너와 세계가 끝나는 날에

자동차 정비공 마미야 히비키는 동거 중인 연인, 오가사와라 쿠루미에게 프러포즈를 할 예정이었다. 하지만 행복을 눈앞에 두고 수수께끼의 터널 붕괴 사고에 휘말리게 된다. 터널 속에 갇혀 있던 히비키는 가까스로 터널에서 탈출했지만, 거리에는 사람이 한 명도 없고 어딘가 스산한 분위기가 감돈다. 그리고 그런 히비키 눈앞에 돌연 나타난 것은 '산송장'. 피 냄새를 맡고 달려드는 산송장들을 헤치고 도착한 소방서에는 히비키와 똑같이 미처 도망가지 못한 사람들이 남아 있었는데...

경찰인 혼고가 쿠루미가 있는 장소를 예측하고, 히비키는 그곳으로 향해야만 한다며 차를 수리한다. 그러던 중, 괴물들이 무리 쪽으로 모이는 것을 이상하게 생각한 토도로키는 물린 사람이 근처에 있는 게 아니냐고 의심한다. 우와지마에게 상처가 있는 것을 발견한 토도로키는 우와지마를 죽여야만 한다고 모두를 설득하고, 히비키는 희망의 끈을 놓지 않고 돌보겠다며 두 사람은 갈등한다. 한편, 자위대의 구조로 요코스카 주둔지로 향하고 있던 쿠루미는 갑작스러운 괴물의 공격으로 교통사고를 당하고, 설상가상으로 함께 있던 어린아이가 상처를 입어 긴급 수술을 진행하게 되는데...

히비키와 생존자들은 요코하마를 향해 떠난다. 하지만 괴물과의 연이은 싸움으로 피로에 지치기 시작한다. 그러던 중, 어떤 복합 시설에 방문하게 되고 거기서 뜻밖의 인물을 만나 도움을 받는다. 건물에서 식사와 목욕을 마친 일행은 잠시 휴식을 취하기로 하는데, 문득 건물 안에 괴물의 흔적이 보이지 않아 수상하게 생각한다. 한편, 주둔지에서는 테러 집단의 습격 소동으로 소란스러운 가운데 쿠루미는 테러 집단 가운데 히비키가 있을 것이라고 확신한다. 주둔지 밖으로 나가서 히비키를 만나게 해달라고 슈토에게 부탁하지만, 슈토는 쿠루미를 연구실의 한 밀실로 데리고 가는데...

복합 건물에 피신하고 있던 히비키는 결국 츠보이 일당에게 감금당한다. 그때 건물에서 정전이 일어나고, 자동차 정비공이었던 히비키는 자진하여 발전기를 고치겠다고 나선다. 발전기를 고치고 난 뒤, 틈을 타 도망간 히비키는 감금된 동료들을 구하기 위해 외로운 싸움에 나선다. 한편, 쿠루미는 골렘 바이러스 샘플 채취를 위해 자위대와 함께 주둔지를 나선다. 복합 시설에 도착한 쿠루미는 자위대의 경계가 허술해진 틈을 타 습격한 츠보이 일당에게 납치되고, 영문도 모르고 끌려간 쿠루미는 그들에게 동료의 부상을 치료해 달라는 부탁을 받게 된다.

히비키는 유즈키의 약을 찾기 위해 병원을 가던 와중에 아내와 딸을 찾기 위해 미우라시로 돌아온 남성과 만나게 된다. 남성이 찾고 있던 아내와 딸의 사진을 본 히비키는 바로 그 모녀가 쇼코와 유즈키임을 알아보고, 그에게 두 사람이 있는 장소를 알려준다. 병원으로 들어간 히비키와 민준은 약품을 가지러 온 자위대와 맞닥뜨리고, 민준은 누나 지안과 재회한다. 한편, 토도로키는 무리에서 혼자가 되어 요코스카 주둔지로 잠입해 쿠루미와 만난다. 히비키에 대해서 아는 게 없냐고 묻는 쿠루미에게 토도로키는 뜻밖의 소식을 전하게 되는데...

