프리즌 브레이크

마이클은 부통령의 남동생을 죽인 혐의로 사형 선고를 받은 형, 링컨 버로우스를 탈옥시키기 위해 고의로 범죄를 저지르고 감옥에 들어간다. 탈옥을 위한 치밀한 계획을 준비한 채 감옥에 들어간 마이클. 그는 강제 노역장에서 링컨을 만나 계획을 설명하고 차근차근 작전을 진행시키기 시작한다.

탈옥을 위한 준비를 하나씩 해 나가는 마이클. 탈옥에 필요한 나사를 구하기 위해 벤치의 나사를 빼려고 한다. 그러나 이 일로 티백 일행과 갈등이 생기고 나사도 빼앗긴다. 한편 티백 일행과 흑인들 사이에는 싸움이 벌어지고, 소동 중에 마이클이 나사를 되찾긴 하지만 티백의 원한을 사게 된다.

감방에서부터 탈출 통로를 파야 하는 마이클은 감방 동료인 수크레가 믿을 만한 동료인지 시험을 한다. 한편 베로니카는 링컨 사건의 배후를 알고 있는 레티샤를 설득해 증언을 들으려고 한다. 하지만 레티샤는 진술 도중에 납치되고 마이클은 감방 동료가 바뀌면서 또 한번 위기를 만난다.

새로운 감방 동료가 된 분열증 환자, 헤이와이어는 마이클의 몸에 새겨진 문신에 대해 의심을 갖는다. 자해를 해서 헤이와이어를 내쫓은 마이클은 다시 수크레와 감방 동료가 되고 본격적으로 감방 벽을 뚫기 시작한다. 한편 비밀정보국의 켈러만 요원은 링컨과 마이클이 형제 관계임을 알아낸다.

비밀정보국의 켈러만과 헤일 요원은 마이클을 다른 교도소로 이송시키기 위해 교도소장을 찾아가 협박하고 결국 마이클은 이송될 위기에 처한다. 한편 베로니카와 닉은 증거 테이프가 조작됐다는 사실을 알아내고 증거 테이프의 원본을 찾으러 간다.

마이클은 옛 하수도의 배수관으로 통하는 벽을 뚫으려 하지만 규칙적인 점호 때문에 쉽지가 않다. 결국 마이클과 수크레는 간수들의 폭동을 유도해 그 틈에 벽을 뚫으려 하지만 폭동의 규모가 생각보다 커지면서 예기치 않은 문제들이 발생하게 된다.

베로니카와 닉은 링컨 버로우스를 허위 신고한 자를 추적하기 위해 워싱턴까지 찾아가지만 발신지가 공중 전화였음을 알게 된다. 한편 마이클은 폭동에서 새라를 구하기 위해 천장을 기어가 B동 병실까지 간다. 결국 새라를 구출해 내는데 성공하지만 죄수들과 저격수들의 표적이 된다.

마이클 일행은 탈출을 위해 창고 지하에 진입로를 팔 계획을 짜지만 창고가 교도관 휴게실로 바뀌었다는 사실에 난감해 한다. 게다가 탈옥 계획을 알아낸 악랄한 티백이 마이클 일행을 위협한다. 한편 링컨에게 누명을 씌운 음모의 배후에 있던 인물의 정체가 마침내 드러나게 된다.

티백의 새 노리개가 된 세스가 마이클에게 도움을 청하지만, 티백의 협박에 마이클은 세스를 외면한다. 팔조네가 상납금을 끊자 벨릭은 교도소 사업권을 유지하려면 돈을 빨리 채워 넣으라고 아브루찌를 압박한다. 한편 새로운 죄수인 트위너는 백인과 흑인 양쪽 모두에게 왕따를 당하는 외톨이 신세가 된다.

원조가 끊기면서 벨릭은 아브루찌를 교도소 사업에서 제외시키고 탈옥 계획에 제동이 걸린다. 다른 수감자들이 교도소 사업을 맡으면서 교도관 휴게실의 구멍이 들키는 것은 시간 문제가 된다. 아브루찌는 마이클에게 피바나찌에 대한 정보를 넘길 것을 요구하고 고민하던 마이클은 결국 정보를 넘겨주기로 한다.

배우자 특별 면회에 찾아온 니카로부터 신용카드 한 장을 건네받은 마이클은 그 카드를 이용해 수감자들의 소지품을 보관한 창고에 들어가 자신의 소지품을 확인한다. 그런데 꼭 필요한 시계가 사라지고 없다. 마이클은 트위너에게 부탁해서 간수 기어리가 차고 있는 자신의 시계를 훔치게 한다.

