수 없습니다.

닌자들은 로닌의 비행선을 타고 바다 밑 무덤으로 들어간다. 세 가지 테스트를 통과한 닌자들은 렐름 크리스털을 손에 넣게 되지만, 모로가 나타나는 바람에 로이드를 구하고 크리스털을 포기한다. 크리스털을 손에 넣은 모로는 다른 공간으로 사라져 버리지만, 로이드와 다시 만난 닌자들은 다행히 초능력이 돌아오게 되는데....

닌자들은 모로의 계획을 막기 위해 스틱스로 향한다. 니야는 로이드로 분장해, 모로를 렐름 크리스털에서 떼어놓는데 성공하지만, 로이드가 크리스털을 없애기 전에 공간의 문이 완성되고 만다. 결국 로이드는 파멸의 지배자한테 붙잡혀 저주의 땅으로 가게 되는데…

유령이 모여서 프레미 넌트를 거대한 거대한 거수로 동원 할 때, 닌자들은 에어 짓주를 사용하여 속도를 늦추기 위해 이동하는 짐승과 싸운다. 동시에 로이드는 모로와 대결하여 렐름 크리스탈을 놓고 싸우고 있다. 동시에, 그들은 서로 다른 영역을 드나 드는 싸움.

닌자고에서 최고의 인기를 누기로 있는 닌자들! 그러나 평화도 잠시, 저주의 땅에서 빠져나온 클라우즈 덕에 자유의 몸이 된 나다칸이 닌자들을 노린다. 과거 포악하기로 유명했던 해적, 나다칸은 부하들을 되찾고 세력을 되찾으려 하는데...

닌자들은 자신들에게 누명을 씌운 범인과 우 사부가 사라진 이유를 알아내기 위해 둘씩 흩어져서 조사를 하기로 한다. 그러나 포상금을 노린 로닌한테 하나씩 잡히고 만다. 한편, 마사코와 우는 나다칸에 의해 ‘타이란의 주전자’에 갇히고 마는데...

누명을 쓴 닌자들은 '크립타리움 감옥'에 갇힌다. 원한이 있던 죄수들 사이에서 힘들어 하던 중, 우연히 소토 선장을 만나고, 그에게서 나다칸을 잡을 수 있는 비법을 듣게 되는데...

나다칸과 부하들은 해적선 수리에 박차를 가한다. 한편, 나다칸은 제이에게 접근해서 소원을 빌게 하고, 그 바람에 제이는 출생의 비밀을 알게 된다. 결국 해적들이 닌자고 시티를 공격에 나서자, 닌자들은 전면에 나서 싸우게 된다. 그러던 중, 카이는 나다칸의 꾐에 빠져 세 가지 소원을 빌고, 진 블레이드 에 갇히고 만다.

나다칸을 잡을 독을 구하기 위해 닌자들은 타이거 위도우가 사는 섬으로 향한다. 그러던 중, 쟌마저 나다칸에게 붙잡히게 된다. 결국 다른 아이들도 제이가 나다칸을 만났던 사실을 알게 되고, 제이는 말을 하지 않은 죄로 타이거 위도우의 독을 뽑게 된다. 한편, 섬까지 쫓아온 나다칸은 제이마저 데려가 버리는데...

나다칸한테 잡힌 제이는 배에서 궂은 밀을 도맡아 한다. 한편, 섬에 갇힌 니야, 콜, 로이드는 뗏목을 만들어 탈출을 시도하지만, 해변의 괴물들 때문에 쉽게 빠져나오지 못한다. 그러던 중, 닌자들이 자신들의 편임을 깨달은 경찰청장이 로닌을 앞세워 닌자들을 구하러 나서는데...

제이를 구하기 위해 해적선에 접근한 닌자들! 그러나 얼마 안 있어, 모두 해적들한테 잡히고 만다. 해적들과 싸우는 과정에서 로이드, 콜은 세 가지 소원을 다 쓰게 되고, 제이와 니야는 가까스로 탈출에 성공한다.

제이와 니야는 쟌의 아버지가 갇혀 있던 등대로 피신하고, 나다칸은 클랜시를 협박해 둘이 숨어 있는 곳을 알아낸다. 한편, 제이와 니야는 그곳에서 쟌의 아버지가 만들어둔 또 다른 쟌을 만나게 되는데...

혼자 남은 제이는 자신을 도와줄 친구들을 모아, 나다칸의 본거지로 몰래 숨어 들어간다. 그러나 나다칸 앞에서 소원을 비는데 실패하고, 그 대신 나다칸의 진 블레이드를 손에 넣는다. 결국 소토의 조언대로 진 블레이드 안으로 들어간 제이는 닌자들을 구해오게 되는데...

나다칸이 천하무적의 힘을 갖게 되자, 결국 해적들을 배신하고 만다. 겨우 도망쳐나온 플린트록과 독생크는 닌자들과 한편이 되어 나다칸을 공격하고, 제이는 드디어 나다칸 앞에서 소원을 빌 수 있게 된다. 그러나 플린트록이 쏜 독이 나다칸과 니야를 함께 맞히는 바람에, 제이는 생각해뒀던 소원을 빌 수 없게 되는데...

수십 년 전에 중단된 결투의 승패를 짓기 위해 마스터 우는 수도원에서 시간의 마스터 형제 중 한 명인 아크로닉스를 만난다. 그러나 한 번의 실수 때문에, 아크로닉스에게 치명타를 입은 마스터 우. 불행인지 다행인지, 그 순간 도착한 첫 번째 타임 블레이드! 아크로닉스가 타임 블레이드를 이용해 시간을 건너뛰자, 이상한 에너지를 감지한 닌자들이 수도원으로 오고, 절명의 위기에 빠진 마스터 우를 구한다.

드디어 닌자들은 마스터 우를 통해 크럭스와 아크로닉스에 대한 진실을 알게 됐다. 둘은 시곗바늘 형제라는 별명으로 불리던, 타락한 두 명의 시간의 원소 마스터였다. 그러나, 다시 돌아온 아크로닉스가 마스터 우와 40년 전 끝내지 못한 결투를 마무리하고 사라졌기 때문에, 더 이상 걱정할 일이 없다. 그러나 마스터 우는 결투 중, 아크로닉스의 시간의 펀치를 맞고 힘겨워한다. 한편, 닌자들은 새로운 적, ‘버밀리언 군대’와 만나게 되지만, 이들을 상대할 방법을 찾지 못해 허둥댄다.

카이는 버밀리언 군인이 쓰고 있던 헬멧을 조사하던 중, 크럭스가 닌자고에서 정체를 숨기고 살고 있다는 걸 알아낸다. 한편, 버밀리언 군대는 계속해서 닌자고 시민들을 납치하고, 로이드는 수련 마스터로서 이를 막기 위해 고군분투한다. 쟌은 버밀리언 군인들과의 첫 전투에서 기습을 받아 작동이 멈춰버리는데, 니야는 정신을 잃은 쟌을 깨우기 위해 최선을 다한다.

버밀리언 군인들이 금속을 훔쳐 가는 일이 계속되자, 로이드가 아픈 마스터 우를 대신해 전면에 나서 수습해하려 한다. 그러나 일이 생각만큼 쉽지 않다는 걸 깨닫는다.

닌자들이 메가몬스터 놀이공원을 구하기 위해 싸우는 동안, 제이는 버밀리언 군대한테서 부모님의 고철상을 지키기 위해 고군분투한다. 그러던 중, 시간을 늦추는 힘을 가진 에메랄드 타임 블레이드가 나타난다. 닌자들은 뱀들보다 타임 블레이드를 손에 넣기 위해 사력을 다해 사막 추격전을 벌인다.