의약품을 구하기 위해 배를 타고 주둔지로 향하려던 히비키와 동료들은 어떤 무인도에 표착한다. 거기서 츠보이 일당과 다시 재회하게 되고, 히비키는 츠보이에게 식량과 약을 조달하기 위해 주둔지로 가자는 이야기를 꺼낸다. 주둔지로 향한 히비키는 슈토의 이름을 듣고, 어떤 기억을 떠올리는데... 한편, 주둔지에서는 슈토가 쿠루미의 유전자를 이용해 백신 개발에 박차를 가하고 있었다. 하지만 주둔지를 버리고 더욱 안전한 곳으로 이동하자는 자위대의 우시고메와 갈등을 빚게 된다.

골렘이 된 엄마와 마주하고 패닉에 빠진 히비키 앞에 예전에 슈토와 함께 연구했던 오마에자키가 나타난다. 히비키는 오마에자키에게 슈토의 끔찍한 연구 내용을 듣고 놀라움을 감추지 못한다. 그러던 가운데, 주둔지에서 빠져나오다가 여성의 칼에 찔려 다리가 불편해진 민준은 카나에와 도망가다가 결국 골렘에게 물리고 만다. 서서히 골렘화 되어가는 민준과 곁에서 지켜보던 동료들 앞에 갑작스럽게 지안이 나타나고, 그녀는 뜻밖의 제안을 하는데...

주둔지에서는 골렘의 연이은 공격으로 안전을 위협받고 있다. 자위대 인원도 급격히 감소하여 결국 자위대와 민간인이 함께 자경단을 꾸려 새로운 보금자리를 찾아 떠나갈 준비를 하고, 쿠루미는 백신 개발에 좌절한 슈토를 돕기 위해 자신을 실험대로 삼아 임상 시험을 계속한다. 한편, 사루노시마에 있던 히비키와 동료들은 민준을 잃은 슬픔과 복수심으로 가득하다. 이내 마지막 남은 사루노시마를 지키기 위해 공생하고 있던 츠보이에게 섬을 함께 지켜내자고 제안한다. 그러던 어느 날, 섬에 수상한 고무보트 한 척이 도착한 것을 발견하게 되는데...

히비키는 쿠루미를 죽이려고 했던 일 때문에 후회하며 괴로워한다. 위급한 쿠루미를 데리고 주둔지로 향한 쿠와타는 사루노시마에서 만난 이들은 결코 테러리스트가 아니라며 그들의 진짜 정체에 대해 의문을 품게 된다. 이윽고 주둔지 내에서 반역자가 된 쿠와타는 자위대와 자경단, 슈토를 따돌리고 주둔지를 빠져나온다. 한편, 쇼코가 총상으로 인한 패혈증 증상을 보여 항생제가 필요한 상황에 처하자 주둔지로부터 약을 요구하기 위해 위장 인질극을 벌이게 되는데...

사루노시마에 있던 히비키와 일행들은 긴급 피난처의 존재를 알게 되고, 다음 날 지정된 집합 장소로 가서 상태를 살피기로 한다. 하지만 히비키는 동료들에게 아무런 말을 남기지 않은 채 늦은 밤 몰래 사루노시마를 빠져나와 쿠루미에게 향한다. 남은 동료들은 히비키의 뜻밖의 행동에 당황하지만, 그런 그를 마음속으로 응원한다. 한편, 주둔지로 잠입한 히비키는 쿠루미를 구해내려고 하지만 슈토 교수의 끔찍한 지시로 인해 결국 서로를 향해 칼을 들게 되는데...

골렘으로 뒤덮인 종말 세계를 쿠루미와 함께 살아남은 히비키. 동료들과 사루노시마에서의 생활을 계속하는 히비키는 어느 날, 식료 조달을 위해 향한 도시에서 물자가 사라지고 의문의 표시가 남겨진 골렘의 사체가 증가하고 있는 것을 발견한다. 그런 가운데 피난처 ‘희망의 집’에서 왔다고 자신을 소개하는 수수께끼의 남자는 무언가를 숨기는 듯한 모습으로 히비키와 함께 가기를 원한다. 한편, 임상 시험으로 몸에 이상이 생기기 시작한 쿠루미는 자신이 감염된 것은 아닌지 의심하고, 설상가상으로 골렘이 있을 리 없는 사루노시마에 골렘에 의한 습격 사건이 일어난다.