마이클의 탈옥 계획에 변수가 생기면서 인원이 너무 많아진 탓에 7명 중 1명은 빠져야 한다는 결론에 이르게 된다. 거의 모두가 티백을 낙오자로 점찍어 둔 상태. 하지만 티백은 교도소 밖에 있는 사촌에게 모든 사실을 털어놓고 자신에게 무슨 일이 생기면 교도소장에게 다 고발해 버리라고 당부한다.

형 집행 36시간을 남겨둔 링컨이 격리실에 수용되고 아브루찌가 후송되자 마이클은 탈옥 계획을 보류하자고 하지만, 티백과 씨노트, 찰스는 그대로 강행하자고 주장한다. 마이클은 탈옥을 감행하기로 하고 링컨에게 십자가 목걸이에 약을 숨겨 보낸다. 베로니카는 방송사와 인터뷰를 강행한다.

마이클과 일행은 탈옥에 실패하자 감방으로 돌아오고 베로니카와 닉은 항소할수 있는 기회를 얻는다. 새라는 주지사인 아버지에게 버로우스의 사건을 재검토해 줄 것을 부탁한다. 한편 마이클은 전기의자에 문제를 일으켜서 사형 집행일을 연기할 계획을 세우지만 벨릭의 방해로 실패하고 만다.

링컨의 사형 집행이 갑자기 중지되는 상황이 발생하게 된다. 익명의 제보자가 무덤에 묻힌 사람이 스테드먼이 아니라는 증거를 담당 판사에게 보냈기 때문이었다. 담당 판사는 링컨의 사형 집행을 2주 미루기로 하고, 마이클은 새로운 탈옥 계획을 짠다. 링컨은 사형 집행 중 참관실에 들어온 아버지를 보게 된다.

폭스 리버로 오기 3년 전, 마이클은 건축 설계자로서 나름 성공한 삶을 살고 있었다. 그런 그에겐 방탕한 삶을 청산하지 못하고 빚만 산더미인 형 링컨이 한심하게만 보인다. 어느 날 링컨에게 불어난 빚을 갚아 주겠다며 살인 청부가 들어오고, 새 인생을 살고 싶었던 링컨은 타깃을 죽이기 위해 주차장으로 들어간다.

마이클을 화상 때문에 없어진 지도의 일부를 기억해 내려고 애쓰지만 어려움을 겪고, 새라는 소장에게 마이클의 등의 화상에서 교도관 제복의 천조각을 발견했다고 말한다. 소장은 마이클을 불러 추궁하지만, 마이클이 대답하지 않자 독방으로 보낸다. 수크레는 마이클 대신 휴게실의 구멍을 막는 일을 맡게 된다.

정신 병동에서 만난 헤이와이어는 마이클을 기억하지 못한다. 마이클은 헤이와이어가 약을 먹자 억지로 약을 토하게 만든다. 드디어 마이클과 문신을 기억하는 헤이와이어. 하지만 그 기억뿐 아니라 마이클이 자신을 모함했던 것까지 떠올리고 마이클에게 자신도 데려가라고 협박한다.

LJ를 만나러 가던 링컨은 한적한 길에서 교통사고를 당한다. 이는 켈러맨이 링컨을 제거하기 위해 꾸민 사고로, 켈러맨이 링컨의 목을 조르기 시작한 순간 한 남성이 나타나 켈러맨을 쓰러뜨리고 링컨을 데려간다. 정신을 차린 링컨은 자신을 구해 준 사람이 바로 아버지였음을 알고 경악한다.

벨릭이 휴게실의 구멍을 발견한 걸 본 찰스는 그를 공격해 지하에 숨겨 둔다. 마이클은 벨릭이 실종된 것이 알려지기 전까지 모든 준비를 마쳐 저녁 자유 시간에 그의 방을 통해 빠져나가기로 한다. 마이클은 몇 시간 만에 의무실 열쇠와 격리 수용돼 있는 링컨을 데리고 나올 방법을 고안해 내야 한다.

새라는 마이클을 위해 의무실 문을 열어 둘 것인지 갈등하고 베로니카는 단서를 찾아 떠나려는 순간 닉이 아버지를 위해 자신을 배신한 것을 알게 된다. 하지만 닉은 마음을 바꿔 베로니카를 풀어주고 아버지와 함께 떠나기로 결심한다. 마이클 일행은 계획대로 탈옥을 감행한다.

교도소를 빠져나와 근처 덤불에 숨어 있던 마이클과 죄수들은 수색대들이 교도소를 떠난 뒤 움직이기 시작한다. 헤이와이어를 따돌린 나머지 죄수들은 아브루찌의 부하가 밴에 올라탄다. 존은 차에서 티백을 죽일 계획이었지만 낌새를 눈치챈 티백은 마이클과 자신의 손에 수갑을 채운다.