버밀리언 군대한테서 벗어나, 에메랄드 타임 블레이드를 되찾은 닌자들은 자축의 순간을 갖는다. 그러나 아크로닉스와 크럭스가 블레이드를 되찾기 위해 나타나자, 에어짓주 사원은 전쟁터로 돌변한다.

니야는 사무라이 엑스 행세를 하고 다니던 자와 정면으로 맞붙게 되고, 카이는 부모님에 대한 진실을 계속해서 찾아다닌다. 다른 닌자들은 마스터 우의 행방을 알아내기 위해 사방을 헤맨다. 그러던 중, 알게 된 진실들 때문에 닌자들은 더 혼란에 빠진다.

카이는 자신의 아버지를 만나지만, 시곗바늘 형제를 도운 배신자라며 아버지를 몰아세운다. 그러나 사실, 카이의 부모는 아크로닉스와 크럭스의 인질이었다. 한편, 닌자들이 시곗바늘 형제에게 붙잡혀 있던 마스터 우와 사이러스 보그 박사를 비롯한 인질들을 구하던 사이, 시간을 순간 정지시키는 힘을 가진 세 번째 타임 블레이드가 도착한다

시곗바늘 형제는 카이와 니야를 협박하고, 둘이 가진 원소의 힘을 이용해서 3번째와 4번째 타임 블레이드를 펄펄 끓는 바다(Boiling Sea)에서 되찾아온다. 그 대신, 타임 블레이드의 과거로 돌아가는 힘을 이용해서 급속도로 늙어가는 마스터 우를 구해주기로 약속한다. 한편, 닌자들과 사이러스 보그 박사는 시곗바늘 형제가 만들고 있던 시간 여행이 가능한 뱀 로봇이 작동되는 걸 막으려 하고, 그러던 중에 사무라이 엑스한테서 뜻밖의 도움을 받게 된다.

카이와 니야는 마스터 우를 구하기 위해 크럭스와 아크로닉스의 타임머신 스네이크 로봇에 몰래 올라탄다. 그러나 과거에 도착한 남매는 원소 마스터들을 도와, 시곗바늘 형제가 닌자고의 역사를 바꾸는 것을 막아야 하는 상황에 놓인다. 한편, 현재에 남아 있던 닌자들은 카이와 시간의 펀치를 맞은 니야의 아버지를 돕기 위해 나선다.

악당들이 복수의 가면을 훔쳐 달아났으니 비상사태 발생! 3개의 가면이 모이면 엄청난 힘이 생기거든. 로이드가 즉각 팀을 소집해 또 다른 가면을 지키러 왕궁으로 들어간다.

공주가 납치된 줄 알고 쫓아간 로이드. 단순 해프닝이었지만, 이 일로 둘은 친구가 된다. 한편 가마돈의 아들들이 궁을 습격해 속임수의 가면도 훔쳐 간다. 이 일을 어쩐담?

붙잡힌 용의자에게서 정보를 캐낸 닌자들. 노래방이 놈들의 소굴이라니. 쉿, 변장해서 들어오긴 했는데, 어떻게 해야 가마돈의 아들들과 친해지지? 그래, 꿀성대 대방출이다.

스네이크 재규어로 위장한 쟌이 비밀기지에 끌려간다. 그곳에서 가마돈의 아들들을 이끄는 보스의 존재를 알게 되고. 감옥에 갇힌 콜은 세 번째 가면에 대한 열쇠를 발견한다.

이 아기가 세 번째 가면의 열쇠라고? 왜인진 모르겠지만 마구 울어대니 힘들다. 잠깐, 아기를 감싼 이불에 뭔가 그려져 있어. 이게 바로 그 열쇠? 왜 이걸 지금껏 몰랐을까.

가면을 찾는 과정에서 점점 더 가까워지는 로이드와 하루미. 한편, 추락한 드래곤 전함을 고친 닌자들은 콰이어트 원의 정체를 알게 된다. 이런, 빨리 로이드에게 알려야 해!

하루미에게 그런 슬픈 기억이 있었다니. 한편 도깨비 사원에 마침내 도착한 로이드. 증오의 가면을 코앞에 두고 콰이어트 원의 정체를 눈치채는데. 맙소사, 그게 너였어?

세 개의 가면을 모두 모은 하루미. 곧 제왕 가마돈을 소환하는 의식을 거행한다. 로이드 엄마까지 잡아 와 로이드를 협박하면서. 하늘에선 마침내 제왕 가마돈이 응답한다.

제왕 가마돈이 부활했다. 유치장에서 하루미의 탈주를 돕고, 가마돈의 아들들이 있는 감옥까지 장악한다. 심상치 않은 어둠의 기운. 닌자고 시티에 최대 위기가 닥쳤어!

치료에는 대가가 따르는 법. 로이드의 회복을 위해 기꺼이 희생을 택한 동료 닌자들. 그 무렵 가마돈은 거대 바위 괴물을 이끌고 닌자고에 쳐들어온다. 과연 도시의 운명은?

로이드는 가마돈을 피해 몸을 숨겨야 하는 신세가 됐다. 게다가 힘도 잃어 아무것도 할 수 없는 상황. 도깨비와 드래곤의 세상에 떨어진 닌자들도 눈앞이 캄캄하긴 마찬가지.

죽음의 끝에 온 걸 환영한다. 아이언 배런에게 붙잡힌 닌자들. 어휴, 드래곤과 싸워야 한다니, 이길 수 있을까? 한편 로이드는 각 원소 마스터들을 모아 저항 세력을 꾸린다.

헌터들의 드래곤 사냥이 시작됐다! 미끼는 바로 닌자들? 원소 에너지로 드래곤을 유인할 생각. 로이드와 저항 세력은 TV 방송국을 장악해 희망의 메시지를 전하려 한다.

콜과 우 사부는 재료를 모아 가짜 드래곤을 만들기로 한다. 헌터들이 당황하는 사이 닌자 친구들을 구출하려는 것. 가마돈의 아들들은 로이드의 비밀 본부를 습격해 온다.

습격받은 로이드 일행. 가까스로 도망치지만 가마돈의 아들들에게 바짝 추격당한다. 도깨비와 드래곤의 세상에서도 닌자들이 탈출에 성공하지만 예기치 않은 손님을 만난다.

과거 이야기를 꺼내며 자신의 정체를 밝힌 미스타케. 가마돈은 하루미를 딸로 받아들이며 야망을 더욱 불태운다. 한편 우 사부와 닌자들은 퍼스트본이 사는 곳을 알게 되고.

드러난 우 사부의 진짜 정체. 아슬아슬하게 추격하던 아이언 배런까지 알게 되었는데. 영원히 힘을 잃은 로이드는 새 계획을 짠다. 가짜 하루미를 만들어 가마돈에게 간다?

잃었던 기억을 찾은 우 사부에게 아이언 배런이 제안을 한다. 드래곤 갑옷을 가져오면 닌자들을 원래 살던 곳으로 보내준다는 것. 한편 스카일라는 가마돈의 힘을 훔쳐낸다.

잔뜩 화가 난 가마돈, 닌자고 시티를 잿더미로 만들 기세다. 설상가상으로 가마돈의 아들들에게 포위된 로이드. 이제 남은 희망은 최초의 세계에 간 닌자들이 돌아오는 것뿐.

드래곤을 타고 온 우 사부와 닌자들. 로이드와 저항 세력은 환호하고 가마돈과 대결을 준비한다. 그린 닌자의 의미를 깨달은 로이드는 힘을 되찾고 평화를 가져올 수 있을까?

