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테러 방지단의 연락을 받은 잭 바우어는 그곳에서 대통령 후보 데이빗 팔머에 대한 암살 시도가 있으리란 걸 알게 된다. 한편, 잭의 딸 킴벌리는 몰래 집을 빠져나가고 잭의 아내 테리는 딸을 찾아 나선다.

잭은 데이빗 팔머 상원의원의 잠재적인 암살자와 자신의 딸의 행방을 계속 찾는 한편, 모하비 사막 상공에서 폭발한 747기의 폭발 원인을 조사한다. 한편, 팔머는 자신의 선거운동에 대한 또 다른 위협이 수면으로 떠오르려 한다는 것을 알게 된다.

자신들이 큰 위험에 처한 것을 깨달은 킴벌리와 재닛. 이제 그들은 도주 경로를 찾아야 한다. 테리는 킴벌리를 찾는 과정에서 재닛의 아버지 앨런 요크의 도움을 받는다. 한편, 팔머는 곧 공개될 충격적인 뉴스와 관련해 비밀 회의에 참석하고, 잭은 자신을 테러 조직으로 이끌 키카드를 발견한다.

데이빗 팔머에 대한 암살 시도에 CTU의 누군가가 연루돼 있을 것이라는 잭의 의심은 자신의 가장 가까운 지지자 중 한 명과 마찰을 일으킨다. 한편, 킴벌리와 재닛의 자유를 위한 투쟁은 비극적인 국면을 맞고, 팔머는 대중 앞에 나서라는 보안팀의 충고를 무시한다.

총격전이 끝난 후 잭은 경찰서로 가서 그렉 펜티코프로부터 핵심 정보를 얻으려고 한다. 한편, 킴벌리는 게인스에게 넘겨지고, 팔머는 모린 킹슬리 기자와의 만남을 주선한다.

킴벌리가 납치됐을 수도 있다는 것을 깨닫는 잭은 일과 가정을 분리하는 자신의 벽이 무너지는 것을 느낀다. 한편, 팔머는 자신의 가족이 자신의 선거운동에 해가 될 수 있는 비밀을 숨겨 왔다는 것을 알게 된다. 게인스는 댄과 릭에게 화를 내고, 재닛이 살아남기 위해 병원에서 사투를 벌이는 동안 앨런과 테리는 서로를 위로한다.

잭은 아내와 딸을 살리기 위해 CTU로 돌아온다. 한편, 팔머는 가족의 비극에 대한 자신들의 견해를 얘기할 필요가 있다며 아들을 설득하고, 게인스의 아지트에서 릭은 킴벌리를 지켜준다.

캘리포니아 예비 선거가 공식적으로 시작됨에 따라 팔머 상원의원은 자신의 가족 비극의 진실이 밝혀질 수 있도록 선거 연설을 다시 쓰길 원한다. 한편, 잭은 암살자를 찾고 자신의 아내와 딸을 살리기 위해 노력한다.

팔머 상원의원을 구하려는 잭의 노력은 역효과를 낳아 잭은 주요 용의자가 된다. 잭은 자신을 스스로 방어할 것인지, 아니면 체포에 응해 FBI의 조사를 받을 것인지 선택해야 하는 갈림길에 선다. 한편, 테리와 킴벌리는 인질극에 대처하기 위해 게인스의 아지트에서 힘을 합친다.

이제 지명수배자가 된 잭은 테리와 킴벌리를 찾기 위해 경찰을 따돌린 채 CTU와 함께 일한다. CTU의 새 국장이 실권을 장악하고, 토니와 니나는 게인스에 대한 정보를 추적한다. 팔머 상원의원의 목숨은 그를 보호하기 위해 최선을 다하는 주변 사람들의 노력에도 불구하고 여전히 위험에 처해 있다.

잭은 아내와 딸의 행방에 대한 단서를 찾기 위해 게인스의 동료를 리무진에 태워 질주하는 등 선제공격에 가한다. 한편, 릭은 테리와 킴벌리를 보호한 죄로 벌을 받고, 팔머 상원의원은 자신의 선거 운동 내에서 발생할 수 있는 음모에 대해 알게 된다.

잭은 테리와 킴벌리가 인질로 잡혀있는 아지트에 가까워지기 시작한다. 한편, 아지트의 상황이 난폭해짐에 따라 테리와 킴벌리는 스스로 충격적인 일을 만들어 낸다. 자신의 지지자들이 자신을 보호하기 위해 기꺼이 어떤 일까지 할 수 있는지를 알게 된 팔머 상원의원은 최악의 상황이 벌어진 것을 깨닫는다.

잭이 상황을 역전시키자, 게인스의 보스는 잭에 대한 게인스의 비효율적인 추적에 마침내 인내심을 잃는다. 한편, 니나와 토니는 팔머 상원의원에 대한 암살 음모가 자신들이 생각한 것보다 더 심각한 일이라는 것을 알게 되고, 팔머 상원의원은 모린 킹슬리로부터 놀라운 소식을 듣는다.

CTU는 팔머 상원의원을 암살하기 위한 대체 계획이 진행 중이라는 것을 알게 된다. 그 일을 위해 더 많은 외국의 저격수들이 고용됐는데, 그들은 이미 국내에 있을지도 모른다. 한편, 팔머는 자신의 선거 운동에 자금을 대는 일부 사람들이 자신을 협박하고 있다는 사실에 대처해야 한다.

팔머 상원의원은 CTU의 관료적 형식주의에도 불구하고 잭과 직접 대면할 것을 고집한다. 한편, 테리와 킴벌리는 CTU 요원들이 지키는 안가로 간다.

잭은 암살 음모에 관한 정보를 가진 것으로 생각되는 뉴올리언스의 한 요원과 접촉한다. 한편, 니나는 테리의 진술을 듣는 등 수사에 도움이 될 만한 모든 정보를 얻으려고 애쓴다.

잭은 팔머 상원의원 직원의 도움으로 팔머를 노리는 암살자 중 한 명을 체포한다. 한편, 키스는 페라가모 박사의 사망과 관련된 진실을 파헤치기 위해 직접 조사에 나선다.

잭은 나머지 암살자들에게 압력을 가하는 한편, 지나치게 열성적인 CTU 요원과 부득불 함께 일하게 된다. 팔머 상원의원은 키스가 페라가모 박사의 살인과 관련해 입수한 핵심 증거를 어떻게 할 것인지 결정해야 한다.

뉴올리언스의 요원이 살해된 후, 잭은 암살과 납치 계획의 열쇠를 쥐고 있는 것으로 생각되는 소거스의 한 장소에 관해 알게 된다. 한편, 킴은 릭을 찾아가고, 릭은 댄의 성질 급한 형과의 사이에 문제가 생긴다.

자신이 사랑하는 사람들의 죽음을 잭의 탓으로 돌리는 발칸의 전쟁 범죄자 역으로 데니스 호퍼가 처음 모습을 드러낸다. 복수하려는 그의 시도가 음모 뒤에 숨겨진 동기이다. 마크 드살보(루 다이아몬드 필립스 출연)는 잭이 접근해야 하는 교도소 소장이다.

잭은 자신이 온종일 체포하려 한 범죄 주모자 앞에서 속수무책이고, 경찰의 마약 함정 수사에 실수로 휩쓸린 킴은 자신의 결백을 입증해야 할 처지에 놓인다.

빅터와 안드레 드레이즌은 알렉시스 드레이즌을 되찾기 위해 잭을 거래 미끼로 이용한다. 한편, 킴벌리는 다시 위험에 처한다.

CTU 내의 ‘첩자’가 마침내 밝혀진다. 한편, 드레이즌 가족은 자신들이 해야 할 궂은일을 잭에게 시키기 위해 킴벌리를 이용한다.

액션으로 가득한 긴장감 넘치는 시즌 마지막 피날레에서 잭은 드레이즌 가족과 최후의 대결을 펼친다. 한편, ‘첩자’는 아무도 예상하지 못한 피해를 초래한다.

테리의 죽음으로 잭과 그의 딸 킴이 겪는 트라우마, 그리고 그것이 그들의 관계에 끼치는 영향을 계속해서 다룬다. 테리의 죽음으로 1년 넘게 활동이 뜸한 잭에게 전 세계가 연루된 또 다른 테러 음모를 막아달라며 이제는 대통령이 된 데이빗 팔머가 연락한다.

잭은 자신의 오랜 위장 신분을 다시 찾기 위해 서두르지만, 충격적인 ‘선물’로 자신의 충성심을 증명하기 전까지는 환영받지 못한다. 킴은 엉망이 된 마테존 집에서 메간을 내보낸다. 팔머는 호기심 많은 언론과 협상하고, 어려운 선택을 한다. CTU의 야심가 폴라는 테러범의 협박이 현실로 드러나자 긴장한다.

잭의 위장 근무는 잭이 치명적인 임무에 합류함으로써 성과를 거둔다. 킴은 폭력적인 아버지로부터 메간을 구하기 위해 모든 것을 건다. 케이트 워너는 레자와 테러범 사이의 연관성이 확인됨에 따라 자신과 자신의 가족이 위험에 처할 수도 있다는 것을 알게 된다. 팔머 대통령의 보좌관 린 크레스기는 레이번을 거치지 않고 끔찍한 경고를 할 방법을 찾아야 한다.

잭은 상황을 역전시켜 핵 위협에 대한 열쇠를 찾고, CTU는 심각한 위기에 처한다; 자신의 팀이 속고 있다는 것을 알게 된 팔머 대통령은 누구를 믿을 수 있는지를 놓고 어려운 선택을 해야 한다; 킴은 게리 마테존이 생각했던 것보다 더 심각하게 자신의 딸을 해쳤다는 것을 알게 된다.

CTU가 중요한 정보를 복구하기 위해 허둥대는 동안, 잭은 니나와 대면한다; 팔머는 로저 스탠턴이라는 새로운 인물을 팀에 영입한다; 킴은 게리의 협박에도 불구하고 메건을 포기하지 않는다; CTU가 워너 집에 도착하자 케이트의 여동생은 케이트에게 분노한다.

잭은 죄수를 통제한 뒤 핵심 정보를 얻기 위해 폭력을 행사한다. 한편, 이제는 팔머 대통령의 전 부인이 된 쉐리 팔머가 돌아온다; 토니는 알려진 테러범과의 관계를 밝혀내기 위해 레자를 신문한다.

니나 배후의 연락책이 사는 건물을 급습할 계획을 세운 잭은 니나를 비세일리아행 비행기에 태운다; 쉐리는 팔머 대통령에게 팔머에 대한 음모가 정부에 존재한다는 의혹을 제기한다; 메이슨은 너무 늦기 전에 아들과 친해지기 위해 손을 내민다.

니나와 파힌이 접촉한 동안, 잭과 미셸은 폭탄 위치에 대한 단서를 찾기 위해 두 사람의 아랍어 대화를 해독하려 애쓴다; 경찰은 게리의 차 트렁크에서 발견된 처참한 것과 관련해 자세한 정보를 얻기 위해 킴과 미겔을 조사한다; 토니는 레자와 밥을 신문하지만, 테러와의 연계 가능성에 대해 두 사람은 서로 반박한다.

니나는 잭으로부터 자신을 보호하기 위해 팔머 대통령과 거래하려 한다; 메이슨은 토니가 레자와 밥 워너를 함께 신문하기를 원한다; 케이트는 아버지의 파일에서 중요한 정보를 찾고 있는 테러범을 상대한다.

니나는 잭이 복수하기 전에 전세를 역전시키려 한다; 팔머 대통령은 테러 위협이 잘 통제되고 있다며 국민을 안심시키려 한다.