8명의 죄수가 탈옥한 사건으로 온 나라가 떠들썩한 가운데 FBI 소속의 수사 팀이 꾸려지고 팀장인 마혼은 기자회견을 한다. 포프 소장과 벨릭은 마혼의 행동을 주제 넘게 여기며 달가워하지 않는다. 벨릭은 마이클의 신용카드 사용 내역을 바탕으로 오스위고의 개인 창고를 덮치지만 이는 마이클의 함정이었다.

탈옥에 성공한 탈주범들은 자기 갈길을 향해 뿔뿔히 흩어지고 마이클과 링컨은 LJ를 빼내기 위해 법원으로 향한다. FBI요원 마혼이 LJ에게 링컨을 잡게 도와달라며 협상을 요청하고 링컨은 LJ에게 전화해 뜻모를 암호를 남긴다. 손목 치료를 받은 티백은 구닷을 죽인 뒤 그의 차를 타고 유유히 사라진다.

부상을 당한 링컨 때문에 마이클은 니카를 찾아가 도움을 요청하고 수크레는 경찰의 눈을 피해 마리크루즈를 만나려고 친구인 피티에게 연락한다. 씨노트는 아내에게 자신을 믿는다는 확신을 받기 위해 위험을 무릅쓰고 전화한다. 이 모든 일이 일어나는 가운데 마혼은 탈주범들의 뒤를 집요하게 쫓는다.

마이클 일행을 추적하는 데 성공한 벨릭은 마이클에게 500만 달러가 있는 곳으로 안내하라고 마이클을 위협한다. 니카는 고작 자신에게 만 달러만 주기로 한 마이클에게 분노한 척하며 벨릭과 손을 잡는 척한다. 티백은 휴게소에서 경찰들의 검문에 걸리고 해병대 상이용사인 척하고 무사히 빠져나온다.

우여곡절 끝에 투엘에 도착한 마이클과 링컨은 더블 K 목장을 찾아보지만 아는 사람이 없다. 마이클은 토지 및 건물 도면이 보관된 시청으로 들어가자고 링컨을 설득하고, 그곳에서 마침내 목장을 발견하지만 지도가 뜯겨나가고 없는 상태. 마이클과 링컨은 시청에서 빠져나가는 티백을 발견하고 경악한다.

티백과 마이클, 링컨은 웨스트모어랜드의 돈이 자넷의 집 차고 아래에 묻혀 있다는 것을 알아내고, 전기 회사 직원으로 위장할 도구를 챙기고 차에 기름을 넣기 위해 트위너를 시내에 보낸다. 자넷의 집안으로 들어가는 데 성공한 마이클 일행은 차고의 바닥을 파기 시작하고, 뒤늦게 수크레와 씨노트가 합류한다.

마이클 일행의 정체를 눈치챈 여주인이 비명을 지르려는 찰나 여자 경찰이 집으로 다가오는데, 그녀는 여주인의 딸이었다. 어쩔 수 없이 둘 모두를 묶어 놓고, 마이클 일행은 계속해서 바닥을 판다. 여자 경찰은 수크레의 여자 친구가 임신 중이라는 사실을 알고 계속해서 수크레를 회유하려 한다.

수크레가 돈을 갖고 달아나 버린 후, 티백 역시 행방이 묘연해진다. 스코필드는 결국 씨노트와 갈라지고 숲으로 향하는데, 그곳에는 돈가방과 함께 수크레가 기다리고 있었다. 알고 보니 둘이 작당하고 돈을 빼돌리려 했던 것. 하지만 한수 위인 티백이 그 돈을 모두 빼돌려 버리고, 수크레와 마이클은 파나마로 가려 한다.

마이클은 식물원에 잠입하지만, FBI들이 깔려 있음을 파악하고 도망친다. 마혼이 자신의 하드를 복구해 자신의 계획을 상당 부분 파악하고 있음을 안 마이클은 마혼에 대해 뒷조사를 한다. FBI 조사원으로 위장한 마이클은 이혼한 마혼의 아내를 찾아가 마혼과 쉐일즈의 관계에 대해 탐문한다.

벨릭와 기어리는 티백을 계속 고문하며 5백만 달러의 행방을 알아내려 한다. 한차례의 몸싸움 끝에 티백이 양말에 숨겨 두었던 보관함 열쇠를 삼키자 벨릭과 기어리는 티백을 화장실에 앉혀 놓고 열쇠를 받으려 한다. 보관함 열쇠를 손에 넣은 벨릭은 티백을 묶어 둔채로 떠나며 911에 신고한다.

티백은 홀랜더 부인의 집을 빠져나와 GPS 장치를 이용해 기어리가 가져간 돈을 찾으러 간다. 벨릭은 병원에서 조사를 받게 되자 그를 공격한 사람은 20대 초반의 흑인 남성이라고 말한 뒤 기어리의 음성 사서함에 협박 메시지를 남긴다. 마이클은 뉴멕시코의 가게에서 물건을 산 뒤, GPS를 훔쳐 달아난다.

