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평화로운 샌들포드 마을에서 살아가던 토끼 헤이즐은 미래를 내다보는 동생 파이버로부터 끔찍한 재앙이 곧 마을을 덮칠 것이라는 경고를 듣는다. 하지만 마을의 우두머리는 파이버의 예언을 무시하고, 헤이즐은 위험을 믿어준 몇몇 동료들과 함께 정든 굴을 떠나기로 결심한다. 여우와 맹금류, 인간이 남긴 덫과 낯선 마을의 수상한 환대까지, 새로운 보금자리를 향한 여정은 한순간도 안심할 수 없는 위협의 연속이다. 서로 다른 성격의 토끼들은 위기를 함께 넘기며 하나의 무리로 단단해져 가지만, 안식처를 찾았다고 믿은 순간 그들 앞에는 공포 정치로 토끼들을 지배하는 운드워트 장군의 거대한 마을 에프라파가 버티고 있다. 자유와 생존을 건 토끼들의 질주가 다시 시작된다.