고도의 생활 환경을 유지하는 피난처 '희망의 집'에서 눈을 뜬 히비키. 희망의 집 리더 미사코는 아들 렌에게 히비키와 쿠루미를 지키라고 명령한다. 히비키는 서둘러 쿠루미의 안부를 확인하지만 그녀는 서서히 변해가는 골렘화를 앞두고 기억을 잃은 상태. 히비키는 쿠루미를 진찰한 의사를 찾아가지만 거기에는 뜻밖의 인물이 있었는데... 한편, 사루노시마에서는 골렘의 습격을 받은 츠보이는 폭주한다. 희망의 집에서 꾸민 일이라고 단정 지은 츠보이는 복수의 칼을 갈며 사루노시마의 일원을 데리고 희망의 집을 공격해 들어가려는 계획을 세운다.

홀로 후쿠시마로 떠난 히비키. 피난처에 남겨진 쿠루미는 초조해하면서도 필사적으로 기억을 되찾기 위해 노력한다. 이런 가운데, 원래 리조트 회원이었던 사람들 사이에서는 뒤늦게 피난처로 대피해 온 사람에 대한 차별이 발생한다. 아키요시 렌은 새로운 피난민의 수용은 친족으로 한정한다는 새로운 규칙을 정하고, 기존 피난민들의 불만을 해소하려고 하는데... 한편, 복수에 눈이 먼 츠보이는 사루노시마의 일원들과 함께 피난처에 도착한다. 어렵게 피난처 안으로 들어간 일행들은 갑작스럽게 일어난 골렘 사건으로 정신이 없고, 사루노시마에 남겨진 지안과 쿠와타에게도 대량의 골렘이 난입하여 어려운 상황에 놓인다. 지안과 쿠와타는 결국 어려운 결정을 내리고, 골렘이 훑고 지나간 자리에 수수께끼의 사나이가 나타난다.

약혼자라는 아키요시의 거짓말 덕분에 피난처에 남게 된 쿠루미. 하지만 리더로서 고뇌하는 아키요시는 무심코 쿠루미에게 심하게 대하고 만다. 그러던 중, 사루노시마가 대량의 골렘 무리로 인해 전멸되었다는 소식을 듣게 되고, 걱정하는 일동. 더욱이 피난처에는 비축해 놓은 식량이 부족해져서 피난민에 대한 비난이 점차 거세지는 가운데, 피난민 그룹에 속한 토도로키와 카나에가 자원하여 조달 그룹으로서 피난처 밖으로 떠나게 된다. 한편, 가족으로 위장하고 있던 코모토와 쇼코, 쇼리, 유즈키는 어떠한 트러블을 계기로 거짓말이 탄로 나 피난처에서 추방 위기에 놓인다. 이런 상황에 설상가상으로 사고에 휘말려 피투성이가 된 유즈키. 과연 유즈키의 목숨을 구하고, 피난처에서 계속 머무를 수 있을 것인가.

목숨을 내놓고 쿠루미의 약을 구하기 위해 후쿠시마에 다녀온 히비키가 마주한 것은 아키요시와 쿠루미가 입을 맞추던 순간이었다. 후쿠시마에서 결국 약을 구하지 못한 히비키는 더 이상 쿠루미가 과거를 떠올릴 가능성은 없다는 것을 알게 되고, 괴로워 견딜 수 없다. 그런 히비키에게 츠보이는 피난처 안에 수상한 사람이 있다는 말을 전하고, 히비키는 뒤이어 아키요시가 무전기로 수상한 교신을 나누는 장면을 목격하게 되는데... 한편, 알 수 없는 괴한에게 납치되어 감금된 토도로키와 카나에는 계속해서 몰려오는 골렘을 두고 절체절명의 위기를 맞이하며 끝내 극단적인 선택을 하게 된다.

