식민지가 된 로스앤젤레스. 위험천만한 외부 출입을 시도한 전직 FBI 요원은 껄끄러운 일을 맡아주면 후하게 보상하겠다는 제안을 받는다.
윌이 새 직장에 적응하며 폭파범을 뒤쫓는 가운데, 케이티는 남몰래 저항군에 투신한다. 한편 매디는 연줄이 좋은 지인과 다시 만나게 된다.
케이티는 저항군의 일원으로서 첫 임무를 수행하지만 결과는 충격적이다. 한편 제로니모를 끈질기게 추적하는 윌 때문에 반군의 정체가 밝혀질 위기에 놓인다.
케이티와 윌의 집에 폭탄 공격이 발생하자 필리스는 둘을 심문한다. 허드슨에게 필요한 인슐린을 구하려는 매디는 폭리를 취하는 미술상과 일하기로 한다.
알아낸 정보를 바탕으로 제로니모를 찾아 그린존으로 향하는 윌과 보. 브램은 벽 바깥으로 몰래 빠져나가고, 케이티는 감시 대상이 된다.
스나이더의 자동차 퍼레이드에 기습 공격을 가하는 브루사드의 저항군. 행정부의 쿠데타를 우려한 스나이더는 케이티, 윌과 함께 용크에 은신한다.
윌은 환멸에 찬 브루사드를 뒤쫓고, 케이티는 둘을 모두 자신의 편에 두려는 계획을 꾸민다. 매디는 버지스 부부의 기이한 애정 생활에 엮이게 된다.
통행권을 받는 대신 동지들을 버리겠다고 윌에게 제안하는 퀘일. 그러나 배신행위에 대한 케이티의 반응에 윌은 깜짝 놀란다.
외계인 점령 1주년을 맞아 폭동이 일어난다. 윌은 온 가족의 탈출을 계획하고, 케이티는 엑하트와 함께 지역의 호스트를 납치하기로 한다.
은신처에서 반군들은 호스트의 몸을 재빨리 검사한다. 한편 집중 단속이 이루어지는 가운데 윌과 매디는 사랑하는 이들을 보호하려 동분서주한다.
호스트가 침략한 그날은 어땠을까. 전기가 끊기고, 자동차가 멈췄던 혼돈의 LA. 윌과 케이티는 가족을 지키기 위해 고군분투하고, 스나이더는 정체불명의 손님을 맞이한다.
브럼이 이송됐다는 소식에 불안함을 감추지 못하는 케이티. 공장으로 보내진 것은 아닐까. 윌은 데번과 함께 길을 나선다. 샌타모니카의 뒷골목 어딘가에 있을 찰리를 찾아서.
수용소의 냉혹한 현실에 내던져진 브럼도, 선택의 기로에 놓인 케이티도, 찰리와 함께 위험한 여정에 오른 윌도. 모두가 지금을 견뎌야 한다. 우리가 다시 만날 그날을 위해.
재회의 기쁨도 잠시, 윌과 케이티는 공허해진 찰리의 눈빛에 다시 한번 좌절한다. 제니퍼는 계속되는 상사의 압박에 시달린다. 물러설 곳 없는 막다른 골목, 그녀의 선택은?
수용소에서 폭탄이 터지고, 스나이더는 브럼에게 주범을 가려낼 것을 주문한다. 윌은 어렵게 조직으로 돌아가지만, 많은 것이 바뀐 이곳엔 음모와 의혹의 냄새가 진동한다.
브럼의 소재를 알아내려는 노력이 계속되는 가운데, 매디와 놀런은 수용소를 방문한다. 갑자기 피를 토하며 쓰러진 BB. 건틀렛에 노출된 그에겐 무슨 일이 벌어지고 있는가.
파트너와의 계속되는 불협화음에도 불구하고 윌은 자살 폭탄 테러 사건을 조사하게 된다. 브럼은 수용소 내 저항 운동에 더욱 깊이 가담한다. 대의를 위해, 자유를 향해.
저항군 검거 현장에서 도망친 아이는 어디에 있을까. 케이티는 브루사드와 함께 구출 작전에 나선다. 폭탄 테러의 후폭풍에 직면한 브럼은 생사를 가르는 선택의 기로에 선다.
상공을 가로지르던 비행기가 드론에 격추당한다. 그리고 시작된 수색. 비상 탈출 후 사라져 버린 파일럿의 정체는? 윌을 향한 조직 내 의심의 눈초리는 점점 더 날카로워진다.