마이클은 링컨과 함께 온 아버지의 모습을 보고 경악한다. 어린 시절 자신을 학대하던 양아버지를 죽이고 자신을 구해 줬던 사람이 아버지였다는 사실에 마이클은 분노와 원망을 쏟아내지만 이내 아버지를 받아들인다. 아버지는 엉켜 있는 실타래를 풀 해결의 열쇠를 새라가 가지고 있다고 말한다.

마혼이 스코필드와 버로우스를 총으로 쏘려는 순간 미 국경 경비대가 나타나 마혼에게 총을 버리라고 한다. 마혼이 총을 버리자 스코필드와 버로우스는 국경 경비대에 의해 체포되고 일리노이의 교정국에게 넘겨져 폭스 리버 교도소로 호송된다. 티백은 우체국에서 일하는 데니스에게 접근해 데니스의 집까지 가게 된다.

씨노트가 딸 디디와 마운드 시티에 숨어 있는 동안 씨노트의 아내 케이시는 재판을 받는다. 하지만 보석 신청은 기각되고 탈옥범 방조죄로 무거운 벌을 받게 되자 씨노트는 자수를 결심한다. 티백은 수잔 홀랜더의 집에 수잔의 아이들과 잠시 행복한 시간을 갖지만, 총을 꺼내려는 수잔을 보고 화를 낸다.

테렌스의 자살로 스코필드 일행은 또 다른 위기를 맞게 된다. 세 사람은 카메라맨을 인질로 삼아 모텔을 포위한 지역 경찰들을 따돌리고 달아난다. 테렌스의 죽음으로 모든 것이 물거품이 된 상황에서 세 사람은 또 다른 계획을 세우고 납치한 카메라맨의 카메라로 방송국으로 보낼 비디오 테이프를 제작한다.

탈주범들을 쫓는 마혼은 혼자의 힘으론 절대 범인들을 쫓을 수 없다는 걸 깨닫고, 폭스 리버 교도소에 있는 벨릭을 찾아가 인신 보호 영장을 발부해 풀어 줄 테니 탈주범들을 찾는 걸 도와달라고 한다. 이를 흔쾌히 받아들인 벨릭은 감옥을 나가 패토식을 쫓는다. 패토식은 벨릭의 추격에 결국 궁지에 몰린다.

딸의 병이 악화되자, 씨노트는 마혼에게 전화해 아내를 풀어달라고 말한 뒤 자수한다. 수크레는 마리크루즈와 재회하고, 티백은 어린 시절에 살던 집으로 돌아온다. 한편 마이클과 새라는 헨리 포프를 찾아가 컴퍼니를 무너뜨릴 수 있는 정보를 손에 넣을 수 있게 도와달라고 한다.

링컨과 마이클, 새라는 쿠퍼 그린에게 연락해 링컨의 무죄를 밝힐 수 있게 도와달라고 한다. 그린은 대통령과 스테드먼의 대화가 스테드먼이 죽었다고 알려진 시점 이후에 녹음된 것이란 걸 증명할 수 없다면 쓸모가 없다고 말하지만, 대신 녹화 내용을 대통령의 사면을 요구할 도구로 쓰기로 한다.

씨노트는 자살에 실패하고, 윌러 요원은 마혼에게 불리한 증언을 하면 씨노트에게 자유를 주겠다고 제안한다. 마이클은 음성 파일로 레이놀즈 대통령을 협박해 링컨과 마이클을 사면하겠다는 약속을 받아낸다. 하지만 컴퍼니도 대통령을 협박하고, 결국 대통령은 사임하겠다고 발표한다.

티백은 돈을 되찾지만, 벨릭과 수크레가 티백의 뒤를 쫓는다. 벨릭은 수크레에게 마리크루즈를 인질로 잡고 돈을 찾는 것을 도와주면 풀어주겠다고 한다. 마이클과 링컨이 파나마로 가지만 새라는 FBI에 잡힌다. 씨노트는 자유를 대가로 마혼에게 불리한 증언을 하기로 결심하고, 가족과 재회한다.

마이클과 수크레, 벨릭은 티백을 잡기로 한다. 링컨은 마이클을 잡으려는 마혼은 방해하지만, 오히려 마혼에게 당하고 만다. 한편 시카고에서 새라가 재판을 받는 동안, 켈러맨이 증인으로 나선다. 티백은 경찰에 체포되고, 마이클은 돈 가방을 가지고 보트로 돌아온다. 마혼은 마이클에게 전화해 돈과 보트를 요구한다.

링컨을 붙잡아 둔 마혼은 자신이 배신을 당했으니 보트와 돈만 넘겨 주면 링컨을 돌려 보내겠다며 마이클을 설득한다. 마이클은 결국 파나마시티로 가기로 하고, 새라에게 메시지를 남긴다. 켈러맨의 증언으로 검찰은 새라에 대한 기소를 취하하고, 링컨과 마이클의 혐의도 모두 풀리게 된다.