아키요시를 통해 쿠루미의 임신 소식을 알게 된 히비키. 아이의 아버지가 아키요시라는 말을 듣고, 쿠루미에게 담담하게 축복의 인사를 건넨다. 하지만, 골렘 바이러스에 감염된 그녀의 출산은 어떠한 변수도 예상할 수 없어 지안은 쿠루미를 만류하는데... 한편, 코모토와 쇼리가 습격당하고 뒤이어 피난처의 일원들은 모두 공황 상태에 빠진다. 당황하는 아키요시 대신 히비키가 능숙하게 상황을 지휘하고, 아키요시는 피난처 밖에서 무리한 요구를 하는 녀석들의 협상에 응하기로 하고 약속 장소로 떠난다.

골렘 바이러스에 감염되고 히비키의 아이를 배 속에 품은 채 자취를 감춘 쿠루미. 히비키는 식량을 강탈하고 살육을 반복하는 집단 X와 쿠루미가 함께 있을 거라고 확신하며 유즈키와 함께 그녀의 행방을 쫓는다. 그러던 와중에 골렘에게 물려도 죽지 않는 남자에 대한 소문을 듣게 되고, 그를 교주로 받드는 어떤 교단과 마주하게 되는데...

골렘에게 물려도 멀쩡한 원티티의 말에 쿠루미를 구할 수 있을 거라는 믿음이 흔들리는 히비키. 그 순간, 살리트에 연행된 토도로키와 뜻밖에 재회하게 된다. 히비키보다 먼저 살리트에 당도한 토도로키는 카나에와 함께 그들의 도움을 받았지만, 어떠한 이유로 교단의 시설을 파괴하고 탈출을 감행한 것이다. 토도로키를 돕기 위해 대화로 해결하려는 히비키는 교단의 지지자들과 격렬하게 충돌하는데...

토도로키를 돕기 위해 원티티를 인질로 잡은 히비키. 카나에와 지안도 가세하여 그들을 제압하기 직전까지 간다. 그런 가운데, 식량을 요구하는 집단 'X'의 일단이 교단 시설에 침입해 신자들을 덮치고, 혼란 속에서 히비키 일행 앞에 나타난 것은 민준과 똑같이 생긴 카이였다. 아이들을 인질로 잡아간 X를 뒤쫓아 쿠루미가 있는 장소를 알아내려는 히비키. 하지만 뜻하지 않은 인물이 그의 앞을 가로막는데...

X의 아지트에서 냉혹하게 변해버린 쿠루미와 재회한 유즈키. 쿠루미는 X의 리더 고다를 전담으로 치료하고 있었다. 그러던 중, 약이 부족해 생명의 위기를 맞이한 고다. X 일행은 신지에게 약이 있는 곳을 듣고 연구 시설을 향해 떠난다. 한편, 히비키는 교단의 지시로 약을 구하기 위해 X와 같은 목적지로 향하고, 토도로키와 지안 역시 히비키에게 합세하는데...

연구 시설에서 깊은 상처를 입고 의식을 잃은 히비키. 그런 가운데, 쿠루미를 태운 X의 차량이 도착한다. 드디어 찾아온 히비키와 쿠루미의 재회. 하지만 히비키는 쿠루미에게 뜻밖의 이야기를 듣게 된다. 한편, X 내부에서는 '약속의 날'을 둘러싸고 갈등이 발발하고, 일부 반대 세력이 병상에 있는 고다를 향해 반기를 드는데...

쿠루미를 위해 아직 할 수 있는 것이 있다고 믿는 히비키는 다시 'X'의 아지트로 향한다. 그 무렵, 'X'에서는 이나바가 고다에게 '약속의 날'의 정보를 캐묻고 지시한 장소로 향하고, 아지트에 남은 카이는 고다에게서 뜻밖의 사실을 듣게 된다. 히비키 곁으로 가기로 한 쿠루미는 그가 근처로 와 있는 것도 모른 채 유즈키와 아이를 데리고 교단으로 향한다. 하지만 원티티의 정체가 밝혀져 아수라장이 된 '빛의 문장'은 골렘으로 가득 차 더는 손쓸 수 없게 되어버리는데...