잭은 케이트를 이슬람 사원으로 데려가 테러 용의자의 신원을 확인하는 것을 돕는다; 팔머는 법적 파장에도 불구하고 로저 스탠턴을 NSA에서 제외시킬 수 있다고 생각한다; 밥 워너는 CTU에 잡혀있는 동안 난폭하게 변한다.

잭은 용의자를 조사하는 동안 생명을 위협하는 극단적인 조처를 한다. 한편, 팔머는 그 과정이 아무리 불편한들 로저 스탠턴의 신문을 멈추지 않는다.

잭과 케이트는 마리의 과거 상황을 논의한다. 한편, 잭은 여전히 킴의 행방을 염려한다; 린은 소리 높여 항의하는 쉐리 팔머로부터 무엇을 빼앗고, 무엇을 빼앗지 않을 것인지에 관해 선을 긋는다.

잭은 마침내 결정적일 수도 있는 물체를 우연히 발견한다; 팔머는 쉐리에게 고위급 간부와 연루된 것에 관해 질문한다; 메이슨은 살 시간이 얼마 남지 않은 상태에서 CTU 지도부를 변경한다.

잭은 마침내 킴과 전화 통화를 하지만, 충격적인 소식을 전해야 한다. 한편, 케이트는 마리의 테러 행위에 대한 책임을 느끼기 시작한다.

킴은 핵폭탄에서 나온 버섯구름을 먼 지평선에서 보고 아버지가 사망했다고 확신한다. 한편, CTU는 LA에서 핵폭탄을 터뜨리도록 지시하는 중동 고위관리의 테이프를 입수하고, 이에 따라 미셸은 사이드 알리를 조사한다.

잭은 사이프러스 오디오 테이프가 가짜라고 주장하는 남자를 만나는 자리에 케이트를 데려간다. 한편, 팔머 대통령과 부통령은 현재 계류 중인 군사행동에 대해 이견을 보인다.

잭은 월리스가 불필요한 전쟁을 막을 증거를 제시할 수 있도록 그를 공격군으로부터 구해내야 한다. 한편, 캘리포니아에서 핵폭탄이 터지자 팔머는 국내 소요사태에 대처하는 것을 돕기 위해 육군에 대기 명령을 내린다.

사이프러스 녹음 파일이 가짜라는 증거를 찾기 위해 잭이 여전히 애쓰고 있는 가운데, 팔머 대통령은 기습공격을 감행해 미군 사상자를 줄일 것인지, 아니면 공격을 완전히 중단할 것인지 결정을 내리지 못한다. 한편, 토니는 미셸과 캐리 사이의 불화 원인을 알아내려고 노력한다.

킹슬리의 부하들에게 고문을 당하는 잭의 목숨이 위태롭다. 그들이 원하는 건 사이프러스 녹음 파일이 가짜라는 것을 증명할 컴퓨터 칩이다. 한편, 샤펠은 토니에게 군사 공격을 지원하기 위한 정보를 계속 처리하라고 명령한다.

잭은 마침내 컴퓨터 칩을 손에 넣고, 토니와 미셸은 전쟁을 막기 위해 늦지 않게 칩의 오디오 파일에 액세스하려 한다. 한편, 팔머는 대통령직을 계속 수행하는 그의 능력에 도전하는 각료들과 맞서야 한다.

잭은 사이프러스 녹음 파일을 위조한 남자를 찾아내지만, 그를 연행하는 것에 저항감을 느낀다. 한편, 샤펠이 CTU에서 중대 발표를 한 후, 토니는 자신의 경력을 걸고 잭을 돕는다; 팔머는 중요한 협력자를 포섭하는 데 성공한다.

잭은 곧 시작될 군사 공격을 막는 데 도움을 줄 수 있는 사람을 데려가려 애쓴다. 팔머는 거짓 증거에 근거해 국가가 전쟁하려 한다는 걸 증명하기 위해 계속 애쓰는 한편, 변호사를 선임해 컴퓨터 해커를 고용한 피터 킹슬리에 관해 알아낼 수 있는 모든 것을 알아내도록 지시한다.

잭은 뜻밖의 출처를 설득해 피터 킹슬리를 쓰러뜨릴 수 있도록 도와야 한다. 한편, 노박은 새로운 정보를 알게 된 후, 사이프러스 녹음 파일이 조작된 것을 증명하기 위한 잭의 노력을 도울지 말지를 결정해야 하고, 마리와 케이트는 충격적인 시즌 피날레에서 마지막으로 한 번 더 대결할 준비를 한다.

세 번째 시즌 첫 에피소드는 시즌 2로부터 3년 후 치명적이고 전염성이 강한 독소에 목숨을 잃은 시체가 공공장소에 버려지면서 시작된다. 그러고 이어지는 요구; 악명 높은 마약왕을 감옥에서 풀어주지 않으면, 치명적인 바이러스를 널리 퍼트리겠다는 것이다. 이제는 테러 방지단에서 특수 지역 작전팀을 이끄는 잭은 초읽기를 시작한 시한폭탄과도 같은 바이러스의 위협을 추적하기 시작한다.

살라자르의 중간 배급책을 추적하던 잭과 체이스는 한 십 대가 아무것도 모르는 채 장기의 졸로 이용당하고 있다는 것을 알게 된다. 메이서 박사는 팔머 대통령에게 바이러스에 노출된 사람이 24시간 안에 어떻게 희생되는지를 보여주는데, 그 속도가 일반적인 유전자형보다 10배나 빠르다.

잭은 카일 싱어의 거주지를 찾지만, 자신도 모르게 치명적인 바이러스를 손에 넣은 카일은 사라지고 없다. 한편, 팔머 대통령이 다가오는 TV 토론에 대비하면서, 웨인은 수면 위로 떠오른 앤에 대한 심각한 혐의를 고려하라며 다그친다; CTU는 바이러스성 위협에 대처하는 데 중요한 역할을 담당하게 될 기술 전문가를 초빙한다.

잭은 테러범과 협상할 필요성을 놓고 팔머 대통령과 맞서지만, 팔머는 그렇게 하는 건 미국 국민에게 수렵 허가 기간을 선포하는 것과 같다며 거절한다. 한편, 미셸은 토니가 목숨이 위험한 상황에 있다는 것을 알게 된다.

치명적인 바이러스의 방출을 막기 위해 잭은 폭동을 일으켜 라몬 살라자르를 감옥에서 탈출시킨다. 한편, CTU는 카일 싱어를 찾는 데 더 가까워졌다; 팔머 대통령과 킬러 상원의원이 토론을 시작한다.

팔머 대통령은 잭과 관련해 생명을 위협하는 결정을 내려야 한다. 한편, 킴은 아버지의 마약 중독 사실을 알게 된다; 라이언 샤펠은 CTU를 지휘하게 된다.

잭은 포로로 잡힌 데다가 이젠 약물 중독이기까지 하다. 가엘과 테러범과의 관계를 모르는 미셸은 병원에 있는 토니를 방문하기 위해, 가엘에게 CTU에서 자신을 대신해 달라고 한다.

팔머 대통령은 잭과 토니가 국가 안보 관련 문제를 자신에게 비밀로 한 것을 알고는 심하게 질책한다. 한편, 헥터와 라몬은 잭과 어떻게 할 것인지를 놓고 격렬한 언쟁을 벌인다.

10억 달러의 가치가 있는 바이러스를 놓고, 잭과 살라자르 형제는 잭이 과거에 알던 사람인 또 다른 구매자 대표와 입찰 전쟁을 벌인다. 한편, 팔머 대통령은 웨인이 현재 웨인을 해고할 것을 요구하는 자신의 가장 큰 지지자의 아내와 바람을 피운 사실을 알게 된다.

잭이 아직 위장 신분을 유지한 가운데, 체이스를 고문해 CTU의 바이러스 장악 계획에 대한 정보를 빼내려 한다. 한편, 웨인이 해고되기를 원하는 한때의 지지자가 자신의 대통령직 수행을 방해하자, 이에 맞서기 위해 팔머는 놀라운 도움의 원천에 의지한다.

잭과 살라자르 형제는 마이클 아마도로부터 바이러스를 획득하려는 계획을 계속해 나간다. 한편, 팔머 대통령은 쉐리가 앨런 밀리컨과 싸우는 것을 돕는 대가로 정확히 무엇을 원하는지 알게 된다.

바이러스가 전달되기 1시간도 채 남지 않은 상황에서 니나는 살라자르에게 잭이 자신이 말하는 그런 사람이 아니라는 것을 이해시키려 한다. 한편, 쉐리는 앨런 밀리컨을 끌어내릴 방법을 모색한다.

체이스는 왜 자신이 바이러스를 얻기 위한 계획에 포함되지 않았는지를 잭에게 따져 묻고, 잭은 CTU 요원이 되는 데 필요한 것이 무엇인지에 대한 잔인한 진실을 설명한다. 니나는 CTU에 심각한 피해를 줄 방법을 찾아낸다.

잭은 니나를 CTU로 돌려보내고, 그곳에서 토니는 니나를 신문한다; 잭은 내무부의 조사를 받는다; 킴은 아기 문제로 체이스와 맞선다; 쉐리는 밀리컨이 사망한 사살이 알려지자 자신이 연루된 사실을 은폐하려 한다.

바이러스 테러 위협에 대한 현재 진행 중인 수사에서 핵심 증인을 갑자기 살해한 잭은 적당한 법 절차였는지에 관한 조사를 받아야 한다. 한편, 쉐리는 앨런 밀리컨과 관련해 경찰 조사를 받는다.

잭은 자신이 누구를 위해 일하고 있는지 알아내기 위해 아마도에 대한 통제를 늦춘다. 한편, 바이러스를 함유한 12개의 병 중 1개가 LA의 한 호텔에 배치되자, CTU는 해당 건물을 완전히 격리한다.

잭은 과거에 만난 적 있으나 사망한 것으로 추정된 스티븐 손더스가 자신과 관련이 있다는 것을 깨닫는다. 한편, 손더스는 팔머 대통령이 TV 기자회견을 갖도록 강요한다.

팔머 대통령은 CTU 고위 요원이 살해될 것이라고 잭에게 말한다. 한편, 호텔에서 미셸은 바이러스에 감염된 사람들에게 평화로운 결말을 제공한다.

이제 손더스가 지휘하는 상황에서, 잭은 우위를 점하기 위해 스스로 놀라움을 자아내려 한다. 한편, CTU는 가까스로 탈출한 호텔 투숙객을 바짝 추격한다.

잭이 손더스의 약점을 장악함에 따라 CTU가 우위를 점한다. 한편, 팔머는 손더스의 최근 요구에 응하지 않을 경우 두 번째 장소에서 방출될 바이러스에 대처해야 할 상황에 놓인다.

잭과 체이스는 손더스를 잡기 위해 행동을 취하고, 토니는 자신의 의무와 아내를 보호하는 것 중 하나를 선택해야 할 상황에 처한다. 한편, 팔머 대통령은 공세를 취하려는 킬러 상원의원의 계획에 대처한다.

잭은 바이러스가 더 방출되는 것을 막기 위해 손더스의 딸을 이용한다. 한편, 미셸의 목숨이 위태로워지자 토니는 스스로 문제를 해결하기로 결정한다.

손더스는 잭에게 바이러스가 들어 있는 나머지 11개의 병이 1시간 이내에 방출될 것이라고 말한다. 한편, 쉐리는 다시 한번 데이빗 팔머의 부인이 되려 한다.

잭은 체이스와 함께 바이러스가 들어 있는 마지막 병을 발견한 후 끔찍한 딜레마에 직면한다. 한편, 토니는 국가 안보를 유지해야 하는 자신의 의무보다 미셸의 목숨을 우선시했다는 이유로 사형 선고를 받을 위기에 처한다.