가마돈은 크립타리움 특별 감옥에 갇히고, 닌자고 시티는 평화를 되찾는다. 그러나 가마돈은 로이드를 불러, 어둠이 몰려온다며 자신과 한 편이 될 것을 제안한다. 가마돈의 말대로, 닌자고에 흑구름 같은 어둠이 스며들고, 도깨비 군단이 사람들을 공격한다. 닌자들은 어둠의 도깨비들에게 맞서 싸워보지만, 자신들의 힘으론 불가능하다는 걸 깨닫게 된다. 도깨비를 잡으려면 도깨비를 알아야 하는 법. 닌자들은 의외의 인물을 찾아가는데…

악의 화신 가마돈과 어쩔 수 없이 손을 잡게 된 닌자들. 가마돈은 도깨비들을 무찌르려면 닌자고 시티로 돌아가서 렐름 크리스털을 파괴해야 한다고 말한다. 드래곤 전함에서 한바탕 소동을 벌이고 마는 가마돈. 믿음이 안 가지만 닌자들은 어쩔 수 없이 가마돈을 로이드와 함께 닌자고 시티로 보내고, 그동안 아직 대피하지 못한 시민들을 구하기로 한다.

가마돈과 로이드는 렐름 크리스털을 깨뜨려보지만, 도깨비 무리를 막는 데 실패한다. 로이드는 픽셀에게 구조 신호를 보내고, 픽셀은 흑구름을 뚫고 로이드와 가마돈을 구출한다. 한편, 방송국 직원들을 구하던 닌자들은 흑구름을 빠져나오던 중, 콜을 흑구름 속에 놓치고 만다. 더욱 거세지는 도깨비들의 위협. 니야는 도깨비들을 물리칠 궁극의 제안을 하게 되는데...

니야의 제안으로 카이는 황금갑옷을 녹여 궁극의 황금 무기를 만들어낸다. 한편, 어둠 속에 갇힌 콜은 드릴 머신을 소환해서 탈출하는 데 성공한다. 도깨비 무리는 닌자들과 시민들이 있는 곳으로 몰려오고, 가마돈, 마스터 우는 다시 한 편이 되어 닌자들과 도깨비에 맞서 싸운다. 그러나 수적으로 열세인 상황에서 닌자들은 패배를 예감하고, 마지막 일격으로 창조의 회오리바람을 다 같이 만들어보기로 한다. 그리고 의외의 인물이 최후의 일격에 힘을 보태는데..!

평화로운 일상을 즐기고 있던 닌자들은 마스터 우에게 닌자의 본분을 게을리한다고 꾸짖음을 듣는다. 닌자들은 그 사실을 부인하지만, 결국 마스터 우의 여러 가지 무술 시험을 치르게 된다. 시험을 치르며 닌자들은 자신들이 그동안 나태하게 지낸 것을 깨닫고 원래 닌자의 모습으로 돌아가려고 한다."

기강이 해이해진 걸 깨달은 닌자들은 스핀짓주 훈련을 위해 할 일을 찾아 닌자고를 돌아다니지만, 평화로운 도시가 된 닌자고에선 위험한 일이 더 이상 생기지 않는다. 그러던 중, 비밀스러운 피라미드를 발견했다는 소식을 듣고, 닌자들은 아무도 들어가려 하지 않는 위험한 피라미드 속을 들어가 보기로 하는데…

새롭게 할 일이 생겨서 잔뜩 들떠 있는 닌자들에게 픽셀이 깜짝 선물을 한다. 신이 난 닌자들은 사막으로 향하던 중, 거대 풍뎅이의 공격을 받게 되고, 큰 바위 위로 몸을 피하는데…

"고장난 랜드 바운티를 수리하려면, 거대 풍뎅이가 삼킨 엔진의 부품을 되찾아 와야 한다. 결국 쟌이 풍뎅이의 뱃속에 직접 들어가서 부품을 꺼내오기로 하는데…"

닌자들은 안락한 생활에 익숙해진 클러치 파워스 교수와 한 팀이 되어 비밀스러운 피라미드 안으로 들어가기로 한다. 그리고 그곳에 봉인되어 있던 오래된 악의 존재를 풀어주게 되는데…

리틀 넬슨은 신문 배달원으로 취직한다. 그러나 출근 첫날, 아스피라와 바이로 전사들이 닌자고 시티를 지배한다. 넬슨은 동료, 안토니아와 함께 신문배달을 무사히 완료하려고 최선을 다하던 중, 파워스 교수와 만나게 된다.

카이는 아스피라한테 힘을 뺏기고 의식을 잃는다. 그 와중에, 아스피라의 마법 때문에 생긴 용암이 피라미드를 가득 채우기 시작한다. 카이를 제외한 다른 닌자들은 서로 힘을 합쳐서 피라미드를 빠져나가려고 애쓰지만, 결국 피라미드 주변까지 용암이 가득 찬 걸 발견하고 낙심한다. 그러나 그 순간 픽셀이 닌자들을 구하러 온다.

NGTV 최고의 기자로 인정받는 프레드 파인리는 뱀들한테 공격받고 있는 닌자고 시내에서 시민들과 인터뷰 중이다. 한편, 강아지 만지기 대회에서 뉴스를 전하던 게일은 뱀사제, 아스피라와 직접 대면하게 된다. 아스피라는 자신을 피라미드에 가둔 무기인 고대 두루마리 문서가 닌자고 역사 박물관에 있다는 걸 알고, 그곳으로 향하는데…

아스피라에게 힘을 잃은 카이는 전투에서 빠지고, 남은 닌자들은 아스피라를 쫓아 박물관으로 향한다. 한편, 혼자 남은 카이가 우연히 만난 꼬마 팬은 닌자들을 도우러 가겠다며 박물관으로 달려간다. 꼬마의 안전이 걱정된 카이 역시 박물관으로 향하지만, 이미 아스피라는 닌자들을 물리치고 금지된 스핀짓주 두루마리를 갖고 떠나 버렸다.

로이드, 니야, 쟌은 아스피라한테서 금지된 스핀짓주 두루마리를 뺏으려 하지만 뜻대로 되지 않는다. 한편, 카이, 제이, 콜은 지하 세계로 내려가서 스케일스를 만나, 아스피라와 배신자 사기꾼의 이야기를 듣는다. 가마돈이 배신자라고 생각한 제이는 사원으로 돌아와서 마스터 우에게 이 이야기를 전하는데...

마스터 우는 닌자들에게 아스피라와 얽힌 과거를 애기해준다. 어린 우는 가마돈과 금지된 뱀의 땅에 몰래 들어갔다가 뱀들에게 잡혀 감옥에 갇힌다. 이때 아스피라가 나타나서, 우와 가마돈을 풀어주는 대가로 스핀짓주를 가르쳐달라고 한다. 어린 우는 약속을 지키기 위해 아스피라에게 스핀짓주를 가르쳐주지만, 아스피라가 인간을 공격하고 뱀의 왕을 무너뜨리려는 걸 알고 아스피라를 무찌른다. 결국 아스피라는 피라미드에 갇히게 되고, 우에게 복수를 다짐한다.

아스피라와 부하들이 마스터 우의 사원으로 쳐들어오자, 마스터 우와 제이, 콜, 카이는 픽셀이 만들어둔 사원 안의 비밀 시설로 몸을 숨긴다. 한편, 니야와 쟌, 로이드는 금지된 스핀짓주 두루마리가 두 개라는 걸 전해듣고, 탐험가 클러치 파워스를 찾아가서 두 번째 두루마리의 행방을 묻는다.

