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세상을 지배하려는 멕시코 마약왕. 누가 검은 야욕을 막을 것인가. 부패한 권력? 무너진 정의? 세상을 지키려는 신념으로 뭉친 미국 마약단속국 요원이 그를 뒤쫓는다.
군대의 기습으로 쑥대밭이 된 시날로아. 마약 밀매 조직이 타격을 입자, 펠릭스는 이를 발판으로 삼는다. 한편, 미국 마약단속국 요원 키키가 과달라하라로 전근 온다.
사막에서 씨 없는 마리화나를 재배하는 라파. 지역 보스들을 포섭해 조합을 만들려는 펠릭스. 멕시코 경찰의 부패와 마약단속국의 방관으로 키키는 좌절을 맛본다.
총격전으로까지 번진 경찰과 마약상의 충돌. 펠릭스는 갈등을 진정시키고자 셀리스에게 조언을 구한다. 황무지에서 홀로 잠복하던 키키는 수상한 차량 행렬을 발견한다.
대체 무슨 짓을 저지른 것일까. 라파의 철없는 행동으로 절체절명의 위기에 처한 펠릭스. 상황이 급변하자 키키는 과달라하라 카르텔에 가까이 접근할 기회를 얻는다.
대낮에 거리에서 위협을 당한 미카와 아이들. 키키의 가족을 괴롭힌 자들은 과연 누구인가. 펠릭스는 과달라하라 카르텔의 미래를 위해 위험천만한 거래를 벌인다.
티후아나로 떠난 네토와 라파. 팔콘 무리에게 당한 치욕을 되갚을 수 있을까. 키키와 마약단속국은 펠릭스가 코카인 사업에 발을 들였음을 확인하고 미끼를 던진다.
펠릭스에게 시날로아로 돌아가자고 애원하는 마리아. 키키가 샌디에이고로 전출 지시를 받자 기뻐하는 미카. 펠릭스와 키키는 가족을 데리고 과달라하라를 떠날 것인가.
사카테카스 공습이 진행된다. 군대까지 동원한 마약단속국. 이들의 표적은 과달라하라 카르텔을 일으켜 세운 대규모 농장이다. 펠릭스와 라파는 이 사실을 알고 있을까.
미카에게 연락을 받은 하이메. 사태를 파악한 그는 멕시코 연방경찰에 도움을 청한다. 펠리스는 조직 내에서 번번이 분란을 일으키는 라파를 그냥 두고 넘길 수 없다.
미국 언론의 집중 보도로 궁지에 몰린 멕시코 정부. 경찰이 포위망을 좁혀오자, 펠릭스는 과달라하라를 떠나 시날로아로 도피한다. 이제 누가 그를 비호해 줄 것인가.
펠릭스의 40번째 생일을 맞아, 성대한 파티가 열린다. 하지만 조직 내의 불만과 파초와의 만남으로 불안한 펠릭스. 월트와 그의 동료들은 위험한 납치 작전을 세운다.
마약단속국 요원들의 신문 작전은 먹힐까. 한편, 아편 밀매상에게 동업을 제안하는 펠릭스, 새로운 사업 계획을 듣는 벵하민. 코카인을 둘러싼 사업 열망이 고조된다.
숨으려는 자, 찾으려는 자. 보복 게임이 시작된다. 키키의 죽음과 관련된 이들에게 접근하는 마약단속국 요원들. 아마도는 아코스타의 복수를 돕기 위해 적들을 찾아간다.
이렇게 끝나는 걸까. 대배심 앞에서 증언하는 수노. 궁지에 몰린 펠릭스는 호랑이 굴에 들어가는 대담함을 보인다. 끈질긴 이사베야는 에네디나에게 다시 거래를 제안한다.
눈에 보이지 않는 곳에서, 생각지도 못한 기발한 계획들이 진행된다. 조직의 분열과 배신에 흔들리는 펠릭스. 어쩌면 그의 위기가 월트에겐 기회가 될지도 모른다.
판도가 달라지고 있다. 새로운 정치 지도자를 찾아가는 펠릭스. 비행기로 관심을 돌리는 월트와 동료들. 시날로아와 티후아나 사이에 깊어지는 갈등은 펠릭스를 위협한다.
중요한 정보를 알고 있습니다. 제도혁명당이 선거에서 승리할 전략을 제시하는 펠릭스. 오히나가에서 뜻밖의 제보자를 만나는 월트. 하지만 그들이 모르는 사실 또한 있다.
미국 신문에 실린 멕시코 마약상의 인터뷰. 멕시코 연방경찰과 FBI 모두 그를 쫓는다. 한편, 다가온 결전의 날. 대통령 선거가 시작되자, 펠릭스의 긴장은 극에 달한다.
부하들과 가족들에게 진 마음의 빛, 마약단속국과 월트의 집요한 추적. 사방에서 펠릭스의 목을 조여온다. 고비를 맞은 그의 운명은 이제 코카인 70톤에 달려있다.
믿기 힘들 만큼 엄청난 양의 마약 압수 사건. 위기를 기회로 바꾸려는 펠릭스는 플라자 보스들에게 새로운 제안을 한다. 월트는 마침내 그토록 뒤쫓던 펠릭스와 마주한다.
위장 임무를 수행하던 월트는 뜻밖의 상황을 맞는다. 석 달간의 수감 생활을 마치고 풀려난 아마도. 후아레스의 경찰관 빅토르는 소녀가 실종된 사건을 맡아 수사를 시작한다.
에네디나 아레야노와 전도유망한 변호사의 결혼식이 열리는 성당. 그 밖을 지키던 티후아나의 기자 안드레아가 어린 하객들에게 관심을 보인다. 월트는 이사를 두고 고민한다.
땅을 매입하기 위해 아레야노 남매와 협상하는 시날로아 카르텔. 하지만 대화가 실망스럽게 끝나자 다른 방법을 택한다. 안드레아는 나르코 주니어에 대한 조사를 이어간다.
티후아나와 시날로아가 전쟁을 시작한 상황. 모두가 후아레스 카르텔의 입장을 궁금해하지만, 아마도는 쿠바에서 다른 일을 모색 중이다. 라몬은 차포에게 복수하려 한다.
미국과 멕시코가 합동 기동대를 편성한다. 목적은 과달라하라 대학살과 포사다스 추기경 살해 사건의 범인을 잡는 것. 월트는 레보요 장군이 이끄는 이 기동대에 합류한다.
살해당한 시신을 확인한 후 충격에 빠진 빅토르. 그 사이 티후아나에선 폭력과 살인이 난무한다. 새로 보스가 된 에네디나는 라이벌 조직들과의 관계를 바꿔나갈 작정이다.
콜로시오 암살 사건을 보도한 후 라보스 기자들이 협박에 시달린다. 티후아나 카르텔을 상대하려 손을 맞잡는 마요와 차포. 빅토르는 희생자의 지인들에게 질문을 던진다.
알렉스를 고문해도 별 소용이 없자 전략을 바꾸는 월트. 안드레아는 제보자에게 받은 제도혁명당 관련 재무 기록을 샅샅이 살피고, 아마도는 미래를 위해 계획을 세운다.
안드레아가 충격적인 연결 관계를 발견하면서 사태가 일파만파로 커진다. 월트는 알렉스의 도움으로 벵하민에게 가까이 다가간다. 행크는 아마도의 약점을 들추며 위협한다.
아마도는 어디에 있는가. 멕시코와 미국 당국이 아마도 수색 작전을 펼친다. 감옥에 있는 차포는 존재감을 드러내려 행동에 나서고, 에네디나는 라몬에게 큰 임무를 맡긴다.