마이클이 갇힌 파나마의 교도소 소나는 루체로라는 일인이 지배하는 무법천지다. 링컨은 미국 영사관에 연락하여 마이클을 다른 곳으로 이감시키기로 약속을 받지만, 그 전에 마이클은 결투에 휘말려 위기를 맞는다. LJ를 만나러 나간 링컨은 LJ와 새라가 납치당해 목숨을 위협받고 있음을 알게 된다.

벨릭에게서 휘슬러가 하수구에 숨어 있다는 정보를 알아낸 마이클은 가까스로 휘슬러를 찾아내지만, 휘슬러를 죽이면 소나를 나갈 수 있다는 생각에 마혼을 비롯한 여러 재소자들이 수색에 나선다. 한편 감옥에 물이 떨어지면서 반란이 일어나려는 찰나, 마이클은 파이프를 폭파시켜서 물이 뿜어져 나오게 한다.

LJ와 새라가 컴퍼니의 인질로 붙잡힌 걸 알게 된 스코필드는 충격에 휩싸인다. 새라는 사진으로 자신들이 어디에 붙잡혀 있는지 장소를 알려 주지만 스코필드가 알아차리기에는 정보가 너무 부족하다. 스코필드는 링컨에게 새라와 통화시켜 줄 것을 요청하지만 교도소 안의 전화기는 루체로의 휴대 전화가 유일하다.

소나 교도소를 둘러싼 철책에는 전기가 흐르지 않는다는 사실을 알게 된 스코필드. 그러나 교도소를 둘러 싼 무장 군인들로 인해 탈옥은 요원하기만 하다. 한편, 교도소에 갑자기 정전이 발생하여 전화가 끊기게 되자 루체로는 스코필드에게 다시 한 번 도움을 요청하고 스코필드는 전기 배선을 고치는 일에 착수한다.

탈출을 앞둔 마이클과 휘슬러는 무인지대를 건너려면 한낮에 탈출하는 수밖에 없다는 것을 알게 되고, 감시탑 보초 두 명의 약점을 잡아내기 위해 관찰을 계속한다. 보초들을 관찰하던 쌍안경이 보초에게 목격되면서 마이클은 죽음의 위기를 맞지만 휘슬러가 나섬으로써 위기를 모면한다.

소나에 새로 들어온 티그는 예전에 니스에서 본 휘슬러를 기억해내지만, 휘슬러는 구면임을 부정한다. 갑자기 티그가 칼에 찔린 채 시체로 발견되자, 루체로는 진범을 색출하기 위해 목격자를 추궁하고, 결국 휘슬러가 용의자로 잡혀 가게 된다. 한편 마이클의 의심을 사던 마혼은 소나를 나가기로 결정한다.

스코필드는 휘슬러와 결투를 벌이는 걸로 수감자들의 주의를 돌린 후 탈출을 감행한다. 하지만 탈옥은 실패로 돌아가게 되고 그 둘은 한 명만 살아남을 수 있는 대결을 벌이게 된다. 한편, 설린즈와의 거래를 통해 소나를 나오게 된 마혼은 설린즈가 약속을 지키지 않자 격분하고 옛 동료 랭까지 의심한다.

첫번째 탈옥 시도가 실패로 돌아가자, 컴퍼니는 조급해진다. 정체를 알 수 없는 수잔의 상사가 등장해 수잔에게 정면 돌파를 지시하고, 4일간의 말미를 얻었다고 생각한 스코필드 형제는 또 다른 탈출구를 찾기 시작한다. 수잔은 휘슬러와 접촉해 스코필드를 없애고 탈출 계획에 동참하라고 협박한다.

탈출에 실패한 마이클은 교도소 앞 허허벌판에 설치된 일명 '닭장'에 갇혀 한낮의 뜨거운 열기에 시달리는 고문을 받게 된다. 위기를 모면하기 위해 마이클은 자발라 장군에게 탈출 계획의 전모와 LJ의 납치 사실, 그리고 휘슬러의 존재에 대해 실토한다. 불려온 휘슬러는 수잔의 실명, 즉 그레첸 모건이라는 이름을 밝힌다.

닭장에서 살아 돌아온 마이클은 지하 터널을 뚫는 작업에 박차를 가한다. 새미 일당이 무력으로 루체로를 몰아내고 소나를 접수하자 티백은 벨릭에게 새미를 처치하면 탈출에 합류시켜 주겠다고 제안한다. 하지만 속임수를 쓰지 못한 벨릭이 새미와의 결투에서 죽음을 눈앞에 둔 찰나, 새미는 스코필드가 지하에 있다는 얘기를 듣는다.

