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고난을 딛고 더욱 강해진 억만장자 브루스 웨인은 인간을 뛰어넘는 존재이면서 동시에 인간보다 못한 존재, 배트맨이 된다. 밤이면 밤마다 그는 지칠 줄 모르고 범죄를 상대로 승산 없는 싸움을 벌인다.
연쇄 폭발 사건이 고담시를 뒤흔든다. 배트맨은 경쟁 관계인 범죄 조직 보스 루퍼트 쏜과 펭귄의 싸움에 말려들어 난감한 처지에 놓인다. 한편 고든 경찰국장과 그의 딸 바버라는 고담시의 부패한 사법 제도를 내부에서부터 고쳐 나갈 방법을 모색한다.
유명 영화 배우가 사라지고, 배트맨과 몬토야 형사는 영화 촬영장을 맴도는 어둡고 신비로운 복수의 거미줄에 두 사람도 얽혀 있다는 것을 깨닫는다.
백만장자 아버지가 감옥에 갇히자 화려하고 짜릿한 삶을 즐기던 셀리나 카일은 대담한 캣우먼으로 변신해 불법과 범죄의 길로 빠져든다. 배트맨은 캣우먼의 범죄 행각을 막기 위한 계획을 세우지만, 2명의 부패 경찰은 그녀를 완전히 끝장낼 기회를 노린다.
제섭 시장은 배트맨의 검거를 위한 전담반을 결성하고 몬토야 형사가 전담반의 지휘를 맡는다. 배트맨을 직접 잡기로 한 플래스와 불럭 형사는 고담시를 큰 위험에 빠뜨린다.
누군가가 고담시의 재력가를 납치해 세뇌를 시키자 배트맨은 누가, 왜 그런 짓을 벌이는지 알아내기로 한다. 바버라 고든은 자신의 친구가 납치에 관련됐다고 의심하고, 결국 수사 중 어둠의 기사와 맞닥뜨린다.
고담시에서 연쇄 절도 사건이 벌어지고 배트맨은 범인이 저승에서 왔다고 의심한다. 한편 통 큰 선거 운동 기부금이 부도덕한 뒷돈이라는 소문이 돌면서 하비 덴트의 도덕성이 시험대에 오른다.
고든 경찰국장에 대한 암살 시도가 실패로 끝나자 몬토야는 최선을 다해 고든을 보호할 것을 맹세한다. 암살의 배후자를 추적하는 배트맨은 점점 미궁으로 빠져들고, 한 가지 사실만이 분명해진다. 그것은 바로 아무도 믿지 말라는 것.
하비 덴트의 선거 운동 행사장에서 아이들이 실종되고, 배트맨이 선거 운동을 주최한 마을 카니발을 파헤치자 상상도 못 했던 사악한 진실이 드러난다.
하비 덴트의 사고 후 배트맨과 브루스 웨인은 잘못된 정의를 실현하고자 하는 지방 검사 하비 덴트를 막기로 결심한다.
첫 시즌 피날레에서 바버라 고든과 배트맨은 하비 덴트가 법정에서 진술할 수 있도록 하비를 안전하게 지켜 주려고 하지만, 결국 고담시의 영웅과 악당 사이에서 전쟁이 벌어진다.
고담시 주민들이 루퍼트 쏜의 재판을 주시하는 가운데 배트맨은 범죄 조직 보스의 복수극과 총에 미친 그의 부하 에디 니그마, 일명 '리들러'로부터 시민들을 보호한다.
트라이어드 인더스트리를 향한 무모한 공격이 이어지자 배트맨은 무고한 생명이 희생되기 전에 배후 인물인 로켓 엔지니어를 추적해 복수극을 막기로 결심한다. 하지만 다크 나이트 탐정은 미스터리를 풀기도 전에 충격적인 진실을 마주한다.
루퍼트 쏜이 실종되고 그의 후계자 에디 니그마, 일명 '리들러'가 고담시에서 폭주하자, 거리의 폭력 사태와 대담한 절도 사건이 겉잡을 수 없이 급증한다. 이를 막기에는 고담 경찰국의 인력이 턱없이 부족한 상황이다. 쏜의 거취와 새 두목 니그마에 관한 정보를 얻기 위해 배트맨은 매치스 멀론으로 위장해 블랙게이트 교도소에 잠입한다.
살인 사건 현장에서 발견된 피로 그린 박쥐 모양의 그림은 배트맨에게 위기가 닥쳤음을 암시한다. 해티 테치의 비방 캠페인 덕분에 다크 나이트 탐정은 전에 없는 혹독한 대중들의 비판에 시달린다. 명예를 회복하기로 결심한 배트맨은 조사 끝에 카리스마 넘치는 예언자인 미치광이 수도사가 이끄는, 광기 어린 박쥐 컬트 집단이 존재한다는 것을 알게 된다.
형사 짐 코리건은 실추된 명예 회복을 위해 교도소 실험에 자원하지만, 배트맨을 포함한 모든 사람이 상상했던 것보다 한층 더 무시무시한 결과에 직면한다.
고담 대학에서 원인 모를 학생 사망 사건이 연달아 발생하자 칩거 중이던 할리 퀸이 모습을 드러낸다. 각자 수사를 진행하던 할리 퀸과 배트맨의 수사 과정이 교차하고, 적이었던 두 사람은 스케어크로우라는 시급한 위협을 제거하기 위해 손을 잡는다.
전직 경찰을 총으로 쏜 '리들러' 에디 니그마는 '가시'라는 이름의 수수께끼의 여인과 파트너가 된다. 범죄로 얼룩진 두 사람의 애정 행각은 고담시를 뒤흔들고, 결국 배트맨이 나선다.
배트맨이 루퍼트 쏜의 수색을 재개하고, 아마추어 탐정인 자칭 '크라임 스매셔' 캐리 켈리과 수사 과정이 맞물린다. 두 사람은 고담시의 지하세계 해결사 미스터 제로를 쳐부수기 위해 힘을 합친다.
조커가 제섭 시장에게 공개적으로 사형 선고를 내린다. 고담시 주민들은 패닉에 빠지고, 고담 경찰국은 시장의 경호를 위해 허둥지둥 움직이는 한편 배트맨은 조커를 찾아 나선다. 그들의 연합 작전이 어두운 미래를 막을 수 있을까?
전염병이 도시에 퍼지고 시민들이 광기의 살인마로 변하면서 고담시에 심판의 날이 다가온다. 살아남은 이들이 공포에 떨며 숨어 있는 동안 배트맨의 동맹군들은 남은 시민들을 구하기 위해 뭉친다. 한편 다크 나이트 탐정은 마침내 숙적인 조커와 대면한다.