마스터 우와 콜, 제이, 카이가 사원에 갇혀 있는 동안, 로이드와 니야, 쟌은 클러치 파워스의 조언대로 탐험가 클럽으로 두 번째 스핀짓주 두루마리를 찾으러 간다. 그러나 회원이 아니면, 두루마리를 내어줄 수 없다는 말을 듣고, 셋은 몰래 클럽에 잠입하는데…

아스피라와 부하들이 마스터 우와 닌자들이 숨어 있는 방안으로 진입한다. 픽셀이 완성된 로봇으로 아스피라와 맞서보지만, 결국 모두 아스피라에게 잡히고 만다. 그 순간, 때맞춰 도착한 로이드가 가져온 두 번째 금지된 스핀짓주 두루마리 덕분에 닌자들은 아스피라를 결박하는데 성공한다. 그러나 닌자들이 한눈을 파는 사이, 아스피라의 기습 공격에 쟌이 어디론가 사라지고 마는데...

쟌이 사라진 것을 자신의 책임으로 생각한 마스터 우는 혼자서 네버 영역으로 가서 쟌을 찾고, 여행자의 차를 마시고 다시 돌아오겠다고 한다. 로이드와 닌자들은 마스터 우 혼자보다는 자신들이 가는 게 쟌을 찾을 확률이 크다며, 여행자의 차를 몰래 훔쳐 네버 영역으로 출발한다. 그러나 사실은 여행자의 차에는 네버 영역에서 돌아올 게 만드는 힘이 없다는데...

로이드와 닌자들은 네버 영역으로 떨어지고, 그 와중에 콜은 여행자의 차를 잃어버린다. 얼음의 산속에서 늑대들에게 쫓기던 닌자들은 위대한 호숫가 부족들 덕분에 위기를 모면하고, 쟌이 있는 곳을 알아낸다. 한편, 얼음의 황제를 모시는 벡스 장군은 신기한 능력을 이용해 닌자들이 온 것을 알아내고, 닌자들과 닌자들을 돕는 이들까지 없애려고 하는데…

닌자들이 쟌이 잡혀 있는 얼음 황제의 성으로 가려고 할 때, 얼음 낚시꾼들이 끔찍한 소식을 전해온다. 얼음 황제에게서 마을을 파괴하라는 명을 받고 블리자드 검객들이 오고 있다는 것! 닌자들은 마을에 남아서 사람들과 한번 꺼지면 다시는 붙지 않는다는 ‘장작불’을 지키기로 한다. 그리고 닌자들은 검객들과의 전투에서 승리하지만, ‘장작불’은 꺼뜨리고 만다. 카이는 이 절망적인 상황에 굴복하는 대신, 거의 남아 있지 않던 원소의 힘을 이용해 ‘장작불’을 다시 살리고, ‘불을 만드는 자’로 불리게 된다.

블리자드 검객들의 공격을 받은 후, 닌자들은 얼음 낚시꾼들의 마을을 함께 재건한다. 그러나 로이드는 랜드 바운티를 찾기 위해, 다른 닌자들과 헤어지고 혼자 길을 떠난다. 얼마 가지 않아, 로이드는 하얀 늑대가 자신을 따라오는 걸 발견한다. 산길로 접어든 로이드는 검객들과 마주치지만, 눈사태가 검객과 로이드를 덮쳐버린다. 다행히 늑대에 의해 목숨을 구한 로이드는 함께 걷기 시작하고, 부서진 랜드 바운티를 발견한다. 랜드 바운티에서 늑대와 밤을 보내던 로이드는 쟌의 로봇에서 보내오는 약한 신호를 발견한다.

닌자들이 사라졌다는 기사가 난 신문이 우연히 크립타리움 감옥 담장을 넘어간다. 그곳에 갇혀 있던 기술자, 울트라바이올렛은 탈옥을 감행하고, 그러던 중 우연히 만난 또 다른 탈옥수, ‘탈출비둘기’와 합류한다. 셋은 자신을 감옥에 넣은 닌자가 가장 최악의 닌자라며 서로 말다툼을 하지만, 탈옥에 성공하자마자 픽셀에게 붙잡히게 된다. 결국 셋은 최악의 닌자는 ‘픽셀’이라는 결론을 내린다.

로이드는 함께 동행하게 된 늑대에게 ‘레드’라는 이름을 붙여준다. 둘은 안개가 뒤덮인 얼음 산길을 가던 중, 외계 괴물인 ‘반시’의 공격을 받는다. 로이드와 레드는 반시를 피해 들어간 동굴 안에서 쟌의 로봇과 쟌이 남긴 메시지를 발견한다. 쟌이 로봇을 수리하기 위해 로봇의 오류 진단 프로그램과 자신을 연결하려 했다는 걸 안 로이드는 동굴에 남은 로봇을 고친 후, 반시와 대결한다. 그리고 쟌을 구하기 위해 얼음 황제의 성으로 다시 향한다.

여행자의 찻잎을 잃어버렸다는 죄책감에 시달리던 콜은 우연히 동네 꼬마한테서 듣게 된 전설 속의 여행자의 나무를 찾아서 혼자 위험한 여행을 떠나게 된다. 그러나 험준한 설산 꼭대기에 있다는 여행자의 나무는 무시무시한 야수가 지키고 있다는데…

정신을 차린 콜은 산속 얼음 동굴에 갇혀 있다는 사실을 깨닫는다. 전설로만 전해지던 야수, 크랙이 자신을 동굴에 가둔 거라고 오해한 콜은 탈출하기 위해 크랙과 몸싸움을 벌인다. 그러던 중, 콜은 동굴 안의 무덤을 발견한다. 사실은 크랙은 가족을 모두 잃고 혼자 동굴에서 지내고 있었던 것! 그리고 크랙은 콜을 공격한 게 아니라, 오히려 무너지던 얼음 다리 위에서 콜을 구해준 것이었다는 걸 알게 된다. 콜은 크랙과 친구가 되고, 크랙의 도움으로 여행자의 나무도 찾게 된다.

로이드는 늑대 ‘레드’와 함께 얼음의 황제가 사는 성으로 향한다. 그러나 얼음 황제가 보낸 거대한 얼음 바위 괴물, ‘베헤모스’의 공격을 받는다. 다행히 로이드와 레드는 베헤모스를 무찌르지만, 레드는 부상을 입고 만다. 로이드는 레드를 옆에서 간호하다가 잠이 드는데, 다음날 일어나보니 늑대 대신 한 소녀를 발견하게 한다. 사실 레드는 변신족인 아키타가 동물로 변해 있을 때의 모습이었다. 그러나 평범한 늑대인 줄 알고 레드에게 자신의 속 얘기를 털어놓았던 로이드는 배신감에 화를 내고 레드와 헤어지기로 하지만, 발을 다친 아키타가 마음에 걸려, 다시 돌아와 아키타를 도와준다. 아키타도 로이드에게 사과하고, 자신의 사연을 이야기하는데...

아키타는 자신의 쌍둥이 형제, 카타루와 ‘선택’의 의식을 치렀던 경험담을 로이드에게 들려준다. 쌍둥이가 선택의 의식을 하던 중, 불청객 벡스 장군의 침입을 받았다. 벡스는 변신족에게 복수를 다짐하고 다시 황무지로 사라진다. 그 후 아키타의 선택의 의식은 다시 진행되고, 며칠 간의 명상 끝에 아키타는 구름 속에서 한 늑대의 모습을 보고 따라가서 늑대를 잡는다. 그순간 아키타의 동물 형상은 늑대로 정해지고, 쌍둥이 형제 카타루는 곰으로 변신하게 된다. 동물로 변한 둘은 즐겁게 숲을 뛰어놀다가 마을로 돌아가던 중, 무시무시한 아이스 드래곤에 의해 모든 게 얼어버린 마을을 발견한다. 그리고 카타루마저 드래곤에게 쫓기다 최후를 맞는다. 복수를 맹세한 아키타는 다시 숲으로 몸을 피한다.