24시간 안으로 터널을 뚫어야 하는 스코필드 일행에게 엎친 데 덮친 격으로 비까지 내려 지반이 약해져 터널이 붕괴될 위험에 처한다. 어쩔 수 없이 스코필드는 12시간 후 탈출하기로 하고 감옥의 주 전원을 차단하는 계획을 실행한다. 한편, 수잔은 소피아를 납치해 휘슬러를 협박하며 좌표를 찾아 낼 것을 압박한다.

마지막 탈옥 시도를 하는 스코필드와 일행들. 전기가 끊어진 동안 탈출을 시도하면서 스코필드는 의도적으로 루체로 일행이 발각되게 만든다. 루체로와 티백, 벨릭이 군인들에게 잡힌 틈을 타 스코필드 일행은 탈옥을 감행한다. 감옥을 빠져나온 스코필드 일행은 링컨과 해변에서 만나 바다 밑으로 탈주를 계속한다.

LJ와 소피아, 휘슬러를 서로 맞바꾸기로 한 마이클 일행과 수잔은 고고학 박물관에서 인질 교환을 한 후, 경보 장치를 울려 무사히 그곳을 빠져나가지만, 소피아는 휘슬러의 실체를 알게 되고 건물 밖에서의 총격으로 총상까지 입는다. 한편 티백은 부상 당한 루체로를 속여 거금 5만 달러를 챙긴 뒤 루체로를 살해한다.

새라에 대한 복수를 하기 위해 휘슬러와 그레첸을 쫓아 LA에 온 마이클은 두 사람으로부터 새라가 살아 있다는 말을 듣고 반신반의한다. 휘슬러와 마혼은 컴퍼니의 비밀 기록이 담겨 있는 데이터 카드 실라를 손에 넣고, 실라의 암호를 풀기 위해 마이클에게 함께 컴퍼니에 잠입하자고 설득한다.

마이클과 일행은 실라를 찾기 위해 LA로 간다. 실라를 얻는 유일한 방법은 카드홀더의 집으로 침입해 컴퓨터 천재인 롤랜드의 기기로 실라를 복사해 오는 것뿐이다. 카드홀더의 집에 드나드는 가정부를 이용해 실라의 정보를 복사하는 데 성공하지만, 가정부는 기기를 카드홀더의 집에 두고 나온다.

갱들과 함께 실라의 행방을 쫓던 마이클은 마침내 실라가 하나가 아닌 6개의 카드로 이뤄져 있다는 사실을 알아내지만, 셀프 요원으로부터 하나가 아닌 전부를 오늘 안에 가져오지 않으면 다시 철창행이라는 대답만 돌아온다. 한편, 마혼은 랭 요원에게 전화해 아들의 죽음에 대해 묻고, 링컨은 이 대화를 엿듣는다.

마이클 일행은 두 번째 카드 홀더를 찾아내고, 경찰로 위장해 카드 홀더에게 접근한다. 티백은 게이트 사에서 일하게 되고 새라는 브루스의 사망 소식을 듣고 죄책감에 시달리다 술집으로 향한다. 새라가 한눈을 판 사이 곁에 있던 남자가 새라의 신용카드를 훔치고, 와이어트는 새라의 뒤를 쫓는다.

마이클이 찾은 다음 카드 홀더는 재무부에 근무하는 사람으로, 세 번째 카드도 복사하는 데 성공한다. 장군은 카드 홀더들에게 항상 카드를 소지하라는 명령을 내린다. 링컨은 마이클의 코피에 대해 알게 되고 새라는 와이어트를 따돌리는 데 성공한다. 수크레와 벨릭은 휘슬러의 책을 회수하기 위해 티백을 찾는다.

네 번째 카드를 목표로 마이클 일행이 경마장을 찾았다. 작전이 계획대로 진행되던 가운데 갑자기 일어난 싸움에 경찰들이 몰려와 발각될 위험에 처하고 혼자서 롤랜드의 기기를 되찾으러 간 마혼은 결국 경찰에게 붙잡혀 유치장에 갇히게 된다. 와이어트는 셀프를 뒤를 쫓다 마혼을 만나게 된다.

그레첸은 실라의 행방을 알아내기 위해 티백을 고문한다. 한편 크랜트 장군은 와이어트에게 돈 셀프가 컴퍼니를 위협하는 조직의 수장임을 알리고 사고로 위장해 셀프를 살해하라고 명령한다. 티백이 사라지자 트리셰인은 벨릭에게 전화해 티백에 대한 정보를 넘기고 보상을 요구한다.

마이클은 어쩔 수 없이 그레첸과 협력하게 되고, 마지막 카드를 얻기 위해 장군을 노리지만 실패하고, 수크레는 총에 맞는다. 장군은 마이클 일행이 실라를 노리는 것을 알고, 실라를 옮기라고 지시한다. 와이어트는 마이클 일행의 위치를 알아낸 뒤 롤랜드에게 총을 쏘지만 그때 마이클 일행이 와이어트를 잡는다.