도움이 필요하면 신호를 보내. 케이티는 위험을 무릅쓰고 매디에게 마지막 메시지를 전한다. 그렇게 시작된 목숨 건 구출 작전. 우리는 사랑하는 사람들을 지킬 수 있을까.
대낮에 그린존에서 일어난 총격 사건. 그 시각, 사람들은 각자 무엇을 하고 있었을까. 인류를 위해 처절하게 싸우는 저항군. 그들의 복면 아래에는 어떤 익숙한 얼굴이 있나.
매디 때문에 자꾸만 난처한 입장에 처하게 되는 놀런. 이대로 지내도 괜찮은 것인지. 윌과 브루사드는 건틀렛을 되찾기 위해 레드핸드와 접선하는데, 공조는 가능할 것인가.
어디로 가야 하는 걸까. 레드핸드에서의 작전 후 길을 잃은 윌은 의외의 인물에게 손을 내민다. 한편, 완전 송환 절차가 시작된 LA. 모두에게 이별의 시간이 다가오고 있다.
산속 생활로 잠시나마 일상을 회복하는 보먼 가족과 스나이더. 하지만 우주선 한 대가 추락해 그간의 평화를 통째로 흔든다. 이들은 누구이며, 무슨 목적으로 이곳에 왔는가.
송환 뒤 LA엔 무슨 일이 벌어질 것인가. 파쇄된 기밀문서를 복원하기 시작하는 브루사드. 보먼 가족은 기차에 몸을 싣는다. 이 길의 끝엔 희망이 기다리고 있기를 바라며.
알 수 없는 비밀로 가득한 저항군 캠프. 윌과 케이티는 주변 정보를 알아내려 하지만, 삼엄한 경비에 번번이 가로막힌다. 한편 목숨 건 작전에 돌입하는 브루사드와 에이미.
끔찍한 계획을 실행하려는 맥그레거. 윌과 케이티가 그를 저지하려면 조력자의 도움이 필요하다. 브루사드는 에이미의 정체가 궁금하다. 무슨 의도로 자신과 동행하는지도.
보먼 가족을 붙잡은 저항군의 악랄한 심문이 계속되는 가운데, 스나이더는 빈센트를 이용해 캠프 위치를 노출하려고 한다. 어떠한 참혹한 결과로 이어질지 알지 못한 채.
정녕 구원은 없는 것일까. 피난처를 찾아 헤매던 보먼 가족에게 다시 위기가 찾아온다. 관리국의 스타로 부상한 스나이더. 그는 여기서 멈출 것인가, 더 위로 올라갈 것인가.
신분을 위장한 채 시애틀에 정착한 보먼 가족. 케이티는 난민 캠프 직원으로, 윌은 사설탐정으로 일하며 일상에 적응한다. 서로 간에 생긴 미묘한 균열을 애써 외면하며.
난민의 행방에 대해 케이티가 의문을 품는 가운데, 브루사드와 재회한 윌은 지체 없이 임무에 뛰어든다. 한편, 스나이더는 카인스의 비밀을 파헤치기 위해 시애틀로 간다.
스나이더 납치 작전이 본격적으로 시작되고, 모두가 일사불란하게 각자의 임무를 수행한다. 그리고 윌에게 다가온 복수의 시간. 과연 그놈의 숨통을 끊어 놓을 수 있을까.
그동안 삼켰던 이야기를 케이티에게 털어놓는 윌. 두 사람은 오랜만에 서로의 눈을 마주 본다. 카인스를 끌어내릴 결정적 구실을 찾던 스나이더는 목표에 점점 가까워진다.
우리에게 또다시 기회가 온 걸까. 윌과 케이티는 뜻밖의 아군을 만나 다시 한번 저항의 날갯짓을 시작한다. 카인스와 암투를 벌이던 스나이더는 무모한 계획을 실행한다.
카인스의 행방을 알아내기 위한 아웃라이어들과 IGA의 레이스가 시작된다. 카인스가 쏘아 올린 혁명의 불꽃은 꺼질 것인가, 활활 타오를 것인가. 모든 것은 타이밍에 달렸다.
적의 공격이 시작된다. 이들에게 맞설 유일한 희망은 아웃라이어뿐이라는 스나이더. 윌은 결정을 내려야만 한다. 대의를 위해 희생할 것인가, 가족의 곁에 남을 것인가.