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국회의원 아들 배민규 아내 살인 사건을 수사하던 영주는 민규의 알리바이로 수사에 난항을 겪고, 영운은 동일한 수법의 또 다른 살인사건 현장을 수색하던 중 연쇄살인임을 직감한다. 한편 50년 동안 범죄없는 평화로운 마을 우진에서 믿을 수 없는 사건이 벌어지는데…

영운은 우진에서 벌어진 사건을 서울로 이송하고 진성은 검경합동수사팀에 합류한다. 진성은 배민규가 유력 용의자라는 단서를 잡고 긴급체포하려하지만 그는 미꾸라지처럼 빠져나간다. 한편, 영운은 수사도중 진우에 대한 합리적 의심의 근거를 찾게 되고 진상은 이에 분노하며 알리바이를 증명해내려 하는데..

수사팀의 무능을 지적하는 기영의 기사마저 터지면서 수사팀은 사면초가에 빠진다. 그러나 기적처럼 범인의 실체가 드러나면서 연쇄살인사건은 찝찝한 종지부를 찍는다. 한편 우진에 폭우가 쏟아지는 날, 진우는 의문의 공격을 받게 되는데…

진우는 정숙의 도움으로 진진메디컬에서 응급수술을 받게 되고, 1년 후 어느 날, 진성은 진우의 사고 당시 현장이 녹화된 동영상을 의문의 누군가로부터 전달받게 된다.

진성은 진우 사고의 진실을 파헤치기로 한다. 그러는 사이 영운과 영주도 배민규 아내 살해 사건과 관련된 정체불명의 동영상을 받게 되면서 끝난 줄 알았던 연쇄살인사건은 새로운 방향에 직면한다.

검찰 윗선은 재수사과정에서 배민규를 폭행하게 된 진성의 행위를 핑계삼아 재수사를 원천봉쇄한다. 결국 영운은 공식적으로는 수사를 접고 비공식적으로 진범을 찾고야말겠다는 의지에 불타는데…

진성의 수사로 연쇄살인과 관련된 다수의 증거물들이 발견되고, 사건에는 공범이 있다는 정황까지 드러난다. 수사팀은 용의자를 압박 감시하지만 결국 그를 놓치면서, 수사팀을 흔드는 사건이 일어나게 되는데..

사면초가에 몰린 기영과 민규는 해외 도주를 계획한다. 결국 진성과 영운은 납치 사건을 쫓으며, 그들의 계획을 막아보려 하지만 쉽지 않다.

수사팀이 놓친 후 기영은 돌연 죽음을 맞이 하고, 진성은 갑작스러운 상황에 충격에 빠진다. 민규 사건의 진실은 드러났지만 연쇄 사건의 실체 모두를 파악하지 못한 채 공소권없음으로 마무리되는데..

진성은 육정태, 목동만 형사와 함께 동생 진우의 죽음과 기영의 뒷조사를 시작한다. 동료들의 도움으로 기영의 불운한 가족사와 영운의 집안 진진에 얽힌 과거 실체가 수면 위로 올라오게 되는데..

영운은 심장도우너에 대해 알게 되고, 어머니 편에 서게 되면서 영주와 건널 수 없는 강을 건너게 된다. 영주는 영운을 좋아하지만 진실을 외면할 수는 없어 진성과 함께 살인사건을 반드시 파헤치기로 결심한다.

때마침 프랑스에서 귀국한 정체불명의 여인이 등장하면서 수사에 활기가 더해지고, 결국 진성과 영주는 영운과 진우에 관한 끔찍한 비밀을 목도하게 되는데..

영주와 수사팀은 확보한 다른 증거를 가지고 결국 정숙을 긴급체포하게 되고, 진진의 어게인프로젝트를 알게 되는데.. 한편 영운은 엄마의 위선과 거짓말이 드러난 와중에 병원 cctv를 확보하면서 충격적인 영상을 목격한다.

영운은 검사로서 정당하게 민규와 기영에게 사형을 구형한다. 영주는 정숙과 우노를 결국 재판정에 세우게 되고, 영운의 결정적인 도움을 받게 된다.