한때 CTU 요원이었던 잭 바우어는 CTU에서 회의를 하던 중 테러범들의 다음 목표가 자신의 새로운 상관인 제임스 헬러 국방부 장관이라는 사실을 알고는 2차 테러를 막으려 한다.

잭은 인터넷에서 공격과 관련 있는 것으로 보이는 위험한 바이러스 코드를 발견한 클로이의 친구 앤드루를 추적한다. 테러범들은 헬러를 처형할 계획을 방송한다.

잭은 테러범들이 자신을 헬러에게로 안내해 주길 바라며 필사적으로 노력하고, 클로이는 그런 잭을 몰래 돕는다. CTU는 신문을 위해 헬러의 아들 리처드는 데려온다.

베루스 아라스는 테러범의 계획에서 자기 가족의 역할에 대해 다시 생각하기 시작하고, 클로이는 자신이 잭을 도와주고 있다는 것을 드리스콜이 알게 된 후 체포된다.

잭은 테러범을 따라가고, 켈러 대통령은 헬러와 오드리가 자신들의 운명을 스스로 결정해 테러범들의 계획을 저지하기로 결정했을 때조차 과감한 대안을 제시받는다.

잭은 헬러와 오드리를 구출하지만, 그 유괴가 더 큰 음모의 일부였다는 것을 곧 알게 되고, 베루스는 자신의 행동이 아버지를 얼마나 화나게 했는지 깨닫고는 충격을 받는다.

에드가는 취약한 발전소를 오프라인으로 만들어 테러범들을 좌절시키려 하고, 잭과 오드리는 매복한다. 디나 아라스는 경찰에 가야 한다고 말하는 베루스를 구하려 한다.

잭은 어느 CTU 직원이 테러범과 한패인지 알아내기 위해 자신이 신뢰하는 유일한 사람이자 과거 CTU 요원이었던 토니 알메이다에게 도움을 청한다. 에드가는 드리스콜에게 매리앤에 관한 말한다.

베루스가 어머니를 위해 진통제를 사러 간 동안, 잭과 토니는 디나를 붙잡아 그녀가 오버라이드 장치를 찾는 것을 도와주면 베루스를 풀어주겠다고 약속한다.

나비 아라스는 테러범의 계획이 성공하는 것을 보기 위해 자신의 아들을 기꺼이 죽이려 하고, 에드가는 자신의 어머니 때문에 심란하다. 오드리는 자신의 남편이 테러범들과 어떤 식으로든 관련돼 있다는 것을 알게 된다.

CTU는 마완이라는 남자가 공격의 배후라는 것을 알게 되고, 오드리의 남편 폴은 잭을 돕기로 한다. 드리스콜은 점점 더 화를 내는 불안정한 딸을 상대해야 한다.

잭과 폴이 마완이 일했던 미국 회사에서 마완에 관한 정보를 캐내려 하자, 회사는 전자기 펄스 장치를 작동시켜 스스로 보호하기로 결정한다.

잭과 폴은 자신들이 수색 및 파괴 임무의 표적을 된 것을 알게 되고, 토니는 미셸이 드리스콜의 후임으로 나타나자 아연실색한다. 마완은 자신의 세운 계획의 다음 단계를 시작한다.

미셸은 클로이에게 전화해 CTU로 돌아오라고 하고, 테러범 감방에 침투하려는 잭과 디나의 시도는 물거품이 된다. 오드리는 아직도 남편에 대한 감정이 남아 있다는 것을 깨닫는다.

살해된 미 공군 가족에 대한 정보가 CTU의 의심을 불러일으킬 것을 우려한 마완은 미셸에게 전화해 잭과 베루스의 교환을 제안하며 주의를 돌린다.

CTU는 마완의 계획에 스텔스 전투기가 개입된 것으로 믿는데, 대통령 전용기가 무허가 스텔스 전투기와 같은 지역을 비행하고 있다는 사실이 밝혀짐에 따라 그들의 우려는 현실이 된다.

대통령 전용기가 사막에서 격추된 후, ‘핵풋볼’이 테러범들 손에 들어가지 못하게 막으려는 잭의 유일한 희망은 비행기가 추락하는 것을 본 야영객 2명에서 비롯된다.

로건 부통령은 초조한 마음으로 대통령직을 맡고, 잭은 ‘핵풋볼’에서 빠진 부분이 핵탄두의 위치를 드러낸다는 것을 알게 된다.

CTU의 마완 체포 작전을 망친 로건 대통령은 테러에 직접 대처한 적 있는 고문을 불러들이는 데 동의하고, 클로이의 첫 현장 임무는 거의 재앙으로 끝난다.

잭은 마완의 계획에 관한 정보가 있는 남자를 납치하기 위해 중국 영사관에 대한 급습을 지휘하지만, 결과적으로 벌어진 총격전은 오드리의 남편 폴에게 치명적인 파장을 몰고 온다.

CTU가 정치적 반발을 이유로 중국 영사관과 로건 대통령의 보복을 보류하려 하자, 잭과 그의 팀은 마완이 숨어 있는 공장으로 향한다.

핵탄두 발사를 막지 못한 잭은 마완을 CTU로 데려가 신문할 준비를 하고, 에드가는 리처드 헬러에게 불리한 증거를 찾아낸다.

중국인들이 비밀리에 납치를 감행하면서 토니는 테러범들의 손에 넘어가고, 무장한 탄두를 제때 격추할 어떤 희망도 점점 더 멀어진다.

잭이 탄두의 목표물이 로스앤젤레스임을 나타내는 자료를 찾지만, 로건 대통령은 정치적 곤혹을 막기 위해 잭을 중국 측에 넘기기로 한다.

전직 대통령 데이빗 팔머가 그의 동생 웨인의 아파트에서 암살당한다. 같은 시각, 과거 CTU 요원이었던 미셸 데슬러가 사망하고 토니 알메이다도 중상을 입는다. 잭 바우어가 살아 있는 걸 아는 사람 중에 이제 남은 사람은 클로이뿐. 클로이는 외곽에서 신분을 숨긴 채 살아가는 잭에게 전화를 걸어 도움을 청한다. 잭은 그들을 추격하는 자가 팔머의 암살범인 걸 알아내고, 자신이 함정에 빠졌다는 걸 알게 되는데...

잭이 살아 있는 걸 알게 된 CTU 본부장 빌 뷰캐넌은 잭을 데이빗 팔머의 암살 용의자로 지목한다. 잭은 팔머를 죽인 진짜 범인을 찾기로 결심하고, 클로이의 도움을 받아 FBI 요원들이 가득한 웨인 팔머의 아파트에 잠입해 컴퓨터에서 단서를 찾아 낸다. 영부인 마사 로건은 데이빗 팔머가 죽기 전날 그녀에게 전화해 국가 안보와 대통령의 신변 위험을 경고했다고 말하지만 통화 기록에는 전혀 다른 내용이 들어 있다. 정상 회담을 위해 도착하는 러시아 대통령이 테러의 표적이라는 정보가 입수되는데도 로건 대통령은 회담을 강행한다. 당국의 긴장 속에 러시아 대통령이 무사히 도착하고, 테러는 뜻밖의 장소에서 발생하는데...

온타리오 공항에서 인질을 잡은 테러범들은 로건 대통령에게 반테러 조약 서명을 취소하는 성명을 90분 내에 발표하도록 요구한다. 잭 바우어는 공항 안에 숨어 상황을 지켜보며 CTU에 정보를 제공한다. 로건 대통령이 테러리스트들의 요구를 거부하자 사상자가 추가되고, 인질 중 한 명인 데릭이 다음 처형 위기에 처한다. 잭은 데릭을 구하기 위해 클로이에게 기폭 장치의 주파수를 물어보는데...

잭과 연락이 끊기자 CTU는 작전을 수정한다. 베레쉬는 데릭 대신 다른 인질을 처형하고, 방송을 보는 로건 대통령은 혼란에 빠진다. 잭은 베레쉬의 강요에 의해 뷰캐넌과 커티스에게 새로운 진입 지점을 알려 주고 커티스는 팀을 재배치한다. 대통령이 조약에 서명하기 전에 CTU 팀이 진입하지 못하면 인질들의 목숨이 위험하다. 공항에 진입하기 불과 60초 전. CTU 임시 책임자 린 맥길이 잭의 통화 내용에서 강압 신호를 포착하고 작전을 중지시키는데...

전직 대통령 데이빗 팔머가 그의 동생 웨인의 아파트에서 암살당한다. 같은 시각, 과거 CTU 요원이었던 미셸 데슬러가 사망하고 토니 알메이다도 중상을 입는다. 잭 바우어가 살아 있는 걸 아는 사람 중에 이제 남은 사람은 클로이뿐. 클로이는 외곽에서 신분을 숨긴 채 살아가는 잭에게 전화를 걸어 도움을 청한다. 잭은 그들을 추격하는 자가 팔머의 암살범인 걸 알아내고, 자신이 함정에 빠졌다는 걸 알게 되는데...

데이빗 팔머를 죽게 하고 잭을 함정에 빠뜨린 사람이 월트 커밍스로 드러나자, 잭은 마이크 노빅의 도움을 받아 대통령에게 직접 말할 계획을 세운다. 커밍스는 잭의 행동을 눈치 채고, 로건 대통령에게 자신이 신경가스를 유출시켰다고 고백한다. 로건은 그의 말에 경악하지만 자신의 안위를 지키기 위해 일단 상황을 덮어 두기로 한다. 잭은 애론의 도움을 받아 대통령을 만나고 커밍스를 협박해 신경가스의 위치를 알아낸다. 하지만 신경가스가 있어야 할 컨테이너엔 가스 대신 남자의 시체만 있는데...

로건 대통령은 잭에게 신경가스를 회수할 때까지 남아 줄 것을 부탁한다. 어위크는 원격 기폭 장치를 고치기 위해 프로그래머인 로슬러에게 연락하고, CTU는 그들의 통화에서 로슬러의 위치를 포착한다. 로슬러의 지시대로 어위크가 가스통을 분해하는 동안, 잭과 CTU는 로슬러의 건물에 침투한다. 로슬러는 원하는 것을 말해 주는 대가로, 면책권과 함께 이네사라는 15살 소녀도 함께 데려갈 것을 요구한다. 잭은 로슬러와 어위크의 약속 장소로 따라갈 계획을 세우지만 뜻밖의 난관에 부딪히는데...

로슬러가 죽은 뒤 어위크가 전화를 걸어 약속 장소를 정하고 끊는다. 잭은 로슬러로 위장하고 어위크의 부하들을 만나러 간다. 추적장치가 달린 칩을 원격 기폭 장치에 장착하자, 범인들은 잭을 새로운 장소로 끌고 간다. 쇼핑몰에서 가스통 1개를 누출시키려는 것. 린 맥길은 나머지 19개통의 소재를 알기 위해, 쇼핑몰의 피해를 감수해야 한다고 주장하고, 로건 대통령의 결정을 받아 낸다. 수백 명의 희생이 예상되는 가운데, 잭은 최후의 결정을 내리는데...

비에르코가 계획 실패의 책임을 물어 어위크를 죽인다. 나단슨은 생명의 위협을 느끼고 오드리에게 전화를 걸어 잭과의 비밀 통화를 요구한다. 대통령의 질타를 받은 린은 잭을 잡아오라고 명령하지만, 잭은 나단슨에게 테러리스트에 관한 정보를 얻기 위해 커티스를 기절시키고 달아난다. 한편, 비에르코는 로건 대통령에게 전화를 걸어 수바로프 러시아 대통령을 암살하기 위해 그의 차량 이동 경로를 말하라고 요구하는데...