닌자들이 마을을 비운 사이, 혼자 남은 카이와 어부들은 아이스 드래곤의 공격을 받는다. 카이는 혼자서 드래곤에 맞서 보지만, 결국 어부 마을 사람들은 모두 얼어붙고 만다. 한편, 로이드 역시 아이스 드래곤의 공격을 받고, 아키타와 헤어져 얼음의 황제 앞으로 잡혀가게 된다.

네버 영역으로 간 닌자들이 다시 돌아올 수 있을 만큼의 여행자의 차가 없다는 사실을 알고 있는 픽셀과 마스터 우는 갖고 있는 여행자의 차로 여러 영역의 포털을 열어본다. 그러던 중, 죽은 자들의 영역에서 파멸의 지배자를 소환하고 만다. 닌자고에 들어온 파멸의 지배자는 시민들을 공격하고, 픽셀은 목숨을 걸고 사무라이 X가 되어 시민들을 지킨다.

쟌이 얼음 황제가 된 이야기. 과거 변신족의 마을을 떠난 벡스는 그림팩스에게 자신을 책사로 써달라고 부탁하지만 매몰차게 거절당한다. 혼자 떠돌던 벡스는 우연히 쟌이 하늘에서 떨어지는 걸 보고, 재부팅하던 쟌을 방해해 모든 기억을 잃게 만든다. 벡스의 거짓말에 자신이 얼음의 황제라고 생각하게 된 쟌은 그림팩스를 왕좌에서 내쫓고 스스로 얼음의 황제 자리에 오른다.

로이드는 얼음의 황제가 쟌이라는 사실에 충격받지만, 쟌에게 과거 이야기를 하며 기억을 되살리려고 한다. 그러나 오히려 쟌의 공격에 정신을 잃고 지하감옥에 갇히고, 그곳에서 아키타의 오빠, 카타루를 만난다. 한편, 다른 닌자들은 사나운 늑대들에게 쫓기던 중, 우연히 랜드바운티를 발견하게 된다.

니야, 제이, 콜, 카이는 얼음 황제의 아이스 드래곤과 목숨을 건 결투를 벌인다. 한편, 로이드와 카타루, 그림팩스는 지하 감옥을 빠져나와서 얼음 황제를 찾아 다니다가 벡스와 마주치는데…

로이드는 얼음의 황제가 된 쟌과 아키타가 싸우는 걸 막으려고 하지만, 로이드를 기억하지 못 하는 쟌에게 오히려 공격을 당할 위기에 처한다. 그러나 쟌을 대신해 로이드를 해치려던 벡스를 보는 순간, 쟌은 자신의 존재 이유를 떠올리게 되고, 불안전하지만 예전 기억을 되찾는다. 결국 네버 영역은 예전의 모습을 되찾고 닌자들은 집으로 다시 돌아간다.

기술자를 쫓던 닌자들은 기술자가 갖고 있던 게임용 pc 마더보드를 찾게 된다. 기술자의 은신처에서 단서를 찾던 닌자들은 기술자가 왕가미란 자와 함께 일한 사실을 알아낸다. 한편, 낡은 게임을 하던 제이는 게임 레벨이 13에 이르자, 프라임 엠파이어에 들어오겠냐는 게임 속 목소리를 듣게 되는데...

닌자들은 사라진 제이를 찾기 위해 보안 카메라 영상을 보고, ‘프라임 엠파이어’ 게임 디자이너, 밀턴 다이어를 찾아 나선다. 그러나 밀턴은 자신이 소유한 다이어 섬에도 모습을 드러낸 지 오래됐다는 사실을 알게 된다. 닌자들은 게임을 출시하지 못한 밀턴의 복수로 이 모든 일이 시작됐다고 생각하는데…

왕가미가 밀턴 다이어란 사실을 알게 된 닌자들은 제이를 따라 게임 속으로 들어갈 팀과 현실에서 밀턴 다이어를 찾을 팀으로 나뉜다. 콜은 게임 속으로 들어가기 위해 게임 레벨을 13까지 올려야 하는데, 탈옥한 기술자와 악당들이 게임기를 뺏기 위해 나타난다.

게임 속으로 들어간 콜, 카이, 니야, 로이드는 게임 속 무장세력인 레드 바이저에게 쫓기던 중, 제이를 따르는 무리, 베타 제이들을 만난다. 베타 제이들은 닌자들에게 제이를 만날 방법을 알려주고, 닌자들은 기술자 스콧을 따라 슈퍼스타 제이를 만나러 지하로 들어가는데…

게임 속 NPC인 무사, 오키요는 주인님이 테라 카라나를 무사히 통과할 수 있도록 보필해야 하는 임무를 맡고 있다. 그러나 그동안 오키요가 만난 주인들은 전부 목숨을 잃고 에너지 큐브로 변해버린다. 상심한 오키요는 모든 걸 포기하려고 하는데, 그 순간 닌자들을 만나게 된다.

오키요의 도움을 받으며 숲을 지나가던 닌자들은 쥐들의 기습 공격을 받는다. 그러나 닌자들은 쥐들 중 하나인 ‘랫소’를 포로로 잡는데 성공한다. 랫소는 닌자들에게 자신을 풀어주면, 게임의 오류인 지름길을 알려주겠다고 제안하는데…

왕가미의 부하들인 레드 바이저들에게 쫓기던 닌자들은 ‘히스테리의 절벽’을 타고 올라가야 한다. 그리고 닌자들은 왕가미가 게임 이용자들을 에너지 큐브로 만들어서 현실 세계로 이어지는 포털을 만드는 재료로 쓴다는 사실을 알게 된다.

테라 카라나 게임 존에 갇혀 있는 안내자 npc인 오키노는 친구가 된 닌자들을 돕거나, 아니면 자신의 주인인 왕가미의 사악한 명령을 받들어야 하는 두 가지 길 중 하나를 선택해야 한다.

닌자들은 키타나를 구하기 위해 테라 테크니카에서 열리는 댄스 대회에 니야와 제이를 출전시킨다. 니야와 제이는 결승전까지 오르지만, 댄스 대회장까지 레드 바이저들이 닌자들을 잡기 위해 나타난다.

닌자들은 댄스대회에서 받은 상금으로 스피드웨이 대회에 참가하기로 한다. 그러나 다섯 대의 차와 선수가 필요한데, 닌자들에겐 차량이 네 대밖에 없다. 로이드는 스피드웨이 경기장에서 레이서 세븐을 보게 되고, 세븐과 함께 경기에 나가려고 한다. 그러나 스콧은 레이서 세븐은 늘 중간에 탈락되도록 정해져 있는 NPC라며 경고한다.

스콧의 희생 덕분에 닌자들과 레이서 세븐은 오십억 스피드웨이에 참가하게 된다. 다른 선수팀들의 온갖 방해에도 불구하고, 레이서 세븐은 정해진 운명을 이겨내고 우승한다.

니야, 로이드, 제이는 구식 아케이드 게임 안으로 들어가서 마지막 키타나를 찾는다. 그러던 중 격투 게임에서 하루미와 대결을 하게 된 로이드는 결국 큐브로 변하고 만다.

