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가토 장군은 쿠데타를 일으키기 위해 한 암살자가 고용해 일본의 총리를 제거하려 했다. 그러나 그는 배신을 하고 도망치다가 소대 하나를 날려버리고 도망쳤다. 도주 4일 뒤, 부상으로 인해 눈 속에서 기절한 그는 일본원숭이들에게 구조되었다. 한 원숭이를 제외한 다른 원숭이들은 이 암살자를 자신들의 무리에 받아들였고, 암살자는 자신이 추적당할 것이라는 것을 알기 때문에 훈련을 게을리하지 않았다. 그를 믿지 못한 한 원숭이는 몰래 그를 지켜보다가, 마침내 싸움 기술들을 익혀버렸다. 암살자의 건강은 악화되기 시작했고, 원숭이 무리가 그를 구하려고 하자 그를 믿지 않던 원숭이가 반대하며 항의했다. 그 원숭이는 새로 얻은 기술로 나머지 무리와 싸우기 시작했다. 그가 보여준 폭력성 때문에, 원숭이들은 그 원숭이를 무리에서 추방시켰다. 그런데 이 원숭이는 암살자를 죽이러 온 군인들을 발견했다. 무리에게 경고하기 위해 뛰어서 돌아갔으나, 이미 너무 늦은 뒤였다. 암살자와 원숭이들은 잔인하게 몰살당했다. 홀로 남은 이 원숭이는 가방에 들어있던 여분의 총들을 들고 군인들을 죽이기 시작했다.
고위 정치인에 대한 암살이 실패로 돌아간 뒤, 상처를 입은 암살자는 일본의 산속에 있는 원숭이 부족 사이에 숨는다.
멍키와 브라이스는 복수를 위해 도쿄에 도착한다. 하지만 스타일의 차이가 임무를 시작도 하기 전에 파멸로 이끄는 것은 아닐까?
멍키와 브라이스는 사악한 카토 장군을 조사한다. 단서를 따라 지하 카지노에 오게 된 멍키는 인간 세계의 부도덕함을 받아들이게 되고, 임무를 수행하는 데 어려움을 겪는다.
멍키와 브라이스는 교도소에 침입하여 “어카운턴트”로 알려진 베일에 싸인 재소자를 추적하고, 멍키는 교도소에서 가장 위험한 재소자를 상대한다.
야쿠자가 멍키의 머리에 현상금을 걸자, 멍키와 브라이스는 도시의 다양한 암살자들과 함께 자신들의 가장 큰 적을 마주해야 한다: 바로 브라이스의 자존심이다.
멍키와 브라이스의 강력한 목표물이 그들을 떼어내기 위해 “쌍둥이 군단”을 출동시키고, 브라이스는 자신의 과거와 화해하려 한다.
지금까지 가장 강력했던 적과 맞선 후, 멍키와 브라이스의 파트너십은 마침내 결딴나고 만다.
브라이스를 버린 멍키는 예전의 온천으로 돌아가 새로운 부족에 합류하고자 한다. 한편, 브라이스는 자신을 암살자의 길로 몰아넣은 사건들을 회상하게 된다.
다시 뭉친 멍키와 브라이스는 예상치 못한 한 쌍의 친구들로부터 도움을 받는다. 그들은 최종 목표물로 향하고 놀라운 진실을 발견한다.
멍키와 브라이스의 여정이 끝나갈 무렵, 둘은 자신들이 놓은 걸림돌에 대항해 싸우게 된다.
멍키는 뉴욕에서 이름을 날리고, 브라이스는 딸과 다시 연락이 닿기 위해 애쓴다.
멍키, 브라이스, 하루카는 프로토콜을 어기고 자신들을 함정에 빠뜨린 이를 찾으려 한다.
하루카를 구하기 위해 애쓰는 멍키. 브라이스는 아이리스와 얘기할 방도를 찾는다.
멍키, 브라이스, 하루카는 미래를 보는 능력을 가진 적과 맞서 싸운다.
멍키는 격한 방식으로 아키코와 재회하고, 브라이스와의 균열은 깊어져 간다.
멍키 일행은 마지막 유물을 되찾기 위해 셰퍼드의 목장을 방문한다.
브라이스, 하루카, 아이리스는 유니스의 해변 별장을 요새로 바꾼다.
가학적인 살인마로부터 멍키를 구하기 위해 브라이스는 마지못해 슬라이크의 마음속으로 침투한다.
협회는 다시 손본 유물로 뉴욕에 자연계의 전력을 불러일으킨다.
멍키와 브라이스는 역사를 통틀어 분과 싸우고, 결국 멍키는 자신의 진짜 기원을 마주하게 된다.