마사가 수바로프와 같은 차에 탄 걸 알고 로건 대통령은 당황한다. 즉각 차에서 내리도록 명령하지만 마사의 의지는 단호하다. 로건 대통령은 차를 돌릴지 말지를 놓고 갈등하지만, 결국 아내의 희생 을 택한다. 때마침 에드가와 클로이는 수바로프 차량 행렬에 대한 공격 가능성을 포착하고 린에게 보고하지만, 린은 이를 무시한다. 오드리와 커티스는 린을 일단 몰아내고, 빌 뷰캐넌을 복직시킨다. 차량 행렬이 도심에 진입하는 순간 무사히 암살을 저지한다. 잭은 센톡스 신경 가스 제조 회사인 오미크론에 잠입해 전 CTU 상사였던 크리스토퍼 헨더슨을 만난다. 헨더슨은 결백을 주장하며 센톡스 사업이 진행됐던 벙커로 잭을 안내하는데...

토니 알메이다는 의식을 회복하고 미셸을 찾지만 빌은 토니의 상태가 악화될까 봐 미셸이 죽었다는 사실을 숨긴다. 차량 행렬 공격에서 가까스로 살아남은 마사는 로건 대통령에게 냉랭한 반응을 보인다. 잭은 크리스토퍼 헨더슨의 집에 찾아가 컴퓨터에서 신경가스의 단서가 될 만한 파일을 찾지만 헨더슨의 부인인 미리엄은 잭을 불신하고 협조하지 않는다. 그 사이 시내 대형 병원에서 가스통 폭발 계획이 드러나고 커티스가 팀을 이끌고 출동한다. 하지만 몇몇 중환자들의 대피가 불가능한 가운데 가스통이 폭발하기까지 남은 시간은 겨우 1분. 한편, 린 맥길의 키 카드를 훔친 제니와 그녀의 애인은 죽음을 맞는데...?

오스트로프는 제니를 죽이고 린 맥길의 키 카드를 위조해 CTU에 침입한다. 오드리의 전화를 받고 CTU에 도착한 킴은 잭이 살아 있다는 사실을 알고 충격에 빠진다. 잭은 헨더슨의 입을 열기 위해 하이오신펜토탈을 투여하지만 헨더슨은 끝까지 대답을 거부한다. 제니가 죽은 사실을 안 린은 키 카드를 도난당한 사실을 얘기하고, CTU에 누군가 침입했음이 밝혀진다. 잭은 오스트로프의 시체에서 CTU 환기구 도면을 발견하고, 신경가스의 표적이 CTU임을 알게 되는데...

CTU의 내부에 신경가스가 누출되고 미처 밀폐된 안전 지대에 들어오지 못한 에드가는 클로이가 지켜보는 앞에서 죽음을 맞이한다. 게다가 산과 접촉한 밀폐막이 부식하면서 안전 지대에 있는 사람들도 위기에 처한다. 에어컨을 작동시켜 신경가스를 밖으로 배출할 계획을 세우지만, 환기실 컴퓨터에 켜진 프로그램부터 꺼야 하고, 그곳에 갈 수 있는 사람은 린 맥길뿐이다. 한편 미셸을 죽게 만든 헨더슨이 옆방에 있는 걸 알게 된 토니는 당장 달려가 그의 목숨을 빼앗으려 하는데...

토니가 죽고 헨더슨이 도망간 가운데, 콜레트 스텡거란 국제 기밀 브로커가 비에르코와 연락한 사실이 드러난다. 로건 대통령은 가드너 부통령의 압력으로 LA 지역에 계엄령을 선포한다. 콜레트가 비에르코에게 도면을 넘기러 간 사이, 잭과 커티스는 콜레트의 연인 테오 스톨러가 사실은 독일 정보기관 요원이며, 콜레트를 잠복 수사했음을 알게 된다. 잭은 콜레트를 넘겨받기 위해 국가 기밀인 테러리스트 명단을 주기로 한다. 콜레트를 체포한 잭은 도면 제공자의 이름을 듣고 충격에 빠지는데...

콜레트 스텡거가 용의자로 오드리를 지목하고, 잭은 오드리와 커밍스와의 관계를 알게 되면서 이성을 잃는다. 오드리를 추궁한 끝에 그녀의 결백을 믿고, 콜레트의 면책을 무효화시킬 증거를 찾아, 마침내 비에르코의 표적이 가스 공급소임을 알게 된다. 그 사이 비에르코는 가스 공급망을 통해 신경 가스를 각 가정에 배포할 준비를 하는데...

잭은 신경가스를 폭발시키고 무사히 빠져나오지만 비에르코는 혼수 상태다. 가드너 부통령은 캐런에게 CTU 인수를 서두르라고 지시하고, 잭은 헨더슨이 보호하려는 배후의 인물이 가드너일 거라고 추측한다. 웨인 팔머는 영부인 비서인 에블린이 데이빗과 이메일을 주고받은 사실을 알고 그녀를 찾아온다. 에블린은 이번 사건의 배후 인물에 대한 증거를 갖고 있으며, 증거를 넘겨야만 납치된 딸을 찾을 수 있다고 말한다. 잭은 헨더슨에게서 딸을 되찾아주고 배후가 누구인지 듣게 되는데...

잭과 웨인은 로건과 헨더슨의 통화 기록이 담긴 녹음기가 은행 금고에 있는 걸 알고 먼저 은행 지점장의 집으로 간다. 헨더슨 역시 에블린의 딸이 911에 건 전화를 포착해, 은행으로 향한다. 녹음된 통화 내용에서 팔머 암살과 테러 사건의 배후는 로건 대통령임이 밝혀지고, 잭은 헬러 국방장관에게 증거를 전하기 위해 오드리와 약속을 정하는데...

잭은 오드리와 함께 헬러 국방 장관을 만나 녹음기를 건네주지만, 헬러는 로건 대통령이 조용히 물러나게 하는 게 최선이라며 둘을 격납고에 가둔 채 로건을 만나러 간다. 로건이 캐런에게 잭 바우어 수색에서 손을 떼라고 하자, 캐런을 비롯해 마이크 노빅도 의심을 품기 시작한다. 헬러는 가드너 부통령이 보는 앞에서 로건에게 사임을 요구하지만, 로건은 녹음기를 회수했다는 헨더슨의 전화를 받고, 돌연 태도를 바꾸는데...

오드리는 팔에 부상을 입고, 헨더슨은 녹음기를 갖고 사라진다. 잭은 클로이와 뷰캐넌에게 헨더슨의 추적을 부탁한다. 마침내 헨더슨을 찾지만, 자길 죽이면 헬러 장관도 죽는다고 협박한다. 헨더슨의 부하들에게 쫓기던 헬러는 녹음기를 찾기 위해 결국 죽음을 택한다. 로건은 그레이엄이라는 또다른 인물에게서 마사를 조용히 시키라는 압력을 받고, 마사에게 자신이 팔머 암살에 연루됐음을 털어놓는다. 한편 잭은 헨더슨이 증거를 넘긴 인물을 찾아, 비행기에 몰래 들어가는데...

캐런의 도움으로 클로이는 뷰캐넌의 집에서 몰래 빠져나와 계속해서 잭을 돕는다. 항공기에 몰래 탑승한 잭은 헨더슨과 연관이 있는 한스 마이어에게 증거를 내놓으라고 추궁하지만 소득이 없다. 조종사는 비행기를 착륙시키려 하고, 잭은 15분 내로 증거를 찾지 못하면, 로건이 보낸 하수인들에게 체포될 위기에 처하는데...

잭은 부조종사에게 증거를 뺏고 다시 반나이스 공항으로 향한다. 그레이엄은 항공 조난 신호를 위조해 로건 대통령에게 비행기를 격추하도록 지시한다. 로건의 명령으로 F18기가 잭의 비행기를 쫓는 가운데, 잭은 고속도로에 간신히 착륙한다. 잭이 CTU의 도움으로 검문소를 무사히 통과하자, 로건은 모든 걸 포기하고 최후의 조치를 취하려는 순간, 새로운 지원자가 나타나는데...

마일즈의 방해로 녹음 기록이 사라지고, 비에르코가 탈출했다는 소식까지 들려온다. 로건이 한숨 돌리는 사이 CTU는 비에르코의 테러를 막기 위해 헨더슨을 이용한다. 헨더슨은 비에르코의 연락망이자 무기상인 말리나에게 자신이 직접 가겠다고 하고, 잭은 불안한 마음으로 그를 놓아 주는데...

비에르코는 러시아 잠수함에서 미사일 12기를 발사하려고 한다. 발사까지 남은 시간은 약 20분. 잭은 헨더슨과 함께 잠수함에 들어가 비에르코를 죽이고 미사일 발사를 취소시킨다. 헨더슨은 잭을 쏘려 했다가 결국 최후를 맞는다. 애론을 구한 마사는 마이크에게 진실을 말하고 도움을 청한다. 잭은 로건 대통령의 자백을 끌어내기 위해 비행장으로 향하고, 마사는 시간을 벌기 위해 로건을 유혹하는데...

잭은 부조종사로 위장해 로건이 탄 헬기에 타고, 공장으로 데려가 그의 자백을 받아내려 하지만 결국 실패한 채 체포된다. 데이빗 팔머의 영결식 직전, 마사는 그의 죄를 폭로하려 하지만 로건에게 저지당하고 협박을 당한다. 그 시간에 클로이는 법무장관과 화상회의를 열어 로건의 목소리가 담긴 녹음을 들려준다. 잭과 오드리는 마침내 재회의 기쁨을 느끼며 사랑을 확인하지만, 그 순간은 얼마 가지 못하는데…

미국 주요 도시에서 연쇄 폭탄 테러가 발생하고 시민들은 불안에 떤다. 현 대통령인 웨인 파머는 테러의 배후인 아사드를 잡기 위해 중국과 협상해 잭 바우어를 데려온다. 빌 뷰캐넌은 처참한 몰골로 나타난 잭에게, 눈물을 참으며 또 다른 희생을 요구한다. 아사드의 측근인 파예드가 아사드의 위치를 말하는 대가로 잭을 요구한 것. 잭은 명분 있는 죽음을 택하겠다며 요구를 받아들인다.클로이는 이 사실을 알고 모리스와 함께 위성으로 잭을 추적하다가 결국 들킨다. 잭을 넘겨받은 파예드는 테러의 배후는 아사드가 아니라고 털어놓는데...

파예드에게서 탈출한 잭은 CTU와 백악관에 전화를 걸어 테러의 배후는 아사드가 아니라 파예드라고 밝히지만, 파머 대통령은 아사드에 대한 공습을 명령한다. 잭은 할 수 없이 공습 직전 아사드를 구출하러 들어간다. 아메드는 파예드에게 전화를 받고 물건을 찾으러 집에 갔다가 이웃집 남자를 총으로 쏘는데, 스캇이 이 장면을 목격한다. 잭과 아사드는 파예드의 부하가 폭탄 조끼를 입은 채 지하철역으로 들어가는 걸 목격하고 이들을 추격하는데...

파예드는 팜데일 감옥에 갇힌 테러범들을 석방하지 않으면 추가 테러를 저지르겠다고 협박한다. 잭과 아사드는 CTU의 지원을 받으며 파예드의 부하를 쫓아간다. 아메드는 스캇의 가족을 인질로 잡고 레이를 시켜 물건을 받아 오게 한다. 파예드의 부하가 자살하자 파머 대통령은 결국 죄수들을 비행기에 태우라고 명령한다. 파예드의 부하가 쓰던 컴퓨터 하드드라이브에서 핵무기의 도면이 발견되고, 잭은 이제까지 있었던 모든 폭탄 테러가 바로 핵무기 때문이었음을 알게 되는데...