쟌이 범죄 영화 속 탐정 주인공처럼 느끼한 분위기로 상황을 일일이 설명하며 움직인다. 그러나 쟌은 기술자 일당한테 잡혀하고, 혼자 남은 픽셀이 숨어 있던 밀턴 다이어를 찾아내는데…

픽셀은 밀턴 다이어를 만나 왕가미의 과거에 대해 듣게 된다. 한편, 기술자는 쟌에게서 게임 마더보드를 빼앗고, 왕가미를 현실 세계로 부를 게이트를 완성하는데…

제이와 니야는 게임 속 휴식 공간인줄 알았던 일식당에서 스시 셰프의 공격을 받는다. 결국 니야는 에너지 큐브로 변하고, 제이 혼자서 왕가미를 상대하지만, 에너지 큐브를 다 모은 왕가미는 현실 세계로 나가버리는데…

제이는 블루 드래곤을 소환해서 왕가미를 쫓아가고, 닌자고로 들어온 왕가미와 게임 속 악당들은 닌자고 시민들을 위협한다. 밀턴 다이어는 성난 왕가미를 만나 자신의 잘못을 인정하는데…

닌자들은 머나먼 스타로 왕국, 배니아 공주의 생일 파티에 초대받는다. 그러나 닌자들과 함께 길을 나선 마스터 우는 너무 먼 길이 부담스러운데...

닌자들은 ‘스타로 왕국’에 도착하고, 모험을 좋아하는 바니아 공주를 만난다. 바니아 공주는 콜에게 유독 관심을 보이고, 콜은 그날밤 침실에 몰래 들어온 정체모를 보라색 생명체와 난다. 바니아 공주와 콜은 보라색 생명체를 찾아 지하 통로로 들어가는데…"

지상으로 올라온 바니아 공주의 얘기를 들은 반젤리스 왕은 공주가 몰래 지하로 내려간 사실에 불같이 화를 내고, 콜을 구하기 위해 경호대를 보내겠다고 한다. 닌자들 역시 몰래 지하로 내려가서 콜과 새로운 친구들을 구하려고 한다. 그러나 탈출 시도는 대실패로 끝나고 닌자들까지 포로로 잡히고 마는데…

닌자들은 게클 족과 먼스 족이 왜 앙숙이 된 검에 얽힌 이야기를 듣는다. 닌자들은 스컬 마법사가 검을 가져갔음을 확신하고, 게클 족과 먼스 족에게 검을 찾아줄 테니 잠시만 싸움을 멈추라고 설득하는데…

도망치던 중 다른 닌자들과 헤어진 제이, 로이드, 니야는 머트 무리와 먼스 족이 사는 곳으로 가게 된다. 먼스족의 우두머리, 머테사 여왕은 제이에게 한눈에 반하고, 니야에게 제이를 차지하기 위한 결투를 신청하는데…"

카이, 쟌은 길을 헤매던 중 게클의 구역으로 들어가게 되고, 자신들이 부활의 전사가 아닌 걸 증명하기 위해 미노의 재판을 받게 된다. 다행히 결백이 증명되고, 카이는 게클의 새로운 수상으로 뽑히는데…"

콜은 가까스로 지하 광산에서 빠져나오고, 마스터우와 바니아 공주에게 땅속에서 본 일을 말한다. 바니아 공주는 아버지인 반젤리스 왕에게 사실을 알리러 가지만, 놀랍게도 스컬 마법사는 바로 반젤리스 왕이었다."

콜, 바니아 공주, 마스터 우는 반젤리스 왕에 의해 끝이 없는 구덩이 아래로 떨어진다. 한참을 추락하던 셋은 지하 밑바닥 세상에 도착하고, 그곳에서 ‘로울리’라는 무리를 만나게 되는데...

반젤리스 왕한테 속아서 땅속 가장 깊은 곳, 록바텀에 떨어지게 된 땅아랫족 탐험가들은 바니아, 콜, 마스터우를 만나서, 자신들이 여기까지 오게 된 사연을 들려준다. 바니아는 아버지, 반젤리스가 악당이란 사실에 절망하는데...

콜, 바니아, 마스터 우는 땅아랫족 탐험가들과 하나가 되어 록바텀을 벗어날 길을 찾아서 힘든 여정을 시작한다.

니야가 이끄는 먼스들과 카이가 이끄는 게클들은 서로를 믿지 못 하며 평화 협정을 맺으려 하지 않는다. 그러나 니야와 카이는 각각 부족들을 설득해서 한 자리에 모이고, 닌자들은 재회한다. 그러나 기쁨도 잠시, 스컬 마법사가 되살린 그리프브링어가 이들을 뒤쫓는데...

콜, 바니아 공주, 마스터 우는 땅아랫족과 출구를 찾아 나서던 중, 산맥의 심장이라는 전설 속 흙의 마법사들의 사원을 발견한다. 그곳에서 오래 전, 콜의 어머니 릴리가 스핀짓주 마스터라는 고대 무술을 익혔다는 사실을 알게 되고, 펑거스의 마법을 통해 다른 닌자들이 그리프브링어한테 쫓기고 있는 걸 보게 된다. 그러나 아무것도 하지 못해 낙심한 콜을 위해 마스터 우가 나서는데...

닌자들은 게클, 먼스들과 마법사의 군대와 드래곤한테 쫓기는 신세가 된다. 동굴에 갇혀 더 이상 피할 곳이 없게 된 닌자들은 마법사에게 순순히 따라갈 테니, 게클과 먼스들을 풀어달라고 제안한다. 그러나 마법사는 곧 말을 바꿔, 게클들과 먼스들을 다시 광산으로 데려가는데...

콜, 바니아, 마스터 우는 사원에서 발견한 돌 로봇을 이용해 땅 위로 올라갈 계획을 세운다. 이들은 광산 트랙을 타고 용암 괴물을 피해 드디어 왕궁에 도착하게 되지만, 헤일마르의 부하들에게 잡힐 위기에 처하는데....

닌자들은 스컬 마법사의 감옥에 갇히고, 먼스와 게클들은 다시 포로가 되어 벤지스톤 광산에서 일하게 된다. 콜과 땅아랫족은 게클과 먼스를 풀어주고, 스컬 마법사와 맞붙는데...

콜은 스컬 마법사와 맞서 싸우다가 엄마의 검을 깨뜨리고 만다. 절망한 콜은 엄마가 했던 말을 떠올리며 각성하고, 스핀짓주 버스트를 마스터한다.

니야가 닌자고를 구하고 바다와 한몸이 된지 1년이 지났다. 닌자들은 뿔뿔이 흩어지고, 닌자고에 다시 나타나 범죄를 저지르는 데모나 양은 새로운 닌자들이 맡는다. 새로운 범죄가 일어났다는 소식에 콜은 팀을 다시 모으지만, 닌자들은 저마다 니야를 잃은 슬픔에 빠져 있다. 그러나 결국 닌자들은 니야를 위한 촛불 추모회에 모이고, 니야라면 닌자고를 구하길 원할 거라는 사실을 깨닫는다.

물의 드래곤이 된 니야는 바다에 빠진 선원을 구해준다. 선원들이 니야를 알아보자, 니야는 바다와 하나가 된 또 다른 존재, 니야드에게서 원래 기억을 찾는 방법을 알아낸다. 니야드는 자신이 가진 힘을 포기해야만 바다와 헤어질 수 있다며 니야를 말리지만, 니야는 인간성을 되찾기 위해 바다 위로 향한다.

