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각양 각색의 교육생이 FBI 콴티고 본부에 도착했다. 그들 모두가 총명하고 뛰어나며 면밀히 조사받은 이들이기에 뉴욕에서 발생하는 9/11이후 최악의 테러사건의 배후자가 있으리라고는 누구도 생각하지 못하는데...
어린 시절 특별 수사관인 아버지를 잃은 기억을 가진 알렉스 패리시.
연수생들은 분석관 연수생들과의 합동 연수를 받게 된다. 놀랍게도 그 사이에는 퇴학당한 캐일럽 하스가 있었다.
아카데미에서는 연수생들의 경쟁이 점점 심해져만 간다.
8개월 전의 콴티코, 리암은 라이언에게 알렉스 감시를 중지하고 퇴학을 종용하라고 지시한다.
연수생들은 자신이 연기할 인물을 설정한 뒤 디스텍사의 파티에 잠입하여 CEO를 소개 받는 실습을 하게 된다.
미란다의 아들 찰리가 소년원에서 가석방되어 집으로 돌아온다.
연수생들 앞에 백지 시험 용지가 나누어지고, 무슨 시험인지도 알려 주지 않은 채 미란다는 교실 밖을 나간다.
FBI 아카데미 연수도 다음 단계로 넘어가고, 연수생들은 이제까지와는 달리 단독 수사를 맡게 된다.
연수생들에게 조별로 연쇄 살인범을 선택하여 피해자 속에 섞여 있는 가짜 피해자를 찾아내는 과제가 내려진다.
연수생들에게 내려진 새로운 과제는 다음 기수 연수생의 신원 조사를 하는 것이었다.
12월 31일을 맞이하여 연수생들도 3일간 귀성한다.
연수생들은 한 달 먼저 입소한 선배 반과 함께 대항전을 치른다.
연수생들은 ‘인간 정보’에 대한 학습을 위해 MBTI 지표를 서로를 분석한다.
나탈리가 죽은 후 충격에 사로잡힌 알렉스는 버몬트에 있는 사이먼을 찾아간다.
니마 때문에 찰리를 납치한 무장 집단에 잠입했던 레이나의 정체가 들통날 위기에 놓인다.
연수생들이 무장 집단의 습격 때문에 충격을 받지 않았을까 걱정하는 교관들은 연수생들의 심리 상담을 진행한다.
인신매매 수법에 대해 배운 연수생들은 트뤼도 국제공항으로 이동한다.
졸업을 앞둔 연수생들은 접근 권한을 받기 위한 신청서를 작성한다.
졸업을 3주 남긴 연수생들은 희망 근무지 신청에 이어 희망 부서를 선택하게 된다.
졸업을 2주 앞둔 콴티코의 연수생들은 현장에 나갔을 때 빠르게 적응할 수 있도록 지국으로 현장 실습을 나간다.
드디어 길었던 연수의 마지막 주를 맞이한 연수생들은 과제로 과거의 굵직한 테러 사건들을 공부한다.
미란다를 범인으로 의심하며 추적하던 콴티코의 동기들은 하나둘씩 이상한 점을 눈치챈다.
알렉스는 CIA의 스카우트를 수락하고 친구와 애인인 라이언에게는 민간 경비 회사에서 일한다고 속인 채 근무한다.
팜에 잠입한 알렉스와 라이언은 다른 훈련생을 조사하기 시작한다.
CIA 내부의 반역자 그룹이 새 멤버를 찾기 위해 팜에서 후보자를 물색한다는 의혹을 알렉스와 라이언이 파헤친다.
훈련생들은 스트레스받는 상황에서 평정심을 유지하라는 과제를 받는다.
CIA 내부 반역자 조직 AIC의 존재를 파헤치기 위해 알렉스와 라이언이 CIA 훈련 시설인 팜에 잠입한다.
사이먼 애셔가 죽은 지 1년이 된 날, 과제는 드론을 사용한 테러범 살해 작전 여부를 판단하는 것이다.
잠입을 시작한 지 6주가 지나고 성과가 나오지 않자, FBI 국장인 미란다가 두 사람을 질타한다.
AIC의 후보가 된 라이언은 정체를 알 수 없는 남자로부터 휴대폰을 통해 지령을 받는다.
테러 현장에서 인도된 알렉스는 범인의 진상을 파헤치기 위해 해나에게 팜에서 있었던 일을 하나씩 들려준다.
테러범 점거 지역에 미사일을 발사하려는 계획이 진행되고, 셸비는 발사를 막기 위해 동분서주한다.
알렉스는 리디아가 CIA 내에 비밀 조직을 만들고 반역을 꾸민다고 말하지만 오웬은 믿지 않는다.
알렉스와 동기들은 국가 안보국에 침입해 자신들의 정보를 지우는 작전을 실행한다.
오웬은 훈련병들이 국가 안보국에 들어가서 도청기를 설치한 것에 대해 혼자 책임지기로 한다.
비밀 합동 특임 부대 요원들은 화물기 추락의 배후와 협력자를 알아내라는 임무를 받는다.
버지니아주 브룩웰에서 화학 약품 공장이 폭발했다는 뉴스가 뜬다.
뉴욕 사교계 명사인 레베카 셔먼이 캐시에 접속한다.
한 쇼핑몰에서 무슬림으로 보이는 여성이 테러를 일으킨다.
하원 의장은 대통령의 지지율을 떨어뜨리고 국민들을 분열시키기 위한 음모를 꾸민다.
비밀 작전 팀원들은 협력자 중 한 명을 매수해 서로 배신하도록 만들려고 한다.
알렉스는 협력자들의 뜻에 따라 FBI와 CIA 간부들에게 사임하라는 압력을 넣고 다닌다.
벙커의 캐시가 모두 삭제되자 오웬은 또다시 공격이 시작될 걸 직감한다.
특임 부대 팀원들은 헌법 개정을 막기 위해 중도 성향의 주 대표단을 만나 반대표를 던지도록 설득한다.
3년째 연락을 끊고 이탈리아에서 평화롭게 살아가던 알렉스 앞에 괴한들이 나타난다.
흑인들이 주로 가는 식당에서 결핵균이 퍼져 다수의 사망자가 발생한다.
마약 조직 두목 쿨레브라의 재판을 앞두고 핵심 증인이 죽는 사건이 발생한다.
해리의 원수 드미트리가 갑자기 찾아와 쿠마르 국왕이 암살당할 위기에 처했으니 지켜 달라고 도움을 청한다.
평범한 대학교수가 학교 연구소에서 우라늄을 훔쳐 달아난다.
조슬린은 3년 전 자신의 귀를 멀게 했던 단테가 그녀의 연인이자 동료였던 프랭크를 납치했다는 말을 듣는다.
고립된 산속에서 비밀 무기를 개발하던 과학자 1명이 목숨을 잃는다.
팀은 적국과 결탁해 소형 군대를 만든 미국인 사업가 개럿 킹을 잡기 위해 알렉스를 팀에 투입한다.
시리아 참상을 증언하러 온 증인들 중에 나지르만 살아남는다.
감옥에 간 데블린이 부하들을 시켜 오웬의 딸과 맥퀵의 여동생을 살해한다.
데블린은 아일랜드로 송환되기 위해 킹을 넘기겠다며 거래를 제안한다.
아일랜드로 송환 중 데블린은 비행기를 탈취한 뒤 뛰어내린다.
알렉스는 데블린이 안드레아와 이사벨라를 납치한 사실을 알고 경악한다.