레이는 배달할 전자 부품을 협상 카드로 이용해서 아메드에게 가족을 풀어 주라고 말하지만 아메드는 레이의 아내만 풀어 준다. 클로이는 모리스와 마일로의 다툼을 중재하고, 왈리드는 구류 센터에서 수용자들의 대화를 엿들어 CTU에 전달해 준다. 웨인은 아사드에게 전면적인 사면을 내려 주는데 그 사실을 안 커티스는 분노를 감추지 못한다. 잭은 질리언이 알려 준 정보에 의거해 단서를 따라가지만, 파예드가 치명적인 테러 공격을 감행하는 걸 막는 데는 한 발 늦고 만다.

캘리포니아 주, 발렌시아에 핵폭탄이 떨어지고 나라는 초비상사태에 빠진다. 대통령과 장관들은 백악관 벙커로 피신해 대책 회의를 열고, CTU는 아사드를 데려와 파예드에 대한 정보를 캐려 애쓴다. 한편, 아수라장이 된 거리에서 잭은 핵폭탄이 터진 사실을 알고 뷰캐넌에게 복귀를 희망한다. 파예드가 전에 핵무기 거래 일로 러시아 장군 그레덴코와 접촉했고, 그레덴코가 또한 잭의 아버지 필립과도 거래를 했다는 사실이 알려져 잭은 아버지와 형을 9년 만에 수소문한다. 하지만 형과의 통화에서 아버지가 그 전날부터 행방이 묘연하다는 소식을 듣게 되는데...

레녹스는 사사건건 자신을 방해하는 캐런을 제거하기 위해 만반의 준비를 한다. 드디어 증언을 할 사람들까지 확보가 되자 캐런을 협박하고, 불법적인 일이 아니었음에도 자신과 뷰캐넌의 꼼짝 못할 궁지에 몰린 것을 간파한 캐런은 사임장을 제출한다. 한편, 잭은 그레이엄을 고문한 끝에 아버지가 매카시의 사무실로 갔다는 걸 알아내고 시미 밸리로 향한다. 잭은 그곳에서 아버지 필립과 마주치고, 더 큰 희생을 막기 위해 CTU에 모든 정보를 알리려 한다. 그레이엄은 필립과 잭 모두를 총으로 위협해 끌고 나가는데...

그레이엄이 테러범의 활동에 관여한 사실이 드러나자 잭 가족의 신뢰는 깨질 위기에 처한다. 파머 대통령은 레녹스가 제안한 강경책을 논의하기 위해 내각 회의를 소집한다. 요원들은 매카시가 파예드에게 새로운 엔지니어를 넘겨주기로 한 사실을 알고, 모리스로 하여금 엔지니어의 사진 파일을 복구하게 한다. 모리스는 동생의 심각한 부상 소식을 접하고 작업을 끝내자마자 병원으로 향한다. 그러나 매카시의 함정이었음이 밝혀지고, 모리스는 매카시에게 납치된다. 한편 그레이엄이 심한 고문을 당하고 파머 전 대통령의 암살을 자백하자, 아버지 필립은 위기감을 느끼는데...

모리스를 납치해 파예드에게 넘기려는 매카시를 잡기 위해 치열한 수색전이 펼쳐진다. 그러나 미처 파예드를 만나기도 전에 매카시는 7백만 달러를 가로채려는 자신의 여자 친구한테 살해당한다. 모리스를 넘기고 돈을 독차지하려던 리타마저 파예드에게 살해당하고, 고문을 견디다 못한 모리스는 결국 파예드가 원하는 대로 폭탄을 작동시킬 재프로그래밍 장비를 만들어 준다. 테러범의 은신처를 찾아낸 잭과 작전 팀은 모리스를 구하는 데는 성공하지만 결국 또 다시 파예드를 놓치고 만다. 한편, 미국 내 이슬람 공동체의 힘을 빌려 파예드를 잡아 보려는 대통령의 정책을 못마땅하게 여기던 레녹스는 결국 사임할 결심을 한다. 그러나 그에게 접근한 리드는 부통령을 위시한 세력이 무언가 음모를 꾸미고 있음을 암시하고...

모리스는 파예드에게 핵무기를 장착해 준 것에 대해 죄책감으로 괴로워한다. CTU는 파예드가 전 소련 장성 그레덴코의 도움을 받아 핵무기를 입수한 사실을 포착하고, LA에 와 있는 그레덴코를 찾기 위해 총력을 다한다. 매릴린은 그레이엄이 러시아인과 얘기한 기억을 떠올리고, 잭과 함께 그 집을 찾아 나선다. 리드는 레녹스를 종용해 파머 대통령의 일정을 빼내라고 요구한다. 필립은 매릴린에게 전화를 걸어, 잭을 다른 주소로 데려가지 않으면 조시를 해치겠다고 협박하는데...

매릴린이 말한 장소에서 기습당한 잭은 매릴린을 다그치고, 그레덴코가 아닌 아버지가 꾸민 짓임을 알게 된다. 매릴린은 잭이 시키는 대로, 조시를 보기 전까진 그레덴코의 위치를 말하지 않겠다고 하고, 필립은 드디어 자기의 위치를 말해 준다. 톰은 파머 대통령이 여전히 자기를 신임하는 걸 알고 암살 계획을 중단시키려다 리드에게 공격을 당한다. 모리스는 자책감을 이기지 못하고 3년 만에 술을 마시고, 옆에서 지켜보는 클로이는 불안하기만 하다. 잭은 필립이 조시를 놔주는 대가로, 총 없이 홀로 들어가 아버지와 마지막 대화를 하는데...

가택 연금 중인 로건은 러시아 총영사인 마르코프가 그레덴코의 연락책이며, 자기가 직접 그와 만나 그레덴코의 행방을 찾겠다고 잭에게 제안한다. 파머는 어쩔 수 없이 로건의 임시 방면을 허락한다. 리드의 도움으로 벙커에 들어온 카슨은 레녹스가 보는 앞에서 폭탄을 조립한다. 마침내 아사드의 연설 시간이 다가오고, 리드는 연단에 폭탄을 심어 두고 유유히 빠져나오는데...

캘리포니아 참사를 일으킨 테러범 파예드와 러시아인 그레덴코와의 관련성을 알게 된 잭은 그레덴코의 소재를 찾기 위해 동분서주한다. 가택 연금 중이던 로건 전 대통령을 통해 LA 러시아 주재 총영사 마르코프가 그레덴코와 절친한 사이라는 것을 알게 된 잭은 러시아 영사관으로 숨어들어 마르코프를 인질로 잡는다. 한편, 파머 대통령이 부상으로 의식을 잃은 사이 다니엘스 부통령이 대통령 직무를 수행하게 된다. 레녹스의 강경한 테러 대응책을 지지했던 그는 기회를 놓치지 않고 대국민 연설을 통해 새로운 정책 추진을 약속하는데...

잭은 러시아 영사관에서 빠져나오지 못하고 숨어 있고, 뷰캐넌은 새로운 요원 마이크 도일을 데려와서 러시아 영사관을 공격하여 마르코프를 생포할 계획을 세운다. 그레덴코는 새로운 핵무기 발사를 준비한다. 한편 다니엘스 부통령은 중동 국가의 대사를 불러, 테러범 소탕을 돕지 않으면 항공모함으로 공격하겠다고 위협한다. 로건 전 대통령은 전부인 마사에게, 러시아 영부인에게 전화하여 대통령으로 하여금 마르코프 영사를 설득하게 해 달라고 부탁한다. 그런데 분노에 찬 마사가 칼을 휘둘러, 로건은 중태에 빠진다.

러시아 영사관에서 구출된 잭 바우어는 파예드와 그레덴코가 섀도밸리에 있다고 알린다. 그러나 그레덴코는 이미 섀도밸리에서 비행체 한 대에 핵폭탄을 적재해 발진시키고 탈출한다. 인공위성으로 비행체의 위치를 추적하던 CTU는 갑자기 비행체가 사라지자 원인을 찾던 중 나디아의 자리에서 위성 데이터가 비행체로 중계되고 있음을 알아낸다. 한편, 부통령은 미국 땅에서 또 다시 핵폭탄이 터질 경우 똑같은 군사적 대응을 할 거라고 경고하는데...

캐런은 부통령의 공격 계획을 막기 위해 샌드라를 설득하여 웨인을 깨우게 한다. 한편 도일은 나디아의 결백을 증명할 증거를 발견하지만, 그 진위를 파악하는 동안 마일로부터 은폐하려 했다는 비난을 듣는다. 잭은 그레덴코에게 보안 스펙을 넘겨준 하우저 형제를 만나, 그레덴코를 생포하는 데 성공한다. 부통령은 중동 폭격 공격을 진행하지만, 막판에 뜻밖의 중지 명령을 받는데...

부통령의 주장에 따라 대통령 직권 유지에 대한 내각 투표가 진행되고, 7 대 7 동표가 나오자, 부통령은 캐런의 표가 무효라고 주장한다. 대법원에 최종 판결을 맡기는 동안, 잭은 드미트리가 요구한 사면서를 전달하고, 파예드에게 전화를 걸어 약속을 잡게 한다. 파머는 의사의 경고에도 불구하고 또다시 아드레날린 주사를 맞는데...

톰과 캐런의 반대에도 불구하고 파머 대통령은 미사일 발사를 명령한다. 대사는 황급히 전화를 걸어 하비브 장군에 대한 정보를 제공한다. 파머는 그제서야 미사일 공격을 취소하고, 대사의 협조를 이끌어내기 위한 속임수였음을 모두들 알게 된다. 파예드가 입을 열 기미를 안 보이자, 잭은 다른 작전을 생각해 낸다. 파예드를 CTU로 이송하는 동안, 갑자기 하비브의 부하들이 나타나 파예드를 구출하는데...

쳉은 잭에게 오드리를 풀어 주는 대가로 러시아의 핵폭탄에 든 회로 기판을 가져오라고 요구한다. 회로 기판이 있으면 중국이 러시아의 군사 기밀을 빼낼 수 있기 때문. 잭은 오드리를 구하기 위해 대통령을 설득하고 절대로 부품을 중국에 넘기지 않겠다고 약속한다. 웨인은 잭의 공로를 인정해 어렵게 허락하지만, 기자 회견을 하다가 갑자기 쓰러지고 만다.

잭이 회로 기판을 갖고 도망치자, 도일과 CTU는 총력을 다해 그를 추적한다. 한편 2년 전 빌이 파예드를 석방한 사실을 법무부 수사관까지 알게 되자 캐런은 전전긍긍하고 톰은 빌이 사임해야 한다고 주장한다. 캐런은 어쩔 수 없이 빌에게 상황을 털어놓고, 빌은 캐런의 태도에 상처를 받은 채 나디아에게 권한을 넘겨주고 CTU를 나온다. 잭은 건물에 폭탄을 설치해 놓고 만반의 준비를 한 다음 쳉을 기다린다. 하지만 뒤따라온 도일이 CTU 기동대를 부르면서, 계획이 틀어지는데...

오드리는 중국에서 받은 충격으로 입을 안 열고, 잭이 먼저 얘기해 보겠다고 부탁하지만 아무도 듣지 않는다. CTU 본부에서 온 정신과 의사가 약물 치료로 그녀의 입을 열려고 하자 도일이 말린다. 한편 중국이 부품을 가져간 사실을 러시아가 알게 되고, 러시아 대통령은 부품을 되찾지 못할 경우 군사적으로 대응하겠다고 위협한다. 톰이 조사한 결과 리사 밀러가 로비스트인 비숍과 깊은 사이임이 드러나고, 다니엘스는 충격에 빠지는데...