닌자들은 벤지스톤 범죄를 조사하지만, 악당 데모나의 방해를 받는다. 뉴 닌자들한테서 굴욕적인 구조를 받은 닌자들은 집에 돌아와서 서로 다툰다. 이때 니야가 엎질러진 물에서 형체를 드러내고, 원소의 힘을 없앨 방법을 찾아달라고 닌자들에게 부탁한다. 마스터 우는 반대하지만, 닌자들은 숙적, 아스피라에게 도움을 청하기로 한다.

닌자들은 트러스트 시장님에게 크립타리움 감옥에서 아스피라를 풀어주고, 보그 타워의 금고에 보관된 마법 지팡이를 넘겨달라고 요청한다. 그러나 시장이 닌자들의 요구를 거절하자, 닌자들은 마스터 우의 뜻을 거스르며 감옥과 보그 타워에 침입한다. 한편 그동안 스카일라는 니야의 물을 냉동 상태로 유지시켜 준다. 닌자들은 아스피라를 풀어주는 데에는 성공하지만, 보그 타워의 금고는 이미 비어있다는 걸 알게 된다.

트러스트 시장은 검정 옷을 입은 닌자를 체포하라는 명령을 내린다. 아스피라는 닌자들의 소굴에 도착하지만 니야를 구하려면 여전히 지팡이가 필요하다. 새로운 스텔스 차량을 타고 닌자들은 아스피라의 지팡이를 운반하는 경찰 호송 차량을 습격하지만, 이미 기다리고 있던 뉴 닌자들한테 정체를 들키고 만다. 시장은 닌자들을 공공의 적으로 선포한다.

마스터 우는 아스피라를 사원에 붙잡아두기 위해 시간을 끈다. 때마침 닌자들이 아스피라의 지팡이를 갖고 사원으로 돌아온다. 그러나 경찰이 들이닥치고, 닌자들은 아스피라에게 니야를 구할 시간을 주기 위해 뉴 닌자들과 맞서 싸운다. 니야는 인간으로 돌아오고, 혼란스러운 틈을 타서 탈출한 아스피라는 크리스털 킹의 협의회한테서 초청을 받는다. 한편, 닌자들은 체포된다.

닌자들의 재판은 변호사로 나타난 대럿 때문에 빠르게 판결이 나고, 닌자들은 감옥에 갇히게 된다. 닌자들은 감옥에서 로닌을 비롯해, 자신들에게 복수를 꿈꾸는 숙적들과 재회한다. 로이드는 가부키 가면을 쓴 수수께끼의 인물의 면회를 받는다. 가부키 가면을 쓴 자는 크리스털 왕에 대한 암호 같은 경고를 남긴다. 한편, 반젤리스 왕은 스타로 감옥을 탈옥하고, 크리스털 왕의 의회로부터 초대를 받는다.

힘을 잃은 니야는 무력감을 느끼지만 예전 사무라이 엑스의 설계도를 보며 영감을 얻는다. 한편, 로이드는 크리스털 왕이 닌자들의 적들을 모으고 있으며, 다음 목표 대상은 파이토일 거라고 생각한다. 닌자들은 파이토의 탈옥을 막으려던 중, 감옥 안은 대혼란에 빠지고 파이토는 달아나 버린다.

대럿과 사무라이X가 된 니야가 크립타리움 감옥에서 닌자들과 탈옥시키고, 탈출비둘기도 우연히 그들과 함께 한다. 시장은 하운드독 맥브락 보안관을 불러 닌자들을 쫓게 한다. 대럿의 차가 사막 한가운데서 고장나버리자, 닌자들은 보안관을 따돌리기 위해 둘로 나뉘어 도주한다.

쟌, 카이, 대럿은 닌자고 시티까지 가는 샐리라는 가수의 차를 얻어탄다. 샐리는 자신이 차를 훔쳐서 경찰들이 쫓아온다고 생각하고, 하운드독과 사막의 추격전을 벌인다. 닌자들은 감정 기복이 큰 샐리를 집으로 데려다주고, 쟌은 슬픔이 얼마나 중요한 감정인가를 깨닫고 다시 감정 스위치를 켠다.

탈출비둘기 덕분에 악당으로 위장해서 크리스털 킹의 협의회에 침투할 계획을 세운 닌자들은 트위치의 주유소에 모인다. 그러나 하운드독이 닌자들의 뒤를 바짝 추격해오자, 탈출비둘기는 닌자들에게 도망갈 시간을 벌어준다. 닌자들은 버려진 창고에서 기술자와 맞닥뜨리고, 로이드는 기술자로 위장하고, 크리스털 킹의 초청을 받아들인다.

기술자로 위장한 로이드는 크리스털 거미를 따라 비밀의 지하철로를 통과한다. 닌자들은 로이드의 위치를 계속 추적하지만, 진짜 기술자는 닌자들의 감시를 피해 탈출한다. 로이드는 크리스털 사원에서 크리스털 킹의 협의회를 만나게 된다. 한편, 감시 카메라로 진짜 기술자를 발견한 화이트 마스크는 로이드의 정체를 까발린다. 그리고 자신의 진짜 정체가 하루미라는 사실도 드러낸다.

하루미는 로이드에게 그동안의 뒷이야기를 전해준다. 하루미는 크리스털 킹에 의해 목숨을 구했고, 그 대가로 벤지스톤 군대를 만드는 일을 도와주게 된 것이다. 그리고 하루미에 의해 크리스털 킹의 정체가 밝혀지고, 이들이 스핀짓주 무기를 훔치려고 한다는 사실도 드러난다.

하운드독 맥브락은 수도원에 도착하고, 드래곤 전함을 압수한다. 닌자들은 지하철 터널을 통해 로이드를 추적하지만, 하루미가 파놓은 덫에 걸리고 만다. 크리스털 거미들이 폭발하여 지하철 터널이 붕괴되고, 닌자들은 낡은 지하철 칸에 몸을 숨긴다. 하루미는 닌자들의 죽음을 이용해 로이드를 자신의 말을 따르게 하고, 로이드의 내면에서는 어둠의 기운이 끓어오른다.

닌자들은 지하철의 상황을 살피는 동안, 크리스털 킹의 협의회는 닌자 동굴을 공격한다. 마스터 우, 픽셀, 스카일라는 픽셀의 미니픽스의 도움으로 그들을 저지한다. 그러나 하루미의 크리스털 거미 폭탄 로봇들은 동굴이 폭파시킨다. 살아남은 미니픽스는 사무라이 엑스 로봇을 타고 탈출한 니야를 제외한 모두를 구조한다. 니야는 닌자들을 구하기 위해 날아간다.

니야는 로봇을 이용해 무너진 지하철 터널 안에 갇힌 닌자들을 구해내고, 예전 사무라이 엑스 동굴로 데려간다. 크리스털 사원으로 돌아온 하루미는 크리스털 킹의 협의회가 모두 모인 자리에서 스핀짓주 무기를 파괴의 무기로 바꾸는 의식을 통해 크리스털 킹을 소환한다. 드디어 크리스털 킹이 육체의 형태를 띄게 된다.

크리스털 킹은 협의회 악당들에게 새로운 힘을 주고, 사원을 공중으로 띄운다. 엑스 동굴로 데려간다. 로이드는 크리스털 킹으로부터 자기 편으로 넘어오라는 마지막 제안을 받지만, 이를 거절하고 탈출을 시도한다. 로이드는 크리스털 킹의 협의회를 따돌리고, 하루미와 함께 사원에서 벗어난다. 하루미와 로이드는 정글로 떨어지고, 닌자들은 로이드의 위치를 추적한다.