링컨은 와이어트를 협박해 장군에게 자신들이 죽었다고 보고하라고 한다. 하지만 와이어트는 호락호락하게 넘어가지 않고 계속 버틴다. 그런 와이어트를 보면서 죽은 아들이 떠올라 상당히 괴로워하는 머혼. 마이클과 수크레, 벨릭, 링컨은 지하 통로를 통해 크렌츠 장군이 있는 곳으로 가려 한다.

장군은 실라를 옮기는 작전에 박차를 가한다. 크레첸과 손잡고 휘슬러의 책에서 도면을 찾아낸 마이클 일행은 실라가 보관된 장소의 내부 구조를 파악하려 하고, 데이빗 베이커라는 이름의 실라 설계자를 발견하게 된다. 수크레는 컴퍼니 건물 지하에서 실수로 지뢰를 밟아 버리게 된다.

탈출 감행을 앞두고 스코필드는 희귀병에 걸렸다는 진단을 받는다. 수술 날짜를 잡았지만 새라의 걱정에도 불구하고 스코필드는 수술을 포기하고 원래대로 탈출 작전을 감행한다. 한차례 위기를 넘기고 임무를 완수하려는 찰나 감시카메라에 탈출하려는 스코필드의 모습이 잡히는데...

컴퍼니 지하 기지 침입에 성공한 마이클 일행. 이를 알게 된 장군을 서둘러 실라가 있는 방에 내려오고 결국 실라는 마이클의 손에 들어간다. 새라가 밖에서 장군의 딸인 리사를 붙잡아 이들의 탈출을 돕는다. 마이클은 실라를 셀프에게 넘기지만 셀프는 마이클 일행과 연락을 끊은 채 사라져 버린다.

셀프에게 뒤통수를 맞은 스코필드 일행은 그레첸과 힘을 합쳐 셀프를 잡으려 한다. 하지만 셀프가 리타와 에밀리를 인질로 삼아 그레첸을 협박해 자기 쪽으로 끌어들이고, 실라를 살 새로운 구매자를 찾아줄 것을 요구한다. 셀프는 스코필드 일행과 그레첸이 만나기로 했던 장소를 신고한다.

셀프는 나머지 실라 조각을 찾다가 마이클 일행에게 잡힌다. 한편 티백이 그레첸의 가족을 인질로 잡고 있던 와중에 성경책 판매원으로 위장한 컴퍼니 요원이 찾아온다. 티백은 자신이 요원에게 잡히기 전에 그레첸의 가족을 풀어 주고 마혼은 랭과 윌러를 만나 법무부 장관을 만나려 하지만 실패한다.

링컨은 마이클의 수술을 컴퍼니 측에 맡기고, 장군의 명령에 따라 그레첸과 돈 셀프를 쫓아 실라를 찾으러 간다. 수술을 받는 마이클은 컴퍼니 측에서 집도하는 수술임을 모른 채 마취에 들어가고 수술을 하는 동안 찰스의 환영과 마주치게 된다. 찰스는 보이는 것이 전부가 아니라는 알아들을 수 없는 말을 한다.

마이애미로 간 링컨은 새라에게 연락해 마이클의 안부를 물으며 자신은 실라를 되찾기 위해 그레첸, 티백, 셀프와 손잡았다고 말한다. 한편 마이클은 컴퍼니 경호원이 철통 감시를 하는 숲속의 외딴 집에서 감금된 채 깨어난다. 그리고 죽은 줄로만 알았던 어머니가 살아 있다는 뜻밖의 소식을 듣게 되는데...

크리스티나는 장군의 차를 폭파해 장군을 죽이려 하지만 실패하고, 마이애미에 있던 링컨은 크리스티나가 살아있음을 알고 찾아가지만, 크리스티나는 링컨에게 이틀 동안 잠적해 있으라고 말한다. 한편 마이클과 새라는 마이애미로 가는 도중 컴퍼니 요원으로 보이는 사람에게 쫓기게 된다.

자신을 죽이려던 저격범을 통해 링컨 일행은 크리스티나의 다음 행보를 추적해 간다. 마이클은 자신을 막았던 사람이 가지고 있던 쪽지에서 자신 말고 VS라는 이니셜의 사람의 존재를 알게 된다. 링컨에게 만나자 연락하지만 링컨은 연락을 받지 않고 마혼이 약속 장소에 나타나 크리스티나의 존재를 알린다.

마이클은 크리스티나와 재회하지만 크리스티나는 마이클과 링컨이 친형제가 아니라고 말한다. 하지만 인질로 잡혀 있던 크리스티나는 극적으로 탈출하고 마이클과 링컨 일행은 함정인지도 모른 채 혁신 에너지 학회가 열리는 곳으로 향한다. 결국 링컨은 인도 총리의 아들을 암살했다는 누명을 쓴다.