톰은 리사를 시켜, 미국이 부품을 회수한 것처럼 비숍이 믿게 하도록 지시한다. 리사는 긴장한 상태로 비숍을 만나지만 비숍은 좀처럼 그녀를 놔주지 않는다. 한편 오드리가 말한 블룸필드 공장으로 현장 팀이 출동하지만 쳉은 이미 도망친 상태. 이때 CTU의 통신망이 갑자기 불통되고, 쳉의 부하들이 CTU를 장악한다. 갑작스런 기습에 CTU는 속수무책이고, 마일로는 나디아를 구하려고 나섰다가 희생되는데...

잭은 CTU를 장악하고 직원들을 인질로 잡은 쳉의 부하들로부터 사람들을 구하려고 안간힘을 쓴다. 회로 기판을 고쳐 주는 대가로 조시를 필립에게 넘기려 하는 쳉을 막고 조시를 구하는 데 성공하지만, 쳉은 놓치고 만다. 레녹스는 리사와 비숍을 감시하면서 비숍이 러시아에 가짜 이메일을 전송하기를 기다리는데, 상황이 계획과 정반대로 전개되면서 리사가 부상을 당한다. 다니엘스는 러시아 대통령을 속이려 하지만 비숍의 아파트를 감시하고 있던 러시아측은 이미 미국 정부의 술수를 알고 있다.

부통령은 필립 바우어의 제안에 따라 조시와 회로 기판을 교환하기로 하고, 잭 바우어를 임시로 구금할 것을 명령한다. 잭은 캐런 헤이즈에게 연락해 아버지는 조시와 회로 기판을 둘 다 차지하려는 속셈이라며 그를 믿지 말라고 경고한다. 캐런은 고심 끝에 잭을 지원하기로 마음 먹고, 빌에게 연락을 취한다. 한편, 필립은 잭의 예상대로 가짜 회로 기판을 준비해 도일을 공격하고 조시를 빼내는 데 성공하는데...

CTU는 필립이 숨은 장소를 알아내고 다니엘스는 러시아를 진정시키려는 절박함에 공습을 명령한다. 잭과 빌은 전투기가 표적을 맞히기 전에 단둘이 조시를 구하러 간다. 레녹스는 다니엘스에게 빌과 캐런을 사면해 주라고 설득한다. 클로이는 모리스에게 놀라운 소식을 전해 주고, 매릴린은 CTU에서 조시와 상봉한다.

미국 최초의 여성 대통령이 탄생한 워싱턴 D.C. 아이들을 구하기 위해 미국으로 강제 송환된 잭은 CTU 시대의 지나친 수사에 대해 공청회에서 엄격한 추궁을 받고 있었다. 그 동안 FBI의 여성 수사관 르네 워커가 나타나 잭은 인프라 보호 시스템의 설계자인 마이클 레이섬 납치 사건의 수사 협력을 요청받는다.

토니 일당은 관제 센터를 제어 불능으로 하고, 관제원을 치고 JFK 공항 도착의 민간기 2기를 유도. 센터로부터 연락을 받은 FBI는 전례가 없는 사태에 대처법이 발견되지 않고 있었다. 적에게 행동을 알려진 잭은 FBI 내부에 내통자가 있어야 한다고 르네에게 말하지만, 그녀는 잭의 이야기에 귀를 빌려주지 않고 잭을 차에 닫는다.

FBI에서는 토니에 대한 심문의 준비가 진행되고 잭은 자신이라면 토니로부터 이야기를 들을 수 있다고 모스 지국장을 설득한다. 하지만, 진상을 좀처럼 말하지 않는 토니에 격고해 목을 마무리하면, 토니는 작은 소리로 “딥 스카이”라고 속삭인다. 토니를 죽인 것으로 간주되어 별실로 데려온 잭은 어느 곳에 전화를 한다. 전화 상대는 CTU 시대의 상사 인 빌 부캐넌이었다!?

FBI에서는 도주한 잭들을 필사적으로 추적. 한편, 잭은 클로이가 기다리는 은신처에 도착. 부캐넌과 토니는 잭에게 경위를 말하고 주마에 가담하는 정부 내의 음모를 폭로하기 위해서는 국내에서 듀박을 잡는 것이 중요하다고 설명한다. 그리고 의심되지 않도록 토니를 다시 잠입 수사로 되돌리려면 자신의 도움이 필수 불가결하다고 잭은 깨닫는다.

FBI로부터 테러리스트에 의한 공저 습격의 긴급 연락을 받은 마토보 부부는, 잭들의 습격 직전에 핵 쉘터에 피난. 잭들은 대피소를 벌려 열려고 하지만 안에서만 문은 열리지 않는다. 게다가 배후에는 FBI가 다가오고 있다. 위협이 효과가 없는 마토보 총리에게 잭은 암모니아 가스를 사용해 넘쳐나려고 한다.

잭이 능숙하게 탄을 떼어냈지만 에머슨의 지시로 묻힌 르네는 한발로 부카난과 클로에로 구출, 소생된다. 비행장에 도착하면 토니의 배신을 알고 있던 에머슨은 잭에 총구를 밀어붙인다. 토니는 어쩔 수 없이 형제처럼 당황하는 에머슨을 쏘고 잭을 구출. 잭은 마토보 부부에게 진상을 알리고 듀박을 잡기 위해 이대로 인질로 그의 곁에 가달라고 부탁한다.

FBI에서는 쟈니스가 듀박의 공격에 대해 검증하고 침입의 코드 패턴을 발견. 그것을 의지하여 다음 표적을 분석하는 도중, 오하이오주 키드론 교외의 화학 공장에 이변이 있다는 것을 깨닫는다. 공장장에게 연락하면 독성이 강한 농축 살충제의 메인 탱크를 닫을 수 없어 압력이 상승, 이대로는 대기 중에 유출된다고 한다. 유예는 15분 이내. 유출되면 인구 3만명 중 절반 이상이 사망하게 된다.

대통령은 회견을 실시해, 테러에게는 결코 굴하지 않는, 방금전 산가라 해방 작전을 개시했다고 표명. 그 후 무사 테러리스트들의 손에서 생환한 마토보들과 면회. 대통령은 잭으로부터 정부 내부의 자가 주마 정권과 짜, 외교 정책을 방해하고 있다고 들려진다. 반신반의 대통령이었는데 거기에 듀박으로부터 “헨리를 납치했다. 남편을 죽게 하고 싶지 않으면 즉 상가라에서 철수하고 4시까지 마토보를 인도하라”고 연락이 들어간다.

식료품점에의 습격은 성공했지만, 헨리는 가슴에 피탄해 중증을 진다. 게다가 듀박도 현장에는 이미 없었다. 잭은 듀박이 국외로 나갈 생각이라고 보고 단서를 찾는다. 잭으로부터 보고를 받은 대통령은 즉시 병원으로 가려고 하지만 밖에서는 지킬 수 없다고 보좌관에 멈추어 부캐넌이 호위를 제기한다.

듀박의 손끝은 쟈니스가 아닌 숀이었다. 숀의 동료로 애인의 에리카도 손을 빌려주었다. 모스가 경찰의 오해를 풀고 석방된 잭과 르네는 차를 폭주시켜 듀박 일당의 차로 갈아타는 마리카를 필사적으로 추적한다. 그러면 차내의 마리카가 운전자에게 방해를 가해, 차는 크래쉬. 잭은 의식을 잃은 듀박을 구출 구속. 르네는 잭의 지시를 무시하고 불이 오르는 차내에서 마리카를 도와주려 한다.

병원으로 이송되고 있던 듀박의 용체가 급변해 숨을 끈다. 그 무렵, 산가라에서는 미군 압승의 전황 속, 주마 장군의 성명이 세계 방영된다. 주마는 미군 개입 전에 본국에서 모습을 느끼고 있었다. 한편, FBI에서는 파일에 있던 리스트의 이름을 클로이가 인덱싱 중이며, 일제 검거를 향해 사기를 높이고 있었다. 그런 가운데, 클로에에게 잭으로부터 전화가 들어, 「리스트에 있는 메이어 의원의 비서 버넷의 이름을 소거해 줘」라고 말해진다.

테러의 표적은 관저였다. 휴대전화를 물로 안 버린 르네는 어떻게든 FBI에게 이 사실을 알리려고 하지만 적 중 한 명에게 발견되어 쫓기는 몸. 그 무렵, 주마들은 관저로 통하는 수로를 통해 건물 지하에 잠입하고 있었다. 구류된 잭은 부캐넌에게 “자신을 대신해 버넷을 재심문해 무엇이 무엇이든 표적을 토해 줘”라고 부탁하지만, 부캐넌은 자신에게는 무리다고 죄송하게 거절한다.

잭과 대통령은 그만두지 않고 문을 열고 투하, 인질에 합류한다. 하지만 그 직전 잭은 피난실에 있던 메탄가스의 밸브를 열어왔다. 잭은 부카난에게 자신이 몸을 띄워 폭발을 일으키기 때문에 그 혼란을 곱하여 대통령을 구출하도록 귀를 찔렀다. 부캐넌에게 준비를 촉구하지만, 부캐넌은 "주마를 쓰러뜨려도 테러는 이어진다. 네가 부탁의 줄다"라고 말해 남겨, 피난실에 뛰어들어 총을 발포, 스스로의 생명과 교환에 폭발을 일으킨다.

병원에서 도주한 잭은, 빌린 감시 카메라의 영상으로부터 자객의 남자를 찾아내, FBI의 르네에게 연락. 정직처분이 되었다고 하는 르네에게 협력을 부탁해, 이미지를 보낸다. 남자는 스타크우드에서 일하는 존 퀸이라고 알 수 있다. 주마와의 연결은 불분명하지만, 스타크우드를 조사하고 있던 메이어 의원이라면 알고 있을지도 모른다고 르네에게 말해져, 잭은 메이어 집에. 한편, 관저에서는 케닌이 버넷 살해의 경위와 실태를 대통령에게 보고한다.

생물 무기는 이미 국내에 도착하고 있다고 알게 된 잭은 토니에게 연락하여 항구로 향한다. 잭은 항만국의 경비원을 잡고 금을 위해 그들의 이야기를 탄 것을 들었다. 거기에 범인들이 도착해, 목적의 컨테이너가 있는 장소에 향해, 트럭에 적재할 준비를 시작한다. 짐을 확인한 토니는 잭에게 차로 돌아오라고 제안하지만, 잭은 그 자리에 머물러 경비원의 생명을 구한다. 결과, 2명의 존재가 적에게 알려져 격렬한 총격전이 된다.

CDC는 가스를 받은 잭을 검사. 그 무렵, 탈회한 무기와 납치한 토니를 태운 헬기는, 흑막 조나스·호지스가 기다리는 스타크우드에. 호지스는 수하들에게 급하게 무기를 넣도록 명령한다. 관저에서는 대통령이 올리비아를 임시 수석 보좌관으로 임명. 거기에 모스로부터 잭의 무고와 산가라에서 제조된 생물 무기의 보고가 들어간다. 케닌과 잭의 정보를 기자 코리아에 누설한 올리비아는 신경이 쓰이지 않는다.

시튼의 행동은 무기를 넣기 위한 시간 벌이었다. 호지스의 용병 부대에 포위된 모스들은 손도 발도 나오지 않고 발 멈춤 상태. 그러나 FBI에 있는 잭이 메이어 의원의 파일에서 돌파구를 찾는다. 잭은 스타크우드의 회장인 더글러스 노울즈에게 연락하여 협력을 부탁한다. 그리고 양동작전에서 토니를 놓치고 다른 사람은 인양하도록 지시한다. 남은 토니는 노울즈와 어우러져 무기가 있을 곳으로 향한다.

옵션이 없는 대통령은 즉시 공폭 중지를 명령. 하지만 진상을 모르는 각료나 잭들은 갑작스러운 중지 명령에 납득할 수 없다. 그럴 때 스타크우드에서 끌어내려고 했던 토니가 현장에 지대지 미사일이 있다는 것을 깨닫는다. 잭은 즉 대통령에게 연락하여 미사일의 파괴허가를 요구한다. 그러나 호지스에게 위협받고 있는 대통령은 공개적으로 허가를 낼 수는 없다. 잭은 대통령의 입장을 살펴보고 극비로 파괴 계획을 진행시킨다.