닌자들은 경찰한테 압수당한 드래곤 전함과 차량을 마스터 우의 도움을 받아 몰래 빼내온다. 닌자들은 밀림인 ‘원시의 눈’으로 향한다. 그리고 크리스털 킹의 협의회를 따돌리고 하루미를 포로로 삼아 밀림으로 피한 로이드는 하루미를 풀어주고 닌자들과 합류한다. 그러나 닌자들은 크리스털 킹의 위력을 보고 일단 후퇴하기로 한다.

닌자들은 크리스털 킹의 군대와 충돌하고, 크리스털 킹의 공중 사원은 닌자고 시티를 향해 간다. 벤지스톤 전사들과 크리스털 사원 때문에 닌자들의 힘은 무력화되고, 닌자들의 차량마저 힘을 쓰지 못 한다. 마스터 우와 로이드는 신문팔이들의 도움을 받으며 이번 사건을 경고한 자의 정체를 추적하고, 그 자가 가마돈임을 밝혀낸다. 가마돈은 NGTV 뉴스의 카메라맨인 비니와 살고 있었다.

가마돈은 마스터 우와 로이드에게 그동안 개인적인 성장을 이루었던 경험을 공유한다. 비니는 가마돈에게 ‘크리스토펀’이라고 이름을 지어준 식물을 돌보게 하면서 동정심이 무엇인지 가르쳤다. 그러나 벤지스톤 전사들이 아파트를 공격하자, 가마돈은 비폭력의 맹세를 깨고 만다. 가마돈이 강력한 도깨비 형태를 취해 적들을 물리치자, 마스터 우는 이런 변신이 크리스털 킹을 무찌를 수 있는 열쇠가 될 거라 믿는다.

닌자들은 사무라이 엑스 동굴로 후퇴하고, 가마돈은 로이드를 훈련시켜 도깨비 폼을 마스터하게 한다. 그러나 자신의 어두운 면을 받아들이기 싫은 로이드는 가마돈의 가르침에 반발한다. 마스터 우는 도깨비 폼과 정반대이면서도 동일한 위력을 가진 게 있을 거라고 생각하며 마사코에게 조사를 맡긴다. 픽셀은 크리스털 조각을 연구해서 닌자들의 차량을 업그레이드 시켜 전투에 내보낸다.

닌자들은 새로운 차량을 타고 닌자고 전역을 질주하며 픽셀이 설치한 파워 부스트로 크리스털 전사들을 격퇴한다. 그러나 희망은 잠시였고, 드래곤 전함이 드래고나이드의 공격을 받는다. 크리스털로 만들어진 드래고나이드들은 닌자들의 새로운 차량을 격퇴한다. 마스터 우는 크리스털 킹과 정면으로 대치하지만, 그가 탄 드래곤 전함이 공중에서 폭발하고 만다.

낙하산을 타고 크리스털 사원을 빠져나온 마스터 우는 신문배달부 넬슨과 안토니아에 의해 발견된다. 제이는 난파된 드래곤 전함에서 니야를 구하고, 니야는 다시 각성한 원소의 힘으로 제이를 크리스털 전사들한테서 구해낸다. 이들은 전력을 보강하기 위해 항구로 항한다. 넬슨과 안토니아는 마스터 우를 신문보급소로 데려오고, 마스터 우는 희망의 메시지를 사람들에게 알린다.

로이드와 가마돈은 하운드독 맥브랙에게 쫓겨, 하수구로 몸을 피한다. 그러나 그곳에서 로이드는 크리스털에 감염된 뱀부족에게서 하운드독을 구해준다. 마사코는 드래곤 형태가 존재한다는 걸 화인해주는 문서를 들고 창고로 오지만, 문서의 내용은 불완전했다. 픽셀은 쟌을 구하지만, 몸과 메모리가 모두 손상을 입은 쟌에게서 얼음 형제의 성격이 다시 나타난다. 로닌과 탈옥한 죄수들은 픽셀을 보그 타워까지 안전하게 데려다준다.

스카일라는 카이와 콜의 원소의 힘을 이용해서 파이톤으로부터 둘을 구해낸다. 셋은 몸을 숨긴 오락실에서 부모와 떨어진 제이크를 발견한다. 그리고 크리스털에 감염된 좀비를 피해 창고로 향하고, 그곳에서 제이크는 부모와 재회한다. 한편, 로이드와 가마돈은 동맹을 맺으려면 뱀 부족이 이미 하수도를 떠난 걸 발견한다.

카이와 스카일라는 힘을 합쳐 피난민들을 위해 요리를 한다. 마스터 우와 마사코는 문서에 나온 드래곤 폼의 비밀을 해독하려고 노력 중이다. 콜은 신문배달부들을 이용해서 다른 닌자들과 연락을 취하고, 동맹 세력들에게 지원을 요청하기로 한다. 보그 박사는 쟌을 수리하고, 픽셀은 쟌의 감정 기능을 재가동시킨다. 픽셀은 사무라이 엑스 동굴에서 새로 만든 로봇을 소환하고, 보그 박사는 로닌과 탈옥수들에게 로봇 장치를 입혀준다.

제이와 니야는 벤토마르와 만나고, 레이서 세븐과 비니는 콜과 함께 바니아 공주에게 구원 요청을 하러 닌자고 시티를 통과한다. 로이드는 가마돈과 함께 사라진 뱀 부족들을 찾기 위해 하수로를 수색하던 중, 가마돈이 크리스털에 감염된 뱀 부족의 목숨을 살려주는 걸 보고, 자신의 아버지가 어쩌면 달라졌을지도 모르겠다고 생각한다. 마스터 우는 닌자들을 다시 창고로 불러들인다.

닌자들은 창고에서 새로운 탈옥수 동맹 세력과 다시 뭉친다. 그러나 닌자들은 드래곤 폼을 마스터하지 못 하지만, 넬슨은 오래된 두루마리에서 닌자들이 이기심을 버리고 한편으로 뭉쳐야만 드래곤 폼을 성공시킬 수 있다는 단서를 발견한다. 보그 박사는 크리스털 군대가 창고로 마지막 공격을 하러 오고 있다고 경고한다. 닌자들은 방어할 준비를 하고, 로이드와 가마돈은 크리스털 킹과 정면 승부를 하기 위해 사원으로 향한다.

로이드와 가마돈은 변신한 크리스털 킹과 맞서 싸운다. 닌자들의 동맹군이 도착하고, 닌자들은 드래곤 폼을 마스터하자, 황금 갑옷과 원소 에너지의 날개를 갖게 된다. 한편, 하루미는 크리스털 킹이 오버로드였을 때, 뱀에게 빙의해서 위대한 파괴자가 되었다는 사실을 알게 되자, 크리스털 킹에게서 등을 돌린다. 닌자들은 크리스털 킹의 협의회를 무찌르고, 스핀짓주 무기를 되찾지만, 승리의 순간은 오래가지 못한다.

닌자들은 무기를 합치고, 자신들의 원소의 힘을 내뿜어 네 개의 머리를 가진 드래곤을 만들어낸다. 가마돈이 목숨을 잃자, 분노로 각성한 로이드는 도깨비 폼을 완성시킨다. 그러나 로이드는 자신의 분노를 이용해 승리하길 거부한다. 로이드는 드래곤에 올라 타고, 크리스털 킹을 원소의 호흡으로 무찌른다. 로이드는 하루미와 가마돈을 데리고 공중의 사원을 탈출하고, 가마돈이 죽은 척 했다는 사실을 알게 된다. 닌자고는 다시 무사해졌고, 일주일 후 닌자들과 동맹군들은 수도원을 새로 세운다.