나빈 배너지의 암살범으로 몰린 링컨 얘기가 언론사를 점령하고, 마이클과 링컨은 호텔에서 탈출할 방법을 모색한다. 환기구를 통해 탈출할 계획을 세운 이들은 옥상으로 올라가려 하지만 발빠른 경찰 대응에 호텔에 갇히게 된다. 크리스티나의 계략으로 암살 사건은 인도와 중국의 분쟁 문제로 변할 조짐을 보인다.

마이클은 장군에게 붙잡혀 있는 새라와 크리스티나에게 잡혀 있는 링컨 중 누구를 먼저 구해야 할지 고민에 빠지게 된다. 마혼은 마이클에게 총에 맞은 링컨 먼저 구하라고 하지만 마이클은 누구 하나를 고를 수가 없다며 고뇌한다. 마이클은 크리스티나를 불러내 실라를 건네주는 척하며 폭탄으로 처리하려 한다.

새라와 마혼은 링컨 치료를 위해 병원에 잠입하지만, 마혼이 FBI에게 체포당하고, 새라와 마이클, 링컨도 장군의 수하들에게 끌려간다. 장군은 소피아를 인질로 실라를 내놓으라고 협박한다. 링컨의 상태가 점점 나빠지고, 꼼짝없이 붙잡힌 상황에서 수크레와 씨노트가 나타나 이들을 구해 준다.

링컨은 출소한 티백에게서 마이클의 사진이 동봉된 우편물을 받고 고뇌에 빠진다. 죽은 줄 알았던 동생 마이클이 살아 있을지도 모른다는 희망에 무덤을 파헤친 링컨은 충격적인 진실을 목도한다. 한편 마이클의 비밀을 추적하려는 링컨과 새라를 향한 괴한의 습격이 시작되는데...

마이클은 교도소 안에서 감방 동료들과 탈출 계획을 짜지만 밖에서 도와주기로 한 사람이 신호를 보내지 않아 실패한다. 링컨과 시노트는 마이클이 보낸 비밀 메모대로 전력 공사 책임자를 구하러 IS 점령지로 간다. 한편 새라는 켈러맨 요원으로부터 마이클이 사람을 죽이고 신분을 바꾸었다는 말에 혼란스러워하는데...

마이클로 추정되는 남자에 대한 끝없는 의심 속에서 링컨과 씨노트는 탈출 장소를 적은 편지를 받는다. 그들은 마이클을 구하기 위해 도시의 전기를 끊으려고 하고, 마이클은 다른 죄수들의 견제 속에서 탈옥 계획을 성공시키려 노력하지만 뜻대로 되지 않는데...

탈옥에 실패한 마이클은 또다시 교도소에 갇히고, IS는 도시로 진격하며 테러를 벌인다. 링컨은 자밀의 도움으로 마이클에 대한 사면장을 얻어서 오기지아 교도소로 향한다. 그러나 간수들은 IS에게 겁을 먹고 도망치고 죄수들은 폭동을 벌이는 등 교도소는 아수라장이 된다.

쉬바와 씨노트는 공항에서 비행기로 예멘을 빠져나가기로 하고 링컨 일행을 기다린다. IS에게 쫓기게 된 마이클과 링컨은 비행기로 탈출할지 기차로 탈출할지를 놓고 의견 충돌을 벌인다. 링컨은 마이클에게 헤어져 있던 7년 동안 벌어진 일에 대해 묻고, 마이클은 과거의 이야기를 털어놓는다.

IS의 추격으로부터 더는 피할 곳이 없어진 마이클 일행. 그들은 마지막 방법으로 쉬바의 친구인 오마르를 찾아간다. 오마르의 배신으로 또 한번 위기에 빠진 마이클 일행은 그를 길잡이로 앞세워 파이샤라는 마을로 향한다. 사막으로 들어간 그들의 뒤로 포세이돈이 고용한 킬러와 IS의 끝없는 추격이 계속되는데...

새라는 마이클이 죽음을 위조해야만 했던 연유를 알게 되고, 동시에 포세이돈의 진짜 존재에 대해서도 밝혀지게 된다.

마이클과 링컨은 포세이돈을 붙잡기 위해 쉬바와 씨노트에게 도움을 청한다. 한편, 윕과 티백 사이의 비밀이 밝혀지게 된다.

보이드 요원과 대치한 마이클은 무사히 목숨을 건지고 새라와 만난다. 그러나 아들 마이크를 제이콥에게 빼앗기고, 링컨은 루카의 총에 맞아 치명적인 부상을 입는다. 절체절명의 위기 속에서 마이클 대 포세이돈의 마지막 두뇌 게임이 펼쳐진다.