용병은 토니의 동료였습니다. 토니는 무엇인지 모스를 죽이고 용병을 놓친다. 한층 더 스스로를 쏘고, 적으로부터 기습된 것처럼 치장한다. 한편 FBI에서는 용병이 전 특수부대 로버트 가르베스로 판명, 긴급 준비를 깔았다. 그 직후, 모스의 죽음이 르네에게 알려지며, 르네는 충격을 받으면서도 동요를 숨기고, 모스를 대신해 지휘를 한다. 잊기 전에와 사건 일련의 경과를 수사관에게 말하고 있던 잭은 사정을 듣고, 현장으로 향하는 르네에 동행한다.

치료를 받은 잭은 마히한 목에서 목소리를 짜내고, 르네에게 공범자가 토니임을 알리고 긴급 준비한다. 토니는 수사망을 돌파하고 폭파의 혼란에 빠져 도망친 갈베스가 기다리는 모텔에. 탐사하는 가르베스를 죽이고 변호사를 치고 호지스에게 약을 건네준 여자를 기다린다. "빨리 배달하지 않는다"고 말하는 여자에게, 토니는 "연중에게 건네도 반년은 사용하지 않는다. 그 용기를 사용해 지금 해야 한다"라고 응해, 그녀에게 조직을 설득시킨다.

토니의 일당은 집에 있던 지브란을 잡아 동생 해미드의 생명과 교환하여 지브란을 뜻대로 조종한다. 테러의 수모자에게 완성하기 위해 증거를 날조, 그리고 성명을 읽고 녹화하기 시작한다. 그 당시 FBI에서는 표적의 범위를 넓히고, 클로이가 의심스러운 은행 계좌 거래에서 타겟이 지브란임을 잡았고, 잭과 르네는 지브란의 신원 보증인 고하르에게. 모르겠다고 말하는 고하르를 잭이 엄격히 추궁한다.

토니들은 작전을 결행. 동생의 무사를 모르는 지브란에 무선 탐지기를 붙여 지하철로 워싱턴 센터역으로 향하게 한다. 그동안 토니의 친구인 예의 여자가 살포를 최대화하기 위해 용기를 개량한 생물무기를 가지고 지하철로. 이대로라면 약 1만명의 통근자가 병원체에 노출되게 된다. 한편, 잭은 고통에 시달리는 감시를 힘차게 심문, 토니로 이어지는 긴급한 번호를 토해 전화를 탐지한다.

잭은 칼라의 명령으로 토니를 놓치기 위해 호송차를 탈취합니다. 놀라운 르네에 대해 김의 생명이 노리고 있는 일을 이야기하고 잭은 토니들에 의해 아지트에게 연행된다. 토니들은 잭의 체내에서 병원체를 채취하여 생물 무기를 다시 만드는 것을 목표로 하고 있었다. 잭의 병원체가 이용 가능하다는 것을 알고, 칼라는 윌슨에게 상황을 보고한다. 그동안 잭은 틈을 뚫고 아지트에서 도주한다.

케닌과 피어스는 올리비아를 방문해 그녀가 마틴에게 호지스 살해를 의뢰한 대화의 녹음 데이터를 들려준다. 그 무렵, 잭은 다시 토니에 붙잡힌다. 토니는 미셸 죽이기의 범인을 조사하는 과정에서 윌슨의 조직을 알고 일련의 행동은 그들을 물리 치기위한 것이었다고 말한다. 토니는 잭의 병원체를 먹이로 윌슨을 몰아넣고, 윌슨에 가까워진 곳에서 잭의 배에 감겨진 폭탄을 폭발시키려고 했다.

테일러 대통령과 하산 대통령의 역사적 중동 평화 협상이 성사되는 동안, 잭 바우어는 외손녀 테리와 평화로운 나날을 보내고 있다. 잭은 이날 저녁 딸의 가족과 LA로 이사를 떠나기 위해 짐을 싸는데, 갑자기 총에 맞은 빅터 아루즈가 들이닥친다. 빅터는 이날 유엔 본부에서 하산 대통령에게 암살 시도가 있을 거라 말하며 자신을 CTU에 보내 달라고 한다. 잭은 CTU에 연락해 정보를 알리고 빅터를 데리고 가는 도중 총을 가진 두 명에게 쫓기게 되는데...

잭은 빅터에게서 하산 대통령의 측근 중에 암살범의 스파이가 있다는 정보를 듣고 헤이스팅스에게 전한다. 데이나는 유엔 서버를 무단 침입한 흔적으로부터 IP주소를 발견하고 추적 결과 메레디스 리드임을 알게 된다. 헤이스팅스는 리드가 용의자라고 단정짓고, 그녀가 하산 대통령과 만나려는 찰나에 그녀를 체포한다. 한편 너무나 빨리 진행되는 수사에 클로이는 리드가 범인이 아닐 거라 직감하고 잭에게 헤이스팅스를 설득해 달라고 부탁한다. 잭 역시 뭔가 이상한 걸 느끼지만 가족과 LA로 떠나기로 한 약속 때문에 클로이의 부탁을 거절한다. 그러나 킴이 잭에게 남으라고 하자 잭은 클로이와 한 팀이 되어 CTU 몰래 리드의 아파트에서 나온 수상한 남자의 행방을 쫓기 시작하는데...

CTU는 리드의 컴퓨터에서 회수한 암호화된 파일을 해독하는 데 집중하고 잭은 혼자서 다른 용의자를 찾으러 나선다. 다브로스는 짐 경관에게 유엔 경비 근무를 자신과 바꾸도록 협박한 뒤 이들 부부를 죽인다. 한 발 늦게 도착한 잭은 범인으로 오인돼 경찰에게 전기총 습격을 당하고 쓰러진다. 메레디스는 헤이스팅스의 취조를 못 견디고 하산 대통령과의 관계를 털어놓고 잭과 연락이 끊긴 클로이는 헤이스팅스에게 도와 달라고 하자 메레디스의 증언을 하산 대통령에게 확인 받으면 지원을 해 주겠다고 한다. 한편 경찰로 위장한 다브로스가 유엔 건물에 잠입하는 동안 잭은 경찰에게 붙잡혀 고문을 당하는데...

콜의 도움으로 하산은 무사히 살아남고, 암살범이 콜을 죽이려는 찰나 잭이 막는다. 한편 정체가 들통나게 된 파하드는 CTU 요원을 죽이고 도망친다. 암살범의 몸에서 고농축 우라늄이 발견되자 하산은 파하드가 러시아 사람들로부터 우라늄 제의를 받았다고 말한다. 헤이스팅스는 6년 전 러시아 갱단에 위장 잠입했던 르네를 불러들이고 다시 잠입하라고 부탁한다. FBI에서 파면된 후 인생을 포기하다시피 한 르네는 순순히 동의하고, 이를 본 잭은 르네와 같이 잠입하겠다고 하는데...

잭은 르네의 거친 행동에 놀라 작전을 중단하자고 설득하지만 르네는 말을 듣지 않는다. 결국 르네는 지야와 함께 블라디미르가 있는 곳으로 가고, 잭은 걱정스런 마음으로 그녀의 뒤를 따른다. 오마르는 이슬람 공화국 수도에 군대를 풀어 쿠데타 가담자들을 잡아들이고 테일러 대통령은 이에 강한 우려를 표한다. 바자예프의 아들 조셉은 방사능에 노출돼 죽어가는 동생을 살리기 위해 아버지의 반대에도 불구하고 의사를 찾아간다. 한편 지야와 르네는 갑작스러운 둘의 방문이 달갑지 않은 블라디미르의 의심을 사는데...

잠입에 성공한 르네는 블라디미르에게 바이어를 소개하고, 블라디미르는 선금 500만 달러를 요구한다. 잭은 바이어로 들어가서 르네를 빼내기로 헤이스팅스와 합의를 보고, 위장을 준비한다. 아버지 몰래 올렉을 병원에 데려간 조셉은 의사를 협박해 치료하게 만든다. 한편 영국을 비롯한 평화 협상 참가국들은 이슬람 공화국의 무력 진압에 반기를 들지만 하산은 뜻을 굽히지 않고 심지어 대표단 위원인 자못마저 체포하도록 해, 평화 협상을 위기로 몰아가는데...

블라디미르를 만나러 간 잭은 르네에게 작전에서 빠지라고 하지만 르네는 듣지 않는다. 블라디미르는 연료봉을 알 만한 사람들에게 전화를 돌리지만 다들 모른다고 한다. 하산은 자못의 입을 열기 위해 그의 가족까지 잡아들여 고문하라고 명령하고, 경호원인 타린은 그에게 충언을 하지만 결국 잡혀가는 신세가 된다. 한편 데이나는 케빈과 닉을 증거실로 들여보내지만, 둘은 제때 빠져나오지 못하고 급기야 경찰에게 걸리고 마는데...

케빈이 약속을 어기고 제니에게 계속 동업하자고 윽박지르고 닉까지 정체를 폭로하겠다고 협박하자 제니는 안절부절 못하고 알로는 그녀를 의심한다. 추적이 끊긴 채 바자예프에게 끌려간 잭은 모진 고문을 당하고 바자예프는 파하드에게 연료봉 운반을 일시 중단했다고 말한다. 파하드가 버럭 화를 내자 조셉은 약속 장소에서 기다리라며 파하드를 끌고 나간다. 카일라는 오마르를 찾아가 타린을 왜 체포했냐며 따지지만 오마르는 오히려 더 화를 낸다. 한편 바자예프의 부하에게 고문을 당하던 잭은 드디어 기회를 얻는데...

바자예프는 조셉에게 돌아오라고 설득하지만 파하드와 사미르는 조셉을 죽이고 연료봉을 가로챈다. 사미르는 연료봉을 유출시키기는 틀렸다며 대신 뉴욕을 공격하자고 하고 파하드는 마지못해 동조한다. 비서실장 롭은 작전 실패의 책임을 르네에게 뒤집어 씌우려고 법무부에서 사람을 보내 르네를 기소하게끔 한다.헤이스팅스는 내키진 않지만 롭의 말을 따르고, 뒤늦게 CTU에 도착한 잭은 르네를 빼내려 하지만 이미 늦은 뒤다. 한편 데이나는 케빈과 닉을 죽이기 위해 잠복하고 이때 콜이 나타난다. 데이나는 콜에게 진실을 털어놓고, 콜은 결단을 내리는데...

잭은 CTU 작전팀을 이끌고 파하드를 찾으러 창고로 달려가고 파하드는 부상당한 채 이들을 기다린다.테일러 대통령은 하산 대통령에게 미국내 공작원들의 신상 파일을 요구하고, 하산은 파일을 제공한다. 한편 타린은 대사관으로 이송 중에 탈출에 성공하고 카일라는 타린을 만나러 간다.잭은 죽은 파하드를 미끼로 테러범들을 찾기로 하고, 테일러는 일단 유엔에 있는 사람들을 대피시키지만 하산은 딸을 찾기 전까진 나갈 수 없다고 버티는데...

마르코스는 병원 압력실에 들어가 폭탄 조끼를 수동으로 재설치한다. 잭은 마르코스를 설득하려고 안간힘을 쓰지만 듣지 않자, 그의 어머니를 부른다. 시체를 유기하고 CTU로 돌아온 콜과 데이나는 한숨 돌리지만 케빈의 보호 감찰관이 데이나에게 연락하자 또다시 안절부절한다. 한편, 타린과 호텔방에 있던 카일라는 엄마에게 전화가 걸려오자 받으려고 하지만 타린이 받지 못하게 한다. 잭은 마지막수단으로 엄마를 죽이겠다고 마르코스를 협박해 압력실에서 나오게 하지만 폭탄 원격 제어기가 가동되는데...

CTU가 호텔로 가는 사이, 카일라는 어떻게든 시간을 끌어 보지만 결국 타린에게 끌려간다. 사미르는 하산에게 연락해 파일 33을 주지 않으면 카일라를 죽이겠다고 협박한다. 파일 33은 하산이 수집한 미국의 핵 안보 비밀 자료로, 잭은 절대 넘겨 줘선 안 된다며 카일라를 찾으러 간다. 카일라는 타린에게 살려 달라고 설득하고, 타린은 결국 그녀를 탈출시키는데...

EMP 장치의 공격으로 CTU의 모든 시스템이 다운되고, 잭은 안보국에 연락해 도움을 청한다. 그러나 테러범들을 눈앞에 두고 통신방해로 연락이 두절되고 잭과 콜, 오웬 등은 고립된 채 적과 교전하는 사이 사미르와 타린은 배에 연료봉을 싣고 강을 건넌다. 한편 CTU 시스템 복구를 위해 안보국 요원이 파견되고 클로이는 그에게 더 빠른 방법을 제안하지만 묵살당한다. 잭이 위험하다고 느낀 클로이는 르네에게 도움을 청하고 급기야 총을 꺼내드는데...

연료봉은 결국 맨해튼에 유입되고 사미르는 데이나의 도움을 받아 추적을 피한다. 테일러 대통령은 잭에게 유엔에서 하산과 그의 가족을 대피시키도록 부탁한다. 테일러 대통령은 안보회의를 소집하고 이때 사미르가 전화를 걸어 1시간 내로 하산을 넘기지 않으면 뉴욕 시내에 방사능 폭탄을 터뜨린다고 협박한다. 비서실장 롭은 요구를 들어주자고 하지만 테일러와 캐닌은 일축한다. 브러커 장군은 롭에게 접근해 하산을 가로채 테러범들에게 넘기자고 제안하고 이 사실을 안 캐닌은 잭에게 전화를 걸려고 하는 순간 심장마비로 쓰러지고 마는데...

자기 하나의 목숨 때문에 여러 사람을 희생시킬 수 없다고 판단한 하산은 잭과 가족을 방에 가두고 비숍을 따라간다. 폭탄이 터지기 불과 몇 초 전 사미르는 타린에게 폭탄을 멈추라고 지시한다. 잭은 대통령에게 전화해 브러커의 작전을 밝히고, 심장마비로 쓰러진 에단을 본 테일러 대통령은 롭을 꾸짖지만, 롭은 자신이 뉴욕을 구했다고 주장한다. 잭은 이제 하산을 구하러 가고, 교차로에서 기습 작전을 계획하는데...

르네와 클로이는 잭이 주운 휴대폰 데이터를 추적해 CTU 내의 스파이가 데이나임을 밝혀낸다. 데이나는 탈출을 시도하지만 국 콜에게 붙잡히고, 오직 잭하고만 얘기하겠다고 한다. 데이나는 면책권을 조건으로 테러범의 정체와 하산이 잡혀간 곳을 알려다. 한편, 사미르는 하산을 고문해도 말을 듣지 않자 인터넷으로 하산의 죄목을 대신 읽으며 처형할 준비를 하는데...

하산 대통령이 죽자 테일러 대통령은 평화 회의를 해산시키기로 하지만 이슬람 공화국의 대표단으로 온 자못이 다른 해결책을제의하고, 영부인 달리아는 국민의 뜻을 받아들여 남 편 대신 대통령직에 올라 평화 협정에 서명하기로 동의한다. 팀은 헤이스팅스를 해임하고 클로이를 CTU의 임시 국장으로 앉혀 평화 회의 보안 책임을 맡긴다. 한편, 사미르에게 치명적 주사를 놓은 암살범은 르네가 자신을 알아봤다고 믿고 그녀를 따라간다. 집으로 간 잭은 르네와 사랑을 나누지만 행복은 오래 가지 않는데...

르네의 죽음으로 충격에 휩싸인 잭은 법정으로 바자예프를 찾아간다. 바자예프는 이날 있었던 모든 사건의 배후가 러시아 정부이며, 데이나가 모든 걸 알고 있다고 말한다. 잭은 데이나를 심문하러 CTU로 향하고, 이 사이 노바코비치를 협박해 협상 복귀를 받아낸 로건은 의기양양해져 있다가 잭이 데이나를 만나러 간다는 사실을 알고 테일러 대통령에게 선수를 쳐서 진실을 말한다.그는 코앞으로 다가온 평화 협정 성공을 위해 러시아와의 문제가 부각되지 않도록 바우어를 당장 막아야 한다고 주장하고, 테일러는 에단의 반대에도 불구하고 로건의 말에 넘어가는데...

잭은 헬기로 도망치고 클로이는 대통령의 명령에 따라 잭을 쫓는다. 잭이 도망치자 테일러 대통령은 에단의 충고대로 평화 협정을 포기하기로 마음 먹지만, 다시 로건의 설득에 넘어가 데이나를 CTU 외부의 민간 경비 회사에 맡겨 고문을 해서라도 증거를 받아내도록 용인한다. 클로이는 잭의 부탁대로 데이나가 갈 위치를 알아내는 데 성공하지만 결국 콜과 함정수사를 펴서 잭을 잡기로 하는데...

잭은 콜을 데리고 데이나가 갇힌 곳으로 간다. 고문을 당하던 데이나는 잭의 기습으로 풀려나고 그제서야 사실을 알게 된 클로이는 잭을 수배한다. 소식을 들은 테일러 대통령은 당황하고 로건은 이 틈을 타 자신의 보좌관 제이슨을 CTU의 수색 책임자로 보내는 한편 러시아 외무장관에게 잭을 제거하라고 지시하는데...

남은 시간이 4시간뿐인 상황에서 사기꾼 잭 바우어는 그날 가장 파괴적인 사건의 배후가 누구인지 알아내기 위해 온갖 수단을 다하고, 예상치 못한 단서를 발견합니다.

클라이맥스 시리즈 피날레가 다가오고, 시간은 3시간 남았습니다. 무자비한 잭 바우어는 진실을 밝히기 위해 выбо한 임무를 수행하고 있습니다. 이는 테일러 대통령이 서명식을 준비하는 동안 상황을 더욱 복잡하게 만듭니다. 한편, 로건 대통령은 강력한 적과 마주하게 되고, 클로이는 CTU를 이끌고 잭 바우어와 위험한 충돌을 벌입니다.

결의에 찬 테일러 대통령이 세계를 바꿀 평화 조약을 체결하고 복수심에 불타는 잭 바우어가 마지막으로 잊지 못할 일을 위해 직접 나서면서 끔찍한 하루가 절정에 달하면서 감정이 격해진다.

잭은 클로이를 구속. 습격시 도청 마이크를 붙여 녹음한 관여의 증거를 방패에 로건을 위협해, 스와로브를 그의 방에 뛰쳐나온다. 방문한 스왈로프에 목적을 정하는 잭. 하지만 그래도 설득을 계속하는 클로이의 말 '내가 전갈을 날린다'가 결국 잭의 마음에 닿아 총을 둔다. 잭은 녹음 데이터를 클로에에 맡기고 살아있는 채 이 궁지에서 벗어나기 위해 자신을 쏘도록 명령. 쏜 직후 CTU 팀이 타고 온다.

4년간 세상과 단절된 잭은 CIA에 의해 런던에서 체포됩니다. 바로 그날 제임스 헬러 대통령이 도착합니다. 대통령이 영국 기지에서 운영되는 미국의 드론 프로그램을 놓고 정치적 압력에 직면한 가운데, 불명예스러운 요원 케이트 모건만이 잭의 체포가 너무나 쉬웠다고 의심합니다.

잭과 클로이는 헬러 대통령 암살 시도의 배후에 있는 사람을 찾을 수 있는 해커를 추적하고 있습니다... 하지만 케이트는 잭을 쫓고 있습니다.

케이트 모건은 잭을 계속 추적하고, 헬러 대통령은 참혹한 공격 이후 의회 연설을 준비합니다. 마고 알하라지는 복수를 위해 무엇이든 희생할 준비가 되어 있음을 증명합니다.

잭이 CIA의 추적을 피해 미국 대사관으로 향하면서 테러 위협이 고조됩니다. 한편, 마고는 상상도 할 수 없는 무력으로 자신의 권위를 주장하고, 헬러 대통령은 의회에서 열정적인 연설을 합니다. 케이트는 스스로 문제를 해결합니다.

예상치 못한 두 사람이 임박한 공격을 막기 위해 힘을 합친다. 테러리스트는 자신의 요구를 밝힌다. 대통령은 군사 봉쇄를 명령하지만, 이미 때는 늦었을지도 모른다.

처음 다섯 시간 동안의 참혹한 사건들이 걷히자 헬러 대통령과 데이비스 총리 사이의 긴장감이 고조되고, 그중 한 명이 직접 문제를 해결하기로 결심합니다. 한편, 잭은 예상치 못한 인물을 미끼로 삼아 마고를 찾을 계획을 제안합니다. 런던의 CIA로 돌아온 조던은 케이트의 남편에 대한 의혹을 제기합니다.

잭과 케이트는 테러 위협에 연루된 플레이어의 생명을 구하기 위해 경쟁한다. 조던은 위험한 임무에 직면한다. 헬러 대통령은 마고를 고용해 그녀의 공격을 종식시킨다.

잭 바우어와 헬러 대통령은 마고 알하라지의 테러 공격을 저지하기 위해 상상도 할 수 없는 시련을 견뎌냅니다. 한편, CIA 요원 조던 리드는 생사의 기로에 서고, 케이트는 너무 늦기 전에 마고를 추적하기 위해 과감한 조치를 취합니다.

잭과 클로이는 런던을 뒤흔드는 추가 공격이 발생하기 전에 테러 위협을 제거할 계획을 세웠습니다. 시간은 부족하고 목숨이 위태로운 상황에서, 잭과 케이트는 믿을 수 없을 정도로 긴박한 상황을 유리하게 이끌어가기 위해 중요한 단서를 추적합니다. 한편, 핵심 인물들은 본색을 드러냅니다. 긴박한 상황 속에서. 한편, 핵심 인물들은 본색을 드러냅니다.

잭 바우어의 끔찍한 하루는 그가 모든 대가를 치르며 마지막 단서를 쫓으면서 더욱 절정에 달합니다. 케이트 모건이 남편에 대한 진실을 알게 되고, 오드리가 부드로에게 그의 이중성에 대해 따져 물으면서 그날의 사건으로 인한 감정적 고통은 더욱 커집니다. 설상가상으로 테러 위협의 범위가 확대되고 잠재적 파괴력은 새로운 국면에 접어듭니다.

오드리는 전면전을 막기 위해 외교적 수단을 동원한다. 한편, 잭 바우어는 케이트 모건과 마크 부드로를 이끌고 너무 늦기 전에, 세상이 영원히 바뀌기 전에 목표물을 찾는 임무를 수행한다.

잭 바우어의 가장 영웅적인 하루가 저물어 가고 있습니다. 세계가 대규모 테러 음모에 휘말리는 가운데, 잭과 그의 팀은 임박한 국제적 위기를 막기 위해 마지막으로 재회합니다. 시간이 얼마 남지 않았고 자유 세계의 운명이 걸린 상황에서, 잭은 상상도 할 수 없는 중대한 결정에 직면합니다. 수많은 생명이 희생되고, 미국 행정부는 하루 중 가장 파괴적인 소식과 씨름하게 됩니다.